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ChIP protocol实验室成熟的CHIP-seq及CHIP-qPCR操作流程

标签:文库时间:2024-10-06
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ChIP protocol

Fixation type: Type I:

1% formaldehyde /PBS(100ml): 36.5%formaldehyde (F8775-500ml) 2.5ml diluted in 1XPBS 88.75 ml Room temperature, 15min Type II:

2-5mM DSG (stock 50mM: 10mg in 540ul of dry DMSO), Room temperature, 45min 1% formaldehyde /PBS, Room temperature, 15min Type III:

1% Glutaraldehyde solution

(Grade I, 25% in H2O, specially purified for use as an electron microscopy fixative) sigma G5882-100ml, Room temperature, 15min

Stock buffer: 20%SDS; 0.5M, pH8.0 EDTA; 1M, pH7.8 Tris-Cl; 10% TritonX100; 5M

ChIP protocol实验室成熟的CHIP-seq及CHIP-qPCR操作流程

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ChIP protocol

Fixation type: Type I:

1% formaldehyde /PBS(100ml): 36.5%formaldehyde (F8775-500ml) 2.5ml diluted in 1XPBS 88.75 ml Room temperature, 15min Type II:

2-5mM DSG (stock 50mM: 10mg in 540ul of dry DMSO), Room temperature, 45min 1% formaldehyde /PBS, Room temperature, 15min Type III:

1% Glutaraldehyde solution

(Grade I, 25% in H2O, specially purified for use as an electron microscopy fixative) sigma G5882-100ml, Room temperature, 15min

Stock buffer: 20%SDS; 0.5M, pH8.0 EDTA; 1M, pH7.8 Tris-Cl; 10% TritonX100; 5M

ChIP-chip及ChIP-seq的应用现状及其发展前景

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[2]NadkarniJJ,DasturRS,ViswanathanV,etal.Duchenneandbec‐

bilitation[J].NeurolIndia,2008,56(3):248‐253.dystrophin[J].NatGenet,1993,3(4):283‐291.

kermusculardystrophies:anIndianupdateongeneticsandreha‐

1309

[14]VolpiEV,BridgerJM.FISHglossary:anoverviewofthefluores‐

cenceinsituhybridizationtechnique[J].Biotechniques,2008,45(4):385‐386,388,390passim.

[15]Velázquez‐WongAC,Hernández‐HuertaC,Márquez‐CalixtoA,

ersbyfluorescenceinsituhybridizationandRT‐PCR[J].GenetTest,2008,12(2):221‐223.

etal.Identificationofduchennemuscul

ChIP protocol实验室成熟的CHIP-seq及CHIP-qPCR操作流程

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ChIP protocol

Fixation type: Type I:

1% formaldehyde /PBS(100ml): 36.5%formaldehyde (F8775-500ml) 2.5ml diluted in 1XPBS 88.75 ml Room temperature, 15min Type II:

2-5mM DSG (stock 50mM: 10mg in 540ul of dry DMSO), Room temperature, 45min 1% formaldehyde /PBS, Room temperature, 15min Type III:

1% Glutaraldehyde solution

(Grade I, 25% in H2O, specially purified for use as an electron microscopy fixative) sigma G5882-100ml, Room temperature, 15min

Stock buffer: 20%SDS; 0.5M, pH8.0 EDTA; 1M, pH7.8 Tris-Cl; 10% TritonX100; 5M

ChIP protocol实验室成熟的CHIP-seq及CHIP-qPCR操作流程

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ChIP protocol

Fixation type: Type I:

1% formaldehyde /PBS(100ml): 36.5%formaldehyde (F8775-500ml) 2.5ml diluted in 1XPBS 88.75 ml Room temperature, 15min Type II:

2-5mM DSG (stock 50mM: 10mg in 540ul of dry DMSO), Room temperature, 45min 1% formaldehyde /PBS, Room temperature, 15min Type III:

1% Glutaraldehyde solution

(Grade I, 25% in H2O, specially purified for use as an electron microscopy fixative) sigma G5882-100ml, Room temperature, 15min

Stock buffer: 20%SDS; 0.5M, pH8.0 EDTA; 1M, pH7.8 Tris-Cl; 10% TritonX100; 5M

ChIP protocol实验室成熟的CHIP-seq及CHIP-qPCR操作流程

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ChIP protocol

Fixation type: Type I:

1% formaldehyde /PBS(100ml): 36.5%formaldehyde (F8775-500ml) 2.5ml diluted in 1XPBS 88.75 ml Room temperature, 15min Type II:

2-5mM DSG (stock 50mM: 10mg in 540ul of dry DMSO), Room temperature, 45min 1% formaldehyde /PBS, Room temperature, 15min Type III:

1% Glutaraldehyde solution

(Grade I, 25% in H2O, specially purified for use as an electron microscopy fixative) sigma G5882-100ml, Room temperature, 15min

Stock buffer: 20%SDS; 0.5M, pH8.0 EDTA; 1M, pH7.8 Tris-Cl; 10% TritonX100; 5M

chip protocol中文

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CHIP PROTOCOL(基于millipore EZ-CHIP catalog#17-371):

实验原理:

在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

实验步骤: 第一天:

【实验材料准备】:

1000ul、100ul、200ul、20ul移液器,大、中、小号tip,1.5ml EP管,200ul PCR管。

【实验仪器准备】:

台式低温离心机,超声仪,电泳设备一套,旋转混匀仪,层析柜。 【实验试剂准备】:

SDS lysis buffer复温,使其充分溶解,避免沉淀;protease inhibitor cocktail室温下充分解冻;PBS预冷(若使用试剂盒提供10xPBS,使用前还需用去离子水稀释成1xPBS工作液)。

(一)、细胞的甲醛交联与超声破碎*。

1、收集细胞(1-2x10^7),加入37%甲醛,使得甲醛的终浓度为1%(0.7%)。 2、室温孵育10min(精确计时)。

3、及时终止交联:加10x甘氨酸终浓度为1x。混匀后,在室温下放置5

ChIP操作步骤

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ChIP实验步骤

第一部分、细胞的甲醛交联与超声破碎

1. 交联前的准备工作

(1)细胞准备:对细胞进行一定条件的处理,以确保目的基因的转录激活。细胞密度应达到1×106细胞/10 cm培养皿。

(2)配制1%甲醛溶液:270 μl 37%甲醛加入10 ml无血清细胞培养液中即可,应使用高质量的甲醛。

2. 交联与超声破碎

优化超声条件,以保证目的细胞的染色质DNA能被剪切为200 bp~1000 bp的片段,具体操作如下(以HepG2细胞为例):

(1)小心吸出细胞培养液,加入1%甲醛溶液10 ml,37℃孵育10 min,然后置冰上5 min终止固定。

(2)小心尽量吸净培养液,用预冷的PBS 3 ml洗细胞两次。

(3)加入预冷的内含PMSF(10ul)的PBS 1 ml。刮取细胞并移至离心管中,于4℃以1200 rpm(约3000 g)离心5 min,小心移走上清液,得到细胞沉淀(细胞沉淀可于-80℃保存数月)

(4)以200μl SDS裂解缓冲液重悬细胞(含PMSF:2ul),冰上放置10 min (5)冰上超声剪切染色质DNA,使其成为200 bp~1000 bp的片段(10个脉冲,每个20 s,脉冲间隔20 s)

(6)加入5M

chip protocol中文

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CHIP PROTOCOL(基于millipore EZ-CHIP catalog#17-371):

实验原理:

在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

实验步骤: 第一天:

【实验材料准备】:

1000ul、100ul、200ul、20ul移液器,大、中、小号tip,1.5ml EP管,200ul PCR管。

【实验仪器准备】:

台式低温离心机,超声仪,电泳设备一套,旋转混匀仪,层析柜。 【实验试剂准备】:

SDS lysis buffer复温,使其充分溶解,避免沉淀;protease inhibitor cocktail室温下充分解冻;PBS预冷(若使用试剂盒提供10xPBS,使用前还需用去离子水稀释成1xPBS工作液)。

(一)、细胞的甲醛交联与超声破碎*。

1、收集细胞(1-2x10^7),加入37%甲醛,使得甲醛的终浓度为1%(0.7%)。 2、室温孵育10min(精确计时)。

3、及时终止交联:加10x甘氨酸终浓度为1x。混匀后,在室温下放置5

倒装芯片(FC,Flip-Chip)装配技术

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摘要:倒装芯片在产品成本,性能及满足高密度封装等方面 体现出优势,它的应用也渐渐成为主流。由于

倒装芯片的 尺寸小,要保证高精度高产量高重复性,这给我们传统的 设备及工艺带来了挑战。 器件的小型化高密度封装形式越来越多,如多模块封装( MCM )、系统封装( SiP )、倒装芯 片( FC , Flip-Chip )等应用得越来越多。这些 技术的出现更加模糊了一级封装与二级装配之间的界线。毋庸置疑,随着小型化高密度封装的出现,对高速与高精度装 配的要求变得更加关键,相关的组装设备和工

艺也更具先进性与高灵活性。

由于倒装芯片比 BGA 或 CSP 具有更小的外形尺寸、更小的球径和球间距、它对植球工艺、基板技术、

材料的兼容性、制造工艺,以及检查设备和方法提出了前所未有的挑战。

倒装芯片的发展历史 倒装芯片的定义

什么器件被称为倒装芯片?一般来说,这类器件具备 以下特点: 1. 基材是硅;

2. 电气面及焊凸在器件下表面;

3. 球间距一般为 4-14mil 、球径为 2.5-8mil 、外形尺寸为 1 -27mm ; 4. 组装在基板上后需要做底部填充。

其实,倒装芯片之所以被称为“倒装”,是相对于传统的金属线键合连接方式(Wir