gwas曼哈顿图如何分析

自己制作的教程,简单易懂易操作!

R语言制作曼哈顿图-自编教程

一、TXT文件格式

（1）在excel格式（带表）头如下：

（2）“另存为”“文本文件（制表符分割）（*.txt）”

二、R语言制图

1、改变所在R语言工作目录（所在文件目录）

2、更改所编程语言的检验水平线（P=0.05和P=0.01）

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在“1”和“2”处的取值分别代表着显著水平（P<0.05）和极显著水平（P<0.01），分别取值为：0.05÷SNP数目。

3、更改导入的“TXT”文件和保存的“pdf”文件名：

程序语言如下：（只输入双虚线中间的语言部分）

==========================================================

manhattan<- function(dataframe, pchsize=19, colors=c("gray10", "gray100"), ymax="max", limitchromosomes=1:19, suggestiveline=-log10(1.78916E-08), genomewideline=-log10(8.94582E-08), annotate

Chapter 3: 主谓一致

注意主语和谓语之间构成的逻辑意义相符合

Wrong: The development of a hydrogen car based on expected performance parameters will be able to travel hundreds of miles without refueling.

Right: Once developed, a hydrogen car based on expected performance parameters will be able to travel hundreds of miles without refueling.

主语谓语之间必须做到单复数相符合

Eliminate the middlemen and Skip and warmup (准确做到正常的跳读) 没有必要的句子成分尽量少读 介词短语，从句，其他修饰成分 善于利用句子的机构去判断单复数

The tidal forces to which an object falling into a black hole is subjected are sufficient

全基因组关联分析(GWAS)解决方案

※ 概述

全基因组关联研究（Genome-wide association study，GWAS）是用来检测全基因组范围的遗传变异与 可观测的性状之间的遗传关联的一种策略。2005年，Science杂志报道了第一篇GWAS研究——年龄相关性黄 斑变性，之后陆续出现了有关冠心病、肥胖、2型糖尿病、甘油三酯、精神分裂症等的研究报道。截至2010年 底，单是在人类上就有1212篇GWAS文章被发表，涉及210个性状。GWAS主要基于共变法的思想，该方法是 人类进行科学思维和实践的最重要工具之一；统计学研究也表明，GWAS很长时期内都将处于蓬勃发展期（如 下图所示）。

基因型数据和表型数据的获得，随着诸多新技术的发展变得日益海量、廉价、快捷、准确和全面：如

Affymetrix和Illumina公司的SNP基因分型芯片已经可以达到2M的标记密度；便携式电子器械将产生海量的表型 数据；新一代测序技术的迅猛发展，将催生更高通量、更多类别的基因型，以及不同类别的高通量表型。基于 此，我们推出GWAS的完整解决方案，协助您一起探索生物奥秘。

※ 实验技术流程

※ 基于芯片的GWAS

Affymetrix公司针对人

Chapter 3: 主谓一致

注意主语和谓语之间构成的逻辑意义相符合

Wrong: The development of a hydrogen car based on expected performance parameters will be able to travel hundreds of miles without refueling.

Right: Once developed, a hydrogen car based on expected performance parameters will be able to travel hundreds of miles without refueling.

主语谓语之间必须做到单复数相符合

Eliminate the middlemen and Skip and warmup (准确做到正常的跳读) 没有必要的句子成分尽量少读 介词短语，从句，其他修饰成分 善于利用句子的机构去判断单复数

The tidal forces to which an object falling into a black hole is subjected are sufficient

GWAS学习笔记SNP过滤

1:缺失比例（Missing rates）：( GENO> 0.05 )

Shortly we will apply more stringent criteria, such that GENO > 0.05. In this case, 0.05*89 = 4.45 samples, meaning that if a SNP is missing in 4.45 more more samples, that SNP will be removed from the dataset.

不久将来，我们将采用更严格的标准，比如GENO> 0.05。在这种情况下，0.05 * 89 = 4.45样本，这意味着如果SNP在4.45多个样本中丢失，则SNP将从数据集中删除。

2:最小等位基因频率（Minor Allele frequencies）( MAF< 0.03 如果SNP较多可以设置为MAF<0.05)

MAF is the Minor Allele Frequency. It can be used to exclude SNPs which are not informative because they show little variation in the

GWAS学习笔记SNP过滤

1:缺失比例（Missing rates）：( GENO> 0.05 )

Shortly we will apply more stringent criteria, such that GENO > 0.05. In this case, 0.05*89 = 4.45 samples, meaning that if a SNP is missing in 4.45 more more samples, that SNP will be removed from the dataset.

不久将来，我们将采用更严格的标准，比如GENO> 0.05。在这种情况下，0.05 * 89 = 4.45样本，这意味着如果SNP在4.45多个样本中丢失，则SNP将从数据集中删除。

2:最小等位基因频率（Minor Allele frequencies）( MAF< 0.03 如果SNP较多可以设置为MAF<0.05)

MAF is the Minor Allele Frequency. It can be used to exclude SNPs which are not informative because they show little variation in the

曼哈顿 SC 总结

Chapter 1 Sentence Correction Basics

1. 一道例题

Although William Pereira first gained national recognition for his movie set designs, including those for the 1942 film \for the Transamerica Tower, the Malibu campus of Pepperdine University and the city of Irvine.

A:including those for the 1942 film \

B: like that for the 1942 film \

C:like those for the 1942 film \

D: including that for the 1942 film \

E:including those for the 1942 film \

这道题用两点split。

1.1 GMAT规定，Like不能用于举例；注意，在之后的说明中，曼哈顿说The GMAT used to

claim that

Chapter 1 基本原则

一．问题形式（大家都懂）

二．选择最好的答案而不是创造最完美的答案：选项之间要相互对比

三． 理解句意,把选项分类： 1.选项特征：?.同时考察多个考点

?.许多选项都有不止一个错误 ?.同样的错误可能在多个选项中出现 ?.没有任何两个选项是完全一样的

2.步骤：?.仔细阅读原句,一定要理解意思,理解作者意图

?.迅速扫描选项,不要浪费时间细读

?.寻找最简单的分类切入点：最绝对,最准确的切入点 ?.作出第一次分类决定:在实战中并不需要把每个错误都找出 ?.重复分类工作,不断排除,直到选出一个最好的答案

?.把选出的答案放回原句中阅读做最后的确认：要把

整句都读完,未划线的部分不可有遗漏

Chapter 2 语法&语义

一.语法：1.选项是否符合GMAT要求的standard

grammar

2.包括：主谓一致,平行,代词,修饰,动词时

态语态情态,比较,习语；

二.语义：

1. 明确句子的意思,选出最能清晰表达作者意图的选项

2. 语义三原则：

?.选词需谨慎：同一词有不同的意思,在这里表达的意思是否正确？形式相近意思不同的词是否被用错？

①Economic-经济的； economical-节约的；合算的；有效的

Chapter 1 基本原则

一．问题形式（大家都懂）

二．选择最好的答案而不是创造最完美的答案：选项之间要相互对比

三． 理解句意,把选项分类： 1.选项特征：?.同时考察多个考点

?.许多选项都有不止一个错误 ?.同样的错误可能在多个选项中出现 ?.没有任何两个选项是完全一样的

2.步骤：?.仔细阅读原句,一定要理解意思,理解作者意图

?.迅速扫描选项,不要浪费时间细读

?.寻找最简单的分类切入点：最绝对,最准确的切入点 ?.作出第一次分类决定:在实战中并不需要把每个错误都找出 ?.重复分类工作,不断排除,直到选出一个最好的答案

?.把选出的答案放回原句中阅读做最后的确认：要把

整句都读完,未划线的部分不可有遗漏

Chapter 2 语法&语义

一.语法：1.选项是否符合GMAT要求的standard

grammar

2.包括：主谓一致,平行,代词,修饰,动词时

态语态情态,比较,习语；

二.语义：

1. 明确句子的意思,选出最能清晰表达作者意图的选项

2. 语义三原则：

?.选词需谨慎：同一词有不同的意思,在这里表达的意思是否正确？形式相近意思不同的词是否被用错？

①Economic-经济的； economical-节约的；合算的；有效的

曼哈顿 SC 总结

Chapter 1 Sentence Correction Basics

1. 一道例题

Although William Pereira first gained national recognition for his movie set designs, including those for the 1942 film \for the Transamerica Tower, the Malibu campus of Pepperdine University and the city of Irvine.

A:including those for the 1942 film \

B: like that for the 1942 film \

C:like those for the 1942 film \

D: including that for the 1942 film \

E:including those for the 1942 film \

这道题用两点split。

1.1 GMAT规定，Like不能用于举例；注意，在之后的说明中，曼哈顿说The GMAT used to

claim that