简述对细菌进行分类鉴定的方法

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、 潜在新菌的确定

拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、 选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、 购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、 潜在新菌的确定

拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、 选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、 购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些

16S rDNA鉴定细菌的方法

细菌16S rDNA鉴定主要分为7个部分：

1.提取细菌基因组DNA,

2.设计/选择引物进行PCR扩增，电泳检测纯度与大小。 3.琼脂糖凝胶电泳分离 4.胶回收目的片段 5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。 7.构建系统进化树

试剂：

1.1培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基（培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进行洗涤。）。 1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。冷却到室温后调pH，每升高1℃，pH大约下降0.03个单位。 1.3 0.5M EDTA（pH8.0）（1L）：186.1g Na2EDTA?2H2O，用NaOH调pH至8.0（约20g）,高温高压灭菌，室温保存。

1.4 10×TE Buffer(pH7.4，7.6，8.0)（1L）：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。1M Tris-HCl（pH7.4，7.6，8.0）取100ml，0.5M EDTA（pH8.0）

16S rDNA鉴定细菌的方法

细菌16S rDNA鉴定主要分为7个部分：

1.提取细菌基因组DNA,

2.设计/选择引物进行PCR扩增，电泳检测纯度与大小。 3.琼脂糖凝胶电泳分离 4.胶回收目的片段 5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。 7.构建系统进化树

试剂：

1.1培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基（培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进行洗涤。）。 1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。冷却到室温后调pH，每升高1℃，pH大约下降0.03个单位。 1.3 0.5M EDTA（pH8.0）（1L）：186.1g Na2EDTA?2H2O，用NaOH调pH至8.0（约20g）,高温高压灭菌，室温保存。

1.4 10×TE Buffer(pH7.4，7.6，8.0)（1L）：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。1M Tris-HCl（pH7.4，7.6，8.0）取100ml，0.5M EDTA（pH8.0）

16S rRNA在细菌分类鉴定研究中的应用

维普资讯 http://www.77cn.com.cn

动物医学进展。0 6 2 ( 1:5 1 2 0, 7 1 ) 1—8Pr gr s n e e i r e ii o e s i V t rna y M d cne

1 RNA在细菌分类鉴定研究中的应用 Sr 6刘文强，贾玉萍。赵宏坤。,( .城大学农学院，东聊城 2 2 5;. 1聊山 5 0 92山东大学生命科学学院，山东济南 2 2 0; 5 10

3山东农业大学动物科技学院， .山东泰安 21 1) 7 0 8中图分类号：8 2 6￥ 5 .1文献标识码： A文章编号：0 75 3 ( 06 1—0 50 1 0—0 82 0 ) 10 1—4

该湖大摘要：菌的 1核糖体 RNA( io o 善，技术已应用于海洋、泊和土壤、气微生物细 6S r s me b 2] R NA,R r NA)其在进化上的特征性序列，菌群和病原微生物等环境微生物多样性的分析[。以

6Sr NA作为细菌分子鉴定的依据现已被广泛用于细菌分类和鉴定的分子指 1 1 R标。其具体操作是，以聚合酶链式反应 ( C分离细菌样本中的 1 R P R) 6S r NA

环丝菌属(Brochothrix) 李斯特氏菌属(Listeria) (Paenibacillaceae) (Ammoniphilus) (Aneurinibacillus) (Brevibacillus) (Cohnella) (Oxalophagus) (Paenibacillus) (Thermicanus) (Thermobacillus) (Planococcaceae) (Filibacter) (Kurthia)

(Planococcus) (Planomicrobium) (Sporosarcina)

芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae) (Marinococcus) (Sinococcus)

芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus) (Tuberibacillus)

葡萄球菌科(Staphylococcaceae) 孪生菌属(Gemella) (Joetgalicoccus) (Macrococcus) (Salinicoccus)

葡萄球菌属(Staphylococcus) (Thermoactinomycetaceae) (Laceyella)

(Mechercharimyces) (P

细菌分类表

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中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。 参见：细菌。

目录

[隐藏]

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1 酸杆菌门(Acidobacteria)

o 1.

菌落

定义：指单个细菌在平板培养基上生长繁殖，形成单一肉眼可见的细菌集团。 菌落特征：大小、形状、边缘、颜色、表面、透明度、湿润度、黏度、溶血性。 2、细菌在液体培养基中的生长现象 混浊

沉淀：多见于链状排列的细菌。 菌膜：多见于厌氧菌。

3、细菌在半固体培养基中的生长现象 有鞭毛细菌：

在培养基中沿穿刺线并向外扩散生长，穿刺线边缘模糊。 无鞭毛细菌：

只沿穿刺线生长，穿刺线边缘清晰。

生化试验鉴定：糖发酵试验、淀粉实验、油脂水解试验、吲哚实验、M.R.及V.P的原理及方法。

1.淀粉水解试验

1.将固体淀粉培养基熔化后冷却至50℃左右，无菌操作制成平板。 2.用记号笔在平板底部划成4部分。

3.将枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌分别在不同的部分点种，在平板的反面分别在4部分写上菌名。

4将平板倒置在37℃温箱中培养48h。

5观察各种细菌的生长情况，打开平板盖子，滴入少量卢氏碘液于平板中，轻轻旋转平板，使碘液均匀铺满整个平板。如菌苔周围出现无色透明圈，说明淀粉已被水解，为阳性。透明圈的大小可初步判断该菌水解淀粉能力的强弱，即产生胞外淀粉酶活力的高低。 2油脂水解试验

1将熔化的固体油脂培养基冷却至50℃左右时，充分摇荡

肠杆菌

1.肠杆菌属

产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、聚团肠杆菌、阿斯布肠杆菌、河生肠杆菌生物1群、河生肠杆菌生物2群、中间肠杆菌、格高非肠杆菌、阪崎肠杆菌、泰洛肠杆菌

2.埃希菌属

大肠埃希菌、福格森氏埃希菌、不活跃大肠埃希菌、伤口大肠埃希菌、赫尔曼氏埃希菌

3.沙雷菌属

粘质沙雷菌、深红沙雷菌、无花果沙雷菌、泉居沙雷菌、芳香沙雷菌1群、芳香沙雷菌2群、晋城沙雷菌、液化沙雷菌 4.克雷伯菌属

肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、鼻硬节克雷伯菌、产酸克雷伯菌、解鸟氨酸克雷伯菌

5.变形杆菌属

奇异变形杆菌属、普通变形杆菌、潘尼变形杆菌

6.普罗威登斯菌属

产碱普罗威登菌、斯图普罗威登菌、雷极普罗威登菌、拉氏普罗威登菌

7.沙门菌属

猪霍乱沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、伤寒沙门菌、雏白利沙门菌

8.枸橼酸杆菌

弗旁地枸橼酸杆菌、异型枸橼酸杆菌、丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌

9.爱文菌属 美洲爱文菌

10.布特维西菌属 水生布特维西菌

11.爱德华菌属

迟缓爱德华菌、保科爱德华菌

12.巴提奥杆菌属

乡间巴提奥杆菌

13.哈夫尼亚菌属

蜂房哈夫菌属

14.西地西菌属

戴氏西地西菌、拉氏西地西菌、奈氏西地西菌

15.摩根菌属

摩根摩根菌

细菌的染色方法

细菌的染色方法主要有革兰氏染色,抗酸色法和特殊染色法(包括英膜染色法,芽抱染色法,鞭毛染色法 )

1.革兰氏染色法:

1)器材:金黄色葡萄球菌,大肠杆菌,结晶紫染液, 革兰氏碘液, 0.4 %复红乙醇液,接种环,酒精灯,载玻片等。

2)方法:先制片,接着染色。

( l ) 结晶紫染液染色1分钟, 水冲洗; ( 2 ) 革兰氏碘液色1分钟; 水冲洗;

( 3 ) 0.4 %复红乙醇液染色3秒钟,水冲洗,吸纸吸干后镜检。 2.抗酸染色法:

1)器材:卡介苗与大肠杆菌和葡萄球菌的混合菌液,石炭酸复红,3 % 的盐酸酒精,碱性美兰染液,接种环,酒精灯,载玻片等。 2)先制片,接着染色。 ( l )石炭酸复红染液先沸水浴1 0分钟, 滴加2一3滴覆盖菌膜染色5分钟,水冲洗;( 2 ) 3 % 的盐酸酒精脱色3 0秒钟,水冲洗;

( 3 )碱性美兰复染3 0秒钟,水冲洗, 吸水纸吸干后镜检. 3.芽抱染色法:

1)器材:破伤风杆菌厌氧培养物,5 % 孔雀绿水溶液,0.5 % 沙黄水溶液,载玻片,酒精灯等。 2)先制片,接着染色。

( l ) 加孔雀绿染液2一3滴于小试管中,并使其与菌液混合均匀,然后将试竹放厂沸水浴的烧杯中,加热染色15分