ncbi核酸序列分析

核酸序列分析

1、核酸序列检索

可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。在同时检索多条序列时，可通过罗逻辑关系式按照GenBank接受号进行批量检索。如用“AF113671 [ac] OR AF113672 [ac]”可同时检索这两条序列。其中“[ac]”是序列接受号的描述字段。

2、核酸序列的基本分析

（1）分子质量、碱基组成、碱基分布

分子质量、碱基组成、碱基分布可通过一些常用软件等直接获得。如:

BioEdit（http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html），

DNAMAN（http://www.77cn.com.cn）。

（2）序列变换

进行序列分析时，经常需要对DNA序列进行各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向序列、显示DNA双链、转换为RNA序列等。这些用DNAMAN软件可很容易实现，这些功能集中在Sequence→Display，从中可选择不同的序列变换方式对当前通道的序列进行转换。

（3）限制性酶切分析

该方面最好的资源是限制酶数据库（Restriction Enzyme Database，REBASE）。REBASE数据库（http://www.77cn.

1、 请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。

① 开Genbank主页（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/），②database选择

“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”

② 单击“search”后得到以下页面：

③ 然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。

序列内容如下：

序列内容各部分意思如下：

Go to:

LOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类） 27-APR-1993 （修正日期）

DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征） ACCESSION K01786 （检索号）

VERSION K01786.1 GI:176550 （版本信息）

KEYWORDS origin of replication. （关键词

一：NCBI简介

NCBI的GenBank与DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。

GenBank 有来自于70,000多种生物的核苷酸序列。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。（是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据

库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，

用BankIt向NCBI在线提交序列

向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。

1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;

2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。

附 注册账号步骤，需要填写的项目为： Title：你的职位或头衔 First name：名 last name：姓 login：登陆名

Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址

E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;

3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自

用BankIt向NCBI在线提交序列

向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。

1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;

2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。

附 注册账号步骤，需要填写的项目为： Title：你的职位或头衔 First name：名 last name：姓 login：登陆名

Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址

E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;

3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自

NCBI

NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍

理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立

后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务：

建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知

实验三、核酸序列分析、常用分子信息学软件使用

1 、用BioEdit等软件进行序列分析

用BioEdit打开FASTA格式的序列

Sequence-->Nucleic acid-->

1）Sequence-->Nucleic acid-->Nucleotid composition

DNA molecule: gi|725605238|ref|XM_010330964.1| PREDICTED: Saimiri boliviensis boliviensis interferon, lambda 3 (IFNL3), mRNA

Length = 744 base pairs

Molecular Weight = 227718.00 Daltons, single stranded

Molecular Weight = 453776.00 Daltons, double stranded

G+C content = 61.56%

A+T content = 38.44%

Nucleotide Number Mol%

A 141 18.95

C 251 33.74

G 207 27.82

T

第1章 差分方程和滞后算子

第一节 差分方程

一．一阶差分方程

假定t期的y（输出变量）和另一个变量w（输入变量）和前一期的y之间存在如下动态方程：

yt??yt?1?w （1）

则此方程为一阶线性差分方程，这里假定w为一个确定性的数值序列。差分方程就是关于一个变量与它的前期值之间关系的表达式。一阶差分方程的典型应用为美国货币需求函数：

mt?0.27?0.72mt?1?0.19It?0.045rbt?0.019rct

wt?0.27?0.19It?0.045rbt?0.019rct

其中mt为货币量，It为真实收入，rbt为银行账户利率，rct为商业票据利率。 1）用递归替代法解差分方程 根据方程（1），可以得到

012?ty0??y?1?w0y1??y0?w1y2??y1?w2 （2） ?yt??yt?1?wt如果我们知道t??1期的初始值y?1和w的各期值，则可以通过动态系统得到任何一个时期的值。即

yt??t?1y?1??tw0??t?1w1?....?wt （3）

这个过程称为差分方程的

1、ARIMA模型 1.1 模型的适用条件与构建过程 1.2 EVIEWS操作简单说明 1.3 模型构建实例2、季节时间序列模型 2.1 确定性季节时间序列模型 2.2 随机性季节时间序列模型

时间序列建模分析 及EVIEWS应用

1、ARIMA模型 1.1 模型的适用条件与构建过程 1.2 EVIEWS操作简单说明 1.3 模型构建实例2、季节时间序列模型 2.1 确定性季节时间序列模型 2.2 随机性季节时间序列模型

目录1、ARIMA模型1.1 模型的适用条件与构建过程 1.2 EVIEWS操作简单说明 1.3 模型构建实例

2、季节时间序列模型2.1 确定性季节时间序列模型 2.2 随机性季节时间序列模型

1、ARIMA模型 1.1 模型的适用条件与构建过程 1.2 EVIEWS操作简单说明 1.3 模型构建实例2、季节时间序列模型 2.1 确定性季节时间序列模型 2.2 随机性季节时间序列模型

时间序列的预处理：拿到一个时间序列后，首先要对它的平 稳性和纯随机性进行检

1 第1章 差分方程和滞后算子

第一节 差分方程

一．一阶差分方程

假定t 期的y （输出变量）和另一个变量w （输入变量）和前一期的y 之间存在如下动态方程：

1t t y y w φ-=+ （1）

则此方程为一阶线性差分方程，这里假定w 为一个确定性的数值序列。差分方程就是关于一个变量与它的前期值之间关系的表达式。一阶差分方程的典型应用为美国货币需求函数：

10.270.720.190.0450.019t t t bt ct m m I r r -=++--

0.270.190.0450.019t t bt ct w I r r =+--

其中t m 为货币量，t I 为真实收入，bt r 为银行账户利率，ct r 为商业票据利率。

1）用递归替代法解差分方程

根据方程（1），可以得到

010********

1

2

t t t

y y w y y w y y w t y y w φφφφ--=+=+=+=+

（2） 如果我们知道1t =-期的初始值1y -和w 的各期值，则可以通过动态系统得到任何一个时期的值。即

11101....t t t t t y y w w w φφφ+--=++++