gromacs续跑命令

目录

1、MAKE_NDX .........................................................................................................................................................2 2、G_TRAJ ...............................................................................................................................................................3 3、G_ENERGY另外一种用法...............................................................................................................................3 4、PDB2GMX ...................................

GROMACS安装：

Gromacs的安装首先需要3个文件fftw,lam-mpi,gromacs

或者可用openmpi代替lam-mpi，这里介绍用lam-mpi安装包。 fftw-3.3.2.tar.gz，lam-7.1.4.tar.gz，gromacs-4.5.5.tar.gz

1．解压

tar –zxvf fftw-3.3.2.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.4.tar.gz

tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz

2.安装lam-mpi

进入到解压出的目录下lam-7.1.4中

执行命令：./configure --prefix=HOME/lib/lam-7.1.4 --without-fc --with-rsh=\

其中—without-fc是不编译mpi77，可以去除，在天河机上编译需要去掉 再执行命令: Make

Make install

Lam安装完毕，对环境变量进行设置

Export PATH=&PATH:HOME/lib/lam-7.1.4/bin

3安装fftw-3.3.2

由于64位系统的运行环境在编译的时候可能会出现报错libfftw3f.a: could not re

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

教学 内容

一、投掷：投准

二、跑：变向跑(沿圆圈跑)

1、认知目标：理解投掷的基本技术原理和变向跑的技术要素。 教学 目标 2、技能目标：初步学会合理的投掷技术动作，进行器械投准的方法。学会变向跑的技术动作，掌握 好适当的身体倾斜角度和合理的摆臂方法。发展学生速度、灵敏、柔韧、协调等身体素质。 3、情感目标：通过投掷和变向跑的教学，使学生初步具有良好的组织纪律观念、竞争意识、团结协 作精神，勇于克服困难等意志品质。 课的 部分 教学内容与练习 与时 间 手段 组织教法、学法和要求 各项 内容 安排 时间 一 、 体 育 委 员 整 组织：成四列横队集(图 2' 队，报告人数 二、师生问好，宣 布课的内容和要 求 三、 处理与安排见 习生 ÖÖÖÖÖÖÖÖÖÖ ÖÖÖÖÖÖÖÖÖÖ ÖÖÖÖÖÖÖÖÖÖ ÖÖÖÖ&

制动跑偏原因分析及预防、解决措施

摘要

本文从近年来交通事故的频频发生引出了其原因之一——制动跑偏，继而对制动跑偏进行了概念方面的概括，出现原因的分析，以及针对各种原因需要采取的消除措施。

关键词：制动跑偏、原因、分析、消除措施。

? 引文

据《2004中国汽车工业年鉴》资料表明，我国属于汽车交通事故严重发生区，从每万辆车辆保有量死亡的人数来看，我国高达到44.58人，美国仅1.83人，全球平均约4人。从1998年至2003年，因交通事故造成死亡累计达57.51万人，受伤人数253.03万人，直接经济损失165.03亿元。

近年来，我国平均每年有10万人在交通事故中丧生。道路交通事故已成为威胁人们生命安全的头号“杀手”。事故带来的灾难，使一个个家庭陷入了不幸的痛苦之中。人们对出行安全的渴盼，成为社会公共安全的重要话题。

目前，交通管理工作仍道远任重，归纳起来尚有几方面问题： 1．对违章处理不规范。在交通秩序管理中，由于一些交警在路面执法过程中重处罚轻记分，默认了某些驾驶员的违章行为。成为驾驶员违章率居高不下的主要原因之一。而驾驶员违章被查后，面对罚款和记分，总是选择交罚款，而交了罚款后却心中气不顺。同时，个别执法者业务素质不

（1）gromacs(GMX) 各种文件格式详细，可以查阅GROMACS 手册第5章第6小节，以下为简要介绍。

CPT文件：该文件为模拟断点文件（check point，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（.trr）中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断（如断电，模拟人发脾气砸电脑等），可以使用该文件重新在断点处开始模拟，以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始，并延长模拟计算（见tpbconv）。

EDR文件：系统能量文件（energy，.edr）。该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等。

EPS文件：封装文件格式（.eps），并不是GROMACS自身文件格式，可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序，WINDOWS要安装其他打开程序（可以GOOGLE以下）。GROMACS的DSSP和罗麽占陀罗图等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。习惯就好。

G87文件：分子坐标文件（.g87）。该文件记录并只记录原子坐标和速度，不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。

G96文件：分子坐标文件（.g96）

100米终点冲刺跑教案

班级：高一年级 教师：江滋伟 课题 教学内容 教学目标 100米终点冲刺跑 短跑技术——终点冲刺跑、冲刺跑的辅助练习 1、认知目标：通过学习，学生基本认知100米跑终点冲刺跑的基本技术与方法。 2、技能目标：通过学习90%以上的同学掌握终点冲刺跑技术动作。 3、情感目标：培养学生吃苦耐劳的精神，学生能在学习中学会合作学习。 100米终点冲刺方法 冲刺时身体姿势的控制与学生提前减速 教学内容 时组织教法 间 学法指导 教学重点 教学难点 课的 部分 开始部分课堂教学常规 5队形： 要求：静、快、齐 一、体育委员集合整分○ ○ ○ ○ ○ ○ 精力集中、服装整齐。队，报告人数 钟 ○ ○ ○ ○ ○ ○ 师生问好声音洪亮。 ○ ○ ○ ○ ○ ○ 二、师生问好 ○ ○ ○ ○ ○ ○ 三、教师宣布本堂课 任务并安排见习生活动内容 △ 一：绕场热身跑 二、徒手操 1、扩胸振臂 2、俯背运动 3、体转运动 4、弓步压腿 5、仆步压腿 6、手腕关节运动 组织：二路纵队 8队形： 分○

Gromacs 中文教程（II）：结果分析

淮海一粟

MD结果分析

模拟结束后，就可以分析数据了。分析包括三个阶段。首先，有必要对模拟的质量进行检查，如果检查结果表明模拟良好，那么就可利用该模拟对所研究的问题作出回答；最后，不同的模拟结果可以合并。

注：文件名应该反映文件内容，这根据你的模拟系统不同而不同。这里我们假定使用默认文件名，那么就会产生以下文件：

? ? ? ? ? ?

topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； confout.gro: 结构稳健，包含最后一步的坐标和速度； traj.trr: 全部精确轨迹，包括位置、速度和随时间变化的力

traj.xtc: 压缩的轨迹文件，只包含低精度(0.001 nm)的坐标信息； ener.edr: 随时间变化的有关能量数据 md.log: 模拟过程的日志

附注：许多分析工具都能生成.xvg文件。这些文件能用xmgr或xmgrace查看，也可用python脚本程序xvg2ascii.py在终端显示出来。

Each group writes one report. For general questions a single answer should be given in