基因定点突变引物设计
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基因定点突变简介
基因定点突变
一、定点突变的目的
把目的基因上面的一个碱基换成另外一个碱基。 二、定点突变的原理
定点突变是指通过聚合酶链式反应(PCR)等方法向目的DNA片段(可以是基因组,也可以是质粒)中引入所需变化(通常是表征有利方向的变化),包括碱基的添加、删除、点突变等。定点突变能迅速、高效的提高DNA所表达的目的蛋白的性状及表征,是基因研究工作中一种非常有用的手段。
体外定点突变技术是研究蛋白质结构和功能之间的复杂关系的有力工具,也是实验室中改造/优化基因常用的手段。蛋白质的结构决定其功能,二者之间的关系是蛋白质组研究的重点之一。对某个已知基因的特定碱基进行定点改变、缺失或者插入,可以改变对应的氨基酸序列和蛋白质结构,对突变基因的表达产物进行研究有助于人类了解蛋白质结构和功能的关系,探讨蛋白质的结构/结构域。而利用定点突变技术改造基因:比如野生型的绿色荧光蛋白(wtGFP)是在紫外光激发下能够发出微弱的绿色荧光,经过对其发光结构域的特定氨基酸定点改造,现在的GFP能在可见光的波长范围被激发(吸收区红移),而且发光强度比原来强上百倍,甚至还出现了黄色荧光蛋白,蓝色荧光蛋白等等。定点突变技术的潜在应用领域很广,比如研究蛋白质相互作用位点的结构、改
引物设计流程之基因编码区(CDS)扩增引物设计
PCR引物设计流程
(以扩增鹅PHIP基因编码区序列为例)
一. 流程图
二. 确定模板 1. 确定模板来源物种
近亲物种 :原鸡,绿头野鸭,鸽,雀,鹦鹉,蜂鸟等
常用物种 :灵长类(人,大猩猩,恒河猴),哺乳类(大鼠,小家鼠,猪,牛,羊,狗),爬行类(鳄,龟),两栖类(蛙,蟾蜍),鱼类(斑马鱼,亚马逊帆鱼)
一般在每一类常用物种中选择一个物种,在近亲物种中选择2种以上作为模板。如,扩增鹅PHIP基因选择以下物种序列为引物设计模板:鸡,鸭,人,小鼠,蟾蜍,斑马鱼。 2. 利用NCBI得到各物种需扩增基因的模板序列
A. 进入NCBI主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ,选定搜索范围为“Gene”,关键词为“PHIP”,得到如下图搜索结果(也可在关键词中包含物种名,如“PHIP Anser”,物种的英文名和拉丁学名在搜索时都可使用)。
B. 点击所需物种的PHIP基因,进入该基因的报告页面(以人PHIP基因为例)。基因报告页面中部Refseq条目中显示该基因在NCBI中的参考序列,该条目下可得到mRNA序列。如下图。另,关于RefSeq条目的相关名词解释参考 http://www.ncbi.nlm.nih.gov
引物设计流程之基因编码区(CDS)扩增引物设计
PCR引物设计流程
(以扩增鹅PHIP基因编码区序列为例)
一. 流程图
二. 确定模板 1. 确定模板来源物种
近亲物种 :原鸡,绿头野鸭,鸽,雀,鹦鹉,蜂鸟等
常用物种 :灵长类(人,大猩猩,恒河猴),哺乳类(大鼠,小家鼠,猪,牛,羊,狗),爬行类(鳄,龟),两栖类(蛙,蟾蜍),鱼类(斑马鱼,亚马逊帆鱼)
一般在每一类常用物种中选择一个物种,在近亲物种中选择2种以上作为模板。如,扩增鹅PHIP基因选择以下物种序列为引物设计模板:鸡,鸭,人,小鼠,蟾蜍,斑马鱼。 2. 利用NCBI得到各物种需扩增基因的模板序列
A. 进入NCBI主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ,选定搜索范围为“Gene”,关键词为“PHIP”,得到如下图搜索结果(也可在关键词中包含物种名,如“PHIP Anser”,物种的英文名和拉丁学名在搜索时都可使用)。
B. 点击所需物种的PHIP基因,进入该基因的报告页面(以人PHIP基因为例)。基因报告页面中部Refseq条目中显示该基因在NCBI中的参考序列,该条目下可得到mRNA序列。如下图。另,关于RefSeq条目的相关名词解释参考 http://www.ncbi.nlm.nih.gov
基因工程作业(引物设计) - 图文
口腔鳞癌组织中肿瘤转移相关基因1(MTA1)
一、选择原因及应用
口腔鳞癌组织中肿瘤转移相关基因1(MTA1)在蛋白和mRNA的表达水平,揭示其与口腔鳞癌(OSCC)发生、发展的关系。方法采用免疫组织化学法和原位杂交技术检测46例OSCC标本、15例口腔黏膜白斑与20例正常口腔黏膜标本中MTAl基因的表达水平,并分析其与OSCC临床病理学参数的关系。结果MTA1蛋白和MTA1mRNA在OSCC组织中的表达水平显著高于口腔黏膜白斑和正常口腔黏膜(P〈0.05),口腔黏膜白斑中MTA1蛋白和MTA1mRNA表达水平显著高于口腔正常黏膜(P〈0.01),MTA1蛋白和MTA1mRNA表达与肿瘤浸润深度和淋巴结转移密切相关(P〈0.05)。结论MTA1基因在蛋白和mRNA的表达水平在OSCC发生、发展及浸润转移过程中起一定促进作用,有望成为判断OSCC预后及选择治疗方案的一个新肿瘤标志物。
二、2查阅NCBI得到MTA1相关信息并获得目的基因
PREDICTED: Gorilla gorilla gorilla metastasis associated 1 (MTA1), mRNA
NCBI Reference Sequence: XM_00405
qPCR 引物篇(2)PCR 设计引物时如何查询基因
PCR 之引物设计--------基因序列查询篇 ?确定目标基因的形态:DNA or RNA ?查找目标基因
?比对目标基因同源性和特点 ?选取目标基因序列
?选取目标基因的目标区段
第一步:如何查基因:
1、mRNA 序列的查询; 以查大鼠cort为例;
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
search 选择 nucleotide for 1、rat cort 1、 在NCBI上搜索到目的基因,找到该基因的mRNA, Copy该mRNA序列作为软件查询序列的候选对
象。
该mRNA文件的命名: Rattusnorvegicuscortistatin (Cort), mRNA; NM_012835:是唯一的编号;
把以下序列存成txt文件:
Rattusnorvegicuscortistatin (Cort), mRNA
* Comment * Features * Sequence
LOCUS NM_012835 438 bp mRNA linear ROD 11-FEB-2008 DEFINITION
qPCR 引物篇(2)PCR 设计引物时如何查询基因
PCR 之引物设计--------基因序列查询篇 ?确定目标基因的形态:DNA or RNA ?查找目标基因
?比对目标基因同源性和特点 ?选取目标基因序列
?选取目标基因的目标区段
第一步:如何查基因:
1、mRNA 序列的查询; 以查大鼠cort为例;
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
search 选择 nucleotide for 1、rat cort 1、 在NCBI上搜索到目的基因,找到该基因的mRNA, Copy该mRNA序列作为软件查询序列的候选对
象。
该mRNA文件的命名: Rattusnorvegicuscortistatin (Cort), mRNA; NM_012835:是唯一的编号;
把以下序列存成txt文件:
Rattusnorvegicuscortistatin (Cort), mRNA
* Comment * Features * Sequence
LOCUS NM_012835 438 bp mRNA linear ROD 11-FEB-2008 DEFINITION
基因突变与基因重组
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基因突变与基因重组
第五章基因突变与其他变异第一节基因突变与基因重组一、知识结构二、教材分析1.本节在引言部分,指出生物的变异具有普遍性,变异可以分为可遗传变异和不遗传变异,可遗传的变异有三种来源。2.本小节介绍了基因突变的概念、意义和特点,人工诱变在育种上的应用,以及基因重组的概念和意义。教材从实例引入基因突变的概念 第五章 基因突变与其他变异
第一节 基因突变与基因重组 一、知识结构
二、教材分析
1.本节在引言部分,指出生物的变异具有普遍性,变异可以分为可遗传变异和不遗传变异,可遗传的变异有三种来源。 2.本小节介绍了基因突变的概念、意义和特点,人工诱变在育种上的应用,以及基因重组的概念和意义。
教材从实例引入基因突变的概念,是为了便于学生理解抽象的概念。
在介绍基因突变的普遍性、随机性、自然突变率低、有害性和不定向性等特点时,教材也举了具体的实例。
旁栏设置的思考题和小资料,也有助于学生加深对基因突变特点的理解。
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人工诱变在育种上有重要用途,教材通过介绍我国
基因突变与基因重组
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基因突变与基因重组
第五章基因突变与其他变异第一节基因突变与基因重组一、知识结构二、教材分析1.本节在引言部分,指出生物的变异具有普遍性,变异可以分为可遗传变异和不遗传变异,可遗传的变异有三种来源。2.本小节介绍了基因突变的概念、意义和特点,人工诱变在育种上的应用,以及基因重组的概念和意义。教材从实例引入基因突变的概念 第五章 基因突变与其他变异
第一节 基因突变与基因重组 一、知识结构
二、教材分析
1.本节在引言部分,指出生物的变异具有普遍性,变异可以分为可遗传变异和不遗传变异,可遗传的变异有三种来源。 2.本小节介绍了基因突变的概念、意义和特点,人工诱变在育种上的应用,以及基因重组的概念和意义。
教材从实例引入基因突变的概念,是为了便于学生理解抽象的概念。
在介绍基因突变的普遍性、随机性、自然突变率低、有害性和不定向性等特点时,教材也举了具体的实例。
旁栏设置的思考题和小资料,也有助于学生加深对基因突变特点的理解。
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人工诱变在育种上有重要用途,教材通过介绍我国
基因突变与基因重组
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基因突变与基因重组
第五章基因突变与其他变异第一节基因突变与基因重组一、知识结构二、教材分析1.本节在引言部分,指出生物的变异具有普遍性,变异可以分为可遗传变异和不遗传变异,可遗传的变异有三种来源。2.本小节介绍了基因突变的概念、意义和特点,人工诱变在育种上的应用,以及基因重组的概念和意义。教材从实例引入基因突变的概念 第五章 基因突变与其他变异
第一节 基因突变与基因重组 一、知识结构
二、教材分析
1.本节在引言部分,指出生物的变异具有普遍性,变异可以分为可遗传变异和不遗传变异,可遗传的变异有三种来源。 2.本小节介绍了基因突变的概念、意义和特点,人工诱变在育种上的应用,以及基因重组的概念和意义。
教材从实例引入基因突变的概念,是为了便于学生理解抽象的概念。
在介绍基因突变的普遍性、随机性、自然突变率低、有害性和不定向性等特点时,教材也举了具体的实例。
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人工诱变在育种上有重要用途,教材通过介绍我国
基因突变与基因重组说课稿
总结经验的结晶,非常权威的参考资料!
基因突变与基因重组说课稿
朱福均
一.教材分析:本节是选自人教版普通高中课程标准试验教科书生物必修2第五章第1节的内容。本节主要讲述了基因突变的实例镰刀形细胞贫血症从而概括出基因突变的概念,基因突变的原因及特点,基因重组的概念,基因突变和基因重组的意义。是对前面各章基因学习的延续又是学习第六章《杂交育种到基因工程》和第七章《现代生物进化理论》的基础。
二.教学目标:1.知识目标:培养学生掌握基因突变和基因重组的概念,概述基
因突变的原因和特点及基因突变和基因重组的意
义。
2.能力目标:有基因突变的实例镰刀型细胞贫血症能概述基因突
变的概念,培养学生分析、归纳及总结问题的能力。
3.情感目标:让学生知道基因突变不只是改变生物的性状,还会
给人类带来疾病,建立正确的生物学观念。
三.教学重难点分析: 重点:基因突变及基因重组的概念,基因突变的原因和
特点,基因重组和基因突变的意义。
难点:基因突变的原因和特点,基因重组和基因突变的
意义。
四.教法学法:教法:本节课我将利用学生阅读归纳法辅助以多媒体直观教学法,
问题教学法,讨论法和比较分析法进行教学。
学法:学法上面奉行学生自主学习,合作学习,归纳总结的学习
方法。
五.教学过程:1.导入新课