MEGA计算种内遗传距离

序列间遗传距离的计算

1. 导入比对好的“*.meg”格式数据。 2. 数据划分

（1）序列数据的基因和域（genes & domains）的指定和选择

在MEGA中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过Spin翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/Select Genes & Domains”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出的“Genes/Domain Organization”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site项显示出选定范围内的位点总数），“Codon Start”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1st site”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口

人际交往的四种距离 常见的四种社交礼仪距离

最近发表了一篇名为《人际交往的四种距离 常见的四种社交礼仪距离》的范文，感觉很有用处，这里给大家转摘到。

人际交往的四种距离常见的四种社交礼仪距离

1、亲密距离

0~米为亲密距离。这是恋人之间、夫妻之间、父母子女之间以及至爱亲朋之间的交往距离。亲密距离又可分为近位和远位两种。

近位亲密距离在0~15米之间。这是一个“亲密无间”的距离空间，在这个空间内，人们可以尽情地表现爱抚、安慰、保护等多种亲密情感。在这个空间内，人们可以彼此肌肤相触，能直接感受到对方的体温和气息。恋人之间极希望处于这样的空间，在这样的空间里，双方都会感到幸福和快慰。远位亲密距离大约在15~50厘米之间。这是一个可以肩并肩、手挽手的空间，在这个空间里，人们可以谈论私事，说悄悄话。

在公众场合，只有至爱亲朋才能进入亲密距离这一空间。在大庭广众面前，除了客观上十分拥挤的场合以外，一般异性之间是绝不应进入这一空间的，否则就是对对方的不尊重。即使因拥挤而被迫进入这一空间，也应尽量避免身体的任何部位触及对方，更不能将目光死盯在对方的身上。

2、社交距离

~米为社交距离。在这一距离，双方都把手伸直，

本文采用实时对称分量方法探测平行双回输电线路故障距离,并针对平行双回线的构成特点,利用平行双回线之一故障时能够准确计算对端系统阻抗的原理,提出了一种新的准确测距算法。该方法只需线路一端的信息,不仅排除了故障电阻及负荷电流对测距精度的影响,而且完全消除了对端

本文采用实时对称分量方法探测平行双回输电线路故障距离,并针对平行双回线的构成特点,利用平行双回线之一故障时能够准确计算对端系统阻抗的原理,提出了一种新的准确测距算法。该方法只需线路一端的信息,不仅排除了故障电阻及负荷电流对测距精度的影响,而且完全消除了对端

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本文采用实时对称分量方法探测平行双

空间的距离的计算

班别 姓名 学号

教学目标：

能用向量方法解决两点间、两异面直线间、点面间、线面间、面面间的距离的计算

题型一 两点间的距离计算

设空间两点A x1,y1,z1 ,B x2,y

2,z2 ，则dAB

例1 已知点A(2,-3,5)关于xOy面的对称点是B，则|AB| 。（10）

练习1 已知正方体ABCD A1B1C1D1的棱长是4，CE

线段EF的长是 。29

1

CC1，F是A1B1的中点，则4

题型二 两条异面直线间的距离计算

如图1，若CD是异面直线a、b的公垂线段，A、B分别为a、b上的任意两点.

AB n

令向量n a,n b， 两异面直线a、b间的距离为：d .其中n与

n

a、b均垂直，A、B分别为两异面直线上的任意两点.

图1

例2 如图，四棱锥S ABCD的底面是边长为1的正方形，SD垂直于底面ABCD，

SB .求异面直线DM和SB间的距离.

D=

1

6

练习2正方体ABCD A1B1C1D1中，棱长为1，求异面直线AC和 A 1 D 的距离 D=

3

题型三 点到平面的距离的计算

（1）等体积法：把点到面的距离看作某个体积可知的三棱锥的高，利用

MEGA软件的使用

Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑

Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：

单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：

从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：

浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：

此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Seq

遗传图谱计算专题

一：遗传系谱图的解题方法及练习

高中生物学会考要求学生对遗传系谱图应达到综合分析水平。遗传系谱题多涉及一系列问题的解答，如①判别遗传类型、②写出指定个体的基因型、③计算患病机率。而教材中有关内容又较少，因而准确分析遗传系谱即成为一个难点。对学生来说经常出现听得懂，看得明白，就是不会做题。学生普遍认为解题过程中思路不清晰，书写紊乱。因此突破这一难点的有效方法首先是：理顺解题思路，排除干扰解题的非智力因素；其次，加强变式训练。 1.几种常见遗传病类型及其特点

遗传病 常染色体显性 常染色体隐性 X染色体显性 X染色体隐性 Y染色体遗传 细胞质遗传 特点 ① 代代相传 ②发病率高 ③男女发病率相等 ①可隔代遗传 ②发病率在近亲结婚时较高 ③男女发病率相等 病例 多指、并指 白化病、苯丙酮尿症 ①连续遗传 ②发病率高 ③女性患者抗维生素D性佝偻多于男性患者 ④男性患者的母女都是患者 病 ①隔代遗传或交叉遗传 ②男性患者多于色盲、血友病 女性患者③女性患者的父亲、儿子都是患者 ①患者都为男性 ②父传子、子传孙（患者的儿子都是患者） 母系遗传 外耳道多毛症 视网膜炎 2.解题思路

遗传系谱图的判

第二部分 种群生态学

7 种内与种间关系

7 种内与种间关系

第一节 第二节

种内关系 种间关系

学习目标

了解种内相互关系：竞争、性别关

系、领域性和社会等级等。 了解种间相互关系：竞争、捕食、 寄生和互利共生。 掌握种间竞争模型 理解生态位的概念

种内个体间与物种间相互关系的分类

种间相互关系

（种间的）

同种个体间相 （种内的） 互关系

利用同样有限资 源，导致合适度 竞争 降低 摄食另一个体的全 捕食 部或部分 个体紧密关联生活， 互利共生 具有互惠利益 个体紧密关联生活， 寄生 宿主付出代价

竞争

自相残杀

利它主义或 互利共生 寄生

根据影响结果对种间相互作用进行的分类

相互作用的类型 竞争 捕食 寄生 中性 扁害共生 物种A的反应 － + + 0 0 物种B的反应 － － － 0 －

扁利共生

0

+

拟寄生（重寄生）：

第一节

概念

种内关系

种内关系：存在于生物种群内部个 体间的相互关系。

种内竞争：种内个体间发生的竞争。

一 密度效应

最后产量衡值法则：

不管初始播种密度如何，在一定范围内， 当条件相同时，植物的最后产量差不多 总是一样的。

-3 /2自疏法则：

自疏导致密度与生物个体大小之间的关 系，该关系在双对数图上具有典型的－ 3/2斜率。（Yoda’s

圆内计算与证明

1、如图，△ABC内接于⊙O，AD为高，E为弧BC的中点，①求证：∠EAD＝∠EAO；

A ②若AB?AC＝8,AD＝2,求半径R。 O

C B D

E 2

2、如图，△ABC内接于⊙O ，AB＝AC，E为BC延长线上一点，求证：AC＝AD?AE。

A D O B E C

3、如图，A、B、C、D四点均在⊙O上 ，DC平分其外角∠ACE，DE⊥BE，①求证：DO⊥AB； ②当C点位置变化时，式子

的值是否发生变化？

D E C

O

A B

4、如图，⊙O中， 直径DE⊥弦AB，C为圆上一动点，AC与DE相交于点F，求证：

2

①OG?FG＝BG?CG；②AO＝OG?OF。

A

C D O G E F

B

5、如图，⊙O中，C为圆上一点，直径BD⊥AC，求证：AE?BE＝EF?EC。 A

F E

B G O D

C 6、在边长为４的正方形ABCD中，以AD为直径的⊙O，以C为圆心，CD长为半径作⊙Ｃ，两圆交于正方形内一点E，连CE并延长交AB于F. （1）求证CF与⊙O相切； F A D （2）求△BCF和直角梯形ADCF的周长之比

E

O

B C

o

7、如图，Rt△A

讲题: 讲题:导线测量内业计算

内容提要:

四、导线的内业计算

基础知识：正反方位角关系 基础知识：

1.正反方位角 1.正反方位角

同一直线正反坐标方位角相差180° 同一直线正反坐标方位角相差180°，即：

α 正 = α 反 ± 180

αAB B

0

X 例1 78Λ20Μ24Ν 已知 αCD= 78Λ20Μ24Ν， =326Λ12Μ30Ν αJK=326Λ12Μ30Ν， 求 αDC ，αKJ： =258Λ20Μ24Ν 解：αDC=258Λ20Μ24Ν =146Λ12Μ30Ν αKJ=146Λ12Μ30Ν αAB A

αBA

Y

2、坐标正算公式

由A、B两点边长DAB和坐标方位角αAB，计算坐标 两点边长D 和坐标方位角αAB， 增量，由已知A点坐标计算未知B点坐标的计算。 增量，由已知A点坐标计算未知B点坐标的计算。 见图有： 见图有：

X

XAB =DAB × cos αAB YAB =DAB × sin αAB 其中， 其中， XAB=XB-XA YAB=YB-YA

0

YAB

B

XAB αAB DAB

A

y

3、坐标反算公式

由A、B两点坐标来计算αAB、DAB 两点坐标来计算α

DAB = tgα AB x

2 AB

X

YAB

B

XAB αAB DAB

+

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig