查找基因序列的网站
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如何查找基因序列
很有用啊
如何查找基因序列
1. 根据文献中已知的基因ID
如果你在文献中看到你感兴趣的基因,而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了,直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把Genbank ID号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到了。(如GenBank accession number gi 16151096)”。
2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找
打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene,然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”,点击GO。搜索结果出来了,点击箭头所指的Limits, Limits的意思其实就是高级检索,你可以在这里对检索词进行很多限制,这样能大大精简查询结果。我们接着来,在Limits这个界面,先选择查询的限定范围:先选Gene name(基因名称);然后再选择Limit by Taxonomy(生物分类限定)中的Homo sapiens(人类),然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是,在Genb
NCBI如何查找序列 - 图文
1、 请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件,解释以一下各个部分代表的含义。
① 开Genbank主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/),②database选择
“Nucleotide”,输入“Monkey(猴子)“,点击“Search”
② 单击“search”后得到以下页面:
③ 然后选择第一个序列文献打开;找到如下图的位置,选择“file“,保存到电脑。
序列内容如下:
序列内容各部分意思如下:
Go to:
LOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI (名称)(碱基数)(分子类型)(分子类型)(灵长类) 27-APR-1993 (修正日期)
DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. (定义行,精要描述序列特征) ACCESSION K01786 (检索号)
VERSION K01786.1 GI:176550 (版本信息)
KEYWORDS origin of replication. (关键词
基因组序列拼接 - 图文
基因组组装模型论文
2014年成都理工大学 校内数学建模竞赛论文
题 目 编 号 队编号 参 赛 队 员 姓 名 张萌立 何理 张玲玲 C题-基因组组装 9 学号 201313030206 201305090108 201308050710 专业 计科 空间 财务管理
二0一四年五月二十五日
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基因组组装模型论文 基因组组装
队编号:9 摘要:本文所要研究的就是全基因组的从头测序的组装问题。
首先,本文简要介绍了测序技术及测序策略,认真分析了基因系列拼装所面临的主要挑战,比如reads数据海量、可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况,探讨了当前基因组序列拼接所采用的主要策略,即OLC(Overlap/Layout/Consensus)方法、de Bruijn图方法,且深入探讨了de Bruijn图方法。
其次,针对题中问题,以一条reads为基本单位,分为reads拼接和contig组装两个阶段,其中contig是由reads拼接生成的长序列片段。Reads的拼接阶段主要包括数据预处理、de-Bruijn 图、contig构建等,而contig的组装阶段主要包括序列的相对位置的确定以及重叠部分over
谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析
以谷子(Setaria italica)为材料,提取总RNA。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用5'RACE方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白cDNA作探针进行的Southern杂交分析表明扩增出了目的基因。将所获得的片段克隆到T载体后进行测序,
植物学通报(6):A""A,:;6!"[6!>
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####################################################!"!!!!"研究论文!
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摘要
关键词
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"谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析!李园莉!江元清!赵武玲"阎隆飞北京!"""#$)(中国农业大学生物学院,植物生理学与生物化学国家重点实验室以谷子(!"#$%&$&#$’&($)为材料,提取总%&’。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用(’%’)*方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白+,&’作探针进行的-./01234杂交分析表明扩增出了目的基因。将所
谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析
以谷子(Setaria italica)为材料,提取总RNA。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用5'RACE方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白cDNA作探针进行的Southern杂交分析表明扩增出了目的基因。将所获得的片段克隆到T载体后进行测序,
植物学通报(6):A""A,:;6!"[6!>
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摘要
关键词
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"谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析!李园莉!江元清!赵武玲"阎隆飞北京!"""#$)(中国农业大学生物学院,植物生理学与生物化学国家重点实验室以谷子(!"#$%&$&#$’&($)为材料,提取总%&’。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用(’%’)*方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白+,&’作探针进行的-./01234杂交分析表明扩增出了目的基因。将所
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
第四章基因组序列注释
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
基因序列和非基因序列
编码序列和非编码序列
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
第一部分基因位置确定
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
Sequencing strategy
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
Informatics Analysis:
Sequencing and Quality assessmentAssemblyRepeatsGene PredictionFunctional annotationComparative analysisInteresting gene categoriesSilkDB
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
Quality assessment:phred
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
RePsassembler
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释
Repeats 1. Simple Sequence Repeats (SSR)+ Satellites
生物信息学中的基因序列分析软件
简单介绍一些生物信息学在基因序列分析中可以用到的软件,对初学者还是有挺大帮助的
生物信息学中的基因序列分析软件
关键词:人类基因组计划 生物信息学 开放阅读框架
中图分类号:R377;R516
摘 要:近年来,随着人类基因组计划的实施,极大的推动了生物信息学的发展。随之而来的大量核酸和蛋白质数据的积累及分析这些数据中所蕴涵的生物学意义成为生物学的主要任务。这样,大量的基因组数据不得不借助生物信息学技术进行自动分析和处理,如利用开放阅读框架(Open Reading Fram)检测算法自动寻找基因组DNA序列中的基因;对蛋白质、核苷酸数据库进行类似性检索或同源性检索等[1]。相应的,生物信息学各个领域中的软件层出不穷,已广泛用于基因序列数据的获取、处理、分析和管理,并得到不断的改进和完善。本文研究观察了一些本地计算机上运行的基因序列处理、分析软件,目的在于帮助生物学研究者选择最有效的基因序列分析工具。
1.引言
生物信息学各个领域中的软件数目庞大,在EBI 1997年的分子生物学程序目录中就收录了530多种常用软件。序列比对和数据库搜索软件有BLAST,FASTA,BLITZ等;综合序列分析软件有VCctor NTI Suite,DNA Tools,
茄科植物PAL基因家族的鉴定和序列分析 - 图文
龙源期刊网 http://www.qikan.com.cn
茄科植物PAL基因家族的鉴定和序列分析
作者:盖江涛 陈振玺 王鹏 来源:《热带作物学报》2015年第03期
摘 要 苯丙氨酸解氨酶(PAL,phenylalanine ammonia-lyase[EC:4.3.1.24])是植物次生代谢尤其是苯丙烷途径的关键酶,与植物抵抗病原菌入侵密切相关,具有重要的植物生理学意义;其催化产物是辣椒素等植物天然产物的前体。采用BLASTP方法,依托全基因组数据库,获得了番茄、马铃薯、本氏烟草、辣椒等4种茄科植物及杨树、拟南芥的PAL基因家族成员共27条序列,并对其进行初步的生物信息学分析、理化性质分析及结构分析。结果表明:在进化过程中,茄科植物烟草、番茄、马铃薯和辣椒的亲缘关系较近,拟南芥、杨树与茄科植物的亲缘关系较远;酸性蛋白质占96.3%,所有蛋白均为亲水性稳定蛋白、有明显跨膜现象、无信号肽;所有PAL亚细胞定位于细胞质中,具有活性位点的蛋白占96.3%。本研究结果为进一步研究茄科植物中PAL代谢机理提供理论支持。 关键词 苯丙氨酸解氨酶;PAL;基因家族;氨基酸;茄科 中图分类号 Q949.77
新基因序列生物信息学分析
对一条新的基因序列进行生物信息学的分析
论文摘要
本研究的主要内容是运用生物信息学的手段结合生物学实验方法对从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098获得的新基因序列( 命名为man)进行生物信息学的分析。针对然后结合利用所获得的信息设计生物学方法证实其生物学功能。 关键词:?-甘露聚糖酶;A.tabescens EJLY2098;生物信息学
论文目的和意义
英国《自然》杂志网络版2006年5月18日报道,科学家已对含有2.23亿个碱基对,占人类基因组中碱基对总量的8%左右的人类第一号染色体完成测序,宣告持续16年的人类基因组计划全部完成。作为人类自然科学史上重要的里程碑,“人类基因组”的研究已从“结构基因组”阶段进入“功能基因组”阶段。在人类基因组计划后相继推出的水稻基因组计划、马铃薯基因组计划、草鱼基因组计划等,和快速增长的微生物基因测序,“海量”的基因信息的积累,催生了“功能基因组”时代的来临。针对充分利用“海量”基因组信息的生物信息学不仅应运而生,而且为以注释、阐明基因功和利用基因生物学功能的“后基因组时代”的研究发挥了重大作用。
生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得了蛋白
猫白介素-18基因的分子克隆、序列分析及其表达研究
根据GenBank中报道的猫白介素-18基因(IL-18)序列,对用ConA刺激的实验猫外周血单核细胞(PBMCf)进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR产物纯化后克隆入pMD18-T中得到重组质粒pTIL-18,进行核苷酸序列测定,并与不同物种的IL-18基因进行了序列比较。结果该基因全长579bp,编码1
农业生物技术学报 JournalofAgriculturalBiotechnology2007,15(2):198~202
· ·研究论文
猫白介素 18基因的克隆、 序列分析及其表达 *
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乔 军 1,, 夏咸柱 1 **, 杨松涛 1,2 , 鞠会艳 1,2 , 黄 耕 1
(1.解放军军事医学科学院军事兽医研究所,长春130062 2.吉林大学农学部,长春130118
3. 中国农业科学院兰州兽医研究所, 兰州 730046)
摘要:用猫白介素18(interleukin, (ConA) (PBMCf) 刺激