gromacs安装计算化学公社

GROMACS安装：

Gromacs的安装首先需要3个文件fftw,lam-mpi,gromacs

或者可用openmpi代替lam-mpi，这里介绍用lam-mpi安装包。 fftw-3.3.2.tar.gz，lam-7.1.4.tar.gz，gromacs-4.5.5.tar.gz

1．解压

tar –zxvf fftw-3.3.2.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.4.tar.gz

tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz

2.安装lam-mpi

进入到解压出的目录下lam-7.1.4中

执行命令：./configure --prefix=HOME/lib/lam-7.1.4 --without-fc --with-rsh=\

其中—without-fc是不编译mpi77，可以去除，在天河机上编译需要去掉 再执行命令: Make

Make install

Lam安装完毕，对环境变量进行设置

Export PATH=&PATH:HOME/lib/lam-7.1.4/bin

3安装fftw-3.3.2

由于64位系统的运行环境在编译的时候可能会出现报错libfftw3f.a: could not re

目录

1、MAKE_NDX .........................................................................................................................................................2 2、G_TRAJ ...............................................................................................................................................................3 3、G_ENERGY另外一种用法...............................................................................................................................3 4、PDB2GMX ...................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

GROMACS教程

一 Gromacs基本模拟流程 .......................................................................................... 3

1 下载pdb文件..................................................................................................... 3 2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件 ............................................................................ 3 3 建立盒子............................................................................................................. 3 5 设置能量最小化......................................................................

人民公社

全国第一个人民公社 1958年7月1日，《红旗》杂志第3期发表了陈伯达写的《全新的社会、全新的人》的文章，提出\把合作社办成一个既有农业合作，又有工业合作的基层组织单位，实际上是农业和工业相结合的人民公社\。接着第4期《红旗》杂志又发表了陈伯达写的《在毛泽东同志的旗臶下》的文章，明确引证了毛主席的指示:\毛泽东同志说，我们的方向应该逐步地、有次序地把工(工业)、农(农业)、商(商业)、学(文化教育)、兵(民兵，即全民武装)组成一个大公社，从而构成我国社会的基层单位。\ 基本信息 中文名称 农村人民公社 成立时间 1958年7月1日 性质

工农结合的基层合作单位 特点 一大二公 目录 1名称由来 2历史介绍 3特点评价 4工作章程

折叠编辑本段名称由来

人民公社 人民公社

1958年8月上旬，毛泽东到河北、河南与山东等地视察，与当地的负责人谈到?小社?并?大社?的问题。毛泽东说道：?看来‘人民公社’是一个好名字，包括工农兵学商，管理生产，管理生活，管理政权。‘人民公社’前面可以加上地名，或者加上群众喜欢的名字。?

毛还总结?人民公社?的特点，?一曰大，二曰公?。在山东时，当地负责人请示?大社?叫什么名称时，毛泽东说：?还是叫

计算化学软件装,gaussian09,gaussian view5.0,SSH,过渡态等总结

热力学、动力学、计算化学软件安装总结

i.

一、

Gaussian View5.0的安装

；

预 软件安装

1. 找到压缩文件解压后出现

2.

点击打开看到；

3. 打开“SETUP.EXE”文件启动安装程序；出现下图，依次点击红色选项；

计算化学软件装,gaussian09,gaussian view5.0,SSH,过渡态等总结

4. 填写“serial”（打开左侧文件复制粘贴即可），继

续“next”；

5. 出现下图选择安装路径，继续“next”；“next”；“next”；“intall”

6.

点击“intall”；

7.

出现下图，点击“finish”完成安装。

二、

；

；

1. 找到对应文件解压看到2. 打开文件看到

3. 点击“”启动安装程序；

计算化学软件装,gaussian09,gaussian view5.0,SSH,过渡态等总结

4. 点击上图“Next”下一步看到下图；打开复制粘贴到“Serial”继续“Next”；

5.

选择安装路径点击“

Next”如下图；

6. 点击“Intall

7. 点击“”完成安装并选择“Scratch”文件的存放位置如下图（直接点击确定即可）；

计算化

氏族公社的演变

1 氏族公社与氏族社会的特点

氏族公社是继原始群之后出现的以血缘为纽带的人类共同体，是原始社会的高级阶段。氏族公社的历史分为母系氏族公社和父系氏族公社两个阶段。由原始群进入母系氏族公社的根本原因，是由于农业的出现和人们开始了定居生活。农业、定居生活使人们认识到血缘近亲为婚的危害，从而实行族外婚，这样就进入了氏族公社。

氏族社会有以下几个特点：其一，氏族内部实行禁婚，因此族外婚是氏族公社形成的条件和基本标志。其二，氏族全体成员必须属于同一祖先、同一血缘集团，相互间存在血亲关系。其三，每一氏族均有特定的名称，有共同的信仰，内部实行原始共产制和民主制，生产资料公有，人们共同劳动，共同生活，共同抚育后代。每一个氏族既是一个生产单位，也是一个消费单位。 2 氏族制的确立

氏族是起源于一个老祖母，有特定的氏族名号，以族外婚为前提，以血缘关系为纽带，具有共同信仰的比较牢固的经济生活的社会单位。氏族制确立的经济原因是农业开始出现。随着制造工具技术的改进和生产力水平的提高，过去那种不稳定的、松散的血缘家庭已不适应生产力发展的需要，要求能够经常保持经济联系的、比较稳定的生产集团和生活单位的出现，以保证生产的持续和技术经验的继承和积累，这就是氏族产

（1）gromacs(GMX) 各种文件格式详细，可以查阅GROMACS 手册第5章第6小节，以下为简要介绍。

CPT文件：该文件为模拟断点文件（check point，.cpt）。该文件为模拟过程固定时间间隔产生，保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（.trr）中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断（如断电，模拟人发脾气砸电脑等），可以使用该文件重新在断点处开始模拟，以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始，并延长模拟计算（见tpbconv）。

EDR文件：系统能量文件（energy，.edr）。该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等。

EPS文件：封装文件格式（.eps），并不是GROMACS自身文件格式，可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序，WINDOWS要安装其他打开程序（可以GOOGLE以下）。GROMACS的DSSP和罗麽占陀罗图等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。习惯就好。

G87文件：分子坐标文件（.g87）。该文件记录并只记录原子坐标和速度，不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。

G96文件：分子坐标文件（.g96）

农村人民公社化运动

人民公社化运动一般指农村人民公社化运动

农村人民公社化运动是中国共产党在五十年代后期全面开展社会主义建设中，为探索中国社会主义建设道路所作的一项重大决策。它违背了生产关系要与生产力相适应的关系。

由于在合作化运动的后期已出现了过急过猛的问题，所以人民公社化运动也出现了急于向共产主义过渡的情况，刮起了“一平二调三收款”的“共产风”。

1958年11月中共中央工作会议（第一次郑州会议）后，毛泽东和中共中央开始逐步纠正人民公社化运动中的错误。

定义 中共对中国社会主义道路的探索 目录 1背景 2过程 3影响

1背景

关于在中国农村建立“大社”的思想，早在农业合作化运动的高潮中已初见萌芽。1956年完成了高级合作化，每社平均200户左右。1957年冬和1958年春的农田水利建设高潮，又出现了联队、联社。毛泽东考虑到当时以大搞兴修水利为特点的农业生产建设的发展需要，觉得需要办大社。

1958年3月，中共中央政治局成都会议通过了《关于把小型的农业合作社适当地合并为大社的意见》。意见指出：“为了适应农业生产和文化革命的需要，在有条件的地方，把小型的农业合作社有计划地适当地合并为大型的合作社是必要的。”会后，各地农村开始了小社并大社的