miRNA富集分析

miRNA数据库及靶基因分析软件 1.miRBase: http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/

动物 mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget,

NBmiRTar,

PicTar,

PITA,

RNA22,

RNAhybrid,

and

TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://BioInformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于

miRNA数据库及靶基因分析软件 1.miRBase: http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/

动物 mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget,

NBmiRTar,

PicTar,

PITA,

RNA22,

RNAhybrid,

and

TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://BioInformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于

已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!

使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别

Frank 20120715

miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合，抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳

定性，从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育，分化，生长等生命活动中起着非常重要的调控作用，因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域，并期待能一窥miRNA的科学奥妙。

成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，初级转录物称为pri-miRN

Human Brain Cancer miRNA PCR Array: MIHS-108Z

Anaplastic Astrocytoma: miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-125b-5p, miR-127-5p, miR-129-5p, miR-137, miR-138-5p, miR-187-3p, miR-203a, miR-218-5p, miR-296-5p,

miR-31-5p, miR-320a, miR-7-5p.

Glioblastoma: miR-101-3p, miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-128, miR-129-5p, miR-130a-3p, miR-132-3p, miR-133a, miR-133b, miR-137, miR-138-5p, miR-149-5p, miR-153, miR-16-5p, miR-181a-5p, miR-181b-5p, miR-185-5p, miR-187-3p, miR-191-5p, miR-203a, miR-21-5p, miR-210, miR-218-5p, miR-221-

已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!

使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别

Frank 20120715

miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合，抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳

定性，从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育，分化，生长等生命活动中起着非常重要的调控作用，因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域，并期待能一窥miRNA的科学奥妙。

成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，初级转录物称为pri-miRN

miRNA研究方法

尽管早在1993年，科学家就发现了第一个microRNA，但直到2003年以后，这种小RNA分子的大作用才不断被发现。研究显示：miRNA通过与转录本的相互作用，关闭或抑制基因的表达，影响了30%的基因。miRNA在多个组织中，例如正常和肿瘤组织中差异表达。因此，通过表达谱分析寻找疾病相关miRNA并进行发病机理研究，最终应用于肿瘤诊断和治疗，已经成为目前miRNA研究的重要方向。在研究中，从深度测序、miRNA芯片到通过导入化学合成的mimics/antagomirs等实现miRNA过表达和抑制，都是研究中常用的方法。同时，在miRNA研究中，生物信息学分析扮演着越来越重要的角色。

下表介绍了miRNA研究和应用中科学家关注的主要科学问题以及目前常用的研究方法。

miRNA主要研究技术

深度测序 抽提分离小分子（例如18-30nt）RNA，通过RT-PCR扩增之后，利用solexa深度测序，并进行生物信息学分析，获得miRNA表达谱。深度测序结合生物信息学分析手段，可以对海量数据进行分析，分别统计出已知的miRNA（miRNA-known）、新的miRNA（miRNA-new）以及可能的新miRNA（miRNA-cadida

调控DNA损伤修复基因的microRNA

摘要：肿瘤的发生是个多级的过程，正常细胞的基因组受到各种各样的损伤而无法修复时，就有可能发生癌变转化为肿瘤细胞。细胞为了保护其基因组的完整性，会需要一套复杂的DNA损伤修复系统，当细胞的DNA受到损伤时，细胞就会启动该系统，引起细胞周期阻断、凋亡或者进行DNA损伤修复。放、化疗是通过引起DNA损伤而杀死肿瘤细胞的，也是一种主要的肿瘤治疗方法。损伤DNA修复蛋白，使细胞损伤无法修复，就能增加肿瘤放、化疗的效率。近年来，越来越多的证据证明microRNA（miRNA）参与DNA损失修复网络的调控过程。miRNA是一类内源性的小的非编码RNA，能在转录后水平调节基因的表达。由于其本身的特性，miRNA在许多生命进程中扮演着重要角色，本文探讨了miRNA在DNA损伤修复通路和肿瘤中的作用。

关键词：DNA损伤修复通路；miRNA；调控 1、前言

DNA损伤修复（DDR）通路是一个复杂的信号传导通路，在DNA损伤之后被激活。人体基因组DNA每时每刻都在遭受着来自体内外的各种因子的攻击而被损伤，细胞为了保护基因组的完整性，会启动DNA损伤修复系统，使细胞发生周期阻滞，最终细胞被修复或者凋亡[1]。许多研究已证实，

第11章 分析化学中的常用分离富集方法 (Methods for Separation and Enrichment)

11.1 概述1. 分离富集的目的(1)基体组成非常复杂，并且干扰组分量相对比较大的条 件 下——分离 (2)试样中待测组分的含量较低，而现有测定方法的灵敏 度 不够高——富集或分离富集

2. 对分离富集的要求: 干扰成分减少至不再干扰.待测组分有效回收.

分离后测量值 回收率(%) 100% 原始含量质量分数 回收率 大于 1% >99.9% 0.01%一 1% >99% 低于 0.01% 90%一 95%

11.2 液-液萃取分离法 萃取分离法：将与水

不相混溶的有机溶剂与含有被分离组分的 试液一起振荡，使被 分离组分进入有机相 中，而与其他组分分

离的方法。反萃取：将疏水性的物质从有机相再转入水相的过程。

11.2.1 萃取分离法的基本原理1.萃取过程的本质亲水性: 物质 无机离子，极性化合物 亲水基团:一OH,一SO3H,一NH2,=NH 物质含亲水基团越多，其亲水性越强。

疏水性: 共价键化合物， 弱极性或非极性 疏水基团:一CH3,一C2H3, 卤代烷基，苯基、萘基等物质含疏水基团越多，相对分子质量越大，其疏

第11章 分析化学中的常用分离富集方法 (Methods for Separation and Enrichment)

11.1 概述1. 分离富集的目的(1)基体组成非常复杂，并且干扰组分量相对比较大的条 件 下——分离 (2)试样中待测组分的含量较低，而现有测定方法的灵敏 度 不够高——富集或分离富集

2. 对分离富集的要求: 干扰成分减少至不再干扰.待测组分有效回收.

分离后测量值 回收率(%) 100% 原始含量质量分数 回收率 大于 1% >99.9% 0.01%一 1% >99% 低于 0.01% 90%一 95%

11.2 液-液萃取分离法 萃取分离法：将与水

不相混溶的有机溶剂与含有被分离组分的 试液一起振荡，使被 分离组分进入有机相 中，而与其他组分分

离的方法。反萃取：将疏水性的物质从有机相再转入水相的过程。

11.2.1 萃取分离法的基本原理1.萃取过程的本质亲水性: 物质 无机离子，极性化合物 亲水基团:一OH,一SO3H,一NH2,=NH 物质含亲水基团越多，其亲水性越强。

疏水性: 共价键化合物， 弱极性或非极性 疏水基团:一CH3,一C2H3, 卤代烷基，苯基、萘基等物质含疏水基团越多，相对分子质量越大，其疏

篇一：全世界已发现的重金属超富集植物有500多种

全世界已发现的重金属超富集植物有500多种，其中360多种是Ni的超富集植物。

韦朝阳，陈同斌等[16]通过野外调查和栽培实验，发现了砷超富集植物蜈蚣草。其叶片含As可达5070 mg/kg，在含砷9 mg/kg的正常土壤中，蜈蚣草地下部和地上部对砷的生物富集系数分别高达71和

80。韦朝阳等[17]发现了另一种As的超富集植物大叶井口边草，其地上部分平均含As量为418 mg/kg，最大含As量可达694 mg/kg，生物富集系数为1.3～4.8。

杨肖娥、龙新宪等[18]发现了一种新的Zn的超富集植物东南景天，天然条件下东南景天的地上部分Zn平均含量为4515 mg/kg。营养液培养试验表明，其地上部分含量最高值可达19674 mg/kg。

李华和姜理英[19]等研究了耐性植物海洲香薷对Cu的吸收和积累,指出虽然地上部分Cu积累水平未达到超富集植物的要求，但由于其生物量大，根系能超富集Cu，植株Cu总积累较高，可考虑将其用于Cu污染土壤的植物修复。李红艳等[20]报道菊科植物艾蒿和滨蒿对Cu也表现出高的富集能力，其中艾蒿地上部分的Cu含量为91-698 mg/kg，滨蒿为42～259 mg/kg。范