细菌分类系统

环丝菌属(Brochothrix) 李斯特氏菌属(Listeria) (Paenibacillaceae) (Ammoniphilus) (Aneurinibacillus) (Brevibacillus) (Cohnella) (Oxalophagus) (Paenibacillus) (Thermicanus) (Thermobacillus) (Planococcaceae) (Filibacter) (Kurthia)

(Planococcus) (Planomicrobium) (Sporosarcina)

芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae) (Marinococcus) (Sinococcus)

芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus) (Tuberibacillus)

葡萄球菌科(Staphylococcaceae) 孪生菌属(Gemella) (Joetgalicoccus) (Macrococcus) (Salinicoccus)

葡萄球菌属(Staphylococcus) (Thermoactinomycetaceae) (Laceyella)

(Mechercharimyces) (P

细菌分类表

维基百科，自由的百科全书 跳转到： 导航, 搜索 生物分类表 [编辑] 生物分类总表 生物病毒分类表 古菌分类表 细菌分类表 原生生物分类表 藻类分类表 (NCBI) 真菌分类表 植物分类表 植物分类表 (NCBI) APG I、II、III 克朗奎斯特分类 动物分类表 软体动物分类表 环节动物分类表 昆虫分类表 鱼类分类表 两栖动物分类表 爬行动物分类表 鸟类传统分类系统 鸟类DNA分类系统 鹦形目分类表 哺乳动物分类表 翼手目分类表 本表以LPSN网站的分类为基础（当前版本2008年1月7日），本分类代表原核生物分类的权威杂志IJSEM的分类系统，同时参考NCBI Taxonomy，但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。

中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。 参见：细菌。

目录

[隐藏]

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1 酸杆菌门(Acidobacteria)

o 1.

肠杆菌

1.肠杆菌属

产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、聚团肠杆菌、阿斯布肠杆菌、河生肠杆菌生物1群、河生肠杆菌生物2群、中间肠杆菌、格高非肠杆菌、阪崎肠杆菌、泰洛肠杆菌

2.埃希菌属

大肠埃希菌、福格森氏埃希菌、不活跃大肠埃希菌、伤口大肠埃希菌、赫尔曼氏埃希菌

3.沙雷菌属

粘质沙雷菌、深红沙雷菌、无花果沙雷菌、泉居沙雷菌、芳香沙雷菌1群、芳香沙雷菌2群、晋城沙雷菌、液化沙雷菌 4.克雷伯菌属

肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、鼻硬节克雷伯菌、产酸克雷伯菌、解鸟氨酸克雷伯菌

5.变形杆菌属

奇异变形杆菌属、普通变形杆菌、潘尼变形杆菌

6.普罗威登斯菌属

产碱普罗威登菌、斯图普罗威登菌、雷极普罗威登菌、拉氏普罗威登菌

7.沙门菌属

猪霍乱沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、伤寒沙门菌、雏白利沙门菌

8.枸橼酸杆菌

弗旁地枸橼酸杆菌、异型枸橼酸杆菌、丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌

9.爱文菌属 美洲爱文菌

10.布特维西菌属 水生布特维西菌

11.爱德华菌属

迟缓爱德华菌、保科爱德华菌

12.巴提奥杆菌属

乡间巴提奥杆菌

13.哈夫尼亚菌属

蜂房哈夫菌属

14.西地西菌属

戴氏西地西菌、拉氏西地西菌、奈氏西地西菌

15.摩根菌属

摩根摩根菌

酸杆菌门(Acidobacteria) [编辑] 酸杆菌纲(Acidobacteria) 1. 酸杆菌目(Acidobacteriales)

1. 酸杆菌科(Acidobacteriaceae)

1. 酸杆菌属(Acidobacterium) 2. (Edaphobacter) 3. (Terriglobus)

[编辑] 全噬菌纲(Holophagae) 1. 石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)

1. 石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)

1. 石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)

2. 全噬菌目(Holophagales)

1. 全噬菌科(Holophagaceae)

1. 地发菌属(Geothrix) 2. 全噬菌属(Holophaga)

[编辑] 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） [编辑] 放线菌纲(Actinobacteria) 1. 酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)

1. 酸微菌目(Acidimicrobiales)

1. 酸微菌亚目(Acidimicrobineae)

1. 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)

细菌分类表

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中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。 参见：细菌。

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1 酸杆菌门(Acidobacteria)

o 1.1 酸杆菌纲(Acidob

1 产水菌门(Aquificae) 1.1 产水菌纲(Aquificae) 2 热袍菌门(Thermotogae) 2.1 热袍菌纲(Thermotogae)

3 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 3.1 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria) 4 恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 4.1 恐球菌纲(Deinococci) 5 产金菌门(Chrysiogenetes) 5.1 产金菌纲(Chrysiogenetes) 6 绿弯菌门(Chloroflexi) 6.1 绿弯菌纲(Chloroflexi) 6.2 厌氧绳菌纲(Anaerolineae) 7 热微菌门(Thermomicrobia) 7.1 热微菌纲(Thermomicrobia) 8 硝化螺旋菌门(Nitrospira) 8.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) 9 脱铁杆菌门(Deferribacteres) 9.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 10 蓝藻门(Cyanobacteria) 10.1 蓝藻纲(Cyanobacteria) 11 绿菌

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、 潜在新菌的确定

拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、 选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、 购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些

伯杰氏细菌系统分类学手册

伯杰氏细菌系统分类学手册

《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles

第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（www.cme.msu.edu/bergeys）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。 古生菌域 （Domain “Archaea”）

1. 第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)

第I纲 热变形菌纲(Th

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、 潜在新菌的确定

拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、 选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、 购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些

伯杰氏细菌系统分类学手册

伯杰氏细菌系统分类学手册

《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles

第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（www.cme.msu.edu/bergeys）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。 古生菌域 （Domain “Archaea”）

1. 第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)

第I纲 热变形菌纲(Th