荧光定量pcr中探针法与染料法的优缺点

荧光定量PCR中探针法与染料法的区别：

一、荧光定量PCR中探针法与染料法的描述：

1.荧光定量PCR探针法：探针法即除了引物外另外设置一个探针，在探针的两端分别带上发光集团和淬灭集团，这个时候，两个平衡不发光，但是当DNA通过引物合成的时候，探针被折断，释放出发光集团和淬灭集团，两个距离较远，发光集团产生荧光，被机器收集到信号，从而检测基因的量

2、荧光定量PCR SYBR Green 染料法：染料能够与双链结合，当PCR扩增的时候，染料结合到DNA上，从而发光，单个的染料不发光，这样就能收集到信号，我们可以看出，染料法特异性不强，只要是双链的DNA都回结合发光。

二、荧光定量PCR中探针法与染料法的优缺点

1、探针法通过探针可以增加反应收集信号的特异性，只有探针结合的片段上发生扩增才能收集到信号，能够用多重体系反应的方法，能够预测和提前进行反应条件的优化，缺点是要合成探针，成本高

2、染料法经济实惠，可以做溶解曲线，分析全部PCR产物的TM值，缺点就是特异性没有探针法好

【分享】定量pcr仪选则宝典:各自精彩的选择

如何选择合适的定量 PCR仪定量PCR仪主要由两部分组成，一个是PCR系统，一个

实时荧光定量PCR检测技术与其应用

微生物131 沈涛 201301220132

摘 要：实时荧光定量PCR（Real time quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR）是在PCR反应体系中加入荧光染料或荧光探针，利用荧光信号积累实时监测整个PCR反应进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析。具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等优点，被广泛应用于基础研究、疾病研究、病毒检测和食品安全检测等方面，是分子生物学研究中的重要工具。本文对RT-qPCR技术的原理、检测流程及其应用进行了综述。

关键词： RT-qPCR 原理 应用

1 背 景

RT-qPCR技术于1996年由美国Applied Biosystems公司推出，由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃，而且与常规PCR相比，它具有特异性更强、灵敏度高、重复性好、定量准确、自动化程度高、全封闭反应等优点成为分子生物学研究中的重要工具，能够实时检测记录PCR扩增产物的增加，克服了终点法定量PCR产物的不足，使准确定量RNA成为现实。然而受制于相关仪器、荧光

定量PCR+Taqman探针设计要领

自90年代Taqman探针诞生以来，虽然荧光探针（引物）不断有新的技术出现，但是作为一种经典的定量PCR技术，Taqman探针技术仍然是许多实验研究人员进行定量检测的首选，这主要是因为相对于SYBR荧光染料，Taqman探针具有序列特异性，只结合到互补区，而且荧光信号与扩增的拷贝数具有一一对应的关系，因此特异性强灵敏度高，而且条件优化容易；而相对于杂交探针，Taqman探针只要设计一条探针，因此探针设计较便宜方便，而且也能完成基本的定量PCR要求。当然Taqman定量方法由于还是要合成探针，也给实验操作带来了挑战。

一般Taqman定量PCR实验过程为：目的基因查找比对→探针与引物设计→探针与引物合成→配置反应体系→反应参数→重复实验，优化条件→获得曲线数据，比对标准曲线→再重复验证。

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBI genbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个contig（重叠群，即染色体的一些区域中毗邻DN***段重叠的情况）内。

第二步：如果其它

实时荧光定量PCR技术

1 样品RNA的抽提

①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。

②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后，15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相，中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。

③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA，混匀后15到30℃孵育10分钟后，于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。 ④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇（75%乙醇用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀。混匀后，4℃下7000rpm离心5分钟。

⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。 ⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA时，先加入无RNA酶的水40μl用枪反复吹打几次，使其完全溶解，获得的RNA溶液保存于-80℃待用。 2 RNA

实时荧光定量PCR技术

1 样品RNA的抽提

①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。

②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后，15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相，中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。

③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA，混匀后15到30℃孵育10分钟后，于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。 ④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇（75%乙醇用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀。混匀后，4℃下7000rpm离心5分钟。

⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。 ⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA时，先加入无RNA酶的水40μl用枪反复吹打几次，使其完全溶解，获得的RNA溶液保存于-80℃待用。 2 RNA

天为时代核酸系列讲座之院

华中科技大学同济医学

实时荧光定量PCR技术的原理及应用(Real time Quantitative PCR)北京天为时代科技有限公司 欧阳志荃 2005-05-20

讲 座 提 纲

实时荧光定量PCR原理 实时荧光定量PCR的几种方法介绍 实时荧光定量PCR医学和科研中的应用

实时荧光定量PCR定义

在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光 信号累积实时监测整个PCR进程，最后通过标 准曲线对未知模板进行定量分析的方法

实时荧光定量PCR 原理常 规 PCR技术：

实时原理

对PCR扩增反应的终点产物进行定量和定性分析无法对起始模板准确定量，无法对扩增反应实时检测 实时定量PCR技术： 利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每 一个循环扩增产物量的变化，通过Ct值和标准曲线 的分析对起始模板进行定量分析

实时荧光定量PCR原理如何对起始模板定量？

定量原理

通过Ct值和标准曲线对起始模板进行定量分析

介绍三个概念： 扩增曲线、荧光阈值、Ct值

实时荧光定量PCR 原理 ----------- 扩增曲线

荧光基团

荧光检测元件

扩增曲线图：横坐标：扩增循环数(Cycle);纵坐标：荧光强度 每个循环进行一次荧光信号的收集

实时荧光定量

天为时代核酸系列讲座之院

华中科技大学同济医学

实时荧光定量PCR技术的原理及应用(Real time Quantitative PCR)北京天为时代科技有限公司 欧阳志荃 2005-05-20

讲 座 提 纲

实时荧光定量PCR原理 实时荧光定量PCR的几种方法介绍 实时荧光定量PCR医学和科研中的应用

实时荧光定量PCR定义

在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光 信号累积实时监测整个PCR进程，最后通过标 准曲线对未知模板进行定量分析的方法

实时荧光定量PCR 原理常 规 PCR技术：

实时原理

对PCR扩增反应的终点产物进行定量和定性分析无法对起始模板准确定量，无法对扩增反应实时检测 实时定量PCR技术： 利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每 一个循环扩增产物量的变化，通过Ct值和标准曲线 的分析对起始模板进行定量分析

实时荧光定量PCR原理如何对起始模板定量？

定量原理

通过Ct值和标准曲线对起始模板进行定量分析

介绍三个概念： 扩增曲线、荧光阈值、Ct值

实时荧光定量PCR 原理 ----------- 扩增曲线

荧光基团

荧光检测元件

扩增曲线图：横坐标：扩增循环数(Cycle);纵坐标：荧光强度 每个循环进行一次荧光信号的收集

实时荧光定量

实时荧光定量PCR技术

1 样品RNA的抽提

①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。

②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后，15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相，中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。

③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA，混匀后15到30℃孵育10分钟后，于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。 ④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇（75%乙醇用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀。混匀后，4℃下7000rpm离心5分钟。

⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。 ⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA时，先加入无RNA酶的水40μl用枪反复吹打几次，使其完全溶解，获得的RNA溶液保存于-80℃待用。 2 RNA

实时荧光定量PCR系统 1、技术参数：

1.1、*样本通量（孔）：可支持2种模块（可选），96孔0.1ml模块、96孔0.2ml模块 1.2、*反应体系：96孔0.1ml模块：10-30uL ；96孔0.2 ml模块：10-100uL； 1.3、*温控模块最高升降温速率：6.5℃/秒 1.4、温度均一性：0.4℃

1.5、*精确数码温控模块：96孔0.1ml和0.2ml模块均支持3个独立的精确数码温控区域，一次实验可运行3个不同温度； 1.6、热循环系统：Peltier半导体 1.7、反应运行时间：<30分钟运行 1.8、线性动态范围：10 logs

1.9、分辨率：在单重反应中可区分1.5倍拷贝数差异 1.10、灵敏度：最低 1 拷贝

1.11、*支持的染料：FAM?/SYBR? Green, VIC?/JOE?/HEX?/TET?, ABY?/NED?/TAMRA?/Cy?3, JUN?, ROX?/Texas Red?，以上染料出厂前进行校正

1.12、*仪器自带存储：不小于10GB，（相当于2000-2500运行文件) 1.13、光源类型：高亮度白光半导体光源(工作寿命>5年)

1.14、*荧光通道数：96孔模块支持不少于4色激发光通道和4色检测光通道 1.15、光学激发检测范围：45

Module 8：

定量PCR新技术新应用

2基因组-DNA 水平Genomic

Sequence

Methylation

SNPs

CNVs

转录、调控-RNA 水平Protein 水平

3荧光定量PCR 应用?绝对定量?基因表达研究?转基因食品检测?相对定量?基因在不同样本中的表达差异?药物疗效考核?阴阳性分析?病原体（HBV ，HCV ，HIV 等等）检测?禽流感检测

?等位基因分型?SNP 分析

?与疾病相关的等位基因点突变检测拓展应用?MicroRNA 分析?基因拷贝数（CNV ）分析?表观遗传学（甲基化，乙酰化）分析?蛋白质分析?肿瘤稀有突变检测?其他

4AB 的TaqMan Assays 家族

?mRNA 分析试剂盒(基因表达)：TaqMan Gene Expression Assays(超过1,000,000个预设计试剂盒，覆盖21个物种)

?miRNA 分析试剂盒：TaqMan MicroRNA Assays

?SNP 分析试剂盒(基因分型)：TaqMan SNP Genotyping Assays(超过4,500,000个人类预设计分析试剂盒)

?DME(药物代谢酶) SNP 分析试剂盒：2600个SNP 位点，分布在220个药物代谢酶基因位点上的.