miRNA芯片分析

miRNA数据库及靶基因分析软件 1.miRBase: http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/

动物 mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget,

NBmiRTar,

PicTar,

PITA,

RNA22,

RNAhybrid,

and

TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://BioInformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于

miRNA数据库及靶基因分析软件 1.miRBase: http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/

动物 mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget,

NBmiRTar,

PicTar,

PITA,

RNA22,

RNAhybrid,

and

TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://BioInformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一个关于植物microRNA数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于

已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!

使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别

Frank 20120715

miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合，抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳

定性，从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育，分化，生长等生命活动中起着非常重要的调控作用，因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域，并期待能一窥miRNA的科学奥妙。

成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，初级转录物称为pri-miRN

Human Brain Cancer miRNA PCR Array: MIHS-108Z

Anaplastic Astrocytoma: miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-125b-5p, miR-127-5p, miR-129-5p, miR-137, miR-138-5p, miR-187-3p, miR-203a, miR-218-5p, miR-296-5p,

miR-31-5p, miR-320a, miR-7-5p.

Glioblastoma: miR-101-3p, miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-128, miR-129-5p, miR-130a-3p, miR-132-3p, miR-133a, miR-133b, miR-137, miR-138-5p, miR-149-5p, miR-153, miR-16-5p, miR-181a-5p, miR-181b-5p, miR-185-5p, miR-187-3p, miR-191-5p, miR-203a, miR-21-5p, miR-210, miR-218-5p, miR-221-

已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!

使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别

Frank 20120715

miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合，抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳

定性，从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育，分化，生长等生命活动中起着非常重要的调控作用，因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域，并期待能一窥miRNA的科学奥妙。

成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，初级转录物称为pri-miRN

miRNA研究方法

尽管早在1993年，科学家就发现了第一个microRNA，但直到2003年以后，这种小RNA分子的大作用才不断被发现。研究显示：miRNA通过与转录本的相互作用，关闭或抑制基因的表达，影响了30%的基因。miRNA在多个组织中，例如正常和肿瘤组织中差异表达。因此，通过表达谱分析寻找疾病相关miRNA并进行发病机理研究，最终应用于肿瘤诊断和治疗，已经成为目前miRNA研究的重要方向。在研究中，从深度测序、miRNA芯片到通过导入化学合成的mimics/antagomirs等实现miRNA过表达和抑制，都是研究中常用的方法。同时，在miRNA研究中，生物信息学分析扮演着越来越重要的角色。

下表介绍了miRNA研究和应用中科学家关注的主要科学问题以及目前常用的研究方法。

miRNA主要研究技术

深度测序 抽提分离小分子（例如18-30nt）RNA，通过RT-PCR扩增之后，利用solexa深度测序，并进行生物信息学分析，获得miRNA表达谱。深度测序结合生物信息学分析手段，可以对海量数据进行分析，分别统计出已知的miRNA（miRNA-known）、新的miRNA（miRNA-new）以及可能的新miRNA（miRNA-cadida

上海敏芯信息科技有限公司

Affymetrix SNP芯片数据分析方案

项目一、基本分析

包括：

芯片原始数据的处理和基因分型，我们给出有统计意义的SNP列表。 描述性统计，如minor allele frequency，Hardy-Weinberg equilibrium等。 显著性检验，实验组与对照组的差异，假阳性率（FDR）的计算等。 SNP的关联分析，建立线性模型或logistic回归模型等。(所有的统计可以选择由SAS，SPSS，或S-Plus/R给出)

项目二、Copy Number Variation（CNV）的计算。

CNV是目前的一个热点研究内容。SNP芯片数据可以用于精确地计算CNV。我们提供针对SNP芯片的基于CNAG(Copy Number Analyser for GeneChip), dChip(DNA-Chip Analyzer)和CNAT(Chromosome Copy Number Analysis Tool)等算法的CNV计算结果。

项目三、SNP注释

通过SNP在染色体上的位置，利用寻找SNP可能影响的基因( or EST)。我们也可以对相应基因进行功能的注释（gene ontology ， pat

解析ZigBee上游芯片厂商

ZigBee技术是一种近距离、低复杂度、低功耗、低速率、低成本的双向无线通讯技术。主要用于距离短、功耗低且传输速率不高的各种电子设备之间进行数据传输以及典型的有周期性数据、间歇性数据和低反应时间数据传输的应用。由于其低功耗；低成本；低复杂度，低速率和组网能力强而成为备受关注的一种通信方式。群所周知，任何一项通信技术及其所属于产业的发展离不开其核心芯片支持，核心芯片的工艺，性能，价格成本决定了所属产业的发展前景，ZigBee作为一项新兴的通信技术，上游芯片厂商在其指引整个ZigBee产业发展方面扮演了非常重要的角色。本文就此来分析下现今市场上ZigBee的主要芯片供应厂商。

目前市场上ZigBee芯片提供商有：TI（Chipcon）；Freescale；Ember;Jennic；Atmel；Integration；NEC；OkI；Renesas; 等9家。其中TI；Frescale；Ember；Jennic是市场上主导的供应厂商，这四大厂商基本上垄断了整个90%的市场份额。四大巨头势力都比较均衡，Jennic之前在整体实力和名气上可能稍有欠缺，但自从被NXP收购后，至少在行业影响力方面可以和其它三家的竞争对手平

解析ZigBee上游芯片厂商

ZigBee技术是一种近距离、低复杂度、低功耗、低速率、低成本的双向无线通讯技术。主要用于距离短、功耗低且传输速率不高的各种电子设备之间进行数据传输以及典型的有周期性数据、间歇性数据和低反应时间数据传输的应用。由于其低功耗；低成本；低复杂度，低速率和组网能力强而成为备受关注的一种通信方式。群所周知，任何一项通信技术及其所属于产业的发展离不开其核心芯片支持，核心芯片的工艺，性能，价格成本决定了所属产业的发展前景，ZigBee作为一项新兴的通信技术，上游芯片厂商在其指引整个ZigBee产业发展方面扮演了非常重要的角色。本文就此来分析下现今市场上ZigBee的主要芯片供应厂商。

目前市场上ZigBee芯片提供商有：TI（Chipcon）；Freescale；Ember;Jennic；Atmel；Integration；NEC；OkI；Renesas; 等9家。其中TI；Frescale；Ember；Jennic是市场上主导的供应厂商，这四大厂商基本上垄断了整个90%的市场份额。四大巨头势力都比较均衡，Jennic之前在整体实力和名气上可能稍有欠缺，但自从被NXP收购后，至少在行业影响力方面可以和其它三家的竞争对手平

调控DNA损伤修复基因的microRNA

摘要：肿瘤的发生是个多级的过程，正常细胞的基因组受到各种各样的损伤而无法修复时，就有可能发生癌变转化为肿瘤细胞。细胞为了保护其基因组的完整性，会需要一套复杂的DNA损伤修复系统，当细胞的DNA受到损伤时，细胞就会启动该系统，引起细胞周期阻断、凋亡或者进行DNA损伤修复。放、化疗是通过引起DNA损伤而杀死肿瘤细胞的，也是一种主要的肿瘤治疗方法。损伤DNA修复蛋白，使细胞损伤无法修复，就能增加肿瘤放、化疗的效率。近年来，越来越多的证据证明microRNA（miRNA）参与DNA损失修复网络的调控过程。miRNA是一类内源性的小的非编码RNA，能在转录后水平调节基因的表达。由于其本身的特性，miRNA在许多生命进程中扮演着重要角色，本文探讨了miRNA在DNA损伤修复通路和肿瘤中的作用。

关键词：DNA损伤修复通路；miRNA；调控 1、前言

DNA损伤修复（DDR）通路是一个复杂的信号传导通路，在DNA损伤之后被激活。人体基因组DNA每时每刻都在遭受着来自体内外的各种因子的攻击而被损伤，细胞为了保护基因组的完整性，会启动DNA损伤修复系统，使细胞发生周期阻滞，最终细胞被修复或者凋亡[1]。许多研究已证实，