gromacs安装教程2021

GROMACS安装：

Gromacs的安装首先需要3个文件fftw,lam-mpi,gromacs

或者可用openmpi代替lam-mpi，这里介绍用lam-mpi安装包。 fftw-3.3.2.tar.gz，lam-7.1.4.tar.gz，gromacs-4.5.5.tar.gz

1．解压

tar –zxvf fftw-3.3.2.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.4.tar.gz

tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz

2.安装lam-mpi

进入到解压出的目录下lam-7.1.4中

执行命令：./configure --prefix=HOME/lib/lam-7.1.4 --without-fc --with-rsh=\

其中—without-fc是不编译mpi77，可以去除，在天河机上编译需要去掉 再执行命令: Make

Make install

Lam安装完毕，对环境变量进行设置

Export PATH=&PATH:HOME/lib/lam-7.1.4/bin

3安装fftw-3.3.2

由于64位系统的运行环境在编译的时候可能会出现报错libfftw3f.a: could not re

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

Gromacs 中文教程（II）：结果分析

淮海一粟

MD结果分析

模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。

注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：

? ? ? ? ? ?

topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力

traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 md.log: 模拟过程的日志

附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。

Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in

Gromacs 中文教程（II）：结果分析

淮海一粟

MD结果分析

模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。

注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：

? ? ? ? ? ?

topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力

traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 md.log: 模拟过程的日志

附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。

Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in

目录

1、MAKE_NDX .........................................................................................................................................................2 2、G_TRAJ ...............................................................................................................................................................3 3、G_ENERGY另外一种用法...............................................................................................................................3 4、PDB2GMX ...................................

一、系统部分

1、开机进入BIOS设置，选择从光驱启动。

◇开机按“Del

◇选中Advanced BIOS Features ，◇在First Boot device里面选中CDROM，◇设定好后按F10回车保存退出。

2、◇在系统读秒（五秒）时按回车键开始安装，◇进入开始安装界面后按回车安装，◇如硬盘中有系统时选择不修复系统（ESC）。

3、◇删除原有的全部分区，先选中原有某一分区，按D键删除，再按回车和L键确定删除，◇依次类推删除其他分区。

◇全部删除后选中硬盘按C分区，按下表所示容量依次分区，重新把硬盘分成C，D，E，F 四个分区。

◇分区格式全部为NTFS（系统安装时只能格式化C盘，D，E，F盘要通过进入系统后才能格式具体分区大小如下表：

硬盘空间 80G 120G 160G 300G

C盘（NTFS） 8 8 8 8 15 15 15 15 D盘（NTFS） E盘（NTFS） 分完C和D都是E的 分完C和D都是E的 分完C和D都是E的 分完C和D都是E的 分完区后选中C盘安装系统，用NTFS格式化安装.

注：C盘为系统盘，D盘为游戏游戏缓存盘，E盘为游戏盘和备份。

4、◇，

5、◇装完系统后第一次登入后自动更新

ionic 安装 本实例采用了ionic v1.0.1 版本，下载地址为：ionic-v1.0.1.zip。 ionic 最新版本下载地址：http://ionicframework.com/docs/overview/#download。 下载后解压压缩包，包含以下目录： css/=>样式文件 fonts/=>字体文件 js/=>Javascript文件 version.json=>版本更新说明 你也可以在Github上下载以下资源文件：https://github.com/driftyco/ionic（在release 目录中）。 接下来，我们只需要在项目中引入以上目录中的css/ionic.min.css 和js/ionic.bundle.min.js 文件即可创建 ionic 应用。 实例

我的第一个 ionic 应用。

ionic 安装 本实例采用了ionic v1.0.1 版本，下载地址为：ionic-v1.0.1.zip。 ionic 最新版本下载地址：http://ionicframework.com/docs/overview/#download。 下载后解压压缩包，包含以下目录： css/=>样式文件 fonts/=>字体文件 js/=>Javascript文件 version.json=>版本更新说明 你也可以在Github上下载以下资源文件：https://github.com/driftyco/ionic（在release 目录中）。 接下来，我们只需要在项目中引入以上目录中的css/ionic.min.css 和js/ionic.bundle.min.js 文件即可创建 ionic 应用。 实例

我的第一个 ionic 应用。