过渡态是什么

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过渡态

标签:文库时间:2024-11-08
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NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释:

NEB(nudged elastic band)是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点,其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出,弹簧势是必须的,它平行于路径切线(R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向)的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它;但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显,它改变了这个方向的实际的势能面,优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差,造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单,在NEB中称为nudge过程,即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量,每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了,而有用的平行于路径的分量完全保留;势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响,被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP,矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意,不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态

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NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释:

NEB(nudged elastic band)是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点,其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出,弹簧势是必须的,它平行于路径切线(R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向)的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它;但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显,它改变了这个方向的实际的势能面,优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差,造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单,在NEB中称为nudge过程,即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量,每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了,而有用的平行于路径的分量完全保留;势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响,被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP,矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意,不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态

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NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释:

NEB(nudged elastic band)是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点,其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出,弹簧势是必须的,它平行于路径切线(R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向)的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它;但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显,它改变了这个方向的实际的势能面,优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差,造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单,在NEB中称为nudge过程,即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量,每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了,而有用的平行于路径的分量完全保留;势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响,被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP,矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意,不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

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过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

Sobereva

Department of Chemistry, University of Science and Technology Beijing, Beijing

100083, China

前言:本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法,并讨论相关问题。由于这类算法极多,可以互相组合,限于精力不可能面面俱到展开,所以只介绍常用,或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献,做了一定修改。由于本文作为帖子发布,文中无法插入复杂公式,故文中尽量将公式转化为文字描述并加以解释,这样必然不如公式形式严谨,而且过于复杂的公式只能略过,但我想这样做的好处是更易把握方法的梗概,有兴趣可以进一步阅读原文了解细节。对于Gaussian中可以实现的方法,文中对其在Gaussian中的使用进行了一些讨论,希望能纠正一些网上流传的误区。虽然绝大多数人不专门研究计算方法,其中很多方法也不会用到,但多了解一下对开阔思路是很有好处的。

文中指的“反应”包括构象变化、异构化、单分子反应等任何涉及到过渡态的变化过程。“反应物”与“产物”泛指这些过程的初态和末态。“优化”若未注明,包括优化至极小点和优化至过渡态。势

寻找过渡态的方法(ts qst2 qst3)

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过渡态简单点说就是化学反应中瞬间形成的高自由能的不稳定复合物,形象点说就是就是反应势能面上的一个鞍点,所谓的找过渡态也就是要找到这个反应势能面上的这个鞍点,这里以DA反应作为例子简单说下我用gaussian找过渡态的经验。

Gaussian里面找过渡态主要有3种方法:TS、QST2以及QST3。这里套用gaussian手册里的说明。TS是进行过渡态而不是局部最小值的优化计算。QST2是使用STQN 方法寻找过渡态结构。这个选项需要输入反应物和产物分子结构,先后通过两组连续的标题和分子说明部分定义。注意在这两个结构中的原子顺序必需一致。TS 不能和QST2 合用。QST3是使用STQN 方法寻找过渡态结构。这个选项需要输入反应物,产物和最初的过渡态结构,先后由三组连续的标题和分子说明部分定义。注意在这三个结构中的原子顺序必需一致。TS 不能和QST3 合用。接下来贴出几个例子来说明下TS、QST2和QST3的输入文件该怎么写

%chk=c2h4_c4h6_ts %nproc=1

%mem=200mb

# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g* Title Card Required 0 1

C

〇是什么

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〇是什么?〇是太阳,火红火红的太阳,带给我们温暖。

〇是什么?〇是各种各样的球,带给我们欢乐。

〇是什么?〇是盘子,带给我们美味的食物。

〇是什么?〇是笑脸,我们人人爱。

〇是什么?〇是八月十五的月亮,带给我们温馨。

〇是什么?〇是泡泡,带给我们乐趣。

〇是什么?〇是数学当中的零,表示什么都没有。

是什么

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西控公司(存续企业)五年发展规划

中航工业西控

二Ο一Ο年

目 录

一、西控公司基本情况 ............................................................................ 3 (一)单位概况 ........................................................................................ 3 (二)民品业务基本情况 ........................................................................ 5 (三)GE矩阵综合分析 ......................................................................... 11 二、西控公司发展环境分析 .................................................................. 13 (一)具有实施的必要性 ...................................

pr是什么意思?pr是什么职位?

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篇一:pr是什么

粗浅地说网站的PR值大约可以总结为:

1、假若一个网页被其他(网站或网页)引用多次,那么这个网页就是“重要”的。

假若你的一个网页被多次引用或许被多个网页都“单独”地指向了它(单向联接)。高质量的入链数量可观,那么这个页面就是比较重要的,它就有了必定的分量。

2、假若用户翻开某一个页面后按照其时页面的引导联接字样“向前看”(类似下一个/下一页),那么用户向前看的几率也就是对政策页面的“重要性”的一个小政策(倾向越大政策越重要)。

建议和我一样的新手们,在每一个页面的适合方位适量地放置相关的引导联接字样,数量不宜过多、并且政策页面也要和其时页面有相关性,假若:其时是谈论电脑硬件的页面,你某个联接字样联接到一个引见白血病的网页,就有点“瞎说”了。(紧记:相关性很重要)。

继续分析影响网页PR值的要素:

都知道PR值从数字0到数字10,由于PR值指的是网页的权重而不是整个站点的权重,所以假若看到首页和二级频道页的PR值不一样的情况是正常的(无需大惊小怪哦)。从网站的角度来说,PR<3是有点可怜的,有待极力哦,PR=3是基础、是初步, PR=4算及格、网页还好啦,PR=5基本上可以说是“不负我心”出色的情况了,PR>=6差不多可以用优良来称谓这个

策划是什么

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策划是什么?策划就是人将知识进行组合,创造“智力成果”的一个过

程。这个定论,符合从事企业策划和文化策划类别,也符合策划的本质特征。不管是物质或精神的产品,都是一

种智力成果,而前期谋划或计划或思维最后变成现实的这个过程就是策划。 策划是什么?什么样的策划才是科学的策划?人们用什么样的方式才能达到策划目的?

知识是前人留下来的先进技能和技术,策划是什么,策划是知识创新的智能钥匙。前者是静态,后者是动态,前者是历史的,后者是未来的,静态+动态、历史+未来,就可以产生质的飞跃。 知识的首要问题是创新,人们试图在寻找创新的钥匙,要提高生产效率,促进生产力的发展,用什么手段可以变成现实。在研究许多企业的个案中,我们是否可以用这样一种理念概括:知识+策划二财富

策划是一种能力,它是一种谋略,,一种技巧,一种手段,一个计划,一次革命,如果说知识是前人留下的先进的生产和生活,那么,策划就是掌握这些技巧后同时会运用这些知识的能策划是知识的上层建筑知识是策划的必备基础策划人必须掌握知识,而且应该掌握广阔的多种知识的人,一个成功的策划人,往往是一个复合型人才。没有知识的人从事策划显然是盲人摸象。

理解知识与策划的关系,也回答

幸福是什么

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  幸福是什么?幸福是个迷,一万个人来回答,一万个答案。幸福是一种心态,一种满足,一种珍惜,

  老子说:无为而治,顺其自然,不可强求,幸福就是取决于个人的心态。

  罗素说,幸福是永远相对的,因为宝贵而珍惜,因为珍惜而幸福,这永远是获得幸福的真理。

  孩子们说:幸福是好玩的玩具,幸福是周末的假期,有好吃的糖果与朋友的分享,有漂亮的新衣裳可以炫耀,有爸爸妈妈的陪伴,这些就是孩子们的幸福。

  父母说:幸福是有子女陪伴在身旁,子女比他们过的好。幸福是每天子女都回家,幸福是一家几口围着一张桌子有说有笑吃饭,洋溢着温馨的笑容和话语。

  病人说,幸福是远离疾病和痛苦,幸福是早日康复,永远健康,幸福是舒展身心地自由呼吸

  新鲜空气。幸福是宁静、安康、温馨。

  要问我幸福是什么,幸福就是清晨睡眼惺忪的醒来,第一眼看见的是枕边人熟睡的脸庞;

  要问我幸福是什么,幸福就是上班疲累一天下班回家,有爱人递给你一块热毛巾,擦拭你那紧绷的脸颊;

  要问我幸福是什么,幸福就是爱人那脸上幸福的笑容,爱人的小动作,小嘴嘟起,头偏向一边,夹带着一声开心的‘哼’。

  幸福是什么,幸福就是一个小小的成就,幸福就是一个简单的拥抱,幸福就是一句轻声的安慰,幸福就是