ncbi gene

NCBI

NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍

理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立

后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务：

建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知

NCBI 使用方法 默认分类 2008-03-24 15:14 阅读 2903 评论 12 字号： 大 中 小 NCBI (National Center for Biotechnology Information),

美国国家生物技术信息中心

[url]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/[/url] NCBI 是 NIH 的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI 提供检索的服务包括： 1．GenBank（NIH 遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的 DNA 序列的注释过的收集。Gen Bank 是由 NCBI 受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数 据库（EMBL 和 DDBJ）交换数据建立起数据库的。它同日本和欧洲分子生物学实验室的 DNA 数据库共同 构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。其中的数据以指数形式增长，最近的数据为 它已经有来自 47000 个物种的 30 亿个碱基。 2．Molecular Databases（分子数据库）： Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从 NCBI 其他如 Genbank 数据库中收集整理核

1、 请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。

① 开Genbank主页（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/），②database选择

“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”

② 单击“search”后得到以下页面：

③ 然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。

序列内容如下：

序列内容各部分意思如下：

Go to:

LOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类） 27-APR-1993 （修正日期）

DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征） ACCESSION K01786 （检索号）

VERSION K01786.1 GI:176550 （版本信息）

KEYWORDS origin of replication. （关键词

SCI高分拷贝数变异综述

Copy number variants,diseases and

gene expression

Charlotte N.Henrichsen,Evelyne Chaignat and Alexandre Reymond Ã

The Center for Integrative Genomics,Genopode Building,University of Lausanne,CH-1015Lausanne,Switzerland Received December 22,2008;Revised December 22,2008;Accepted January 5,2009

Copy number variation (CNV)has recently gained considerable interest as a source of genetic variation likely to play a role in phenotypic diversity and evolution.Much effort has been put into the identi?cation and map-ping

一：NCBI简介

NCBI的GenBank与DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。

GenBank 有来自于70,000多种生物的核苷酸序列。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。（是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据

库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，

PubMed完全攻略

第一章 进入PubMed魔法学校--PubMed 概述

有位退休的老教授不止一次的向我感叹：\你们现在真是幸福，我们那时候要查一篇相关的文献，要到图书馆一本一本目录去检索。尤其是做一些别人不太做的课题时，要搜集几篇有用的文献，竟要花上3，4个月时间，而你们现在……。\趁他打顿的时候，我告诉他，\快的话，可能只要3秒钟\。从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神。

我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形，但对于现在的医学工作者来说，我已经无法想像，如果我们失去PubMed，世界将会怎样。

尽管在因特网上，类似于PubMed的医学文献检索系统并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。还有非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。无论何时何地，你只要在浏览器地址栏中输入：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。

俗话说，喝水不忘掘井人。PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物

用BankIt向NCBI在线提交序列

向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。

1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;

2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。

附 注册账号步骤，需要填写的项目为： Title：你的职位或头衔 First name：名 last name：姓 login：登陆名

Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址

E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;

3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自

用BankIt向NCBI在线提交序列

向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。

1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;

2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。

附 注册账号步骤，需要填写的项目为： Title：你的职位或头衔 First name：名 last name：姓 login：登陆名

Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址

E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;

3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自

第

卷

第月

期

生命科学

从〕

年

文章编号

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的数据库资源及其应用王

哲

,

黄高升,

第四军医大学病理学教研室

西安

摘拥有

要、

是美国的一个大型生物信息学系统、

,

它主要通过

网站为全世界的科学家服务,

,

它

、

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、

等等多种大型生物学数据库并且提供了多种数据库、

查询工具

,

如

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等等、

,

以及多种数据库分析,

资源

,

对于我们查询文献

、

人类基因组信息,

、

基因表达

蛋白质结构。

、

肿瘤遗传信息

以及不同种属遗

传信息等等有非常大的帮助关键词中图分类号生物信息学一

是一个非常重要的生物医学资源

数据库

文献标识码

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Characterization of a heat-shock-inducible hsp70gene of the

green alga Volvox carteri

Qian Cheng a ,Armin Hallmann b ,Lisseth Edwards a ,Stephen M.Miller a,?

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Department of Biological Sciences,1000Hilltop Circle,University of Maryland,Baltimore County,Baltimore,MD 21250,USA

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Department of Cell and Developmental Biology of Plants,Universität Bielefeld,Bielefeld,Germany

Received 18May 2005;received in revised form 10November 2005;accepted 17November 2005

Available online 14February 2006

Abstract

The green alga Volvox cart