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分子生物信息数据库简介

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数据库类型随着近年来生物学实验方法和检测手段的不断发展与提高，积累了大量生物学的实验数据，通过对这些数据按一定目标与功能分类收集整理，形成了目前数以百计的生物信息数据库。

核酸和蛋白一级数据库、基因组数据库生物大分子三维空间结构数据库以上一级数据库为基础而形成的二级数据库

生物信息学广西医学科学实验中心

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分子生物信息数据库概述1960年代，第一个分子生物学数据库——Fred Sanger的胰岛素序列测定(1955)——蛋白质数据库PSD(Protein Sequence Database)——Margaret Dayhoff: 1960年代，创立PSD,即PIR的前身 1978,scoring matrices——PAM

Fred Sanger at The Wellcome Trust xy生物信息学广西医学科学实验中心 Sanger Institute

Pioneer in Bioinformatics Dr. Margaret O. Dayhoff (1925-1983)3

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1982年，第一个核酸

生物学常用试剂配制 Document number【980KGB-6898YT-769T8CB-246UT-18GG08】

常用试剂

储存注意事项：储存于阴凉、通风的地方；远离火种、热源。避免光照。室温不超过30℃，相对湿度不超过80％。包装必须密封，切勿受潮。应与易（可）燃物、还原剂、碱类、醇类、食用化学品分开存放，切忌混储，储区应备有合适的材料收容泄漏物。

操作注意事项：尽量在通风橱操作，加强通风，避免粉尘扩散。远离易燃、可燃物，避免与还原剂、碱类、醇类接触，防止包装及容器损坏。

EDTA（PH ）

组分浓度: mol/L EDTA（MW：）

配制量: 500ml

配制方法:

1．称取93g Na2EDTA·2H2O置于500ml蓝盖瓶中。

2．加入400ml的去离子水，置于磁力搅拌器上充分搅拌。

3．用NaOH调节调节pH值至（约需加入20g固体NaOH），当pH 接近时，EDTA方可完全溶解，加入去离子水定容至1L。

4．高温高压灭菌后，室温保存半年。

5M NaCl

组份浓度： 5mol/L NaCl (MW：

配制量： 1L

配制方法：

1.准确称取氯化钠，置于1L的蓝盖瓶中。

2.用去离子水溶解并稀释

分子生物学软件介绍

刘吉平讲师 Bioscau@ /zhw xxx/index.htm

一、实验准备阶段 一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。较常使用软件：Reference Manager 9.0

1.Reference Manager 9.0可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。

资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。

2. Endnote 3.1.2

是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化.

二、 实验实施阶段

随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。

1、 综合软件Omiga 2.0

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口腔生物学复习

第一章 口腔微生物学 （名解） 生态系：生物之间、生物与其环境之间的相互关系。 生态学：研究生物与其环境的相互依赖和相互制约的科学。

微生态学：细胞水平或分子水平的生态学。

生态连续：生物体栖息在一个变化的环境中的过程。

小生境（niches）：生物生活、居住的微小范围的环境。小生境的种类、数目是决定在生境中生活的物种数的主要因子。生境或群落的结构愈复杂，其含有的生物种类愈多 极期群落（climax community）：生物体（或细菌）栖息在一个变化的环境中的过程称生态延续，在一个小生境中延续演化组成多种多样复杂的生物群（菌群），环境条件趋于稳定，菌属数和组成的无明显改变，这种群体称极期群落。

口腔生态系：口腔正常菌丛之间以及它们与宿主之间的相互作用，许多正常菌丛和其宿主之间呈动力的平衡状，这种平衡状态对于保持宿主的健康是重要的。

嗜温微生物：为在25-37℃中适宜生长的微生物。 绝对厌氧菌：在无氧环境中发酵生长，氧可抑制或杀灭的细菌。

兼性厌氧菌：在合适的碳或其他能源存在时可在有氧或无氧中生长的细菌。

微嗜氧菌：这类细菌的生长需氧，但所需氧的浓度比正常低，对需氧菌生长合适的浓度，对这类细菌抑制。

牙菌斑（老概念）：堆积在牙

环境生物学复习大纲

绪论

一、环境与环境问题 二、环境科学概述 三、环境生物学概述

重点：掌握环境生物学的定义，环境生物学任务、研究对象及研究方法。

第一章 环境污染物在生态系统中的行为

第一节 环境污染概述

第二节 污染物在环境中的迁移与转化

第三节 污染物在生物体内的生物转运和生物转化

一、生物转运

二、污染物在体内的生物转化

第四节 环境污染物在生物体内的浓缩、积累与放大

一、生物浓缩 二、生物积累 三、生物放大 四、生物浓缩系数

第五节 生物对污染物在环境中行为的影响

一、生物引起的环境污染 二、金属的生物转化

重点：要求掌握环境污染物在环境中的迁移与转化、在生物体内的生物转运和生物转化以及在生物体内的浓缩、积累与放大。 思考题

1.名词解释：环境污染、环境生物效应、污染源、污染物、优先控制污染物、污染物形态、污染物迁移、污染物转化、生物污染、生物转运、生物浓缩、生物积累、生物放大。 2.污染物在环境中的迁移方式和转化途径。 3.什么是生物转运？污染物透过细胞膜的方式。

4.什么是污染物在体内的生物转化？生物转化过程和主要反应。 5.什么是生物浓缩、生物积累、生物放大和浓缩系数，前三者有何区别。 6.生物对环境有哪些污

Ⅰ型和Ⅳ型胶原蛋白在花背蟾蜍蝌蚪变态期角膜发育过程中的免疫组织化学研究,转化生长因子β及其受体在小鼠精子发生过程中的表达,

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l6 4达上调，以 R o激酶特异性抑制剂 h y2 6 2作用后， C E诱导的 S -7 3 RG M at ci达下调的同时 S F出核转位； n表 R p XS ( ) R G稳定感染的细胞体积 L N-/ E C变大，细胞极性消失，呈无序生长，细胞中 C E和 S RG M一c n蛋白表达显 at i著降低，同时伴有 S F出核转位及 R o R hA总蛋白表达下调 .疫共沉淀分析发现，免 C E蛋白能被分泌到 V MC R G S s培养基中表达，并可与细胞膜受体 6磷酸甘露一糖，岛素样生长因子 I型受体 ( P胰 I M6/ I 2 )生直接相互作用 .用蛋白磷酸 GF R发酶P2 P A特异性抑制剂 o a a cd kd iai减少 c M6/ 2在细胞膜表面分布，可明显 PI R GF抑制 C E过表达引起的 R o RG h A、S F R和S M一 t a i达 .上述结果提示，在 c n表体外培养的人 V MC S s中，C E可能 R

1

第二章 脂类的化学

一.填空

1.膜主要是由两类分子组成:_____和_____。 2._____磷脂脂肪酸尾的链长可增加膜的流动性。

3.膜结构的液态镶嵌型认为大多数蛋白质和脂质能够自由迅速地进行_____,但不容易从膜的一侧表面_____到另一侧表面。 4.脂类的分类依据是______。

5.磷脂的主要不同点是______,其主要的生物学功能是______。 6.鞘磷脂类的分子由______和______组成。

7.磷酸甘油酯分子是______分子,具有______头部和______尾部。 8.磷酸甘油酯的不同在于______的不同。 9.磷酸甘油酯是______的主要成分。

10.鞘脂类包括______.______和______三类物质,其相同的结构成分是______。 11.自然界最丰富的磷脂是______和______。

12.鞘磷脂.脑苷脂和神经节苷脂的极性头部分别是______.______和______。 13.三酰甘油酯也称______,是由一分子______和三分子______结合而成。

二.判断

1.基本的双层膜结构是从细胞到细胞一代代传递下来的,但其遗传性与遗传(DNA)信息无关。

2.磷脂的极性头基与氨基

《普通生物学》模拟试题一

一、 选择题（单选，每题1分，共20分） 1、1838-1839年 提出细胞学说。

A、施莱登和施旺 B、林奈 C、达尔文 D、孟德尔

2、下列不属于高等植物细胞结构的是 。

A、质膜 B、细胞壁 C、中心体 D、核糖体 3、不属于分类单位的名称是 。

A、属 B、种 C、品种 D、科 4、传统的五界系统不包括 。

A、原核生物界 B、病毒界 C、原生生物界 D、真菌界 5、下列动物中属于哺乳动物的有 。

A、袋鼠 B、蜥蜴 C、中华鳖 D、鸳鸯 6、下列属于生物的有性生殖方式的是 。

A、接合生殖 B、出芽生殖 C、孢子生殖 D、营养生殖

7、认识客观事物的科学方法通常可分为（ A ）四个步骤

诸论

一、保护生物学概念 1、保护生物学的定义

保护生物学是研究生物多样性变化规律及其保护的科学。 保护生物学是一门自然科学。 保护生物学具有人文科学的成分。 保护生物学的目的是保护生物多样性。 2、保护生物学包含的基本过程 评估人类对生物多样性的影响； 研究生物多样性；

提出防止物种灭绝的具体措施； 拯救濒危物种；

提出持续、合理利用生物多样性的科学方案。 3、保护生物学理论基础 4、保护生物学研究目标 提供各种科学的保护原理； 识别需要保护的问题； 建立正确的保护程序；

加强科学与管理的联系，使科学家对保护问题敏感，是管理人员对生物学问题感兴趣。 二、保护生物学的特征 是一个目标导向的科学 是一个价值取向的科学 是一个具有伦理内涵的科学 是一个危机驱动的学科 是一个折中与仲裁的学科

三、保护生物学的起源和发展 1、保护生物学产生的原因 社会发展的需要； 保护生物资源的需要；

相关学科的完善和发展为保护生物学奠定科学基础。 2、保护生物学产生的历史

1937年，提出保护生物学的名词。

1972年，联合国斯德哥尔摩人类环境会议，《人类环境宣言》发表。

1978年，第一届自然保护生物学讨论会，出版《自然保护生物学——进化与生态学观点》。标志着该

名词解释

原生质：原生质一词原指细胞的全部活性物质，从现代概念来说它包括质膜、细胞质和细胞核(或拟核)。

质膜：是细胞表面的单位膜。 细胞质：质膜与核被膜之间的原生质。 细胞器：具有特定形态和功能的显微或亚显微结构称为细胞器

细胞质基质：细胞质中除细胞器以外的部分又称为或胞质溶胶，其体积约占细胞质的一半。 细胞核：真核细胞中最大的由膜包围的最重要的细胞器。是遗传物质贮存、复制和转录的场所。主要包括核被膜、核基质、染色质和核仁四部分。

脂质体：是一种人工膜。在水中搅动后形成，双层或单层脂分子球体

外在/外周膜蛋白：通过与膜脂的极性头部或内在膜蛋白的离子相互作用和形成氢键与膜的内、外表面弱结合的膜蛋白。

内在膜蛋白：又称整合蛋白、跨膜蛋白，部分或全部镶嵌在细胞膜中或内外两侧，以非极性氨基酸与脂双分子层的非极性疏水区相互作用而结合在质膜上。

脂锚定膜蛋白：是通过与之共价相连的脂分子插入膜的脂双分子中，从而锚定在细胞质膜上的一类膜蛋白。

膜骨架：质膜下起支撑作用的网络结构

血影：是指人的红细胞经低渗处理后，质膜破裂剩下保持原来的形态和大小的细胞膜结构。

简单扩散小分子由高浓度区向低浓度区的自行穿膜运输。不需要消耗细胞的代谢能量