MEGA软件分析

MEGA软件的使用

Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑

Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：

单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：

从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：

浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：

此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Seq

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

MEGA 6.06的简易使用指南

第一步：打开软件

下面介绍菜单的使用：

Data菜单：

Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着

比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；

Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单： retive sequence

from file 和saved aligment session ；

Close: 关闭当前的比对数据文件；

MEGA 6.06的简易使用指南

Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；

Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选

择：MGTA 和FASTA.

DNA sequence ：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的

数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标

签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。

Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残

基位点来对待。

Translate/untranslate ：只有比对的序列是

MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）

本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的

分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。 想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。所以我们以后者为例。

2. 打开MEGA软件，选择主窗口的”File” → “Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多

序列间遗传距离的计算

1. 导入比对好的“*.meg”格式数据。 2. 数据划分

（1）序列数据的基因和域（genes & domains）的指定和选择

在MEGA中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过Spin翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/Select Genes & Domains”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出的“Genes/Domain Organization”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site项显示出选定范围内的位点总数），“Codon Start”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1st site”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口

富士变频器MEGA系列样本

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高性能多功能型变频器

东莞荣兴电机有限公司联系电话：１３５４４６５９９６７

地址：东莞市南城区宏成五金城０２栋

MCH642d

富士变频器MEGA系列样本

Maximum Engineering for Global Advantage

FRENIC-MEGA的卓越性能堪称业界最高峰。FRENIC-MEGA是集中投入富士电机技术精髓而开发的高性能多功能变频器。凭借本公司独有的先进技术，实现了业界最高峰的控制性能。 FRENIC-MEGA通过提高“基本性能”广泛的用途”维护性能”环保性能”以追求、““、“、,“适应所有设备”的变频器。 FRENIC-MEGA在不断追求业界最高名望的进程中，也将大大刷新通用变频器的概念。 如今，这款变频器即将上市。

高性能多功能型变频器特征

Maximum Engineering for Global Advantage丰富的机型

提高控制性能对应带速度传感器矢量控制、无速度传感器矢量控制、动态转矩矢量控制、 V/f控制和多种控制。提高电流响应、速度

2月28日(北京时间),由中移动主导的“TD-LTE全球发展倡议”(GTI)在西班牙巴塞罗那举办的2012年世界移动通信大会上,正式公布了TD-LTE今后三年的规模部署计划：到2014年,全球建成超过50万个TD-LTE基站,覆盖全球超过20亿人口。

五行财富最新分析：TD-LTE三年部署计划出炉 投入有望达万

亿

2月28日(北京时间)，由中移动主导的“TD-LTE全球发展倡议”(GTI)在西班牙巴塞罗那举办的2012年世界移动通信大会上，正式公布了TD-LTE今后三年的规模部署计划：到2014年，全球建成超过50万个TD-LTE基站，覆盖全球超过20亿人口。

与此同时，中移动也首次明确了TD-LTE在国内的发展路线。中移动总裁李跃在会上表示，中移动今年将进一步扩大试点规模，并计划2013年在内地启动试商用。同时，他还透露，香港地区商用服务将在年内推出。

对于GTI和中移动的表态，外界普遍认为，三年部署计划的出炉意味着TD-LTE全球商用正式启动，而作为TD-LTE商用的领导者和重要推手的中移动，则显示出其借助TD-LTE商用，谋划全球通信市场新格局的雄心。

TD-LTE是第四代(4G)移动通信技术与标准(目前欧美和我国均采用第三代技术与标准，即3G)

2月28日(北京时间),由中移动主导的“TD-LTE全球发展倡议”(GTI)在西班牙巴塞罗那举办的2012年世界移动通信大会上,正式公布了TD-LTE今后三年的规模部署计划：到2014年,全球建成超过50万个TD-LTE基站,覆盖全球超过20亿人口。

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2月28日(北京时间)，由中移动主导的“TD-LTE全球发展倡议”(GTI)在西班牙巴塞罗那举办的2012年世界移动通信大会上，正式公布了TD-LTE今后三年的规模部署计划：到2014年，全球建成超过50万个TD-LTE基站，覆盖全球超过20亿人口。

与此同时，中移动也首次明确了TD-LTE在国内的发展路线。中移动总裁李跃在会上表示，中移动今年将进一步扩大试点规模，并计划2013年在内地启动试商用。同时，他还透露，香港地区商用服务将在年内推出。

对于GTI和中移动的表态，外界普遍认为，三年部署计划的出炉意味着TD-LTE全球商用正式启动，而作为TD-LTE商用的领导者和重要推手的中移动，则显示出其借助TD-LTE商用，谋划全球通信市场新格局的雄心。

TD-LTE是第四代(4G)移动通信技术与标准(目前欧美和我国均采用第三代技术与标准，即3G)

美格 — 62使用说明书

感谢选用美格62产品。MEGA62是本公司继MEGA64之后又一鼎力之作。为当今供水行业顶级专家厚积薄发，博采众家之长，精心打造的恒压供水行业的航空母舰。该控制器性能卓越，功能强大，为简单应用用户提供更加稳定可靠的性能；为复杂尖端应用用户提供了更加灵活自由的供水设计解决方案 。62沿用了64蓝底白字四行八位的液晶屏全中文显示模式，并可直接挂接彩色触摸屏，操作更加直观简单方便。该机器具有如下功能特点：

1、 多泵组设计，六台大泵加两台附属小泵，大泵、小泵皆可变频工频任意状态设定。所有泵皆

可实现故障互投或作处理对策。

2、 分体结构，主机与显示器或触摸屏、上位机可分离。专家自整定+模糊控制+现场优化经验处

理，更符合供水控制特点。

3、 界面美观，操作直观，全中文显示，分级菜单设定，无底层代码，无说明书也能自如设定应

用；高低级功能设置，特殊场合亦可满足复杂要求。

4、 控制模式、停车方式、大小分时、实时时间、目标值、当前值、频率、泵状态、各种报警均

可同步显示；换泵倒计时、巡检倒计时、公司信息、电话、消防、休眠等等一目了然。 5、 控制安全，各种工况处理对策可选。

6、 双恒压可选，可通过开关量设定稳压值，或者决定消防功能启用与关闭。