数据库相似性搜索与序列比对

实验二数据库相似性搜索与序列比对

实验原理：

数据库相似性搜索以两两序列比对为基础，将感兴趣的基因序列与序列数据库中的每个序列进行比较，鉴别出相似的序列。搜索结果显示出与最佳匹配序列的对位排列及匹配记分。序列数据库搜索对发现基因的功能非常有效。FASTA和BLAST是两个著名的用于数据库相似性搜索的软件包。其中BLAST（Basic Local A1ignment Search Tool）基于局部比对的搜索工具，是一种启发式搜索算法服务软件，包括BLASTP，BLASTN，BLASTX，TBLASTN和TBLASTX程序。

实验目的与要求：

学习数据库相似性检索和序列比对的程序的使用，能够理解程序给出的结果，从中获取有关功能和结构的信息。

（1） 要求学生运用已经学习过的数据库检索方法在数据库中检索特定的基因

（2） 掌握数据库相似性搜索工具BLAST的基本比对方法，参数设置及结果分析

（3） 掌握核酸和蛋白质两序列比对方法、参数设置及结果分析

实验材料：

未知核酸序列；未知氨基酸序列；SOD基因

工具软件：

（1） 数据库检索工具ENTREZ

（2） 数据库相似性搜索工具BLAST （www.ncbi.nlm.nih.gov/blast）

实验二数据库相似性搜索与序列比对

实验原理：

数据库相似性搜索以两两序列比对为基础，将感兴趣的基因序列与序列数据库中的每个序列进行比较，鉴别出相似的序列。搜索结果显示出与最佳匹配序列的对位排列及匹配记分。序列数据库搜索对发现基因的功能非常有效。FASTA和BLAST是两个著名的用于数据库相似性搜索的软件包。其中BLAST（Basic Local A1ignment Search Tool）基于局部比对的搜索工具，是一种启发式搜索算法服务软件，包括BLASTP，BLASTN，BLASTX，TBLASTN和TBLASTX程序。

实验目的与要求：

学习数据库相似性检索和序列比对的程序的使用，能够理解程序给出的结果，从中获取有关功能和结构的信息。

（1） 要求学生运用已经学习过的数据库检索方法在数据库中检索特定的基因

（2） 掌握数据库相似性搜索工具BLAST的基本比对方法，参数设置及结果分析

（3） 掌握核酸和蛋白质两序列比对方法、参数设置及结果分析

实验材料：

未知核酸序列；未知氨基酸序列；SOD基因

工具软件：

（1） 数据库检索工具ENTREZ

（2） 数据库相似性搜索工具BLAST （www.ncbi.nlm.nih.gov/blast）

实验二数据库相似性搜索与序列比对

实验原理：

数据库相似性搜索以两两序列比对为基础，将感兴趣的基因序列与序列数据库中的每个序列进行比较，鉴别出相似的序列。搜索结果显示出与最佳匹配序列的对位排列及匹配记分。序列数据库搜索对发现基因的功能非常有效。FASTA和BLAST是两个著名的用于数据库相似性搜索的软件包。其中BLAST（Basic Local A1ignment Search Tool）基于局部比对的搜索工具，是一种启发式搜索算法服务软件，包括BLASTP，BLASTN，BLASTX，TBLASTN和TBLASTX程序。

实验目的与要求：

学习数据库相似性检索和序列比对的程序的使用，能够理解程序给出的结果，从中获取有关功能和结构的信息。

（1） 要求学生运用已经学习过的数据库检索方法在数据库中检索特定的基因

（2） 掌握数据库相似性搜索工具BLAST的基本比对方法，参数设置及结果分析

（3） 掌握核酸和蛋白质两序列比对方法、参数设置及结果分析

实验材料：

未知核酸序列；未知氨基酸序列；SOD基因

工具软件：

（1） 数据库检索工具ENTREZ

（2） 数据库相似性搜索工具BLAST （www.ncbi.nlm.nih.gov/blast）

国防科学技术大学研究生院硕士学位论文

目录

摘要 (i)

ABSTRACT ................................................................................................................. i i 第一章绪论 .. (1)

1.1 研究背景和意义 (1)

1.1.1 研究背景 (1)

1.1.2 研究意义 (3)

1.2 国内外研究现状 (3)

1.2.1 时间序列数据挖掘 (3)

1.2.2 时间序列相似性分析 (4)

1.2.3 时间序列聚类 (8)

1.2.4 多元时间序列扩展 (9)

1.3 本文主要工作 (9)

1.3.1 论文的主要工作 (9)

1.3.2 论文的创新点 (11)

1.4 论文的组织结构 (11)

第二章时间序列相似性分析相关关键技术 (14)

2.1 时间序列及相似性的相关概念 (14)

2.1.1 时间序列的定义 (14)

2.1.2 时间序列的特点 (14)

2.1.3 时间序列的相似性定义 (15)

2.1.4 相似性度量函数评价指标 (17)

2.2 时间序列的模式表示方法 (17)

2.2.1 基于分段的近似表示法 (18)

2.2.2

相似性原理与量纲分析

1.弦长为3m的飞机机翼以300km/h的速度，在温度为20℃，压强为1at（n）的静止空气中飞行，用比例为20的模型在风洞中作试验，要求实现动力相似。(a) 如果风洞中空气温度、压强和飞行中的相同，风洞中的空气速度应该怎样？(b) 如果在可变密度的风洞中作实验，温度为20℃, 压强为30at(n), 则速度为多少？(c) 如果模型在水中作实验，水温20℃，则速度为多少？ 解：雷诺准数相等 （a）vnLn??vmLm?

vm?vnLnLm=300?20=6000km/h

不可能达到此速度，所以要改变实验条件 （b） ∵等温P?c，?不变，Re?vl??vl?pvl

????得vm?vnLnPnLmPm=300?20?1=200km/h 30（c）由vnLn=vmLm

?气?水得vm?vnLn?水=300?20×1.007=384km/h

?气Lm15.72.长1.5m，宽0.3m的平板在20℃的水内拖曳，当速度为3m/s时，阻力为14N，计算相似板的尺寸，它的速度为18m/s，绝对压强101.4kN/m2，温度15℃的空气气流中形成动力相似

条件，它的阻力为多少？ 解：由雷诺准数相等：

v1L1?1?v2L2?2?3?

词类范畴的家族相似性

【原文出处】中国社会科学 【原刊地名】京 【原刊期号】199501 【原刊页号】154-170 【分 类 号】H1

【分 类 名】语言文字学 【作者】袁毓林 【复印期号】199505

【标题】词类范畴的家族相似性［＊］ 【正文】

本文指出汉语词类是一种原型范畴，是人们根据词与词之间在分布上的家族相似性而聚集成类的。由于同一词类的词不一定共有一项／组为其他词类所无的分布特征，因而无法用几项分布特征之间的合取／析取关系作为标准来给所有的词分类和给不同的词类下定义。本文提出，属于同一词类的词有典型成员和非典型成员之别，典型成员是一类词的原型，是非典型成员归类时的参照标准。其典型成员在分布上往往共有一组分布特征，可以通过典型成员的分布特征来给词分类和给不同的词类下定义。但是，不同词类的典型成员在分布上的差别比较明显，不同词类的非典型成员在分布上的差别比较模糊，这造成了汉语的词可以分类但又难以分类的复杂局面。作者认为，根据原型范畴化理论，运用词分布上的优势劣势之别，给词分类，给不同的词类下出宽泛定义，辅以严格定义，是一个比较现实、周全的做法。最后，作者给出了一个基于原型理论的汉语词类系统。

词类范畴的家族相似性，是一种比喻的说法

实验三 利用BLAST的数据库比对分析

2012454116郑俊昌

一、实验目的

1、学习BLAST序列相似性网络核酸蛋白数据库比对方法 2、进行网络核酸蛋白数据库基因相似性分析 二、实验内容 1、BLAST工具介绍

BLAST? (Basic Local Alignment Search Tool)工具是用查询的DNA或蛋白质序列与所以可能的序列数据库进行相似性搜索的多个程序。BLAST程序运行速度快，打分合理，容易辨认出真正的匹配与随机背景的不同。BLAST不仅可以进行局部亦可以进行全局搜索，易于发现一些分隔的相似区段。 BLAST的功能：

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的比对上的序列。

BLAST可处理任何数量的序列, 包括蛋白序列和核算序列; 也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的, 即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。下面介绍5个BLAST分析的程序：

（1） BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

（2） BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋

数据库系统原理 实验报告

实验名称：关系数据库完整性实验

任课教师：霍纬刚

学号：100341324

姓名：汪何媛

完成日期：2012.11.28

一、 实验目的

通过ORACLE的完整性，理解关系数据库的完整性

二、 实验内容与步骤

ORACLE环境中通过触发器可以定义为更复杂的完整性约束 例1：通过触发器产生主键值

create sequence ql minvalue 010341416;

create table student(sno number(9) primary key ,sname varchar2(20)); create or replace trigger add_student before insert on student for each row

begin

select ql.nextval into :new.sno from dual; end;

验证触发器：

SQL>insert into student (sname)values(‘刘辉’)； SQL>insert into student (sname)values(‘刘俊波’)；

例2：创建一个行级触发器，记录下给个用户对数据库的表进行数据

据库原理及应用

实验报告

题 目： 数据库安全性与完整性实验专 业： 网络工程 班 级： 学 号： 姓 名：

太原工业学院计算机工程系

2016年 10 月 15日

一、实验目的与要求

目的：

使学生加深对数据安全性与完整性实验的理解，并掌握SQL Server中有关用户，角色及操作权限的管理方法，熟悉通过SQL语句副i数据进行完整性控制。 要求：

1.数据库的安全性实验，在SQL Server企业管理器中设置SQL server的安全认证模式，实现对SQL server的用户和角色管理，设置和管理数据操作权限。 2.指出用户和角色的区别

二、实验内容

1.设置SQL server的安全认证模式（windows或SQL server和Windows（s）认证模式）、。 2.登陆的管理 创建一个登录用户 3.数据库用户的管理

登录用户只有成为数据库（Database User）后才能访问数据库。每个数据库的用户信息都存放在系统表Sysusers中，通过查看Sysusers表可以看到该数据库所有用户的情况。SQL Server的数据

第10章 VB与数据库

数据库是用于存储大量数据的区城，它通常包括一个或多个表。数据库应用成为当今计算机应用的主要领域之一。VB提供了功能强大的数据库管理功能，能够方便、灵活地完成数据库应用中涉及的诸如建立数据库、查询和更新等各种基本操作。本章讨论数据库的基本概念、VB中提供的Data控件、DBGrid控件、ADO Data控件的使用方法和SQL语言。

10.1 数据库概述

数据库用于存储结构化数据。数据组织有多种数据模型，目前主要的数据模型是关系数据模型，以关系模型为基础的数据库就是关系数据库。本节主要讨论关系数据库的相关概念。

10.1.1 关系数据库的基本结构

关系数据库以表的形式（即关系）组织数据。关系数据库以关系的数学理论为基础。在关系数据库中，用户可以不必关心数据的存储结构，同时，关系数据库的查询可用高级语言来描述，这大大提高了查询效率。

VB本身使用的数据库是Access数据库，可以在VB中直接创建，库文件的扩展名为.MDB。

下面讨论关系数据库的基本术语。

1. 表

表用于存储数据，它以行列方式组织，可以使用SQL从中获取、修改和删除数据。表是关系数据库的基本元素。表在我们生活中随处可见，如职工表、学生表和统计表等。表具