转录组分析流程

真核基因组分析常规流程

一，二代数据质量控制

二代测序数据质量控制软件FastQC 分析的内容包括： 测序数据的基本信息 每个碱基的质量值

每条reads序列的质量值 每条序列的ATCG组成 每条序列N的含量 每条序列的长度分布 序列中duplication程度 K-mer信息

软件信息：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

二，数据过滤

过滤掉低质量值的reads 过滤掉接头

过滤掉N含量多的reads 过滤掉长度过短的reads 过滤掉PCR重复 三，组装

组装软件可以根据基因组情况选择，具体方法参看软件说明。

四，组装结果评估

1） 将组装用reads回贴到组装的基因组上，看reads mapping rate 来评估组装的质量

可以使用bwa来比对，samtools来统计 2） 使用CEGMA来评估组装的完整性

CEGMA (Core Eukaryotic Genes Mapping Approach) is a pipeline for building a setof

high reliable set of gene annotations i

转录组ref流程工作手册

一、Reference 流程生物学原理 1.1 实验流程

Total RNAeukaryoteEnriched mRNA by OligoTprokaryoteRemove rRNARNA fragment(200~700 bp)Random hexamer primed cDNA synthesisSize selection,then PCR amplificationSolexa Sequencing 图一：转录组实验流程

当我们得到样品时，必须对其测序，才能得到分析所需的数据。测序基本过程：提取样品总RNA后，用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，

转录组ref流程工作手册

一、Reference 流程生物学原理 1.1 实验流程

Total RNAeukaryoteEnriched mRNA by OligoTprokaryoteRemove rRNARNA fragment(200~700 bp)Random hexamer primed cDNA synthesisSize selection,then PCR amplificationSolexa Sequencing 图一：转录组实验流程

当我们得到样品时，必须对其测序，才能得到分析所需的数据。测序基本过程：提取样品总RNA后，用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，

第一章 转录组及转录组测序 第一节 前言

1953年，沃森与克里克对DNA双螺旋结构的精确描绘开创了生命科学的黄金时代，随后如火如荼的开展起来的人类基因组计划建立起庞大复杂的基因组数据库 使人类对了解生命本源和控制生命进程燃起无限憧憬。随着越来越多的基因测序工作渐渐完成，一本“写满生命密码的天书” 呈现在我们面前, 然而，接下来的问题更纷扰而至： 1) 这些基因有什么功能？

2) 不同的基因参与了哪些细胞内不同的生命过程？ 3) 基因的表达是如何调控的呢？

4) 基因与基因产物之间是如何相互作用的呢？

5) 相同的基因在不同的细胞内的表达水平有差异吗？

6) 相同的基因处于疾病和治疗状态下的表达水平会有哪些改变？ 如何读懂这本“天书”是目前横亘在科学家们面前严峻的挑战。

因此，在人类基因组项目后，转录组学，蛋白组学，代谢组学等组学不断涌现，生命科学研究已经跨入后基因组时代。其中，转录组学作为一个率先发展起来的学科是研究细胞表型和功能的一个重要手段，转录组高通量测序技术开始在生物学前沿研究中得到了广泛的应用。

第二节

摘 要

此战略群组案例分析中，我们分析的主体是目前发展迅速的中国智能手机行业。智能手机(Smartphone)，是指“像个人电脑一样，具有独立的操作系统，可以由用户自行安装软件、游戏等第三方服务商提供的程序，通过此类程序来不断对手机的功能进行扩充，并可以通过移动通讯网络来实现无线网络接入的这样一类手机的总称”。

智能手机行业具有更新换代快、技术含量高、创新性研发需求大、品牌效应高、重视用户体验、产品类型多元化、营销方式丰富等主要要、特点。由于智能手机行业的产品多元化、企业之间竞争激烈、市场变化快，很难用几个具体的维度将其分为不同且清晰的战略群组。为了研究战略群组的特点和竞争状况，我们采取综合技术研发能力和品牌塑造力度两个维度来区分战略群组，将智能机市场分为高端、中高端、中低端、低端四个战略群组。高端群组的特点概括为发展战略中的垂直一体化战略，中高端战略特点主要为品牌效应的塑造，中低端的战略特点为扩大市场占有，低端群组的特点为稳定战略中的利润战略。

本案例分析从行业环境的情况和战略群组的划分情况出发，通过实际例子概括出将各群组内的相似战略与群组内企业的对比和竞争，最后总结出组群之间的竞争格局和态势。

转录组分析

研究背景：

RNA-Seq是通过结合实验和计算方法来鉴定生物样品中RNA序列的种类和丰度的一种技术。通过RNA-seq，我们就能够确定单链RNA分子中ATCG的顺序。整个过程主要包括：从细胞或组织中提取RNA分子、文库的构建以及后继的生物信息学数据分析。RNA-Seq技术具有许多早期研究方法（如：微阵列）所不具备的优点，如：RNA-Seq平台的高通量、新技术所带来的高灵敏度、发现新转录本、新基因模型以及非编码RNA的能力等。

RNA-Seq技术的到来，使人们认识到，无论是单细胞模式生物还是人类，我们对其转录组的认知异常匮乏。而RNA-Seq产生的新的数据，则可以帮助我们发现基因结构上的巨大差异、鉴定出新的转录本以及能够对small non-coding RNA和lncRNAs有着更好的了解。而且随着测序花费的降低，RNA-Seq的优势体现的更加明显。

服务流程：

样品选取

利用Oligo-dT富集mRNA

mRNA片段化

cDNA合成

末端修复、加polyA、加接头，PCR扩增

数据分析

测序方案：

内容：TotalRNA检测，普通转录组文库构建及测序及信息分析。 测序方式：H

上海众信生物技术有限公司

数据分析报告

2013年5月1日

XX转录组合并数据分析报告

目 录

1．分析要求 ....................................................................................................................................................3 2．分析流程及结果.......................................................................................................................................3 2.1 实验流程 ...............................................................................................................................................3 2.2 数据分析流程 ...........

机械原理

机 构运 动 析 基

上 机 指 导 书

本 杆组 法 分

Ⅱ级机构的杆组分析法通用子程序设计

随着计算机的普及，用解析法对机构进行运动分析得到越来越广泛的应用。解析法中有矢量方程解析、复数矢量、杆组分析、矩阵运算等方法。本文采用杆组分析的方法，设计通用的Ⅱ级杆组子程序，可对一般的Ⅱ级机构进行运动分析。

1. 单杆运动分析子程序

单杆的运动分析，通常是已知构件三角形△P1P2P3的边长l、r夹角α以及构件上某基

点P1的运动参数x1，y1，x’1，y’1，x’’1，y’’1和构件绕基点转动的运动参数θ，θ’，θ’’，要求确定构件上点P2和P3的运动参数。 显然，由图1可得下列关系式：

x2=x1+lcosθ， y2=y1+lsinθ x’2=x’1-lsinθθ’， y’2=y’1+lcosθθ’

2 2

x’’2=x’’1-lsinθθ’’-lcosθθ’, y’’2=y’’1+lcosθθ’’-lsinθθ’ x3=x1+rcos(θ+α)， y3=y1+rsin(θ+α) x’3=x’1-(

DNA复制、基因控制蛋白质合成 一、DNA和RNA的比较 项 目 全 称 化 学 组 成 单位 碱 基 五碳糖 无机酸 DNA 脱氧核糖核酸 脱氧核糖核苷酸（4种） A、T、G、C 脱氧核糖 磷酸 规则的双螺旋结构 通常只有一类 真核生物、原核生物、某些DNA病毒 真核生物主要分布在细胞核中，在线粒体、叶绿体中也有；原核生物主要分布在拟核，在细胞质中也有如细菌质粒。 RNA 核糖核酸 核糖核苷酸（4种） A、U、G、C 核糖 磷酸 单链结构 mRNA、tRNA、rRNA三类 少数病毒如AIDS、SARS、流感病毒、烟草花叶病毒 真核生物主要分布在细胞质中，在细胞核中也有；原核生物分布在细胞质中。 空间结构 种 类 实 例 分 布 相同点 （1）都具有磷酸及碱基A、G、C。 （2）两者都是核酸，核酸中的碱基序列就代表着遗传信息。 注：mRNA即信使RNA呈单链，是以DNA的一条链为模板转录出来的，它是翻译的模板；tRNA呈“三叶草”型，是翻译时转运氨基酸的工具；rRNA也呈单链，它与蛋白质组成核糖体的成分。 【例1】关于DNA和RNA的组成及结构的说法正确的是( )

A．人体细胞中都有5种碱基和8种核苷酸 B．硝化细菌的遗传物质由5种碱基

HIV

第２期

２００６年４月

第６卷

中国食品学报

ＪｏｕｒｎａｌｏｆＣｈｉｎｅｓｅＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｏｏｄＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ

Ｖｏｌ．６Ｎｏ．２Ａｐｒ．２００６

苜蓿多糖的提纯组分对ＨＩＶ逆转录酶和蛋白酶活性

的抑制作用

张丽萍

张东杰

冯

昆

（黑龙江八一农垦大学食品学院

摘要

大庆市１６３３１９）

目的：研究苜蓿初步提纯组分的得率及纯化组分对ＨＩＶ逆转录酶和蛋白酶活性的体外抑制效果。方法：

使用热水浸提法提取芷蓿粗多糖，经ＤＥＡＥ－纤维素柱分段洗脱，得Ｓ１、Ｓ２、Ｓ３、Ｓ４４种组分；采用试剂盒对体外

ＨＩＶ逆转录酶和蛋白酶活性的抑制作用进行检测比较。结果：Ｓ３和Ｓ４对ＨＩＶ逆转录酶活性的抑制率较高，分别

为９９．６％和７６．７％；Ｓ１、Ｓ２对ＨＩＶ蛋白酶活性的抑制率较高，分别为５８．６％和５５．９％。结论：Ｓ３和Ｓ４表现出对ＨＩＶ逆转录酶活性有很强的抑制作用，Ｓ１、Ｓ２对ＨＩＶ蛋白酶活性有较强的抑制作用。关键词文章编号

苜蓿多糖

提纯组分

ＨＩＶ逆转录酶ＨＩＶ蛋白酶抑制率

１００９－７８４８（２００６）０２－００５９－０４

苜蓿（ＭｅｄｉｃａｇｅｓｔａｔｉｖａＬ．）为一年生或多年生高蛋白植物，是重要的饲料作物，素有“牧草之王”的美称，其较高的营养价值受到