lammps软件

1. 2. 3. 4. 5.

atom_style 粒子和模拟的类型 input script (in.*) 输入文件

log file (log.*) 日志文件（输出文件的一种） dump file (dump.*) 输出文件

units command 定义模拟的单位 units lj （lj势能函数）metal real si （国际单位）cgs electron micro nano势函数的单位是无量纲的，定义质量mass、长度单位sigma、能量单位epslion和boltzmann constant=1，不能用在被read_data和creat_box定义的模拟中。

6. atom_style command 格式atom_style style args body nparticle 2 10？？一旦定义就

无法修改，包含了坐标、速度、原子编号、种类不能用在被read_data和creat_box定义的模拟中。

7. read_data command 可以指定原子的坐标 组成：文件头和文件主体 不同部分可以用

黑线割开，顺序没有影响 keyword fix 把数值放在开头dist value = uniform or g

例一

units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式

lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61

region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称

run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能

variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数

print \打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子

min_style sd # 能量最小化模式，sd

minimize 1.0e-12 1

【转帖】Lammps学习指南 1

作者: duxiao3150 收录日期: 2009-12-11 发布日期: 2009-12-11

本文结构:

0. 写在最开始的话

1. 首先确定lammps是不是适合你

2. 下载和编译

3. 如何使用lammps进行计算

4. 关于manual.pdf(20/JUL/07)的阅读建议

5. Comannds 的简单讲解

6. 解决问题的途径

7. 写在最后面的话

温馨提示：

(1) 点击标题可直接到相关的“章节”.

(2) 为避免混淆, 上面的各“章”, 在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指; 而文中其它地方出现的“章节”是指lammps手册中的章节.

(3) 文中跟某些名词相关的网页已加注超链接, 直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息.

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例一

units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式

lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61

region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称

run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能

variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数

print \打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子

min_style sd # 能量最小化模式，sd

minimize 1.0e-12 1

LAMMPS拉伸模拟有两种常用的方法：fix deform 和 velocity，也就是应变率拉伸和速度拉伸。

首先来说fix deform，这个命令使系统在给定的应变率下均匀拉伸。由于是对应变率进行控制，因此在用这个方法时通常要先定义应变率。

应变率定义的方法基本都一样，就是： variable tmp equal \variable L0 equal ${tmp}

variable strain equal \

另外这种拉伸方法的效果是让盒子整体变大，因此需要施加周期性边界条件P在拉伸方向上。

fix deform不能模拟真实拉伸过程中夹头对端部的固定，因此可以认为它是单纯的考虑了变形部分的变化特征。

再来谈谈velocity 拉伸，这个加载方法是让系统一端固定，另一端以均匀的速度移动，以此实现系统的拉伸，这个拉伸过程似乎更符合实际情况。同样为了让LAMMPS可以“夹住”系统的两端，在使用这种拉伸方法时，需要定义两个“夹头”。这个“夹头”就是定义的固定端region，这两个region中的原子的相对位置不随拉伸过程而变化。而定义了reign之后还要把这个region中的原子定义为group。

有的同学很不理解为什么要对一个区域定义两次变量，

Lammps手册

第一章：引言

1.1 什么是lammps

Lammps是一个经典分子动力学代码能够模拟三种状态中的全部颗粒，通过使用各种力场和边界条件也能模拟原子的、聚合的、生物的、金属的、颗粒的和粗精度系统。

Lammps模拟的例子看the publication page 。能模拟颗粒达到百万十亿的原子系统，看section perf 和benchmarks section。它是开放性资源，这意味着我们能够使用而且可以修改我们想要的代码，下面有简短的论述。它能够被修改和阔存内存，如新的力场、原子种类、边界条件等，更详细的看section modify 。

在大多数普遍情况下LAMMPS是集成牛顿运动方程为原子，分子，或宏观颗粒经由短程或长程力相互作用与各种初始和/或边界条件的集合。为了效率的计算LAMMPS使用近邻列表来跟踪附近的粒子。在被排斥的短距颗粒系统中，该列表被优化。从而使粒子的局部密度不会过大。在并行机，lammps的使用空间分解技术使模拟域分区为3D小子域，每个子域分配给每个处理器。处理器传送和存储同子域相邻的“ghost”原子信息。 LAMMPS是最有效的（在一个平行的意义上）的系统，其颗粒填充大致均匀密度的三维

【转帖】Lammps学习指南 1

作者: duxiao3150 收录日期: 2009-12-11 发布日期: 2009-12-11

本文结构:

0. 写在最开始的话

1. 首先确定lammps是不是适合你

2. 下载和编译

3. 如何使用lammps进行计算

4. 关于manual.pdf(20/JUL/07)的阅读建议

5. Comannds 的简单讲解

6. 解决问题的途径

7. 写在最后面的话

温馨提示：

(1) 点击标题可直接到相关的“章节”.

(2) 为避免混淆, 上面的各“章”, 在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指; 而文中其它地方出现的“章节”是指lammps手册中的章节.

(3) 文中跟某些名词相关的网页已加注超链接, 直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息.

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Lammps初学者——in文件中文解析

1初始化

Units

Units命令是用来设定模拟的原子类型。

Units stylelammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron

LJ是硬球模型

Real是真实的原子模型

Metal是金属原子模型

Si是硅半导体原子模型 Cgs

Electron是电子模型

Dimension

Dimension命令是用来定义模拟的维度默认情况为三维。

Dimension N N=23

Boundary

Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。

Boundary x y z xyz=psfm四种类型中的一种或者两种

P是周期性边界条件 S是自由边界条件但是具有收缩性

F是固定边界条件

M是具有最小值的自由边界条件但是具有收缩性

Atom-style

Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。

Delete-atoms

Pair-style

Pair-style定义了相互作用力场类型即势函数。

2原子定义

Lammps/LIGGGHTS安装即使用步骤：

1. 按照安装 Ubuntu LINUX 系统、OpenFOAM程序、CFDEM程序（默认安装了LAMMPS及

LIGGGHTS包）。

2. Make (编译可执行程序)，见. 在～LIGGGHTS-PUBLIC/src目录下，键入

“make package fedora_fpic -j 32“ ，会编译生成一个 lmp_fedora_fpic可执行程序。 将编译好的可执行程序复制到系统默认程序安装目录，便于使用 “sudo cp lmp_fedora_fpic /usr/local/bin/liggghts”；或者每次将可执行文件拷贝到存放in.filename的目录下。

3. 运行lammps。参考后半部讨论记录，在in.filename所在的目录下，键入命令

“./lmp_fedora_fpic

4. 安装和运行lpp （python程序下的一个将dump***.filename文件转换成VTK格式的文件，该类型文

件可供Paraview后处理程序使用）。参照 ，按照下面提示安装和使用lpp。在post目录下运行“lpp dump***.filename”, 会在同一目录下生成dump***.vt

作者: 御剑江湖 收录日期: 2011-03-31 发布

日期: 2011-03-24

Commands

描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.

1.1 LAMMPS input script

我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下

几点:

(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.

timestep 0.5 run 100 run 100 和

run 100 timestep 0.5

run 100

(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.