基因序列检测的目的
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如何查找基因序列
很有用啊
如何查找基因序列
1. 根据文献中已知的基因ID
如果你在文献中看到你感兴趣的基因,而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了,直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把Genbank ID号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到了。(如GenBank accession number gi 16151096)”。
2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找
打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene,然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”,点击GO。搜索结果出来了,点击箭头所指的Limits, Limits的意思其实就是高级检索,你可以在这里对检索词进行很多限制,这样能大大精简查询结果。我们接着来,在Limits这个界面,先选择查询的限定范围:先选Gene name(基因名称);然后再选择Limit by Taxonomy(生物分类限定)中的Homo sapiens(人类),然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是,在Genb
第5章 目的基因的获得
目的基因的获得
第五章 目的基因的获得
目的基因的获得
第一部分 目的基因 什么是目的基因 目的基因的作用 如何得到目的基因
目的基因的获得
中心法则DNA→RNA→蛋白质 蛋白质
目的基因的获得
结构基因的基本组成 转录启动区 核糖体识别区 编码区 转录终止区
目的基因的获得
1 原核生物基因的组成 启动区 SD区 区 基因编码区 转录终止子和终止因子
目的基因的获得
原核生物的基因结构
目的基因的获得
1.1 基因编码区
多数以操纵子形式存在, 多数以操纵子形式存在,同类功能基因聚集 同一个启动子 同一个终止子 各基因分别有起译码ATG和终止码 和终止码TAA 各基因分别有起译码 和终止码 基因间存在间隔序列, 基因间存在间隔序列,也有例外
目的基因的获得
1.2 核糖体结合位点(SD序列) 核糖体结合位点( 序列 序列)mRNA中起始密码子上游 中起始密码子上游8-13 中起始密码子上游 个核苷酸处有一段富含嘌呤核 苷酸的顺序,它可以与30S亚 苷酸的顺序,它可以与 亚 基中的16S rRNA 3’端富含嘧 基中的 端富含嘧 啶的尾部互补,形成氢键结合, 啶的尾部互补,形成氢键结合, 有助于mRNA的翻译从起始密 有助于 的翻译从
基因组序列拼接 - 图文
基因组组装模型论文
2014年成都理工大学 校内数学建模竞赛论文
题 目 编 号 队编号 参 赛 队 员 姓 名 张萌立 何理 张玲玲 C题-基因组组装 9 学号 201313030206 201305090108 201308050710 专业 计科 空间 财务管理
二0一四年五月二十五日
1
基因组组装模型论文 基因组组装
队编号:9 摘要:本文所要研究的就是全基因组的从头测序的组装问题。
首先,本文简要介绍了测序技术及测序策略,认真分析了基因系列拼装所面临的主要挑战,比如reads数据海量、可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况,探讨了当前基因组序列拼接所采用的主要策略,即OLC(Overlap/Layout/Consensus)方法、de Bruijn图方法,且深入探讨了de Bruijn图方法。
其次,针对题中问题,以一条reads为基本单位,分为reads拼接和contig组装两个阶段,其中contig是由reads拼接生成的长序列片段。Reads的拼接阶段主要包括数据预处理、de-Bruijn 图、contig构建等,而contig的组装阶段主要包括序列的相对位置的确定以及重叠部分over
基于verilog的序列检测 - 图文
电子与信息工程系——Verilog数字系统设计—
实 验 名 称 序列检测 专业、年级 学 号 姓 名 以下内容由实验指导教师填写(实验内容请以批注的形式批阅) 实验项目完成情况 实验项目成绩 指导教师 时 间 年 月 日 实验八:序列检测
一:序列检测的源程序:
module jiance(RST_N,CLK,Q,F); input RST_N,CLK,Q; output F; reg F; reg [6:0] s0,s1;
always@ (posedge CLK or negedge RST_N) begin
if(!RST_N) s0<=7'b1001101; else begin s1=s1<<1; s1[0]=Q;
if (s1==s0) F=1'b1; else F=1'b0; end
第1页
电子与信息工程系——Verilog数字系统设计—
end endmodule
二:序列检测的测试代码: `timescale 1 ps/ 1 ps
module jiance_vlg_tst();
// constants // general purpose registers
基于verilog的序列检测 - 图文
电子与信息工程系——Verilog数字系统设计—
实 验 名 称 序列检测 专业、年级 学 号 姓 名 以下内容由实验指导教师填写(实验内容请以批注的形式批阅) 实验项目完成情况 实验项目成绩 指导教师 时 间 年 月 日 实验八:序列检测
一:序列检测的源程序:
module jiance(RST_N,CLK,Q,F); input RST_N,CLK,Q; output F; reg F; reg [6:0] s0,s1;
always@ (posedge CLK or negedge RST_N) begin
if(!RST_N) s0<=7'b1001101; else begin s1=s1<<1; s1[0]=Q;
if (s1==s0) F=1'b1; else F=1'b0; end
第1页
电子与信息工程系——Verilog数字系统设计—
end endmodule
二:序列检测的测试代码: `timescale 1 ps/ 1 ps
module jiance_vlg_tst();
// constants // general purpose registers
谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析
以谷子(Setaria italica)为材料,提取总RNA。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用5'RACE方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白cDNA作探针进行的Southern杂交分析表明扩增出了目的基因。将所获得的片段克隆到T载体后进行测序,
植物学通报(6):A""A,:;6!"[6!>
)*&+","-.’’"#&+/0-/#$+1
####################################################!"!!!!"研究论文!
"!!!!"
摘要
关键词
#
!
"谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析!李园莉!江元清!赵武玲"阎隆飞北京!"""#$)(中国农业大学生物学院,植物生理学与生物化学国家重点实验室以谷子(!"#$%&$&#$’&($)为材料,提取总%&’。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用(’%’)*方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白+,&’作探针进行的-./01234杂交分析表明扩增出了目的基因。将所
实验三 PCR扩增制备目的基因
反转录
概念
反转录是以RNA为模板,通过反转录酶,合成DNA的过程,是DNA生物合成的一种特殊方式。
区分:反转录与逆转录不等同。反转录是进行基因工程过程中,人为地提取出所需要的目的基因的信使RNA,并以之为模板人工合成DNA的过程;逆转录是RNA类病毒自主行为,在整合到宿主细胞内以RNA为模板形成DNA的过程。二者虽同为RNA→DNA的过程,但地点不同,相对性的来说,反转录在体外,逆转录在体内。
2反转录酶与反转录过程
反转录过程由反转录酶催化,该酶也称依赖RNA的DNA聚合酶(RDDP),即以RNA为模板催化DNA链的合成。合成的DNA链称为与RNA互补DNA(cDNA)。反转录酶存在于一些RNA病毒中,可能与病毒的恶性转化有关。人类免疫缺陷病毒(HIV)也是一种RNA病毒,含有反转录酶。在小鼠及人的正常细胞和胚胎细胞中也有反转录酶,推测可能与细胞分化和胚胎发育有关。
大多数反转录酶都具有多种酶活性,主要包括以下几种活性。
①DNA聚合酶活性;以RNA为模板,催化dNTP聚合成DNA的过程。此酶需要RNA为引物,多为色氨酸的tRNA,在引物tRNA3′-末端以5′→3′方向合成DNA。反转录酶中不具有3′→5′外切酶活性,因此没有校正功能,所以由反转
谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析
以谷子(Setaria italica)为材料,提取总RNA。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用5'RACE方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白cDNA作探针进行的Southern杂交分析表明扩增出了目的基因。将所获得的片段克隆到T载体后进行测序,
植物学通报(6):A""A,:;6!"[6!>
)*&+","-.’’"#&+/0-/#$+1
####################################################!"!!!!"研究论文!
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摘要
关键词
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"谷子肌动蛋白基因的克隆及序列分析!李园莉!江元清!赵武玲"阎隆飞北京!"""#$)(中国农业大学生物学院,植物生理学与生物化学国家重点实验室以谷子(!"#$%&$&#$’&($)为材料,提取总%&’。根据植物肌动蛋白基因编码区的两端的保守序列设计了简并引物,用(’%’)*方法扩增出了谷子肌动蛋白基因编码区序列。以豌豆肌动蛋白+,&’作探针进行的-./01234杂交分析表明扩增出了目的基因。将所
改良的降落PCR扩增中国地鼠目的基因
86 7
山西医科大学学报 ( hn i dUnv 08年 l JS ax i)2 0 Me 0月,3 (0 9 1
文章编号: 10—6 1 (0 8 1—0 7—0 0 7 6 12 0 )0 86 3
改良的降落 P R扩增中国地鼠目的基因 C宋国华一庞文彪 .,农业大学动物科技学院 )
张锐虎 刘田福 岳文斌 (山西医科大学实验动物中心,太原 000;山西,, 30 1
摘要:目的
优化 P R程序, C尝试用降落 P R扩增中国地鼠目的基因。方法 C
设计了 4对引物,用普通 P R和改良的 C降落 P R省略了常规 P R中摸索最适 C C
降落 P R扩增中国地鼠 C X1C X、 A H、 A 6部分基因。结果 C O、O 2 N D 5 N DH
普通 P R只有 1对引物扩增出特异性条带, C而
降落 P R 4引物都扩增出特异性条带, C对并与中国地鼠目的基因大小一致。结论 关键词:中国地鼠;降落 P R;退火温度; P R特异性 C C中图分类号: Q 8 71文献标识码: A
退火温度的过程,对中国地鼠一些 T值相近的基因可以使用降落 P R温度程序扩增, m C是一种行之有效的 P R方法。 C
M o fe o h wn P
肿瘤基因检测的解读流程
范文范例参考
从临床进入基因检测流程是入口,检测结果结合临床信息进行合理解读是出口,这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断,临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通,最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前,首先需要将解读的各个环节进行明确,包括解读的步骤流程,解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化,使解读过程有据可依,有章可循,才能出具一份好的临床解读报告,基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲,基因检测数据解读可分为三个步骤:原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据
将测序的原始序列数据(FASTQ)去除接头及低质量序列,经BWA软件比对至GRCh37/38(NCBI版本)或hg19/hg38(UCSC版本)人类基因组参考序列上,Picard去除重复序列,使用GATK检测SNV与Indel变异,使用ANNOVAR进行变异注释。最后获得一份.vcf文件(图1)。