MEGA软件

MEGA软件的使用

Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑

Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：

单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：

从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：

浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：

此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Seq

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

MEGA 6.06的简易使用指南

第一步：打开软件

下面介绍菜单的使用：

Data菜单：

Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着

比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；

Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单： retive sequence

from file 和saved aligment session ；

Close: 关闭当前的比对数据文件；

MEGA 6.06的简易使用指南

Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；

Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选

择：MGTA 和FASTA.

DNA sequence ：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的

数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标

签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。

Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残

基位点来对待。

Translate/untranslate ：只有比对的序列是

MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）

本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的

分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。

1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。 想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。所以我们以后者为例。

2. 打开MEGA软件，选择主窗口的”File” → “Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多

序列间遗传距离的计算

1. 导入比对好的“*.meg”格式数据。 2. 数据划分

（1）序列数据的基因和域（genes & domains）的指定和选择

在MEGA中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过Spin翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/Select Genes & Domains”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出的“Genes/Domain Organization”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site项显示出选定范围内的位点总数），“Codon Start”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1st site”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口

富士变频器MEGA系列样本

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高性能多功能型变频器

东莞荣兴电机有限公司联系电话：１３５４４６５９９６７

地址：东莞市南城区宏成五金城０２栋

MCH642d

富士变频器MEGA系列样本

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FRENIC-MEGA的卓越性能堪称业界最高峰。FRENIC-MEGA是集中投入富士电机技术精髓而开发的高性能多功能变频器。凭借本公司独有的先进技术，实现了业界最高峰的控制性能。 FRENIC-MEGA通过提高“基本性能”广泛的用途”维护性能”环保性能”以追求、““、“、,“适应所有设备”的变频器。 FRENIC-MEGA在不断追求业界最高名望的进程中，也将大大刷新通用变频器的概念。 如今，这款变频器即将上市。

高性能多功能型变频器特征

Maximum Engineering for Global Advantage丰富的机型

提高控制性能对应带速度传感器矢量控制、无速度传感器矢量控制、动态转矩矢量控制、 V/f控制和多种控制。提高电流响应、速度

美格 — 62使用说明书

感谢选用美格62产品。MEGA62是本公司继MEGA64之后又一鼎力之作。为当今供水行业顶级专家厚积薄发，博采众家之长，精心打造的恒压供水行业的航空母舰。该控制器性能卓越，功能强大，为简单应用用户提供更加稳定可靠的性能；为复杂尖端应用用户提供了更加灵活自由的供水设计解决方案 。62沿用了64蓝底白字四行八位的液晶屏全中文显示模式，并可直接挂接彩色触摸屏，操作更加直观简单方便。该机器具有如下功能特点：

1、 多泵组设计，六台大泵加两台附属小泵，大泵、小泵皆可变频工频任意状态设定。所有泵皆

可实现故障互投或作处理对策。

2、 分体结构，主机与显示器或触摸屏、上位机可分离。专家自整定+模糊控制+现场优化经验处

理，更符合供水控制特点。

3、 界面美观，操作直观，全中文显示，分级菜单设定，无底层代码，无说明书也能自如设定应

用；高低级功能设置，特殊场合亦可满足复杂要求。

4、 控制模式、停车方式、大小分时、实时时间、目标值、当前值、频率、泵状态、各种报警均

可同步显示；换泵倒计时、巡检倒计时、公司信息、电话、消防、休眠等等一目了然。 5、 控制安全，各种工况处理对策可选。

6、 双恒压可选，可通过开关量设定稳压值，或者决定消防功能启用与关闭。

软件学院软件工程领域（代码:430113）

工程硕士研究生培养方案-2012版

一、培养目标和基本要求

软件工程领域专业硕士的培养目标是面向国民经济信息化建设和发展需要、面向企事业单位对各类软件工程人才的需求，培养高层次、实用型、复合型软件工程技术和软件工程管理人才。

其培养要求如下：

1、较好地掌握马克思主义、毛泽东思想和邓小平理论；拥护党的基本路线和方针、政策；热爱祖国；遵纪守法，具有良好的职业道德和创业精神，积极为我国经济建设和社会发展服务。

2、应面向产业和领域需求，具有坚实的基础理论、系统的专业知识，具有创新和理性的创新创意创业冒险意识，具有运用先进技术方法和现代技术手段解决工程问题的能力，具有独立从事软件与工程研发，以及承担工程项目的组织与管理能力。

3、较好地掌握一门外语，具备良好的阅读、理解和撰写外语资料的能力和进行国际化交流的能力。

二、专业方向简介

为了满足不同领域软件工程急需人才的细分要求，软件工程领域专业硕士的培养设立以下十一个专业方向：

1.软件工程与管理（简称：软工）

本专业知识域覆盖了从软件需求分析到维护的全生命周期相关知识和技术，从技术的角度着力培养学生的软件系统分析设计与架构能力；从管理的角度着力培养学生的软件项目统筹规划和管理控

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Discovery v2004/2007/5000 地震测井

DoubleFox（双狐）v2004/06/07/08/09 地质制图、坐标工具及地震解释系统

DSS v2006/2008 储层动态监测管理系统

Eclipse v2004/05/07/08 数值模拟软件

Ecrin v4.00/4.02/4.09/4.10/4.12beta 动态流动分析平台

Emeraude v2.4/2.42/2.5 生产测井解释

EPS(pansystem、wellflo模块) v3.4 试井解释、流体分析

EPS（包括DynaLift、PanSystem、FloSystem、MatBal、Panscan、Reo、

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