拟南芥基因组研究进展

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微生物全基因组范围内的最小基因组研究进展

微生物全基因组范围内的最小基因组研究进展

摘 要：最小基因组是当前合成生物学研究的热点，从全基因组代谢网络研究入手，介绍了最小基因组研究的必要性和技术方法，并对其在工业微生物分子育种中的应用进行分析，综合阐述了最小基因组研究的发展前景。

关键词：微生物；全基因组；最小基因组；分子育种 中图分类号：Q933；Q344+.13 文献标识码：A 文章编号：1001-3547（2013）24-0009-03 1 基因组代谢网络

如今，伴随着高通量测序技术的应用和费用的降低，全基因组测序技术也越来越受欢迎。通过基因组测序，对基因进行功能注释，把基因编码蛋白所催化的生化反应称为一个代谢网络，通过计算机转化为数学模型，再用试验数据加以验证，提出假设，能够对生物体以及生物现象作出预测，是合成生物学研究中的一个重要的研究手段[1]。 2 研究最小基因组的必要性

最小基因组是指在最合适的条件下维持细胞生长繁殖所必需的最少基因[2]，优势小基因组菌株是指含有特殊功能基因/簇的最小基因组菌株。通过对菌株基因组的减缩，可以达到如下目的：①可以

基因组学课程论文

所在学院 生命科学技术学院 专 业 14级生物技术（植物方向） 姓 名 金祥栋 学 号 2014193012

水稻基因组学的研究进展

摘 要：随着模式植物——拟南芥和水稻基因组测序的完成，近年来关于植物基因组学

的研究越来越多。水稻是世界上重要的粮食作物之一，养活着全世界近一半的人口。同时南于水稻基冈组较小、易于转化及与其他禾本科植物基因组的同线性和共线性等特点，一直被作为禾本科植物基因组研究的模式作物。水稻基因组测序的完成及种质资源的基因组重测序，为水稻功能基因组研究奠定了基础。现综述我国水稻基因组测序和功能基因组研究历史，重点介绍了近年来在水稻基因组序列分析中获得的几项最新的研究结果。

关键词 ： 水稻 ；基因组测序 ；功能基因组 ；研究历史 ；基因组学；研究进展

The recent progress in rice genomics research

Abstract: With the completion of genome sequencing oft

人体口腔微生物宏基因组的研究进展

华西口腔医学杂志第31卷第1期2013年2月

WestChinaJournalofStomatologyVol．31No.1Feb.2013http：//

·107·

[文章编号]1000－1182（2013）01-0107-05

·综述·

人体口腔微生物宏基因组的研究进展

邓盟齐霞综述徐欣周学东审校

（口腔疾病研究国家重点实验室，四川大学，成都610041）

[摘要]

人体生态环境中共生着数量庞大的微生物群落，被誉为人体第二基因组。口腔微生物与口腔及全身的健

康和疾病有着密切的联系，新一代高通量基因芯片和第二代测序技术的涌现让人们对口腔微生物有了更全面的了解。本文就微生物宏基因组研究技术、口腔微生物宏基因组及其与口腔和全身疾病防治的最新进展进行综述。

[关键词]口腔微生物组；基因芯片；第二代测序；宏基因组

R780.2

[中图分类号][文献标志码]A[doi]10.7518/hxkq.2013.01.027

Latestprogressinunveilingtheoralmicrobialmetagenome[Abstract]

DengMeng,QiXia,XuXin,ZhouXuedong.

（S

模式植物拟南芥研究进展 摘要：拟南芥又名鼠耳芥、阿拉伯芥、阿拉伯草。其在植物学中所扮演的角色正仿佛小白鼠在医学和果蝇在遗传学中的一样。是在植物科学，包括遗传学和植物发育研究中的模式生物之一。

关键词：基因 模式生物 突变体

拟南芥(Arabidopsis thaLiana)是一种十字花科(Cruciferae)的小型野草，早在16世纪被发现，19世纪末，科学家就注意到了它的研究价值。它是国际上第一个完成全部基因组序列测定的高等植物，其研究成果对于其它高等植物包括农作物的研究，将产生重大的影响，因此拟南芥的研究越来越受到国际植物学界及各国政府的重视

1拟南芥的特点

拟南芥作为一种模式植物，具有其它植物无法替代的优点：(1)生长周期短，从萌发到种子成熟仅6周；(2)基因组小，125 Mbp(水稻基因组430 Mb，玉米基因组4 500 Mb)，约25 900个基因；(3)基因组仅有5条染色体，1．3亿个碱基对，其染色体数量是玉米的1／20；(4)具有双子叶植物的所有特性，整个生命周期同样经过细胞的分裂、生长发育、分化、衰老、死亡等一系列生物学现象；(5)有效的农杆菌介导转化途径，易获得大量的突变体和基因组资源；(6)在有限的空间内可大量种植，收获大量的种

现代分子生物学课件

第八章 基因组与比较基因组学

现代分子生物学课件

20世纪人类科技发展史上的三大创举1. 1940年代第一颗原子弹爆炸； 2. 1960年代人类首次登上月球； 3. 1990年代提出并基本完成的人类基因组计划(Human Genome Project,HGP) DNA 双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院 (NIH)人类基因组研究所第一任所长J.D.Watson 1990年在 《Science》上撰文指出，与人类登月计划相比，HGP的资金 投入少，但它对人类生活的影响却可能更深远。

现代分子生物学课件

随着这个计划的完成，DNA分子中储藏的有关人类生 存和繁衍的全部遗传信息将被破译，它将不仅帮助我们理 解人类如何作为健康人发挥正常生理功能，还将最终揭开 基因在癌症、早老性痴呆症、精神分裂症等严重危害人类 健康的疾病中的作用。

事实上，对人类自身更深入的了解是人类活动最重要 的组成部分，因为任何自然科学研究，都没有比人类尽快 找出解决自身所面临的人口膨胀、粮食短缺、环境污染、 疾病危害、能源资源匮乏、生态平衡破坏、生物物种消亡 等一系列难题更为重要、更为迫切。3

现代分子生物学课件

基因及基因组研究大事记：1860至1870年 奥地利

题目： 假如你发现一个新基因，请利用基因组学的思路，方法，技术路线设计可行的实验方案，研究它的功能，寻找出它所影响的下游基因，可能与此蛋白相互用的其它蛋白，以及调控它表达的上游基因。

假如在哺乳动物林麝基因组中发现一个新基因，现在要对发现的新基因进行功能研究，主要从以下几个方面进行（张岚等， 2011；卜友泉等，2006）： 1． 通过生物信息学的方法对新基因进行结构及功能的预测

（1）在研究新基因的功能之前，首先要通过克隆试验得到新基因全长cDNA序列。所有的克隆都包括4个步骤，依次为产生DNA片段、连接至载体、转化到受体细胞中扩增和目的序列的筛选鉴别（张岚等，2011）。随着生物信息学的发展，目前还有一种电子克隆的方法，即将所发现的新基因EST 通过数据库比对，相同的unigene或 cluster的EST片段归类在一起，对其进行拼接和校对，尽可能延长获得的片段，最后获得全长cDNA （张丽娟等，2006）。

基因区域的预测（张丽娟等，2006）通过生物信息学的方法，主要从以下几个方面：

一、 对编码区进行统计特性分析。统计数据表明，DNA中密码子的使用频

率并非平均分布，某些密码子使用频率较高，编码区的序列呈现出可察觉的统计特性，即

基因工程药物研究进展

摘要：近年来，肿瘤、肝炎、艾滋病等疾病严重影响着人类健康，传统化学药物日益显露出其局限性，而利用生物技术制取新药方面取得了惊人的成就。自 1982年FDA批准首个重组人胰岛素后，基因工程药物带来了治疗学的新突破，在临床治疗中日益发挥举足轻重的作用。据统计1998年全球首次上市的45个新药中，基因工程药物就占16个。目前基因工程药物的研发主要针对肿瘤、艾滋病、自身免疫疾病及器官移植免疫排斥等。在这些传统化学药物难以攻克的疾病面前，基因工程药物表现了较好的应用前景。本文主要概述基因工程药物的研究进展。

一、基因工程药物的发展历程

自1972年DNA重组技术诞生以来,作为现代生物技术核心的基因工程技术得到飞速的发展。1982年美国Lilly公司首先将重组胰岛素投放市场,标志着世界第一个基因工程药物的诞生。美国是现代医药生物技术的发源地,也是率先应用基因工程药物的国家,其基因工程技术研究开发以及产业化居于世界领先地位。美国已拥有世界上一半的生物技术公司和一半的生物技术专利。1996年美国就已有1300多家专门从事生物技术产品研究开发和生产的公司(其中70%是从事医药产品的开发公司),其销售额达1. 01x101美元之多,年增长

现代分子生物学课件

第八章 基因组与比较基因组学

现代分子生物学课件

20世纪人类科技发展史上的三大创举1. 1940年代第一颗原子弹爆炸； 2. 1960年代人类首次登上月球； 3. 1990年代提出并基本完成的人类基因组计划(Human Genome Project,HGP) DNA 双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院 (NIH)人类基因组研究所第一任所长J.D.Watson 1990年在 《Science》上撰文指出，与人类登月计划相比，HGP的资金 投入少，但它对人类生活的影响却可能更深远。

现代分子生物学课件

随着这个计划的完成，DNA分子中储藏的有关人类生 存和繁衍的全部遗传信息将被破译，它将不仅帮助我们理 解人类如何作为健康人发挥正常生理功能，还将最终揭开 基因在癌症、早老性痴呆症、精神分裂症等严重危害人类 健康的疾病中的作用。

事实上，对人类自身更深入的了解是人类活动最重要 的组成部分，因为任何自然科学研究，都没有比人类尽快 找出解决自身所面临的人口膨胀、粮食短缺、环境污染、 疾病危害、能源资源匮乏、生态平衡破坏、生物物种消亡 等一系列难题更为重要、更为迫切。3

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基因及基因组研究大事记：1860至1870年 奥地利

基因组组装模型论文

2014年成都理工大学 校内数学建模竞赛论文

题 目 编 号 队编号 参 赛 队 员 姓 名 张萌立 何理 张玲玲 C题-基因组组装 9 学号 201313030206 201305090108 201308050710 专业 计科 空间 财务管理

二0一四年五月二十五日

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基因组组装模型论文 基因组组装

队编号：9 摘要：本文所要研究的就是全基因组的从头测序的组装问题。

首先，本文简要介绍了测序技术及测序策略，认真分析了基因系列拼装所面临的主要挑战，比如reads数据海量、可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况，探讨了当前基因组序列拼接所采用的主要策略，即OLC（Overlap/Layout/Consensus）方法、de Bruijn图方法，且深入探讨了de Bruijn图方法。

其次，针对题中问题，以一条reads为基本单位，分为reads拼接和contig组装两个阶段，其中contig是由reads拼接生成的长序列片段。Reads的拼接阶段主要包括数据预处理、de-Bruijn 图、contig构建等，而contig的组装阶段主要包括序列的相对位置的确定以及重叠部分over

摘要：P53基因是一种重要的肿瘤抑制基因，对细胞周期的调控具有重要作用与人类50%的肿瘤有关。近年来，对p53基因的结构已有明确的认识，对p53基因的功能研究也取得重要进展。但p53与多种基因之间存在相互调节的作用，目前对其研究已由单一基因发展到多基因协同作用和相互调节机制的研究阶段。本文从p53基因的作用机理及相关的研究进展出发，着重介绍P53基于网络、p53与p21的相互作用、p53与mdm2的相互作用以及P53基因家族，简单介绍了p53与最近发现的几种基因产物的关系，并对P53基因与肿瘤治疗做了一定的预期。本文是在大量阅读相关材料后，进行的总结与思考，希望能为从事相关研究的专家们提供一定的参考。

关键词：P53基因；作用机理；基因互作；肿瘤

P53基因因编码一种分子质量为53 kDa的蛋白质而得名，是一种重要的肿瘤抑制基因。基因定位表明，人类 P53基因定位于17p13.1，含11 个外显子，转录由P1、P2二个启动子控制.其转录翻译编码的野生型P53 蛋白包含多个功能域。P53 基因还有：序列特异的DNA结合结构域、核定位信号NLS、四聚体寡聚化结构域和C-末端非专一DNA调节结构域。

其主要作用表现为：阻滞细胞周期、促进细胞凋亡