sgRNA设计流程

SgRNA设计方法

SgRNA（small guide RNA简称），是CRISPR基因敲除敲入系统中重要的组成部分，早先发现的guide RNA，由两部分组成—tracRNA和crRNA, 两部分融合表达后，即sgRNA也能很好的行使guide的功能，与cas9蛋白结合，引导cas9酶靶向基因组DNA进行剪切。

SgRNA脱靶问题一直备受关注，如何设计特异性好的靶点成为大家关注的焦点，很多实验室开发了不同的设计软件，大体原则如下：

（1）对于sgRNA的长度，一般应为20 nt左右； （2）对于sgRNA序列的碱基组成，可选3'末端含GG的sgRNA，同时sgRNA种子序列尽量避免以4个以上的T结尾，GC%含量最佳为40%~60%；

（3）sgRNA的种子序列与脱靶位点的匹配数尽可能低 （4）如果构建U6或T7启动子驱动sgRNA的表达载体，需考虑sgRNA的5' 碱基为G或GG，以提高其转录效率； （5）对于sgRNA靶向基因的结合位置，如需造成基因移码突变，需尽量靠近基因编码区的ATG下游，最好位于第一或第二外显子；

（6）检查sgRNA靶向结合位点基因组序列是否存在SNPs； （7）如采用Cas9单切口酶，设计paired-gRNA需

Hereditas (Beijing) 2015年11月, 37(11): 1125―1136 www.chinagene.cn

综 述 CRISPR/Cas9系统中sgRNA设计与脱靶效应评估

谢胜松1，张懿2，张利生1，李广磊1，赵长志1，倪攀1，赵书红1

1. 华中农业大学，农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室，武汉 430070； 2. 中国人民解放军第161医院妇产科，武汉 430010

摘要： 基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组编辑技术，已成功应用于动物、植物和微生物等诸多物种

的基因组改造。如何提高CRISPR/Cas9技术的基因组编辑效率和最大限度降低脱靶风险一直是本领域的研究热点，而使用高效且特异的sgRNA(Small guide RNA)是基因组改造成功的关键性因素之一。目前，已有多款针对CRISPR/Cas9技术的sgRNA设计和/或脱靶效应评估软件，但不同的软件各有优缺点。本文重点对16款sgRNA 设计和脱靶效应评估在线和单机版软件的特点进行了阐述，通过制定38项评估指标对不同软件进行了比较分析，最后对11种用于检测基因组编辑效率和脱靶的实验方法，以及如何筛选高效且特异的sgRNA进行了归纳总结

标志设计流程 1.标志设计调研分析

商标、logo标志设计不仅仅是一个图形或文字的组合，它是依据企业的构成结构、行业类别、经营理念，并充分考虑标志接触的对象和应用环境，为企业制定的标准视觉符号。在设计之前，首先要对企业做全面深入的了解，包括美女、经营战略、市场分析、以及企业最高领导人员的基本意愿，这些都是标志设计开发的重要依据。对竞争对手的了解也是重要的步骤，标志设计的重要做用即识别性，就是建立在对竞争环境的充分掌握上。

2.标志设计要素挖掘

要素挖掘是为设计开发工作做进一步的准备。依据对调查结果的分析，提炼出标志的结构类型、色彩取向，列出标志所要体现的精神和特点，挖掘相关的图形元素，找出标志设计的方向，使设计工作有的放矢，而不是对文字图形的无目的组合。

3.标志设计开发

有了对企业的全面了解和对设计要素的充分掌握，可以从不同的角度和方向进行设计开发工作。通过设计师对标志的理解，充分发挥想象，用不同的表现方式，将设计要素融入设计中，标志必须达到含义深刻、特征明显、造型大气、结构稳重、色彩搭配能适合企业，避免流于俗套或大众化。不同的标志所反映的侧重或表象会有区别，经过讨论分析或修改，找出适合企业的标志。

4.标志设计修正

提案阶段确定的

汽车设计

从整车出来的就不说了，具体到底盘悬架的开发流程大致如下：

1.找Benchmark，基准很重要，这涉及到市场定位问题，积累的数据库是关键。

2.悬架质量估算

3.综合其它零部件，估算空载满载质量与轴荷。

4.确定底盘部件的质量

5.前后悬初步方案设计

6.运动学定义

7.转向系统选择或设计

8.发动机悬置选择或设计

9.制动系统选择或设计

10.轴荷计算，悬架部件受力计算

11.零部件制造方案选择，冲压啊，铸造阿，内高压阿，扒拉扒拉

12.悬架部件总布置设计

13.FEA，这个大家都知道

14.驱动桥的话还有驱动轴

15.当然，钱是最重要的，成本才是老板最关心的。

OK，收工。

1 汽车底盘开发设计流程

使用CATIA 软件进行汽车底盘设计开发的核心是基于骨架模型与DMU 集成的TOP-DOWN 设计方法。自上而下（Top Down Design process）设计是与常规 Bottom Up 设计相对应的一种设计方式， 此设计方法的中心思路是先整体规划，后细节设计。即在产品整体设计的初期，就定位于整个装配系统的最高层面来考虑产品的总体设计和功能性设计。

这种方法是从装配构成的最顶层开始，在一个骨架模型零件中来考虑和表达整个装配的各个部件的相互位置关系、作用和实现的功能

使用EICAD进行路线设计的流程

EICAD的综合版既可做路线，也可做立交，而路线版就只能做路线，所以使用EICAD的设计流程分为路线的设计流程和立交设计流程。和DICAD一样，无论是做路线设计，还是做立交设计，第一步都是先建立CAD的工作目录。建立的过程如下：

首先，在硬盘的一个分区上新建一个文件夹，如在D盘根目录下创建一个项目目录，在D盘根目录上单击右键,选 新建-->文件夹，如下所示：

然后将文件夹的名称改为项目名称。

工作目录建立好以后，我们打开CAD加载EICAD程序，

加载成功后运行项目数据环境，在“项目信息”栏里面选择“新建项目”

根据对话框要求进行项目设置。

项目建好后，我们用同样的方法，在项目数据环境里面选择“创建道路”，根据对话框要求进行道路设置。

注意：一个项目下面可以创建多条道路，这个功能主要是考虑到互通设计的需要。 项目建立好以后，我们就可以根据要求，按平纵横的顺序进行路线设计或立交设计。下面先看用EICAD进行路线设计的步骤。

使用EICAD做路线设计时，我们按平面设计、纵断面设计、横断面设计的顺序来进行设计。

平面设计：

平面设计命令可从命令菜单中选取，也可从命令行中输入，还可以直接单击快捷命令菜单项，我们在此用

时产10吨配合饲料厂生产车间工艺设计说明书

学 院: 动物科学与营养工程学院 专 业: 动物科学

2013年 6月 12 日

目录

一、概述…………………………………………………………………2

1.1、 项目概况

1.2、 设计原则与要求 1.3、设计依据

二、工艺流程设计………………………………………………………3 2.1、工艺流程技术要求

2.2、工艺流程方案的确定

三、工艺设备的选型与计算………………………………………………5 3.1、原料的接收 3.2、清理工段 3.3、粉碎工段

3.4、配料工段 3.5混合工段

一、 本地货出境报检流程设计 业务背景

2009年12月20日，天津田歌纺织有限公司与洪都拉斯PROTEXSA公司签订合同，约定于2010年1月30日前由天津田歌纺织有限公司向该公司出口平纹布（商品编码5210410090，检验检疫类别/N）,装运港为天津新港，卸货港为PUERTO CORTERS, HONDURAS. 报检流程：

天津田歌纺织有限公司委托天津中经得国际货运代理有限公司代理此票货物的通关事宜。本票货物报检流程如下。

1、2010年1月15日，天津中经得国际货运代理有限公司收到天津田歌纺织有限公司寄来的报检委托书、外贸单据、厂检单等，开始着手拟定报检方案，准备报检事宜。

2、2010年1月16日，天津中经得国际货运代理有限公司在CIQ2000系统上向检验检疫机构提交电子“出境货物报检单”。

3、2010年1月16日，收到CIQ2000系统返回的回执信息，提示已经生成报检号，可与所在地检验检疫机构联系检验检疫事宜，遂向天津空港出入境检验检疫局邀约。

4、2010年1月17日，按照约定，天津空港出入境检验检疫局检验检疫工作人员赴天津田歌纺织公司抽采样，并进行现场查验。天津中经得国际货运代理有限公司报检员现场提交纸质单据

使用EICAD进行路线设计的流程

EICAD的综合版既可做路线，也可做立交，而路线版就只能做路线，所以使用EICAD的设计流程分为路线的设计流程和立交设计流程。和DICAD一样，无论是做路线设计，还是做立交设计，第一步都是先建立CAD的工作目录。建立的过程如下：

首先，在硬盘的一个分区上新建一个文件夹，如在D盘根目录下创建一个项目目录，在D盘根目录上单击右键,选 新建-->文件夹，如下所示：

然后将文件夹的名称改为项目名称。

工作目录建立好以后，我们打开CAD加载EICAD程序，

加载成功后运行项目数据环境，在“项目信息”栏里面选择“新建项目”

根据对话框要求进行项目设置。

项目建好后，我们用同样的方法，在项目数据环境里面选择“创建道路”，根据对话框要求进行道路设置。

注意：一个项目下面可以创建多条道路，这个功能主要是考虑到互通设计的需要。 项目建立好以后，我们就可以根据要求，按平纵横的顺序进行路线设计或立交设计。下面先看用EICAD进行路线设计的步骤。

使用EICAD做路线设计时，我们按平面设计、纵断面设计、横断面设计的顺序来进行设计。

平面设计：

平面设计命令可从命令菜单中选取，也可从命令行中输入，还可以直接单击快捷命令菜单项，我们在此用

Cadence FSP设计流程

孙海峰

随着集成化程度的提高，印制板设计中FPGA及其引脚数量越来越多，设计难度越来越大，Cadence FPGA System Planner设计平台正是为了应对如此愈发复杂的设计挑战。它从创建初始引脚配置着手，紧密结合原理图及PCB设计工具，确保复杂PCB布线顺畅。Cadence FSP系统设计平台提供了一套完整的、可扩展的FPGA-PCB协同式设计解决方案，用于板级FPGA设计，能够自动对引脚配置进行“芯片-规则-算法”的综合优化。

Allegro FPGA System Planner集成了Design Entry CIS和Allegro PCB Editor模块，可以直接读取和创建Capture原理图和符号文件，也可以直接在创建PCB布局。Allegro FSP可以实现与Allegro布局的双向交互优化。

Allegro FSP 具体如何来实现FPGA-PCB的系统协同设计，可以从下面的流程阐述中了解到。

首先，从下面的图中可以看到FSP进行系统级设计开发的流程：

可以看出Allegro FSP设计流程完全与HDL、CIS两种Cadence原理图

Cadence FSP设计流程

孙海峰

随着集成化程度的提高，印制板设计中FPGA及其引脚数量越来越多，设计难度越来越大，Cadence FPGA System Planner设计平台正是为了应对如此愈发复杂的设计挑战。它从创建初始引脚配置着手，紧密结合原理图及PCB设计工具，确保复杂PCB布线顺畅。Cadence FSP系统设计平台提供了一套完整的、可扩展的FPGA-PCB协同式设计解决方案，用于板级FPGA设计，能够自动对引脚配置进行“芯片-规则-算法”的综合优化。

Allegro FPGA System Planner集成了Design Entry CIS和Allegro PCB Editor模块，可以直接读取和创建Capture原理图和符号文件，也可以直接在创建PCB布局。Allegro FSP可以实现与Allegro布局的双向交互优化。

Allegro FSP 具体如何来实现FPGA-PCB的系统协同设计，可以从下面的流程阐述中了解到。

首先，从下面的图中可以看到FSP进行系统级设计开发的流程：

可以看出Allegro FSP设计流程完全与HDL、CIS两种Cadence原理图