gromacs安装教程windows

GROMACS安装：

Gromacs的安装首先需要3个文件fftw,lam-mpi,gromacs

或者可用openmpi代替lam-mpi，这里介绍用lam-mpi安装包。 fftw-3.3.2.tar.gz，lam-7.1.4.tar.gz，gromacs-4.5.5.tar.gz

1．解压

tar –zxvf fftw-3.3.2.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.4.tar.gz

tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz

2.安装lam-mpi

进入到解压出的目录下lam-7.1.4中

执行命令：./configure --prefix=HOME/lib/lam-7.1.4 --without-fc --with-rsh=\

其中—without-fc是不编译mpi77，可以去除，在天河机上编译需要去掉 再执行命令: Make

Make install

Lam安装完毕，对环境变量进行设置

Export PATH=&PATH:HOME/lib/lam-7.1.4/bin

3安装fftw-3.3.2

由于64位系统的运行环境在编译的时候可能会出现报错libfftw3f.a: could not re

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

Windows 8系统教程

Step1：U盘重装Win8系统的前期准备

准备老毛桃U盘启动盘(制作教程：如何使用老毛桃制作U盘启动盘)，并下载好win8的镜像文件放置在U盘内，或者除C盘外的其他硬盘中。

Step2:U盘重装Win8系统教程

1、将U盘插入电脑的USB接口，计算机开机或重启，当屏幕出现画面时，按下U盘启动快捷键(可点击连接查看)进入老毛桃Win PE界面，选择【1】选项，回车确认

2、打开老毛桃一键装机软件，选择“安装系统(R)”，点击“打开”浏览并选择映像文件，通常情况下都是C盘，点击“执行”(如果你没有下载镜像文件，请跳到下文的Step2-1)

3、在弹出窗口中，根据自身需求勾选选项，点击“是”

4、Win8系统安装完成后选择重启电脑，重启时务必要拔掉U盘，避免再次进入老毛桃winPE界面

5、重启后会进入第二阶段的安装，出现任何窗口都不用进行操作，等待完成即可进入win8系统桌面

Step2-1:U盘重装Win8系统方法二(在电脑联网状态下进行)

1、打开老毛桃一键装机软件，点击“系统下载”

2、选择“Windows 8.1 with Update 64位简体中文”，在这一选项下选择需要安装的系统，在这里小编选择安装第一项，点击“下一步”

3、

WES7安装过程

1.Windows本体安装过程：

先用Bootcamp助理下载驱动并且分区，然后是标准的Windows安装。 选Build an Image开始安装

2选模板Thin Client

区域选择，也可以以后改

注意，在下面Modify Features打钩，手动添加部分组件包

推荐组件包1：简体中文字体，避免乱码

推荐组件包2：国际语言包支持，以后可以在控制面板添加语言包

推荐组件包3：Windows Defender。不装这个也可以，但是以后windows会提醒你打开windows defender。然后你点它，它就弱智的把system32目录打开。

推荐组件包4：windows search。搜索功能。

其他组件包可以自己选，选完之后点Resolve Dependencies，会自动选上依赖包

好了，下面是大家关心的序列号

（1）永久激活（必须在OOBE阶段）：在第一次提示输入序列号的时候，使用 XGY72-BRBBT-FF8MH-2GG8H-W7KCW

（2）Dreamspark一年试用版，可以rearm 5次（即可用6年），登陆界面会显示Evaluation Copy，其他几乎一样：

在第一次提示输入序列号的时候，使用

Windows Mobile版外置GPS手机导航安装教程

1、如何将外置GPS手机与蓝牙GPS模块连接使用导航功能

2、如何将您下载到PC中的“凯立德ODE导航软件”文件安装到手机上 3、如何成功在您的手机上运行“凯立德ODE导航软件”

以 Windows mobile 平台多普达 D600 手机与蓝牙 GPS 模块 Holux 连接为例，介绍凯立德ODE导航产品安装过程。

1、如何将外置GPS手机与蓝牙GPS模块连接使用导航功能 打开蓝牙GPS模块的电源。

进入手机功能菜单中【设置】选择【连接】选项，点击【无线管理器】。 进入【蓝牙】功能选择【打开】，点击【完成】后保持手机蓝牙开启模式。

点击【设置】选择【连接】模式，点击【蓝牙】图标，点击【添加新设备】。

手机自动搜索到可以配对的蓝牙设备名称，点击蓝牙GPS模块【Holux_M-1000】，点击【下一步】。

手机界面弹出【密码】输入界面，一般蓝牙GPS模块密码默认0000（具体参考《蓝牙GPS模块的使用说明书》），输入密码后点击【下一步】。

手机界面弹出【合作关系设置】，【显示名称】蓝牙GPS模块Holux_M-1000，点击【完成】。

返回【设置】-【

Gromacs 中文教程（II）：结果分析

淮海一粟

MD结果分析

模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。

注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：

? ? ? ? ? ?

topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力

traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 md.log: 模拟过程的日志

附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。

Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in

使用

Windows2003服务器安装及设置教程

本系列文章第一篇：Windows2003操作系统安装图解

本文讨论的是在新硬盘上安装Windows2003，如硬盘已有数据，请先备份数据以防造成不必要的无可挽回的损失。//by /

系统要求-----对基于x86的计算机：建议使用一个或多个主频不低于550MHz(支持的最低主频为133MHz)的处理器。每台计算机最多支持8个处理器，建议使用Intel Pentium/Celeron系列、AMD K6/Athlon/Duron系列或兼容的处理器。建议最少使用128MB的RAM，最大支持32GB。对基于Itanium体系结构的计算机：使用一个或多个主频不低于733MHz的处理器。每台计算机最多支持8个处理器。RAM最小为1GB，最大为64GB。硬盘可用空间，在基于x86的计算机上，该空间大约为1.25GB到2GB，在基于Itanium体系结构的计算机上，该空间大约为3GB到4GB,如果您通过网络而不是CD-ROM运行安装程序，或者从FAT或FAT32分区执行升级(推荐使用NTFS文件系统)，那么将需要更大的磁盘空间。//by /

一、准备工作

1. 准备好Windows Server 2003 EnterPR

Gromacs 中文教程（II）：结果分析

淮海一粟

MD结果分析

模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。

注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：

? ? ? ? ? ?

topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力

traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 md.log: 模拟过程的日志

附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。

Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in