预定目录 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件

2. 分子动力学入门 2.1 基本设置

2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化

2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析

3. 分析方法

3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值

3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布 3.1.3 能量分析 3.1.4 温度分布 3.1.5 比热分析

3.2 非平衡态分子动力学模拟分析 3.2.1 热扩散 3.2.2 温度回音

4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD） 4.1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4.3 恒力拉伸 4.4 结果分析

1. 分子动力学模拟概论

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Si

4 受控分子动力学模拟(Steered Molecular Dynamics)

所谓受控分子动力学模拟（Steered Molecular Dynamics，SMD），就是指在进行分子动力学模拟时，人为地给分子中的某个或某几个原子施加一个假想的外力，或者人为地固定某个或某几个原子的位置。从而控制整个分子的行为。我们前面进行的动力学模拟都是通过各种参数设置，尽量逼近蛋白质分子在溶液体系中的真实状态，以研究分子的各种性质和行为。但受控分子动力学模拟却要用一个假想的外力干扰控制生物大分子的行为，这是为什么呢？（需要查一下更多的SMD的应用实例，详细了解SMD究竟可以用于研究什么问题，才能做出回答）

在下面的例子中，我们将首先固定泛素分子中一个原子的位置，然后用一个假想的外力牵拉另一个原子。球形的泛素分子会因此而被逐渐拉开，最终成为伸展状态的肽链。

进行SMD时，我们需要用已经完成能量最小化和能量平衡，达到稳定状态的蛋白结构。如果用含有扭曲、拉伸、变形构象的原始蛋白结构，我们将无法分清蛋白各部分的运动是由于蛋白内部的形变张力引起的，还是由于SMD实验附加的外力造成的。因此，进行SMD之前必须预先进行一次平衡态分子动力学模拟，获得稳定结构。

4 受控分子动力学模拟(Steered Molecular Dynamics)

所谓受控分子动力学模拟（Steered Molecular Dynamics，SMD），就是指在进行分子动力学模拟时，人为地给分子中的某个或某几个原子施加一个假想的外力，或者人为地固定某个或某几个原子的位置。从而控制整个分子的行为。我们前面进行的动力学模拟都是通过各种参数设置，尽量逼近蛋白质分子在溶液体系中的真实状态，以研究分子的各种性质和行为。但受控分子动力学模拟却要用一个假想的外力干扰控制生物大分子的行为，这是为什么呢？（需要查一下更多的SMD的应用实例，详细了解SMD究竟可以用于研究什么问题，才能做出回答）

在下面的例子中，我们将首先固定泛素分子中一个原子的位置，然后用一个假想的外力牵拉另一个原子。球形的泛素分子会因此而被逐渐拉开，最终成为伸展状态的肽链。

进行SMD时，我们需要用已经完成能量最小化和能量平衡，达到稳定状态的蛋白结构。如果用含有扭曲、拉伸、变形构象的原始蛋白结构，我们将无法分清蛋白各部分的运动是由于蛋白内部的形变张力引起的，还是由于SMD实验附加的外力造成的。因此，进行SMD之前必须预先进行一次平衡态分子动力学模拟，获得稳定结构。

预定目录 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件

2. 分子动力学入门 2.1 基本设置

2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化

2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析

3. 分析方法

3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值

3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布 3.1.3 能量分析 3.1.4 温度分布 3.1.5 比热分析

3.2 非平衡态分子动力学模拟分析 3.2.1 热扩散 3.2.2 温度回音

4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD） 4.1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4.3 恒力拉伸 4.4 结果分析

1. 分子动力学模拟概论

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Si

预定目录 1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件

2. 分子动力学入门 2.1 基本设置

2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化

2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析

3. 分析方法

3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值

3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布 3.1.3 能量分析 3.1.4 温度分布 3.1.5 比热分析

3.2 非平衡态分子动力学模拟分析 3.2.1 热扩散 3.2.2 温度回音

4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD） 4.1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4.3 恒力拉伸 4.4 结果分析

1. 分子动力学模拟概论

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Si

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2. 分子动力学入门 2.1 基本设置

2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化

2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析

3. 分析方法

3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值

3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布 3.1.3 能量分析 3.1.4 温度分布 3.1.5 比热分析

3.2 非平衡态分子动力学模拟分析 3.2.1 热扩散 3.2.2 温度回音

4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD） 4.1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4.3 恒力拉伸 4.4 结果分析

1. 分子动力学模拟概论

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Si

3. 分析方法

在实际工作中，分子动力学模拟体系的设计和模拟计算的进行可能并不困难。关键之处在于如何分析动力学模拟得出的结果，说明一定的问题。因此我们专门设置一章讲解动力学模拟的分析方法。

本章中我们将讲解四个例子：残基RMSD值，平均能量，mb分布和温度分布。每一个例子都很典型，代表了一定的分析思想。但是由于某些例子需要较长的计算时间，读者没有必要自己进行动力学模拟。在NAMD教程文件中已经给出了动力学模拟得到的结果。

3.1 每个氨基酸残基的RMSD值

上一章中，我们已经计算了整个蛋白质的RMSD值变化。我们初步提到了，RMSD值反映的是偏离平均位置的程度，是原子运动幅度的大小的衡量。这里我们将计算每个氨基酸残基的RMSD值，按照RMSD值对蛋白着色，并在最后进行问题讨论。本节的目的是使读者明白进行RMSD值分析的基本方法和意义所在。

3.1.1 RMSD值的计算与蛋白着色显示

我们将要使用一个VMD提供的脚本计算每个残基的平均RMSD值，并把这个值储存在VMD提供的用户存储区中（User Field），然后对蛋白进行着色。

1、首先，打开VMD，选择File→New Molecule菜单项，在弹出的文件浏览中找到 co

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2. 分子动力学入门 2.1 基本设置

2.2 生成蛋白质结构文件（PSF） 2.3 蛋白质的溶质化

2.4 球状水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素（Ubiquitin）的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析

3. 分析方法

3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值

3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼（Maxwell-Boltzmann ）能量分布 3.1.3 能量分析 3.1.4 温度分布 3.1.5 比热分析

3.2 非平衡态分子动力学模拟分析 3.2.1 热扩散 3.2.2 温度回音

4 人工操纵的分子动力学模拟（SMD） 4.1 除去水分子 4.2 恒速拉伸 4.3 恒力拉伸 4.4 结果分析

1. 分子动力学模拟概论

分子动力学模拟（Molecular Dynamics Si

MATLAB入门教程

1．MATLAB的基本知识

1-1、基本运算与函数

在MATLAB下进行基本数学运算，只需将运算式直接打入提示号（>>）之後，并按入Enter键即可。例如： >> (5*2+1.3-0.8)*10/25 ans =4.2000

MATLAB会将运算结果直接存入一变数ans，代表MATLAB运算後的答案（Answer）并显示其数值於萤幕上。

小提示： \是MATLAB的提示符号（Prompt），但在PC中文视窗系统下，由於编码方式不同，此提示符号常会消失不见，但这并不会影响到MATLAB的运算结果。

我们也可将上述运算式的结果设定给另一个变数x： x = (5*2+1.3-0.8)*10^2/25 x = 42

此时MATLAB会直接显示x的值。由上例可知，MATLAB认识所有一般常用到的加（+）、减（-）、乘（*）、除（/）的数学运算符号，以及幂次运算（^）。 小提示： MATLAB将所有变数均存成double的形式，所以不需经过变数宣告（Variable declaration）。MATLAB同时也会自动进行记忆体的使用和回收，而不必像C语言,必须由使用者一一指定.

JSP入门教程（一）

欢迎使用Java Server Pages(以下简称JSP)技术——制作动态内容网页的方法。如果你希望学习这篇教程的话，我想你一定是这项技术的新手。你可能想成为一名利用JSP技术开发网络应用程序的程序员或者网页设计师。本教程中包含了一系列JSP的技巧和一些简单的代码的写法，每一步都举了一组例子来讲述原理。建议在学习本教程之前先去看一看FAQ，了解如果配置你的服务器好让他能支持并运行JSP。那样你就可以跳过前边的内容直接看你感兴趣的内容了。

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helloworld.jsp

<%@ page info=\

Hello, World!

页面说明：

在很多JSP文件中你都要写上这样的说明。在helloword.jsp中： <%@ page info=\

傻瓜也看得出来，这句话没什么大用，只是简要的说明一下这段代码的作用。可以在JSP文件中的任何地方写这种代码，但是好的习惯是把他写在最前面，还有，因为他是JSP标签，记住一定要放在前面。

include说明：

include用来在主JSP文件中调用本地的一个其他文件，通常是一些版权信息啦，脚本语言啦等其他