tcga数据集下载

基于TCGA数据集分析FZD5在胶质瘤中的表达及临床意

义

潘景臻; 华实; 王帅; 张健

【期刊名称】《世界最新医学信息文摘（电子版）》

【年(卷),期】2020(020)015

【摘要】目的本研究主要关注FZD5的表达在胶质瘤中的作用及其机制.方法基于来自癌症基因组图谱(TCGA)的表达数据和相应的临床信息,通过t检验和卡方检验分析FZD5表达与临床特征之间的关联.Kaplan-Meier分析进行生存分析.基因集富集分析(GSEA)研究FZD5影响胶质瘤细胞生物学功能的内在机制.结果 FZD5表达与肿瘤恶性程度呈正相关,与生存时间呈负相关,但与性别或年龄无显着相关.GSEA表明高表达FZD5激活JAK-STAT信号通路,细胞骨架信号通路,细胞粘附分子(CAMs)通路和溶酶体通路.结论高表达的FZD5是胶质瘤不良预后的影响因素,可作为判断胶质瘤预后的有效生物学标志,是潜在的治疗靶点.【总页数】2页(5-6)

【关键词】FZD5; 胶质瘤; 癌症基因组图谱; 基因集富集分析; 预后

【作者】潘景臻; 华实; 王帅; 张健

【作者单位】潍坊医学院山东潍坊261000; 临沂市人民医院山东临沂276003

【正文语种】中文

【中图分类】R731

【相关文献】

1.FZD

基于TCGA数据集分析FZD5在胶质瘤中的表达及临床意

义

潘景臻; 华实; 王帅; 张健

【期刊名称】《世界最新医学信息文摘（电子版）》

【年(卷),期】2020(020)015

【摘要】目的本研究主要关注FZD5的表达在胶质瘤中的作用及其机制.方法基于来自癌症基因组图谱(TCGA)的表达数据和相应的临床信息,通过t检验和卡方检验分析FZD5表达与临床特征之间的关联.Kaplan-Meier分析进行生存分析.基因集富集分析(GSEA)研究FZD5影响胶质瘤细胞生物学功能的内在机制.结果 FZD5表达与肿瘤恶性程度呈正相关,与生存时间呈负相关,但与性别或年龄无显着相关.GSEA表明高表达FZD5激活JAK-STAT信号通路,细胞骨架信号通路,细胞粘附分子(CAMs)通路和溶酶体通路.结论高表达的FZD5是胶质瘤不良预后的影响因素,可作为判断胶质瘤预后的有效生物学标志,是潜在的治疗靶点.【总页数】2页(5-6)

【关键词】FZD5; 胶质瘤; 癌症基因组图谱; 基因集富集分析; 预后

【作者】潘景臻; 华实; 王帅; 张健

【作者单位】潍坊医学院山东潍坊261000; 临沂市人民医院山东临沂276003

【正文语种】中文

【中图分类】R731

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1.FZD

TCGA的乳腺癌RNA-seq数据WGCNA分析示例

WGCNA（Weighted Correlation Network analysis）是一个基于基因表达数据，构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析（DEG）的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异，而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系，将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析，寻找特定表型的分子特征。网上例子千千万，但是大部分都是从文档翻译而来，要用起来还是有些费劲，要深入的可以移步这里：

http://www.stat.wisc.edu/~yandell/statgen/ucla/WGCNA/wgcna.html下面我将根据TCGA乳腺癌基因表达数据以及乳腺癌压型数据，一步一步的使用WGCNA来进行乳腺癌各个亚型共表达模块的挖掘#############数据准备#############首先我们需要下载TCGA 的乳腺癌的RNA-seq数据以及临床病理资料，我这里使用我们自己开发的TCGA简易下载工具进行下载首先下载RNA-Seq：下载之后共得到1215个样本表达数据进一步下载临床病理资料进

This was the 1983 ASA Data Exposition dataset. The dataset was collected by Ernesto Ramos and David Donoho and dealt with automobiles. Data on mpg, cylinders, displacement, etc. (8 variables) for 406 different cars. The dataset includes the names of the cars.

汽车数据集(cars dataset)

数据摘要：

This was the 1983 ASA Data Exposition dataset. The dataset was collected by Ernesto Ramos and David Donoho and dealt with

automobiles. Data on mpg, cylinders, displacement, etc. (8 variables) for 406 different cars. The dataset includes the names

有很多有用的网址,提供气象相关数据的下载,有用的话试试呗!

气象数据下载

包括：综合资料、降水、SST、地面覆盖资料、风场/OLR/指数资料

Noaa资料库： http://www.cdc.noaa.gov

NCEP资料介绍： http://www.nomad2.ncep.noaa.gov/ncep_data/

欧洲气象中心资料(grib和NC格式的)：

http://www.ecmwf.int/

Levitus资料： http://ingrid.ldgo.columbia.edu/SOURCES/.LEVITUS94/.MONTHLY/

Ucar资料 http://www.cgd.ucar.edu/cas/guide/Atmos/Surface/data.html

NASA资料：

ftp://podaac.jpl.nasa.gov/seasurfaceheight/

以前某天全国的天气情况

http://www.77cn.com.cn/feature/hi301100.shtml

1度×1度资料

http://dss.ucar.edu/datasets/ds083.2/

ARGO资料

http://www.77cn.com.cn/web/

NCEP 系统资料：

USGS-Glovis 使用介绍

关于 USGS Glovis (USGS Global Visualization Viewer) 的使用说明 访问http://glovis.usgs.gov/ （需要安装java虚拟机），选择好所需查找的传感器， 数据的经纬度位置，点击View Images，即可进行查询。

对于一般使用人员可以提供查询的数据有一下几种：

本文选择了 ASTER 数据进行演示

需要云南某地的数据，已知所需数据的经纬度范围，并且有相应的 shape 文件。 如果知道所需数据的行列号或者中心点经纬度范围，可以将信息输入以下信息框 内， 点击

相应的，在缩略图上有个小红点就会指示到所在数据的中心位置（如下图）。

第 1 页 共 11 页 USGS-Glovis 使用介绍

默认的分辨率为 1000m，你也可以选择其他的分辨率。

为了能更加准确的确定工作区所涉及到的数据，可以加入事先已有的 shape 文件， 在 ArcGIS 中可以生成，

选择 sha

中国地区SRTM数据集 简介

SRTM（Shuttle Radar Topography Mission），即航天飞机雷达地形测图任务，美国太空总署（NASA）和国防部国家测绘局（NIMA）以及德国与意大利航天机构共同合作完成联合测量,由美国发射的“奋进”号航天飞机上搭载SRTM系统完成。本次测图任务从2000年2月11日开始至22日结束，共进行了11天总计222小时23分钟的数据采集工作，获取北纬60度至南纬56度之间总面积超过1.19亿平方公里的雷达影像数据，覆盖地球80%以上的陆地表面。

SRTM系统获取的雷达影像的数据量约9.8万亿字节，经过两年多的数据处理，制成了数字地形高程模型（DEM）。SRTM产品2003年开始公开发布，经历多修订，目前最新的版本为V4.1版本。

数据覆盖范围

SRTM的覆盖范围从南纬56°到北纬60°范围，约占全球面积的80%（119.56 M km2），覆盖范围见图1，在覆盖区内有99.968%的区域获得了数据，约50,000 km2的区域数据缺失(都位于美国境内)。在覆盖区内大部分区域都有重复覆盖，具体数值见表1. 表1 SRTM数据覆盖范围 比例 99.968% 94.59% 49.25%

多

维

数

据

集

培

训

教

程

吴思远编2015年12月

安装Analysis Services多维建模教程示例数据和项目可使用本主题中提供的说明和链接来安装Analysis Services 教程中使用的所有数据和项目文件。

步骤1：安装SQL Server 软件

本教程中的课程假定您已安装以下软件。所有以下软件都使用SQL Server 安装介质进行安装。为了简化部署，您可以在一台计算机上安装所有功能。若要安装这些功能，请运行SQL Server 安装程序并从“功能选择”页中选择它们。

?数据库引擎

?Analysis Services

Analysis Services 仅在以下版本中提供：Evaluation、Enterprise、Business

Intelligence、Standard。

请注意，SQL Server Express 版本不包括Analysis Services。。

默认情况下，Analysis Services 将作为多维实例安装，您可以通过在安装向导的“服

务器配置”页中选择“表格服务器模式”来覆盖此实例。如果要同时运行两种服务器模式，请在同一台计算机上重新运行SQL Server 安装程序，以在另一模式中再安装一个Analysis Serv

数据挖掘复习题集

1. 名词解释及简答 数据矩阵 闭频繁项集， 极大频繁项集 四分位数极差 聚类分析

聚类算法DBSCAN中的密度可达与密度相连

简述数据清理的任务

简述k-means聚类与k-中心点聚类的相似与不同之处

2. 填空题

（1） 计算sin(45o)的Matlab命令是 （2） 假设x=10，计算

?2ex?0.5?1的Matlab命令是

?（3） Matlab中清除显示内容的命令是 （4） Matlab中清除变量y的命令是

（5） Matlab中有矩阵a=[1 2 3; 4 5 6; 7 8 9]，执行a(2,:)=[]后，a的值为 。 （6） Matlab中绘制曲线的基本命令是 。

（7） 数据质量涉及许多因素，包括 ， ， ，时效性，可信性和可解释性。 （8） 属性的类型由该属性可能具有的值的集合决定，属性类型包括 ， ，序数

的或数值的。

（9） KDD 过程包括： , 数据集成, 数据选择, 数据变换, 数据挖掘, 模式评估,

和 。

（10） 一个模式是有趣的，如果它是 , 在某种程度上在新

康藏协庆寺课诵集

加持咒

嗡 桑巴ra 桑巴ra 波玛纳萨ra 玛哈藏巴巴吽帕的所哈（念诵三遍）

此咒摘于<噶当祖师问道语录>，为度母传于阿底峡尊者，其功德能使念诵增上一千万倍。

八圣吉祥颂

任作何事之始，念诵一遍，能顺利如愿成就，故当铭记。 嗡 囊哲南达让因伦哲波 札西效吉央纳耶巴耶 桑吉丘当给敦帕波措 根拉香擦达嘉札西效 准美嘉波匝丹敦哲功 先波坚华给札华丹巴 根拉功巴嘉且札巴坚 伦波达帕匝札华当呢 森坚檀嘉拉功札波华 耶层匝巴匝阿札华得 灿赞图比札西华培瓦 得瓦夏巴嘉拉香擦洛 将华云呢华丹多杰怎 先瑞热旺滚波先波华 萨耶酿波哲巴南巴色 南葵酿波帕巧根德桑 额巴多杰巴嘎勒向当 诺沃达瓦RA哲涅玛耶 夏灿拉南札西华杰巧 向却森华嘉拉香擦洛 仁钦德巧札西色杰你雅 多炯温桑耶嗡嘎玛拉 年札东当彭措华威额 摩呢嘉灿旺杰括洛得 仁钦达巧嘉杰夏灿坚 效迪嘉瓦巧将吉杰玛 嘎所欧沃展比华贝沃 札西拉摩嘉拉香擦洛 苍巴钦波得炯这美沃 摩东丹当嘉波耶括忠 帕吉波当勒旺摩摩桑 南图这得拉贼括洛当 哲协拉当东通多杰坚

嗡 现有自性清静任运成 安住十方吉祥刹土中 诸佛正法僧伽圣者众 顶礼一切愿我等吉祥 灯王佛贤勇义成就佛 慈严德佛善名胜德佛 一切义持广大名称佛