过渡态理论的基本要点

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过渡态

标签:文库时间:2024-11-08
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NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释:

NEB(nudged elastic band)是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点,其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出,弹簧势是必须的,它平行于路径切线(R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向)的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它;但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显,它改变了这个方向的实际的势能面,优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差,造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单,在NEB中称为nudge过程,即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量,每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了,而有用的平行于路径的分量完全保留;势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响,被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP,矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意,不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态

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NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释:

NEB(nudged elastic band)是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点,其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出,弹簧势是必须的,它平行于路径切线(R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向)的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它;但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显,它改变了这个方向的实际的势能面,优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差,造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单,在NEB中称为nudge过程,即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量,每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了,而有用的平行于路径的分量完全保留;势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响,被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP,矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意,不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态

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NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释:

NEB(nudged elastic band)是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点,其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出,弹簧势是必须的,它平行于路径切线(R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向)的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它;但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显,它改变了这个方向的实际的势能面,优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差,造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单,在NEB中称为nudge过程,即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量,每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了,而有用的平行于路径的分量完全保留;势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响,被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP,矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意,不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

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过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

Sobereva

Department of Chemistry, University of Science and Technology Beijing, Beijing

100083, China

前言:本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法,并讨论相关问题。由于这类算法极多,可以互相组合,限于精力不可能面面俱到展开,所以只介绍常用,或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献,做了一定修改。由于本文作为帖子发布,文中无法插入复杂公式,故文中尽量将公式转化为文字描述并加以解释,这样必然不如公式形式严谨,而且过于复杂的公式只能略过,但我想这样做的好处是更易把握方法的梗概,有兴趣可以进一步阅读原文了解细节。对于Gaussian中可以实现的方法,文中对其在Gaussian中的使用进行了一些讨论,希望能纠正一些网上流传的误区。虽然绝大多数人不专门研究计算方法,其中很多方法也不会用到,但多了解一下对开阔思路是很有好处的。

文中指的“反应”包括构象变化、异构化、单分子反应等任何涉及到过渡态的变化过程。“反应物”与“产物”泛指这些过程的初态和末态。“优化”若未注明,包括优化至极小点和优化至过渡态。势

寻找过渡态的方法(ts qst2 qst3)

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过渡态简单点说就是化学反应中瞬间形成的高自由能的不稳定复合物,形象点说就是就是反应势能面上的一个鞍点,所谓的找过渡态也就是要找到这个反应势能面上的这个鞍点,这里以DA反应作为例子简单说下我用gaussian找过渡态的经验。

Gaussian里面找过渡态主要有3种方法:TS、QST2以及QST3。这里套用gaussian手册里的说明。TS是进行过渡态而不是局部最小值的优化计算。QST2是使用STQN 方法寻找过渡态结构。这个选项需要输入反应物和产物分子结构,先后通过两组连续的标题和分子说明部分定义。注意在这两个结构中的原子顺序必需一致。TS 不能和QST2 合用。QST3是使用STQN 方法寻找过渡态结构。这个选项需要输入反应物,产物和最初的过渡态结构,先后由三组连续的标题和分子说明部分定义。注意在这三个结构中的原子顺序必需一致。TS 不能和QST3 合用。接下来贴出几个例子来说明下TS、QST2和QST3的输入文件该怎么写

%chk=c2h4_c4h6_ts %nproc=1

%mem=200mb

# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g* Title Card Required 0 1

C

牙体预备的基本要点

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牙体预备的基本要点

牙体预备的基本 牙体预备的基本要点 的基

某某口腔医院 徐某某

牙体预备的基本要点

牙体预备时应考虑的问题1. 保护牙体组织 2. 基牙具有良好的固位形 3. 基牙具有良好的抗力形 4. 预留修复体的空间 5. 边缘的适合性 6. 保护牙周组织 7. 多个基牙时就位道的调节 8. 实际备牙产生的问题

牙体预备的基本要点

1. 保护牙体组织 防止过度预备(造成牙髓激惹) 保留活髓(保留牙体的整体性和韧性) 过度预备抗力形丧失

牙体预备的基本要点

2. 基牙具有良好的固位形摩擦力

约束力 粘固力

牙体预备的基本要点

摩擦力 正压力 即修复体的密贴程度(小于0.2mm) 表面粗糙程度 牙的外形及洞形的几何形状 主要是牙体制备出一定聚合角度产生的 阻挡作用

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

约束力 聚合角 牙体的高度 修复体合面的厚度 牙体的直径(修复体边缘) 牙体直径、高度和聚合角的关系 辅助固位形的制约作用

牙体预备的基本要点

聚合角

牙体预备的基本要点

牙体的高度

牙体预备的基本要点

修复体合面的厚度

牙体预备的基本要

牙体预备的基本要点

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牙体预备的基本要点

牙体预备的基本 牙体预备的基本要点 的基

某某口腔医院 徐某某

牙体预备的基本要点

牙体预备时应考虑的问题1. 保护牙体组织 2. 基牙具有良好的固位形 3. 基牙具有良好的抗力形 4. 预留修复体的空间 5. 边缘的适合性 6. 保护牙周组织 7. 多个基牙时就位道的调节 8. 实际备牙产生的问题

牙体预备的基本要点

1. 保护牙体组织 防止过度预备(造成牙髓激惹) 保留活髓(保留牙体的整体性和韧性) 过度预备抗力形丧失

牙体预备的基本要点

2. 基牙具有良好的固位形摩擦力

约束力 粘固力

牙体预备的基本要点

摩擦力 正压力 即修复体的密贴程度(小于0.2mm) 表面粗糙程度 牙的外形及洞形的几何形状 主要是牙体制备出一定聚合角度产生的 阻挡作用

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

摩擦力

牙体预备的基本要点

约束力 聚合角 牙体的高度 修复体合面的厚度 牙体的直径(修复体边缘) 牙体直径、高度和聚合角的关系 辅助固位形的制约作用

牙体预备的基本要点

聚合角

牙体预备的基本要点

牙体的高度

牙体预备的基本要点

修复体合面的厚度

牙体预备的基本要

承上启下的过渡句

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篇一:小学四年级阅读训练-找出文章的过渡句

找出文章的过渡句 阅读方法点拨:

过渡句是提示文章前后之间存在联系的语句,在文中起着承上启下的作用。找到过渡句,就找到了连接前后内容的线索。

过渡的形式大致有以下几种:

一、连贯式过渡

例:下课的铃声响了,同学们立刻走出教室,来到操场上,开展各种各样的体育活动或游戏。我和小兰拿绳用力地摇,其他同学站成一排,一个接一个地进行“鱼贯式”跳绳。大家都小心翼翼地跳着,生怕因为自己跳不好而影响大家。

二、承接式

例:于是我又回忆起另一个画面,这就是所谓的“黄土高原”。

三、总分式过渡

例:小兰爱干净,这一点谁都知道。她穿的衣服,哪怕是旧衣服,也总是洗得干干净净的;她用的文具、玩的玩具总是一尘不染;她还经常剪指甲、洗头、洗脚,并且饭前便后坚持洗手呢!

四、转折式过渡

例:小兰虽然对自己要求十分严格,节俭得很,但是对班里生活有困难的同学却毫不吝啬,慷慨大方。

五、递进式过渡。

例:小兰不但自己刻苦钻研,学习成绩很好,(这是在说上一段)而且还能主动帮助别的同学搞好学习,提高成绩。(引出下一段内容)

阅读拓展训练:

蝉的一生

夏天到了,知了即将唱起歌来了。我在夏至到来的前五天听见了一只知了来到院子里的槐树上开始唱歌,时间与法布尔《昆虫记》所说的内容

5.1生态工程的基本原理导学案

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5.1生态工程的基本原理导学案

高二生物组 吴文靓

【学习目标】本节要能够简述生态工程兴起的原因,掌握生态工程的五个基本原理,并能在此

基础上分析生态问题 。

【学习重点】生态工程的五个基本原理 【学习难点】分析生态问题 【知识点一】生态工程的建设 1. 目的

遵循自然界 的规律,充分发挥资源的生产潜力,防止环境污染,达到 和 的同步发展。 2.特点

与传统工程相比,生态工程是一类 、多效益、 的工程体系。 3.产生原因

传统经济模式毁坏水、 、土壤和 ,消耗地球赠给我们的自然资本。 4.生态经济

(1)原则:“ ”。

(2)特点:一个系统产出的 ,能够成为本系统或另一个系统的 ,从而实现废弃物的资源化。 (3)手段: 。

【思考探究】1.阅读教材P107资料1分析:

“使役态”、“自发态”和“被役态”

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上次我们学习了日语的“五大态”的“可能态”“被动态”。这次继续学习“使役态”、“自发态”和“被役态”。

三、使役态

表示让别人作某种动作的表现手法。 形式:动词的未然形 + せる/させる

构成: 五段动词:把词尾「う」段上的假名变成其所在行「あ」段上的假名加「せる」。如: 書く→書かせる 買う→買わせる 飲む→飲ませる 呼ぶ→呼ばせる 持つ→持たせる 一段动词:去掉词尾「る」加「させる」。如: 寝る→寝させる 食べる→食べさせる サ变动词:「する」的未然形「さ」加「せる」。如:

勉強する→勉強させる 練習する→練習させる カ变动词:只有一个词。如: 来る→来させる

用法:根据谓语动词词性的不同,将使役态的句型大致可以分成两大类。也就是“他动词的使役态句型”和“自动词的使役态句型”。如下表所示。

他动词的使役态句型:(甲)は(乙)に…を+动词的使役态 注:这里的「に」表示被使役的对象。「を」表示动词的作用对象。 自动词的使役态句型:(甲)は(乙)を…+动词的使役态

注:这里的「を」表示被使役的对象。

例:◇おばあさんは妹に新聞を読ませた。 ◇母は弟に薬を飲ませた。

◇李先生は