mega软件构建系统发育树

序列文件准备

第一行 序列总数量 最长序列的bp数 第二行 >序列名称 第三行 无空格的序列 第一个序列往往是外群 然后是自己的序列 最后是外源序列

Clustal 2.0应用程序

File→load sequences 选多序列 mode→multiple Alignment mode

Alignment→iteraction→iterate each alignment step

Alignment→output formut options→phylip format(选中)→close→do complete Alignment→align 找出相似bp的头部，把前边的从文本中切掉，后边的类似（n尽量少） File→load sequences

Alignment→output formut options→phylip format(选中)→close→do complete Alignment→align 将生成的.phy文件复制到简单路径中 1、phylip→exe→seqboot（应用程序），输入文件的路径名（.phy） 改参数： Y 回车

101 回车（随机数） 生成“outfile文件”改名

构建系统发育树需要注意的几个问题

1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时，它们才是同源的。

2 序列和片段可能会彼此相似，但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故，序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子；再就是非特异性序列相似。

3 系统发育树法：物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的，也就是说，没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。

5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。

6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。

7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而，有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一，如果用不同方法构建树能得到同样的结果，这可以很好的证明该树是可信的；第二，数据可以被重新取样(bootstrap)，来检测他们统计上的重要性。

分子进化研究的基本方法

对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。

表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath

MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）

本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的

分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。 想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。所以我们以后者为例。

2. 打开MEGA软件，选择主窗口的”File” → “Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多

MEGA 6.06的简易使用指南

第一步：打开软件

下面介绍菜单的使用：

Data菜单：

Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着

比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；

Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单： retive sequence

from file 和saved aligment session ；

Close: 关闭当前的比对数据文件；

MEGA 6.06的简易使用指南

Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；

Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选

择：MGTA 和FASTA.

DNA sequence ：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的

数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标

签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。

Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残

基位点来对待。

Translate/untranslate ：只有比对的序列是

MEGA软件的使用

Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑

Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：

单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：

从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：

浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：

此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Seq

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

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MC1R基因编码区的系统发育分析和正选择位点检测

作者：李丽莎 李祥龙 周荣艳 李兰会 张永改 马梦云 张秀玲 来源：《江苏农业科学》2016年第03期

摘要： 黑素皮质素受体1（melanocortin 1 receptor，MC1R）基因在黑色素细胞的表达上发挥重要作用，并与皮肤色素沉积密切相关。MC1R基因的选择压力分析对识别重要的功能位点具有深远影响。为研究不同动物MC1R基因在进化过程中是否受到正选择作用，基于位点模型对MC1R基因进行研究。结果表明，动物MC1R基因主要经历中性漂变和纯化选择作用，并且发现MC1R基因受到正选择作用的是编码29、191、253、304氨基酸的位点。本研究从分子进化的角度为MC1R基因调控黑色素的形成提供了一个新的思路。 关键词： MC1R；分子进化；亲缘关系；系统发育；正选择

中图分类号： Q756 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2016）03-0044-04 黑素皮质素受体1（melanocortin 1 receptor，MC1R）基因，也称为促黑素细胞激

一株反硝化光合细菌的生物学特性及系统发育分析

摘要:【目的】养殖水体中亚硝酸盐的过量积累会对养殖生物产生毒害作用，应用脱氮细菌去除亚硝酸盐是养殖水质调控的重要手段之一，本文意在得到一株高效去除亚硝酸盐的光合细菌。【方法】采用软琼脂稀释法分离纯化光合细菌菌株，通过电镜观察、生理生化试验研究其生物学特性、依据 16S rDNA 和光合反应中心 M 亚基基因(Gene coding for photosynthetic reaction center subunit M，pufM)序列对其做系统发育分析。【结果】从淡水养殖塘中分离筛选到一株高效还原亚硝氮的光合细菌菌株 wps。该菌株为革兰氏阴性菌，细胞杆状，大小为 0. 4 － 0. 6μm × 1. 5 － 4. 0 μm，极生丛生鞭毛，片层状光合内膜，兼性厌氧光照条件生长，单菌落及液体培养物呈红色，含细菌叶绿素 a 和类胡萝卜素。最适生长 pH 范围为 5. 5 － 8. 5，最适生长盐度范围为0 － 2% ，最适生长温度范围为 25℃ － 38℃ 。菌株 wps 与 Rhodopseudomonas palustris 的 16S rDNA 序列相似性为 98. 9% ，光合反应中心 M 亚

第十二章 微生物的进化、系统发育和分类鉴定

地球大约是在45亿年前形成的。地质学、古生物学和地球化学直接或间接证据都表明：大约在地球形成10亿年之后，我们这个星球开始出现生命，主要是些类似简单杆状细菌的原始生物。但在同期的、另外一些被认为是由光合微生物与沉积物形成的片层状化石--叠层石(stromatolites)资料中，也发现存在形态较多样的微生物，综合分析认为，它们类似于绿硫细菌和多细胞丝状绿菌，这似乎表明：不产氧光合细菌的起源也很早。这些原始生命大概都是厌氧型的。含有产氧型光合细菌--蓝细菌的叠层石则发现于25-30亿年前的地质年代中 ，蓝细菌的出现，给地球带来了氧气。而后，各种真核生物才随之出现。

根据现代生物进化论观点，地球上的生命是在地球历史早期的特殊环境条件下，通过\前生命的化学进化\过程，由非生命物质产生的。这些最原始的生命经过漫长的进化历程，产生了千姿百态的生物种类。所谓进化(evolution)是生物与其生存环境相互作用过程中，其遗传系统随时间发生一系列不可逆的改变，在大多数情况下，导致生物表型改变和对生存环境的相对适应。所以，今天仍生存在地球上的生物种类，彼此之间都有或远或近的历史渊源。 研究微生物的系统发育(phy