AMBER公司上海

(Note: These tutorials教程 are meant to provide illustrative 有说服力的examples of how to use the AMBER software suite一套 to carry out simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable合理的 period of time. They do not necessarily provide the optimal最佳的 choice of parameters or methods for the particular application area.) Copyright Ross Walker 2010 TUTORIAL B1

Simulating 模拟a DNA polyA-polyT Decamer十倍体 (Updated for Amber 10 & AmberTools 1.2) By Ross Walker Pictured above is the average structure from a 1 nanosecond纳秒

第一步：生成小分子模板

蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber 程序就是生成小分子模板的。

生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中附带的mopac完成，也可以由gaussian完成，这里介绍用gaussian计算的过程。

建议在计算前用sybyl软件将小分子预先优化，不要用gaussian优化，大基组从头计算进行几何优化花费的计算时间太长。gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可

将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：

antechamber -i 49.mol2 -fi mol2 -o 49.in -fo gzmat

这样可以生成49.in文件，下载到windows环境，运行gaussian计算这个文件，如果发现计算时间过长或者内存不足计算中断，可以修改文件选择小一些的基组。

In Search of the Amber Room说课稿

各位评委老师，上午好！我叫马秀峰。今天我说课的题目是《In search of the Amber Room》。我说课的内容是高中英语必修2 Unit1 阅读部分。

我说课的内容包括以下几个部分：教材分析、学情分析、说教法学法、教学程序、板书设计及教学反思。首先我们来进行教材分析。 一、教材分析

本单元围绕“文化遗产”这个题材开展多种教学活动。本节课是本单元的重点，主要介绍俄罗斯琥珀屋的故事，进一步提高学生对国际文化遗产的保护意识，强化爱国意识。同时通过操练，进一步提高学生听、说、读、写综合素质能力。本单元以Cultural Relics为话题，旨在通过本单元教学使学生了解世界文化遗产，学会描述他们的起源、发展和保护等方面的情况。复习并掌握定语从句，能在英语口语交际过程中判断别人给出的依据，并给出自己的观点，能回信，并就如何保护和处理世界文化遗产给出自己的观点。 二、学情分析

针对中国学生学习外语存在一定困难的实际情况，首先向学生展示晶莹剔透、金碧辉煌的琥珀屋的图片从而激发学生对课文阅读的兴趣。接着教师介绍俄罗斯遗失琥珀屋的背景知识，让学生了解德国纳粹盗窃琥珀屋的卑劣行径

In Search of the Amber Room说课稿

各位评委老师，上午好！我叫马秀峰。今天我说课的题目是《In search of the Amber Room》。我说课的内容是高中英语必修2 Unit1 阅读部分。

我说课的内容包括以下几个部分：教材分析、学情分析、说教法学法、教学程序、板书设计及教学反思。首先我们来进行教材分析。 一、教材分析

本单元围绕“文化遗产”这个题材开展多种教学活动。本节课是本单元的重点，主要介绍俄罗斯琥珀屋的故事，进一步提高学生对国际文化遗产的保护意识，强化爱国意识。同时通过操练，进一步提高学生听、说、读、写综合素质能力。本单元以Cultural Relics为话题，旨在通过本单元教学使学生了解世界文化遗产，学会描述他们的起源、发展和保护等方面的情况。复习并掌握定语从句，能在英语口语交际过程中判断别人给出的依据，并给出自己的观点，能回信，并就如何保护和处理世界文化遗产给出自己的观点。 二、学情分析

针对中国学生学习外语存在一定困难的实际情况，首先向学生展示晶莹剔透、金碧辉煌的琥珀屋的图片从而激发学生对课文阅读的兴趣。接着教师介绍俄罗斯遗失琥珀屋的背景知识，让学生了解德国纳粹盗窃琥珀屋的卑劣行径

Molecular Dynamics simulation

——从能量最小化到实际模拟

1 基本流程图

MinimizationEquilibriumProduction Run

1）概述

前面我们已经得到了Amber用来动力学模拟的prmtop和inpcrd文件，它们分别是参数文件和坐标文件。

我们先从一条命令说起来解释Amber是如何做动力学模拟的： sander –O –i mdin –o mdout –p prmtop –c inpcrd –r rst –x mdcrd 动力学过程是一个连续地解牛顿运动方程的过程：上一个牛顿方程结束时，蛋白质中各原子的位置和速度保留给下一个牛顿方程，惟一改变的是原子的加速度，它会根据各种势能函数重新计算（势能随原子坐标改变：E=f（r,…））。只不过每个牛顿方程的时间很短，短到fs（10-15s）级，Amber软件提供的sander主程序可以用来自动地做这样的数值计算。

它需要参数文件（prmtop）、坐标文件（inpcrd）、sander程序配置文件（mdin）来启动运行，我们已经有了前两种文件，本节内容最主要的就是讲解如何配置我们需要的动力学模拟。sander程序运行过程中会输出临时文件（rst）

学习 知识点 目标 通过展示一些图片，让学生讨论图片的共性，继而引出文化遗产的概念。 媒体 类型 媒体内容要点 课件展示文化遗产的图片。 教学 作用 导入新课，让学生对文化遗产有初步认识。 使用 所得结论 方式 演示—提问—讨论—总结 学生对文化遗产有了初步认识，为课文作了铺垫。 占用 媒体来源 时间 3分钟 自制课件 导入新课 课件展示 In Search of the Amber Room 通过琥珀图片的展示和标题让学生预测文章大意。 学生学习预测文章大意 课件展示 课件展示琥珀图片 引发学生兴趣，培养学生预测大意的能力。 演示—学生思考 感叹琥珀的美，惊讶于用琥珀打造的宫殿，心中有各自的预测。 2分钟 自制课件 教学媒体选择通过略读读掌握课文大意 通过寻读找出文章基本信息 略读训练 课件展示 课件展示教师的提示信息 课件展示所要找出的信息 课件展示文中人物时间及事件 培养学生快速获取文章大意的能力 培养学生快速浏览的能力 演示—提问 演示—提问 了解文章大意 2分钟 自制课件 分析表 寻读训练 课件展示 学生找出人物时间及事件 4分钟 自制课件 通过分段精读让学生能进一步的了解课文内容，并根据基本信息完善文章线索。 精读训练 课件展

星空媒体，媒体营销的高端平台https://dd3a9d00571252d380eb6294dd88d0d232d43c6c 上海软文推广公司，上海软文推广公司哪家写的软文好

“入门容易精通难”，这是软文推广的一大特点，就好像考试一样，考60分不难，但要从80分提升到90分却是困难重重。然而，做软文推广的人不计其数，仅仅是入门根本无法有所成绩，只要“从80分提升到90分”，才能鹤立鸡群、脱颖而出。有苦难就会有解决的方法，从入门到精通虽然困难，可也不是无路可走，只要做好下面5个方面的内容，前行之路就非常明朗。

一、提升软文写作功底

软文是软文推广的基础，这是永远不会变的。没有质量过关的软文，一切就无从谈起。尽管现在市场上有很多平台可以提供软文代写的服务，像以软文发稿业务为主的星空媒体平台，总体上的代写水平也是不错的，但要是本身也具备相应的软文写作功底，在没足够时间和精力自己操刀、找人代写之后，就可以实现“强强联合”，将软文打造得更完美。因此，提升软文写作的功底，是要做好的第一件事情。

二、针对性参加社交活动

软文推广面向的群体是谁，他们有着什么样的特点、喜好是什么……这些内容都不是坐在办公室就可以得到完整答案，固然借助大数据能够省去很多事情，但如果参加一

上海到随州物流公司

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我们从八个方面解除客户后顾之忧：

①上海财兴运输公司正规：公司系有资质的合法运输企业。

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④上海财兴国内陆运准时：每晚24点发车，准时、准点、安全快捷。

⑤上海才专线便捷：整车、零担、公路、铁路均可操作。

⑥上海财兴回程配载规范：规模化经营、信息化经营、低运价经营、零风险经营

⑦上海财兴搬家公司周全：区分客户的高低档和精密货物，提供全封闭的包装服务。

⑧上海财兴大件运输灵活：运费结算方式灵活，根据不同情况可现结、货到付款、月结、季结。

上海财兴物流有限公司是一家专业从

上海到临沂物流专线021—6284 5517

财兴有着很多物流公司都没有的优势，那就是财兴有着自己的包装部门。在物流行业中，像财兴物流这样前卫的公司不是很多，在运输货物中，对易碎品和贵重物品的运输吉安顺达相比之下就有着绝对的优势。有的客户运输的是古典家具，有的客户运输的是一幅名画，有的客户运输的是一件精美的工艺品，有的客户运输的是冰箱、彩电或是钢琴。这些货物如果没有包装，大家可想而知，在长途运输的途中有谁敢保证它们的安全，有谁敢保证这些货物到达目的地时是完好无损的呢？没有。只有一个办法，就是制作木箱包装。

但是制作木箱包装也是很有学问的，不是像人们想象的那样找几个板子就能制作木箱包装。像家电、家具这样的货物就可以制作一些半封闭式的木箱，这样既能减少费用也能保证货物的安全。画、工艺品这样的贵重物品就要制作全封闭的木箱包装。这样才能完完全全的保护至货物的安全，再加上里面放置一些泡沫，就万无一失啦。吉安顺达就是有这个先见之明，想在别人的前面，自己创建包装部，大大的减少了包装方面的开销。如果去别的公司制作木箱包装的话成本就要增加，同时也为广大客户节省了时间，不用找了物流又要找包装，找完包装在去找物流的尴尬局面。吉安顺达就是想到了这一点，给客户们提供了物流

上海注册公司查名是上海注册公司的第一步,就是要求投资人将自己准备好的公司名称送到工商局审查是否可以使用,只有取得合法有效的公司名称,才能办理其他的公司注册手续。

上海注册公司查名的概念

　　上海注册公司查名是上海注册公司的第一步，就是要求投资人将自己准备好的公司名称送到工商局审查是否可以使用，只有取得合法有效的公司名称，才能办理其他的公司注册手续。
所需材料

1、投资人的身份证 　　
2、公司名称若干个、主要经营范围 3、工商局提供的《企业（字号）名称预先核准申请表》 　　
注意： 如果是代理人办理的，需要提供代理人的身份证以及委托书等材料 　　

分公司查名所需资料： 　　
《企业名称预先核准申请书》； 《指定代表或者共同委托代理人的证明》； 母公司营业执照原件及复印件，复印件加盖公章。
公司名称结构

一般来说，公司名称就是：行政区划+名称+行业+组织形式
比如上海云子企业登记代理有限公司，这家公司的名称结构就是：
上海（行政区划） 　　
云子（公司名称） 　　
企业登记代理（行业） 　　
有限公司（组织形式） 　　
行政区划的要求： 　　
一、企业名称中的行政区划是本企业所在地县级以上行政区划的名称或地名。 二、具备下列条件的企业法人，可以将名称中的行政区划放在字号之后