lammps运行in文件命令

作者: 御剑江湖 收录日期: 2011-03-31 发布

日期: 2011-03-24

Commands

描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.

1.1 LAMMPS input script

我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下

几点:

(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.

timestep 0.5 run 100 run 100 和

run 100 timestep 0.5

run 100

(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.

LAMMPS拉伸模拟有两种常用的方法：fix deform 和 velocity，也就是应变率拉伸和速度拉伸。

首先来说fix deform，这个命令使系统在给定的应变率下均匀拉伸。由于是对应变率进行控制，因此在用这个方法时通常要先定义应变率。

应变率定义的方法基本都一样，就是： variable tmp equal \variable L0 equal ${tmp}

variable strain equal \

另外这种拉伸方法的效果是让盒子整体变大，因此需要施加周期性边界条件P在拉伸方向上。

fix deform不能模拟真实拉伸过程中夹头对端部的固定，因此可以认为它是单纯的考虑了变形部分的变化特征。

再来谈谈velocity 拉伸，这个加载方法是让系统一端固定，另一端以均匀的速度移动，以此实现系统的拉伸，这个拉伸过程似乎更符合实际情况。同样为了让LAMMPS可以“夹住”系统的两端，在使用这种拉伸方法时，需要定义两个“夹头”。这个“夹头”就是定义的固定端region，这两个region中的原子的相对位置不随拉伸过程而变化。而定义了reign之后还要把这个region中的原子定义为group。

有的同学很不理解为什么要对一个区域定义两次变量，

例一

units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式

lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61

region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称

run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能

variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数

print \打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子

min_style sd # 能量最小化模式，sd

minimize 1.0e-12 1

例一

units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式

lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61

region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称

run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势能

variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统总原子数

print \打印信息 create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一个原子

min_style sd # 能量最小化模式，sd

minimize 1.0e-12 1

Lammps初学者——in文件中文解析

1初始化

Units

Units命令是用来设定模拟的原子类型。

Units stylelammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron

LJ是硬球模型

Real是真实的原子模型

Metal是金属原子模型

Si是硅半导体原子模型 Cgs

Electron是电子模型

Dimension

Dimension命令是用来定义模拟的维度默认情况为三维。

Dimension N N=23

Boundary

Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。

Boundary x y z xyz=psfm四种类型中的一种或者两种

P是周期性边界条件 S是自由边界条件但是具有收缩性

F是固定边界条件

M是具有最小值的自由边界条件但是具有收缩性

Atom-style

Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。

Delete-atoms

Pair-style

Pair-style定义了相互作用力场类型即势函数。

2原子定义

运行命令

运行命令

在DOS时代的时候，为了方便用户的操作，微软公司将一些常用的命令，如DIR，CD等命令全部集成在系统里面。这对于DOS来说是一个很大的优点。而存放这些内部命令的文件便是“Commom.com”(大概是这样的文件名，因为太久没有用而记不太清楚了）。它与IO.sys,Msdos.sys一起成为DOS系统的三个重要文件。当你在DOS系统里面输入任何命令的时候，系统会先从COMMON.com文件里面来寻找有没有这条命令，如果没有则转向寻找外部命令,到了XP时代后，这个内部命令文件则集成到了系统里面（没有考证过是哪个文件）。

外部命令其实就是一些可执行的文件（.exe文件）,程序文件（.com文件），和批处理文件（.bat），不可执行文本(txt.shs)，防止破坏文件(.dll).也包括微软后来更新windows installer后而以.msi命名的文件

常见的运行命令有：

inetmgr 打开inretnet信息服务 winver检查Windows版本 control打开控制面板 dxdiag检查DirectX信息 mem.exe显示内存使用情况 Sndvol32音量控制程序 sfc.e

windows

f8f
开始运行启动命令

开始-运行shutdown -s -t 3600 回车如果想取消关机命令，可以运行里输入 shutdown -a即可

1. gpedit.msc-----组策略
2. sndrec32-------录音机
3. Nslookup-------IP地址侦测器
4. explorer-------打开资源管理器
5. logoff---------注销命令
6. tsshutdn-------60秒倒计时关机命令
7. lusrmgr.msc----本机用户和组
8. services.msc---本地服务设置
9. oobe/msoobe /a----检查XP是否激活
10. notepad--------打开记事本
11. cleanmgr-------垃圾整理
12. net start messenger----开始信使服务
13. compmgmt.msc---计算机管理
14. net stop messenger-----停止信使服务
15. conf-----------启动netmeeting
16. dvdplay--------DVD播放器
17. charmap--------启动字符映射表
18. diskmgmt.m

103f
开始运行启动命令

开始-运行shutdown -s -t 3600 回车如果想取消关机命令，可以运行里输入 shutdown -a即可

1. gpedit.msc-----组策略
2. sndrec32-------录音机
3. Nslookup-------IP地址侦测器
4. explorer-------打开资源管理器
5. logoff---------注销命令
6. tsshutdn-------60秒倒计时关机命令
7. lusrmgr.msc----本机用户和组
8. services.msc---本地服务设置
9. oobe/msoobe /a----检查XP是否激活
10. notepad--------打开记事本
11. cleanmgr-------垃圾整理
12. net start messenger----开始信使服务
13. compmgmt.msc---计算机管理
14. net stop messenger-----停止信使服务
15. conf-----------启动netmeeting
16. dvdplay--------DVD播放器
17. charmap--------启动字符映射表
18. diskmgmt.msc---磁

一.运行框打开方式：

①windows+R

②win7系统可以直接在“开始”中输入

二.说明：

①以下命令根据不同的系统。有的系统可能运行不了，根据实际情况 ②很常用的已加粗！你值得一记！

三.命令列表

appwiz.cpl------添加删除程序 ctfmon.exe----输入法切换程序（如果出现输入法切换不了可以手动开启该进程） cmd.exe--------cmd命令提示符

chkdsk.exe-----chkdsk磁盘检查 (减少开机磁盘扫描等待时间 chkntfs /t:0) Chkdsk/f------确定文件系统是否损坏。 cleanmgr /sageset:99-------磁盘清理设置 certmgr.msc----证书管理实用程序 calc-----------启动计算器

charmap--------启动字符映射表

cliconfg-------sql server 客户端网络实用程序 clipbrd--------剪贴板查看器

conf-----------启动netmeeting compmgmt.msc---计算机管理 cleanmgr-------垃圾整理 ciadv.msc------索引服务程序

dxd

LAMMPS in文件注意事项及详细解释

lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（input script），也就是in文件，以及关于体系的原子坐标之类的信息的文件（data file）。lammps在执行计算的时候，从这个in文件中读入命令，所以对LAMMPS的使用最主要的就是对in文件的编写和使用。

下面介绍一些关于in文件的事项： 1. 每一非空行都被认为是一条命令（大小写敏感，但极少有命令或参数大写的）。 2. in文件中各命令的顺序可能会对计算产生影响，但大部分情况下不会有影响。 3. 每行后的“&” 表示续行（类似fortran）。 4. “#”表示注释（类似bash）。

5. 每行命令中的不同字段由空格或者制表符分隔开来，每个字段可以由字母、数字、下划

线、或标点符号构成。

6. 每行命令中第一个字段表示命令名，之后的字段都是相关的参数。 7. 很多命令都是在需要修改默认值的情况下才特别设置的。

in文件整体来看分为4个部分

1. Initialization

这一部分包含了关于计算体系最基本的信息，例如：

units: 单位系统(units style)，lammps现在提供包括lj、real、metal、si和cg