Pymol软件的使用

做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。

Pymol的笔记 ................................................................................................................................... 3

软件安装与初始设置 ............................................................................................................... 3

Pml格式的右键菜单 ............................................................................................

生物大分子三维结构显示技术讲义

PyMOL使用入门

耿存亮

gengcunliang@gmail.com

2012年10月09日

PyMOL使用入门

1. PyMOL简介

PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。

PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。

PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。

2. PyMOL入门

2.1 模式显示及颜色显示

PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。下面就以实例来认识一下PyMOL。

打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。 在命令框输入命令并回车 pwd 即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，

比如改为D盘，输入命令并回车 cd d: 再用pwd命令查看一下当前工作路径。如下图所示：

生物大分子三维结构显示技术讲义

PyMOL使用入门

耿存亮

gengcunliang@gmail.com

2012年10月09日

PyMOL使用入门

1. PyMOL简介

PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。

PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。

PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。

2. PyMOL入门

2.1 模式显示及颜色显示

PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。下面就以实例来认识一下PyMOL。

打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。 在命令框输入命令并回车 pwd 即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，

比如改为D盘，输入命令并回车 cd d: 再用pwd命令查看一下当前工作路径。如下图所示：

做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。

Pymol的笔记 ................................................................................................................................... 3

软件安装与初始设置 ............................................................................................................... 3

Pml格式的右键菜单 ............................................................................................

MEGA软件的使用

Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑

Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：

单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：

从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：

浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：

此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Seq

目录

１．前言

２．ATPDraw的操作步骤 2.1起动 2.2设定

2.3选择元件和输入参数 2.4辅助操作

2.4.1 连接 2.4.2 移动 2.4.3 复制 2.4.4 旋转 2.4.5 节点赋名 2.5 ATP的执行 2.6 计算结果的输出 2.6.1 图形输出 2.6.2 文本输出

３．ATPDraw的元件菜单

3.1 探针和相接续器 3.2 线性支路 3.3 非线性支路 3.4 架空线路/电缆

3.4.1 集中参数

3.4.2 带集中电阻的分布参数线路 3.4.3 自动计算参数的架空线路/电缆模型

3.5 开关 3.6 电源 3.7 电机 3.8 变压器 3.9 控制系统

3.9.1 信号源 3.9.2 传递函数块 3.9.3 特殊装置 3.9.4 初始化

3.10 频率相关元件 3.11 复制

４．ATPDraw的应用实例

4.1 系统结线图

内部资料，注意保存

4.2 参数计算 4.3 建模 4.4 计算

５．ATP Launcher ６．结束语

附录1 用ATPDraw Ver.3.5创建14相（同塔4回路）线路LCC模型的方法

内部资料，注意保存

1. 前言

ATP-EMTP是目前应用得最为广泛的电磁暂态计算的标

简介&安装

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1. 如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。 2. 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：

? C++ (gcc or g++ package name) ? Pyt

目录

１．前言

２．ATPDraw的操作步骤 2.1起动 2.2设定

2.3选择元件和输入参数 2.4辅助操作

2.4.1 连接 2.4.2 移动 2.4.3 复制 2.4.4 旋转 2.4.5 节点赋名 2.5 ATP的执行 2.6 计算结果的输出 2.6.1 图形输出 2.6.2 文本输出

３．ATPDraw的元件菜单

3.1 探针和相接续器 3.2 线性支路 3.3 非线性支路 3.4 架空线路/电缆

3.4.1 集中参数

3.4.2 带集中电阻的分布参数线路 3.4.3 自动计算参数的架空线路/电缆模型

3.5 开关 3.6 电源 3.7 电机 3.8 变压器 3.9 控制系统

3.9.1 信号源 3.9.2 传递函数块 3.9.3 特殊装置 3.9.4 初始化

3.10 频率相关元件 3.11 复制

４．ATPDraw的应用实例

4.1 系统结线图

内部资料，注意保存

4.2 参数计算 4.3 建模 4.4 计算

５．ATP Launcher ６．结束语

附录1 用ATPDraw Ver.3.5创建14相（同塔4回路）线路LCC模型的方法

内部资料，注意保存

1. 前言

ATP-EMTP是目前应用得最为广泛的电磁暂态计算的标

phylip软件使用

PHYLIP是一个综合的系统发生分析软件包，由华盛顿大学的Joseph Felsenstein开发的。现在该软件包可完成许多系统发生分析。软件包中可用的方法包括了简约法、距离矩阵和似然法，以及bootstrap和一致 性树。可以处理的数据类型有分子序列、基因频率、限制性位点、距离矩阵和二进制离散字符。

下载地址：

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

对于windows操作系统有三个下载文件（phylipw.exe, phylipwx.exe,

phylipwy.exe），下载之后解压到一个文件夹中，里面包含了所有的程序，手册也在其中。

画图程序（drawgram, drawtree）需要安装X windows开发环境，否则会报错。

用户界面：

程序通过一个菜单来控制，用户设置选项。数据从一个文本文件中读入程序，这个文本文件不能是有特殊格式的文字处理器（office word）。有些序列比对程序，如clustalX，可将数据文件写为PHYLIP格式。

而大部分的程序自动寻找在infile文件中的数据。如果它们没有找到这个文件，它们将提示用户自己输

涉税软件的使用

当前我们所使用的涉税软件主要是渝税通，它是集纳税申报与缴纳、个人所得税扣缴、企业所得税日常申报与汇算清缴、发票使用、财务报表、涉税调查等为一

体的适应软件。

1.渝税通的按装：在任意收索引擎中输入重庆地税→重庆地税官方网站→资料下载→金税三期专版 渝税通安装程序并保存→点开渝税通→不改变门户代码

输入密码123456点击确定后输入企业资料即可完成。

2.点击进入网上报税→不改变门户代码，纳税人代码：有顺序号的输入顺序号，没有的输入识别号或12500….密码为申报密码，名称和识别号按税务登记证输入。

3.企业所得税汇算软件：在渝税通功能树中找到企业所得税汇算→只输入顺序号或识别号点击确定→抹掉顺序号在门户代码中输入小写的admin，进入界面双击新建纳税人→完整输入相关资料即可操作。

4.财务报表：点开财务报表→先在更改中修改应报送的时间→先选择财务报表类型后在‘月、季、年’中进行选择确定后即可操作。注意：应在报表中完整填写各个报表，做完一个保存一个，即使没有的报表如现金流量表也必须保存。再在发送报表中进行报送。

5.个人所得税代扣代缴：点开该软件→填入相关资料（注：纳税人编号为顺序号、12500…