基因组dna的提取

实验二 植物基因组DNA的提取

Tris 读音 “吹斯” 脱氧核糖核酸酶DNase

是一种可以消化单链或双链DNA产生单脱氧核苷酸或单链或双链的寡脱氧核苷酸的核酸内切酶DNase I活性依赖于钙离子，并能被镁离子或二价末端，或1-2个核苷酸突出的粘末端。 淀下来，而DNA溶解在溶液中。

锰离子激活。镁离子存在条件下，DNase I可随机剪切双链DNA的任意位点；二价锰离子存在条件下，DNase I可在同一位点剪切DNA双链，形成平

苯酚在空气中经常被氧化生成醌，它能够产生自由基，直接用于DNA分离，会使磷酸二酯键断裂， 造成DNA降解。苯酚使蛋白变性，离心时沉

在提取DNA时用的原料成分的关系,很多植物源提取材料里面含有酚类物质,酚类物质是芳族环上的氢原子被羟基或功能衍生物取代后生成的化合物

酚类物质如果经氧化后就会很容易于DNA共价结合引起褐变.这就是褐变现象,为有效除去酚类物质，需要在研磨时加入抗氧化的PVP，用PVP是利用

它的“CO-N=”基有很强的结合多酚化合物的能力，其结合能力随多酚化合物中芳环羟基数量的增加而加强，结合成复合物后,通过离心除去。另外，在化合物被氧化。

加入提取液时，加入B-巯基乙醇可使多酚氧化酶失活，防止酚类物质

实验报告 真核生物基因组DNA的提取和含量测定 实验一、真核生物基因组DNA和提取和含量测定 姓 名：—— 一、实验原理（Principle） （一）基因组DNA的提取： 本实验选用小鼠肝脏细胞作为实验材料，采用匀浆法破碎组织获得细胞，用无菌水溶解沉淀，加入蛋白酶消化液，以温和方法的破碎细胞而不产生机械剪切以致破坏DNA的完整性，可以使DNase变性，去除部分的蛋白，还可以使核蛋白体从DNA上解离。然后加入RNase以去除RNA。再用苯酚：氯仿抽提法反复抽提，使DNA进入水相与蛋白质组分分开，收集上清液后用乙醇沉淀DNA，最后用TE缓冲液溶解DNA，并测定DNA的含量及纯度。 苯酚—氯仿抽提法：酚、氯仿是有机溶剂，能有效地使蛋白质变性，使用酚：氯仿混合物抽提，可促进有机相和水相的分离。异戊醇则可减少操作过程中产生的气泡。变性蛋白一般集中在两相之间的界面层，而脂类则有效地分配在有机相中，核酸则被留于上层水相。该法具有①操作条件比较温和；②能迅速使蛋白质变性并同时抑制核酸酶的活性；③可得到具有生物活性的高聚合度的核酸等优点。但其操作步骤较为繁琐，去除蛋白质需要反复多次，费时，且所得到的核酸仍有部分降解。 （二）二苯胺显色法测定DN

基因组DNA分离及纯化

实验一 全基因组DNA的分离及纯化 由于分离线粒体DNA繁琐、耗时、成本相对较高，目前很多研究采用先分的全基因组DNA，再用特异的引物扩增线粒体基因组的方法，因此获得高纯度全基因组DNA显得尤为重要。

现在有很多的商品化试剂盒可以快速高效的从血液，组织中提取基因组DNA，简便快捷，DNA的得率和纯度都很高 。我们就TaKaRa DNA提取试剂盒为例，介绍外周静脉血全基因组DNA提取的操作流程。

目的：掌握试剂盒提取外周血细胞基因组DNA的方法。

原理：本试剂盒是用于动物组织、植物材料、全血和培养细胞（Animal tissues/Plants/Blood/Cultured cells）等全基因组DNA的广谱型小量纯化试剂盒。该试剂盒采用独特的细胞裂解系统，由细胞裂解液裂解细胞释放基因组DNA，然后使用特殊的相分离法除去蛋白质、多糖以及脂质等杂质，再结合DNA制备膜技术纯化基因组DNA。本试剂盒具有高效、快速、方便之特点，全套操作约需1小时便可完成。使用本试剂盒可从1～100 mg的动物组织、10～200 mg的植物材料、10～200 μl的全血（含抗凝剂）、10～10的培养细胞中纯化得到多至数十微克的高纯度基因组DNA。此基

探讨在高海拔地区应用血液基因组DNA提取试剂盒的最佳条件 本文关键词：基因组，提取，血液，试剂盒，探讨

探讨在高海拔地区应用血液基因组DNA提取试剂盒的最佳条件 本文简介：摘要：目的探讨在高海拔地区应用血液基因组DNA提取试剂盒的最佳条件。方法应用RelaxGeneBloodDNASystem血液基因组DNA提取系统，对109份血样（每份血样分为2组，实验组和对照组）提取DNA,实验组采用优化条件提取DNA、对照组采用试剂盒说明书方法提取DNA.结果实验组109份样品

探讨在高海拔地区应用血液基因组DNA提取试剂盒的最佳条件 本文内容：

现代分子生物学课件

第八章 基因组与比较基因组学

现代分子生物学课件

20世纪人类科技发展史上的三大创举1. 1940年代第一颗原子弹爆炸； 2. 1960年代人类首次登上月球； 3. 1990年代提出并基本完成的人类基因组计划(Human Genome Project,HGP) DNA 双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院 (NIH)人类基因组研究所第一任所长J.D.Watson 1990年在 《Science》上撰文指出，与人类登月计划相比，HGP的资金 投入少，但它对人类生活的影响却可能更深远。

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随着这个计划的完成，DNA分子中储藏的有关人类生 存和繁衍的全部遗传信息将被破译，它将不仅帮助我们理 解人类如何作为健康人发挥正常生理功能，还将最终揭开 基因在癌症、早老性痴呆症、精神分裂症等严重危害人类 健康的疾病中的作用。

事实上，对人类自身更深入的了解是人类活动最重要 的组成部分，因为任何自然科学研究，都没有比人类尽快 找出解决自身所面临的人口膨胀、粮食短缺、环境污染、 疾病危害、能源资源匮乏、生态平衡破坏、生物物种消亡 等一系列难题更为重要、更为迫切。3

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基因及基因组研究大事记：1860至1870年 奥地利

题目： 假如你发现一个新基因，请利用基因组学的思路，方法，技术路线设计可行的实验方案，研究它的功能，寻找出它所影响的下游基因，可能与此蛋白相互用的其它蛋白，以及调控它表达的上游基因。

假如在哺乳动物林麝基因组中发现一个新基因，现在要对发现的新基因进行功能研究，主要从以下几个方面进行（张岚等， 2011；卜友泉等，2006）： 1． 通过生物信息学的方法对新基因进行结构及功能的预测

（1）在研究新基因的功能之前，首先要通过克隆试验得到新基因全长cDNA序列。所有的克隆都包括4个步骤，依次为产生DNA片段、连接至载体、转化到受体细胞中扩增和目的序列的筛选鉴别（张岚等，2011）。随着生物信息学的发展，目前还有一种电子克隆的方法，即将所发现的新基因EST 通过数据库比对，相同的unigene或 cluster的EST片段归类在一起，对其进行拼接和校对，尽可能延长获得的片段，最后获得全长cDNA （张丽娟等，2006）。

基因区域的预测（张丽娟等，2006）通过生物信息学的方法，主要从以下几个方面：

一、 对编码区进行统计特性分析。统计数据表明，DNA中密码子的使用频

率并非平均分布，某些密码子使用频率较高，编码区的序列呈现出可察觉的统计特性，即

人类基因组计划

一、HGP：人类基因组计划(Human Genome Project) 二、基因组测序 三、基因组分析

四、其他基因组的测序与分析

人的基因这么少，却能行使复杂的功能的原因： 1. 一个基因对应多个产物：可变剪切和蛋白修饰 2. 垃圾基因的功能：非蛋白编码基因的重要功能

任务与进展

完成四张图：遗传图谱、物理图谱、转录图谱、序列图谱

(一) 遗传图谱（Genetic map） 1. 定义

又称连锁图谱（linkage map)或遗传连锁图谱(genetic linkage map) ，是指人类基因组内基因以及专一的多态性DNA标记(marker)相对位置的图谱，其研究经历了从经典的遗传图谱到现代遗传图谱的过程。

2. 经典的遗传图谱（以基因表型为标记） 3. 现代遗传图谱（以DNA为标记）

多态性（polymorphism）：人的DNA序列上平均每几百个碱基会出现一些变异（variation），并按照孟德尔遗传规律由亲代传给子代，从而在不同个体间表现出不同，因而被称为多态性。

? 第一代多态性标记：限制性片段长度多态性-RFLP

? 第二代多态性标记：短的串联重复序列：小卫星DNA、微卫星DNA ? 第

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第八章 基因组与比较基因组学

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20世纪人类科技发展史上的三大创举1. 1940年代第一颗原子弹爆炸； 2. 1960年代人类首次登上月球； 3. 1990年代提出并基本完成的人类基因组计划(Human Genome Project,HGP) DNA 双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院 (NIH)人类基因组研究所第一任所长J.D.Watson 1990年在 《Science》上撰文指出，与人类登月计划相比，HGP的资金 投入少，但它对人类生活的影响却可能更深远。

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随着这个计划的完成，DNA分子中储藏的有关人类生 存和繁衍的全部遗传信息将被破译，它将不仅帮助我们理 解人类如何作为健康人发挥正常生理功能，还将最终揭开 基因在癌症、早老性痴呆症、精神分裂症等严重危害人类 健康的疾病中的作用。

事实上，对人类自身更深入的了解是人类活动最重要 的组成部分，因为任何自然科学研究，都没有比人类尽快 找出解决自身所面临的人口膨胀、粮食短缺、环境污染、 疾病危害、能源资源匮乏、生态平衡破坏、生物物种消亡 等一系列难题更为重要、更为迫切。3

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基因及基因组研究大事记：1860至1870年 奥地利

一、实验材料

菌种：某浸矿混合菌。

设备：eppendorf管、移液枪、台式高速离心机、电泳仪、水浴锅、PCR仪、无菌操作台、牙签、枪头、酒精灯。

试剂：细菌基因组DNA提取试剂盒、LB液体培养基、LB固体平板培养基、TE缓冲液（pH 8.0）、切胶回收试剂盒、Taq DNA polymerase，10 mM dNTPmix，引物，双蒸水，琼脂糖、溴乙锭EB、电泳缓冲液（50×TAE电泳缓冲液：取Tris 24.2g，冰醋酸5.7ml，0.25mol/L EDTA（pH8.0） 20ml，加蒸馏水至100ml）、pGM-T 克隆试剂盒、Hind III、石蜡。

二、实验步骤

1 细菌基因组DNA提取 1.1 样品收集

菌种培养至OD600为1-1.5，此时1 mL 菌液中约含1.0×109细胞，用灭过菌的1.5mL离心管去菌液1 ml，室温10,000 rpm离心1 min，收集菌体。

1.2 基因组DNA的提取

（使用前先在缓冲液GD和漂洗液PW中加入无水乙醇，加入体积参照瓶上的使用说明。）

1.向菌体沉淀中加入200 μl 缓冲液GA，振荡至菌体彻底悬浮； 2.向管中加入20 μl 蛋白酶K溶液，混匀；

3.加入220 μl 缓冲液GB，

基因组组装模型论文

2014年成都理工大学 校内数学建模竞赛论文

题 目 编 号 队编号 参 赛 队 员 姓 名 张萌立 何理 张玲玲 C题-基因组组装 9 学号 201313030206 201305090108 201308050710 专业 计科 空间 财务管理

二0一四年五月二十五日

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基因组组装模型论文 基因组组装

队编号：9 摘要：本文所要研究的就是全基因组的从头测序的组装问题。

首先，本文简要介绍了测序技术及测序策略，认真分析了基因系列拼装所面临的主要挑战，比如reads数据海量、可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况，探讨了当前基因组序列拼接所采用的主要策略，即OLC（Overlap/Layout/Consensus）方法、de Bruijn图方法，且深入探讨了de Bruijn图方法。

其次，针对题中问题，以一条reads为基本单位，分为reads拼接和contig组装两个阶段，其中contig是由reads拼接生成的长序列片段。Reads的拼接阶段主要包括数据预处理、de-Bruijn 图、contig构建等，而contig的组装阶段主要包括序列的相对位置的确定以及重叠部分over