高斯ONIOM输入文件

%chk=input.chk

%mem=600MB (使用600MB内存空间） %nprocl=4 （使用4个计算节点）

%nprocs=2 （每个计算节点使用2颗CPU）

下面是一个输入文件 #T RHF/6-31G(d) Test

My first Gaussian job: water single point energy 0 1

O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0

第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,

#P表示打印更多的信息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法

6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道 Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处. 计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91; 计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ; 布局分析方法,如Pop=Reg; 波函数自恰方法,如SCF=Tight.

Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条L

%chk=input.chk

%mem=600MB (使用600MB内存空间） %nprocl=4 （使用4个计算节点）

%nprocs=2 （每个计算节点使用2颗CPU）

下面是一个输入文件 #T RHF/6-31G(d) Test

My first Gaussian job: water single point energy 0 1

O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0

第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,

#P表示打印更多的信息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法

6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道 Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处. 计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91; 计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ; 布局分析方法,如Pop=Reg; 波函数自恰方法,如SCF=Tight.

Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条L

%chk=input.chk

%mem=600MB (使用600MB内存空间） %nprocl=4 （使用4个计算节点）

%nprocs=2 （每个计算节点使用2颗CPU）

下面是一个输入文件 #T RHF/6-31G(d) Test

My first Gaussian job: water single point energy 0 1

O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0

第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,

#P表示打印更多的信息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法

6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道 Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处. 计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91; 计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ; 布局分析方法,如Pop=Reg; 波函数自恰方法,如SCF=Tight.

Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条L

%chk=input.chk

%mem=600MB (使用600MB内存空间） %nprocl=4 （使用4个计算节点）

%nprocs=2 （每个计算节点使用2颗CPU）

下面是一个输入文件 #T RHF/6-31G(d) Test

My first Gaussian job: water single point energy 0 1

O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0

第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,

#P表示打印更多的信息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法

6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道 Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处. 计算的理论,如HF(默认关键词,可以不写),B3PW91; 计算采用的基组,如6-31G, Lanl2DZ; 布局分析方法,如Pop=Reg; 波函数自恰方法,如SCF=Tight.

Pop=Reg只在输出文件中打印出最高的5条HOMO轨道和最低的5条L

作者: 御剑江湖 收录日期: 2011-03-31 发布

日期: 2011-03-24

Commands

描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.

1.1 LAMMPS input script

我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下

几点:

(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.

timestep 0.5 run 100 run 100 和

run 100 timestep 0.5

run 100

(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.

一、文件分析

1、ial.h输入抽象层相关的数据结构和宏定义

（1）对各类鼠标击键事件进行宏定义。

#define IAL_MOUSE_LEFTBUTTON 4 #define IAL_MOUSE_MIDDLEBUTTON 2 #define IAL_MOUSE_RIGHTBUTTON 1 #define IAL_MOUSE_FOURTHBUTTON 8 #define IAL_MOUSE_FIFTHBUTTON 16 #define IAL_MOUSE_SIXTHBUTTON 32

#define IAL_MOUSE_RESETBUTTON 64

（2）对鼠标事件和键盘事件进行宏定义。

#define IAL_MOUSEEVENT 1

#define IAL_KEYEVENT 2

（3）定义处理输入事件的结构体INPUT

typedef struct tagINPUT {

char* id;

// Initialization and termination

BOOL (*init_input) (struct tagINPUT *input,

一、文件分析

1、ial.h输入抽象层相关的数据结构和宏定义

（1）对各类鼠标击键事件进行宏定义。

#define IAL_MOUSE_LEFTBUTTON 4 #define IAL_MOUSE_MIDDLEBUTTON 2 #define IAL_MOUSE_RIGHTBUTTON 1 #define IAL_MOUSE_FOURTHBUTTON 8 #define IAL_MOUSE_FIFTHBUTTON 16 #define IAL_MOUSE_SIXTHBUTTON 32

#define IAL_MOUSE_RESETBUTTON 64

（2）对鼠标事件和键盘事件进行宏定义。

#define IAL_MOUSEEVENT 1

#define IAL_KEYEVENT 2

（3）定义处理输入事件的结构体INPUT

typedef struct tagINPUT {

char* id;

// Initialization and termination

BOOL (*init_input) (struct tagINPUT *input,

VC2010 + win7makefile编译,makefile在源文件头部

/*
编译环境 windows7 系统下 使用visual studio 2010
使用VC++6.0 可能会用少许不兼容，修改一下即可
Copyright of 唐禹
Edited in 2010/11/01
Builed in 2010/11/01
Version 1.1
*/

/****************************************************
---------------------Makefile 文件------------------
zy.exe: zy.obj
@link /subsystem:console zy.obj

zy.obj:
@echo "Compiling zy......."
@cl /c zy.cpp

clean:
@echo "正在清除项目....."
@del zy.obj zy.exe
@echo "项目清除完成"

run:
@zy

****************************************************

VC2010 + win7makefile编译,makefile在源文件头部

/*
编译环境 windows7 系统下 使用visual studio 2010
使用VC++6.0 可能会用少许不兼容，修改一下即可
Copyright of 唐禹
Edited in 2010/11/01
Builed in 2010/11/01
Version 1.1
*/

/****************************************************
---------------------Makefile 文件------------------
zy.exe: zy.obj
@link /subsystem:console zy.obj

zy.obj:
@echo "Compiling zy......."
@cl /c zy.cpp

clean:
@echo "正在清除项目....."
@del zy.obj zy.exe
@echo "项目清除完成"

run:
@zy

****************************************************

高斯收敛问题

首先，我们必须理解收敛是什么意思。在自洽场(SCF)计算中，自洽循环中，首先产生一个轨道占据的初始猜测，

1)然后根据此轨道占据构造电荷密度和哈密顿量。 2)对角化哈密顿量，得到新的轨道能级和占据。 3)产生新的电荷分布和哈密顿量，重复步骤2）

经过一定次数的循环后，某次循环前和循环后的电荷密度差别小于一定的标准，我们称之为收敛。

如果以上过程不能收敛，则gaussian给出convergence failure的警告。 如果SCF计算收敛失败，你首先会采取哪些技巧呢？这里是我们强烈推荐的首选方法。 1 考虑使用更小的基组

由于一定的基组对应于一定精度和速度，所以更换基组并不在所有的情况下都适用。方法是首先用小基组进行计算，由前一个波函得到用于大基组计算的初始猜测(Guess=Read自动进行)。

2 增加最大循环步数

Gaussian默认的最大循环步数为64 (SCF=DM或SCF=QC方法则为512)，如果循环次数超过这个数目则会汇报convergence failure。在一定的情况下，不收敛的原因仅仅是因为最大循环步数不够。可以通过设置maxcyc来增大最大循环步数。更多的SCF迭代(SCF(MaxCycle=N)，其中