研究miRNA的意义
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miRNA研究方法
miRNA研究方法
尽管早在1993年,科学家就发现了第一个microRNA,但直到2003年以后,这种小RNA分子的大作用才不断被发现。研究显示:miRNA通过与转录本的相互作用,关闭或抑制基因的表达,影响了30%的基因。miRNA在多个组织中,例如正常和肿瘤组织中差异表达。因此,通过表达谱分析寻找疾病相关miRNA并进行发病机理研究,最终应用于肿瘤诊断和治疗,已经成为目前miRNA研究的重要方向。在研究中,从深度测序、miRNA芯片到通过导入化学合成的mimics/antagomirs等实现miRNA过表达和抑制,都是研究中常用的方法。同时,在miRNA研究中,生物信息学分析扮演着越来越重要的角色。
下表介绍了miRNA研究和应用中科学家关注的主要科学问题以及目前常用的研究方法。
miRNA主要研究技术
深度测序 抽提分离小分子(例如18-30nt)RNA,通过RT-PCR扩增之后,利用solexa深度测序,并进行生物信息学分析,获得miRNA表达谱。深度测序结合生物信息学分析手段,可以对海量数据进行分析,分别统计出已知的miRNA(miRNA-known)、新的miRNA(miRNA-new)以及可能的新miRNA(miRNA-cadida
使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的
已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!
使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别
Frank 20120715
miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合,抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳
定性,从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育,分化,生长等生命活动中起着非常重要的调控作用,因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域,并期待能一窥miRNA的科学奥妙。
成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的,初级转录物称为pri-miRN
使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别
已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!
使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别
Frank 20120715
miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合,抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳
定性,从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育,分化,生长等生命活动中起着非常重要的调控作用,因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域,并期待能一窥miRNA的科学奥妙。
成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的,初级转录物称为pri-miRN
miRNA与肺癌关系的研究进展
东南国防医药 2 0 1 4年1月第 1 6卷第 1期
M i l i t a r y M e d i c a 1 J o u n r a l o f S o u t h e a s t C h i n a, V o 1 . 1 6, N o . 1, J a n . 2 0 1 4
7 3
综
述
m i R N A与肺癌关系的研究进展许德兵,吴凌云综述,宋勇 审校
[摘要] m i R N A是一类长约 2 1~ 2 5个核苷酸的小分子非编码 R N A,能调节转录后靶基因的表达,它在机体内对生长发
育、细胞繁殖、代谢、凋亡等生理过程发挥着重要作用。mi R N A具有癌基因或抑癌基因的双重作用,其表达水平的变化与肿瘤形成密切相关。肺癌是危害人类健康的恶性肿瘤之一,由于常常不能及时诊断,大部分肺癌患者发现时多已经是晚期,因而预后较差。近年来, mi R N A与肺癌的关系备受关注。 [关键词]肺癌; mi R N A;诊断[中图分类号] R 6 0 5 . 9 7 [文献标志码] A d o i: 1 0 . 3 9 6 9/ j . i s s n . 1 6 7 2— 2 7 1 X . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 4
miRNA与肿瘤研究进展 - 图文
分子生物学进展综述
miRNA与肿瘤的研究进展
摘要 微小RNA(miRNA)是一类长约22 nt 的非编码单链RNA,由前体经酶作用而得,它是细胞的内源性物质,普遍存在于动植物中,高度保守。miRNA参与早期胚胎发育、细胞增殖与凋亡、细胞分化、脂肪代谢等一系列重要的生命活动。近几年的许多研究表明miRNA与肿瘤的发生关系密切。本文主要就miRNA简介及其与肿瘤的关系作一简要综述。
关键字 miRNA;肿瘤;进展
Research progress of the relationship between
miRNA and cancer
[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) is a class of non-protein coding single-stranded small molecular RNA with a size of about 22 bases,which is cut by the enzyme from the precursor.It is Highly conserved cell endogenous substances. miRNAs involve tum
miRNA与肿瘤研究进展 - 图文
分子生物学进展综述
miRNA与肿瘤的研究进展
摘要 微小RNA(miRNA)是一类长约22 nt 的非编码单链RNA,由前体经酶作用而得,它是细胞的内源性物质,普遍存在于动植物中,高度保守。miRNA参与早期胚胎发育、细胞增殖与凋亡、细胞分化、脂肪代谢等一系列重要的生命活动。近几年的许多研究表明miRNA与肿瘤的发生关系密切。本文主要就miRNA简介及其与肿瘤的关系作一简要综述。
关键字 miRNA;肿瘤;进展
Research progress of the relationship between
miRNA and cancer
[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) is a class of non-protein coding single-stranded small molecular RNA with a size of about 22 bases,which is cut by the enzyme from the precursor.It is Highly conserved cell endogenous substances. miRNAs involve tum
miRNA与肿瘤研究进展 - 图文
分子生物学进展综述
miRNA与肿瘤的研究进展
摘要 微小RNA(miRNA)是一类长约22 nt 的非编码单链RNA,由前体经酶作用而得,它是细胞的内源性物质,普遍存在于动植物中,高度保守。miRNA参与早期胚胎发育、细胞增殖与凋亡、细胞分化、脂肪代谢等一系列重要的生命活动。近几年的许多研究表明miRNA与肿瘤的发生关系密切。本文主要就miRNA简介及其与肿瘤的关系作一简要综述。
关键字 miRNA;肿瘤;进展
Research progress of the relationship between
miRNA and cancer
[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) is a class of non-protein coding single-stranded small molecular RNA with a size of about 22 bases,which is cut by the enzyme from the precursor.It is Highly conserved cell endogenous substances. miRNAs involve tum
Human miRNA PCR Array
Human Brain Cancer miRNA PCR Array: MIHS-108Z
Anaplastic Astrocytoma: miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-125b-5p, miR-127-5p, miR-129-5p, miR-137, miR-138-5p, miR-187-3p, miR-203a, miR-218-5p, miR-296-5p,
miR-31-5p, miR-320a, miR-7-5p.
Glioblastoma: miR-101-3p, miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-128, miR-129-5p, miR-130a-3p, miR-132-3p, miR-133a, miR-133b, miR-137, miR-138-5p, miR-149-5p, miR-153, miR-16-5p, miR-181a-5p, miR-181b-5p, miR-185-5p, miR-187-3p, miR-191-5p, miR-203a, miR-21-5p, miR-210, miR-218-5p, miR-221-
基于机器学习的miRNA靶基因预测算法研究概况
基于机器学习的miRNA靶基因预测算法研究概况
摘要:首先小结目前所发现的mirna:mrna对的统计特征,然后对基于机器学习的各类靶基因预测算法逐一作研究,最后对现有靶基因预测算法的研究现状及优缺点给出系统的结论。 关键词:micrornas;靶基因预测;生物信息学;rna干扰 图1mirna:target绑定结构
由于已知靶标数目有限,而预测结果不精确,因此上述特征不全面且易导致偏倚。
2各类机器学习靶基因预测算法 2.1pictar
pictar认为基因3’utr序列是由mirna绑定点及背景序列组成。在考虑一个utr被m个mirna同时作用的情况时,该隐马尔科夫模型有1+m个隐含状态,状态间概率为pi,示转换为背景序列的概率,pi
i∈{0,…,m} ,p0表
i∈{1,…,m}表示从当前状态到第
i个mirna绑定点位的概率。当某mirna绑定点位状态被选择,代表mirna绑定点位7nt或8nt长的序列会被产生,而此绑定点位是完全种子匹配的概率为p,非完全种子匹配的概率为1-p;否则会产生碱基以表示转移到背景序列状态。pictar利用baum
welch
算法来计算3’utr序列是由此隐马尔科夫模型产生的最大似然概率。 2.2mitarget
调控DNA损伤修复的miRNA
调控DNA损伤修复基因的microRNA
摘要:肿瘤的发生是个多级的过程,正常细胞的基因组受到各种各样的损伤而无法修复时,就有可能发生癌变转化为肿瘤细胞。细胞为了保护其基因组的完整性,会需要一套复杂的DNA损伤修复系统,当细胞的DNA受到损伤时,细胞就会启动该系统,引起细胞周期阻断、凋亡或者进行DNA损伤修复。放、化疗是通过引起DNA损伤而杀死肿瘤细胞的,也是一种主要的肿瘤治疗方法。损伤DNA修复蛋白,使细胞损伤无法修复,就能增加肿瘤放、化疗的效率。近年来,越来越多的证据证明microRNA(miRNA)参与DNA损失修复网络的调控过程。miRNA是一类内源性的小的非编码RNA,能在转录后水平调节基因的表达。由于其本身的特性,miRNA在许多生命进程中扮演着重要角色,本文探讨了miRNA在DNA损伤修复通路和肿瘤中的作用。
关键词:DNA损伤修复通路;miRNA;调控 1、前言
DNA损伤修复(DDR)通路是一个复杂的信号传导通路,在DNA损伤之后被激活。人体基因组DNA每时每刻都在遭受着来自体内外的各种因子的攻击而被损伤,细胞为了保护基因组的完整性,会启动DNA损伤修复系统,使细胞发生周期阻滞,最终细胞被修复或者凋亡[1]。许多研究已证实,