珠蛋白基因分析

这是我最近实验遇到的问题，拿出来请教一下各位

我的目的基因经real-time pcr 验证，在病灶区和非病灶区中，20多对样本，两两对照，最低的表达差异也要高出10倍。

但是我用western和组化研究蛋白时，发现表达几乎无差异。我在考虑可能是什么可能使得目的基因在mrna水平上变化如此之大（我认为这变化应该和我研究的疾病有关，可能是疾病的因，也可能是果，不然不会在疾病中表达差异这么明显这么一致，不知各位同意否），以便设计我下面的实验。 我想出来的可能性：

1、可能我的目的基因位于基因组拷贝数变化的一个区域内，可能是它相邻的基因在疾病中发挥了作用，但是我用real-time做过它相邻的基因，没有变化，因此我基本否认了这个猜测。

2、也可能是另一种蛋白高表达引起了这个疾病，而这个蛋白可能同时又调控我研究的目的基因的表达，不知这样的猜测应该如何设计实验进行验证比较好？

因为才疏学浅，只想到了这两种可能性，因为请问还有没有其他的可能性呢？望版上各位不吝赐教。

首先建议验证qPCR assay的重复性和可靠性。

2. 有无在mRNA水平由于alternative splicing而引起的两者水平不一致？

关于这个问题，要分开两步来分析。

第一，

以谷子(Setaria italica)为材料,提取总RNA。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用5'RACE方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白cDNA作探针进行的Southern杂交分析表明扩增出了目的基因。将所获得的片段克隆到T载体后进行测序,

植物学通报（6）：A""A，:;6!"[6!>

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摘要

关键词

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"谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析!李园莉!江元清!赵武玲"阎隆飞北京!"""#$）（中国农业大学生物学院，植物生理学与生物化学国家重点实验室以谷子（!"#$%&$&#$’&($）为材料，提取总%&’。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物，用(’%’)*方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白+,&’作探针进行的-./01234杂交分析表明扩增出了目的基因。将所

以谷子(Setaria italica)为材料,提取总RNA。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用5'RACE方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白cDNA作探针进行的Southern杂交分析表明扩增出了目的基因。将所获得的片段克隆到T载体后进行测序,

植物学通报（6）：A""A，:;6!"[6!>

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摘要

关键词

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"谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析!李园莉!江元清!赵武玲"阎隆飞北京!"""#$）（中国农业大学生物学院，植物生理学与生物化学国家重点实验室以谷子（!"#$%&$&#$’&($）为材料，提取总%&’。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物，用(’%’)*方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白+,&’作探针进行的-./01234杂交分析表明扩增出了目的基因。将所

人类结合蛋白分子活性基因

ATP 结合 (ATP binding) 1190: aak1 aars aarsd1 aarsl aatk abca1 abca11 abca12 abca2 abca3 abca4 abca8 abca9 abcb1 abcb10 abcb11 abcb4 abcb5 abcb6 abcb7 abcb8 abcb9 abcc1 abcc10 abcc13 abcc2 abcc3 abcc4 abcc5 abcc6 abcc8 abcc9 abcd1 abcd2 abcd3 abcd4 abce1 abcf1 abcf2 abcg1 abcg2 abcg4 abcg5 abcg8 abl1 abl2 acaca acacb acly acot12 acta1 acta2 actb actc actg1 actg2 actl6a actl6b actr1a actr1b actr3 acvr1 acvr1b acvr1c acvr2a acvr2b acvrl1 adrbk1 adrbk2 afg3l1 afg3l2 ak1 ak2 ak3 ak3l1 ak5 ak7 akt1 akt2 akt3 alk als2c

遗体ＨＥＲＥＤＩＴＡＳ（Ｂｅｉｊｉｎｇ）２０１０年３月，３２（３）：２１９—２２８

ＩＳＳＮ０２５３．９７７２ｗｗｗ．ｃｈｉｎａｇｅｎｅ．ｃｎ综述ＤｏＩ：１０．３７２４／ＳＰ．Ｊ．１００５．２０１０．００２１９

ＣｈＩＰ技术及其在基因组水平上分析ＤＮＡ与蛋白质相互作用

李敏俐１，王薇１，陆祖宏１，２

１．东南大学生物电子学国家重点实验室，南京２１００９６；

２．东南大学儿童发展与学习科学教育部重点实验室，南京２１００９６

摘要：染色质免疫沉淀（ｃｈｒｏｍａｔｉｎｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｉｏｎ，ｃｈＩＰ）技术是分析细胞内生理状态下ＤＮＡ结合蛋白与基

因组ＤＮＡ相互作用的技术。ＣｈＩＰ与高密度芯（ＣＨＩＰ．ｃｈｉｐ）或高通量测序（ＣＨＩＰ．Ｓｅｑ）相结合能产生大量的研究

数据，在细胞的基因表达调控网络研究中发挥重要作用。文章主要介绍ＧｈｌＰ、ＣｈｉＰ－ｃｈｉｐ和ＣｈＩＰ—Ｓｅｑ的技术特

点以及发展趋势，重点讨论了ＣｈＩＰ—Ｓｅｑ数据分析方法及相关的应用实例。

关键词：基因组：ＣｈＩＰ—Ｓｅｑ；ＣｈＩＰ．ｃｈｉｐ

ＧｅｎｏｍｉｃａｎａｌｙｓｉｓｏｆＤＮＡ－ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｂｙｃｈｒｏｍａｔｉｎ

ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ

ＬＩＭｉｎ．Ｌ

棉花SUPERMAN类锌指蛋白基因GZFP的启动子及功能分析

棉花学报CottonScience2011，23（6）：483~489

研究与进展

棉花SUPERMAN类锌指蛋白基因GZFP的

启动子及功能分析

杨郁文1，周建武2，张保龙1*，范晓慧1，任永哲1，陈天子1

（1.江苏省农业科学院农业生物技术研究所/江苏省农业生物学重点实验室,江苏南京210014；2.扬州大学生物科学与技术学院，江苏扬州225009）

摘要：GZFP是来源于陆地棉的一个SUPERMAN类锌指蛋白基因。为了进一步了解该基因功能，本研究通过染色体步移（Genomewalking）获得其启动子区域，并构建该片段与GUS连接的重组载体pBI-pGZFP-5::GUS，通过花浸染法转化拟南芥。转基因植株的GUS染色结果表明GUS基因主要在根部以及花器官表达，而叶片中的表达量很低，并且根部的表达量在整个生育期都很强。通过半定量RT-PCR分析不同诱导下GZFP基因的表达变化，发现ABA、干旱、盐胁迫诱导可以提高其表达量。构建GZFP过量表达载体并通过叶盘法转化烟草，烟草转化株的表型无明显变化，但是转化株中NtOPBP1和NtERD10的表达量较未转化株明显增强，而这两个基因都参与了植物的

《基因指导蛋白质的合成》教学设计

一、教学目标的确定

依据《课程标准》，将本节课的三维目标确定为： 1．知识与技能

(1)了解RNA基本单位、化学组成和种类，比较RNA与DNA在结构和分布等方面的不同点；

(2)理解转录和翻译的过程；

(3)区分相关概念：密码子与反密码子；

(4)解释DNA碱基、RNA碱基和氨基酸之间大致的数量关系； (5)比较DNA复制、转录和翻译三者的不同点。 2．过程与方法

(1) 运用数学方法，分析碱基与氨基酸之间的对应关系，培养学生分析和推理的能力。 （2）利用课本插图和课件，培养学生的读图能力和归纳能力。 3．情感态度与价值观

（1）体验基因表达过程的和谐美，基因表达原理的逻辑美、简约美。

（2）认同人类探索基因表达的奥秘的过程仍未终结，激发学生探知未知世界的欲望。 二 、教学重点和难点 1．教学重点 遗传信息转录过程。 2．教学难点 遗传信息转录过程。 三、教材分析

本节内容是必修2《遗传与进化》中第4章《基因的表达》的开篇，在明确了“基因在哪里”和“基因是什么”的问题后，教材紧接着介绍基因是如何起作用的，即基因表达的问题。这节内容通过“为什么RNA适于作DNA的信使？”、“DNA的遗传信息是怎么传给mR

第 20 卷 第 2 期 生命科学研究

2016 年 4 月 Life Science Research Vol．20 No．2 Apr. 2016

DOI:10.16605/j.cnki.1007-7847.2016.02.006 人 Latexin 基因及蛋白质的生物信息学分析

王兆松，赵文铖，周

蒙，魏 梅，董秋萍，许世磊

*

（天津医科大学肿瘤医院 国家肿瘤临床医学研究中心 天津市肿瘤防治重点实验室，中国天津 300060）

摘 要: Latexin（Lxn）是人的羧肽酶抑制剂, 并有肿瘤抑制因子的作用。 利用生物信息学分析 Lxn 基因的启动子和

CpG 岛以及 Lxn 蛋白质的理化性质、结构特点、功能特征后发现, Lxn 基因存在两个启动子和 CpG 岛, 且 一个 CpG 岛与启动子重合; Lxn 是全长 222 个氨基酸, 等电点 5.52, 无信号肽、 无跨膜结构的亲水不稳定蛋白 质; 蛋白质二级结构有 4

个 α 螺旋和 9 个 β 折叠, 三级预测结构可信度为 99.55%, 拉曼图表明结构稳定; 与

Lxn 相互作用的蛋白质主要是羧肽酶, 另外 Lxn还参与炎症反应和温度引起的痛觉反应等生物过程; 启

#流程大放送#蛋白质修饰分析流程

1.背景和意义

由mRNA表达产生的蛋白质需要经过蛋白质翻译后的化学修饰，即蛋白质修饰，来完成蛋白质的特定功能。化学修饰会引起蛋白质的结构和理化改变，进而引起蛋白质的活性和功能改变。蛋白质修饰包括磷酸化、乙酰化、糖基化等，是调节蛋白质功能的重要方式。例如，蛋白质的磷酸化与细胞信号传导、细胞周期调节、生长发育以及癌症机理等诸多生物学问题具有密切关系；蛋白质的乙酰化是调节蛋白质活性的一种重要方式；蛋白质的糖基化对蛋白质的三维结构和功能具有重要影响；蛋白质的棕榈化对于跨膜蛋白质的活性具有重要的调节作用；蛋白质的硝基化和亚硝基化在蛋白质的氧化损伤方面具有重要作用。因此，对蛋白质修饰进行详细分析对阐明蛋白质的功能具有重要意义。 2. 使用范围：

细胞信号传导、细胞周期调节、生长发育，氧化机制研究，肿瘤与癌症机理研究等。 3.分析步骤：

1. 找到特定蛋白对应的序列文件

根据蛋白质的名称，找到蛋白质组中的特定蛋白对应的序列文件，下载后进行后续数据处理，序列下载可用网站包括NCBI、EBI等。 2. 预测蛋白质的磷酸化位点、乙酰化位点和糖基化位点

对蛋白质组学得到的重要蛋白质，进行功能位点预测，找到其中可能的磷酸化、乙酰化

一、植物性蛋白饲料简介

植物性蛋白质饲料主要来源于榨油工业的副产品和叶蛋白质饲料，如豆粕（饼）、菜籽粕（饼）、棉籽粕（饼）、花生粕、葵花籽粕等。

1.豆饼（粕）

豆粕和豆饼是制油工业不同加工方式的副产品。豆粕是浸提法或预压浸提法取油后的副产物,粗蛋白质含量在43%～46%，豆饼的加工工艺是经机械压榨浸油，粗蛋白质含量一般在40%以上。豆粕（饼）是最优质的植物性蛋白质饲料，富含赖氨酸和胆碱，消化水平高，适口性好，易消化等，但蛋氨酸不足，含胡萝卜素、硫胺素和核黄素较少。

2.菜籽饼（粕）

菜籽饼（粕）是我国南方地区最有潜力的蛋白质饲料资源，年产量近700万吨，其中仅5%～10%用作饲料。菜籽饼(粕)均含有较高的蛋白质,达34%～38%。氨基酸组成较平衡，含硫氨基酸含量高是其突出的特点，且精氨酸与赖氨酸之间较平衡。菜籽饼（粕）的粗纤维含量较高，影响其有效能值。菜籽饼粕含磷较高，磷高于钙，且大部分是植酸磷。微量元素中含铁量丰富，而其他元素则含量较少。

3.棉籽饼（粕）

棉籽饼（粕）在我国产量较多，年产约400万吨，用于饲料的仅占16%左右。因此，棉籽饼（粕）也是一种很有开发潜力的植物蛋白饲料资源。棉籽饼（粕）粗蛋白质含量为36%～41%，氨基酸组成中