mirna的研究方法

miRNA研究方法

尽管早在1993年，科学家就发现了第一个microRNA，但直到2003年以后，这种小RNA分子的大作用才不断被发现。研究显示：miRNA通过与转录本的相互作用，关闭或抑制基因的表达，影响了30%的基因。miRNA在多个组织中，例如正常和肿瘤组织中差异表达。因此，通过表达谱分析寻找疾病相关miRNA并进行发病机理研究，最终应用于肿瘤诊断和治疗，已经成为目前miRNA研究的重要方向。在研究中，从深度测序、miRNA芯片到通过导入化学合成的mimics/antagomirs等实现miRNA过表达和抑制，都是研究中常用的方法。同时，在miRNA研究中，生物信息学分析扮演着越来越重要的角色。

下表介绍了miRNA研究和应用中科学家关注的主要科学问题以及目前常用的研究方法。

miRNA主要研究技术

深度测序 抽提分离小分子（例如18-30nt）RNA，通过RT-PCR扩增之后，利用solexa深度测序，并进行生物信息学分析，获得miRNA表达谱。深度测序结合生物信息学分析手段，可以对海量数据进行分析，分别统计出已知的miRNA（miRNA-known）、新的miRNA（miRNA-new）以及可能的新miRNA（miRNA-cadida

已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!

使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别

Frank 20120715

miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合，抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳

定性，从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育，分化，生长等生命活动中起着非常重要的调控作用，因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域，并期待能一窥miRNA的科学奥妙。

成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，初级转录物称为pri-miRN

已有文献报道表明,等量的miRNA mimics 和pre-miRNA 进入体外或体内时,pre-miRNA能更特异地且高效的形成mature miRNA,并表现出更高的生物学活性。鉴于pre-miRNA 具有高效、低细胞毒性的特点,我们合成了pre-miR-21 和miRNA mimic,以相同剂量转染细胞,然后用RT-PCR 检测miRNA-21 成熟体的形成。试验结果表明效果远优于mimics,因此pre-miRNA在系统多因素的研究中具备其更独特的优势!

使用siRNA、miRNA mimic 、pre-miRNA进行miRNA 生物学功能研究的区别

Frank 20120715

miRNA是一类大小约为22个碱基的小RNA分子。它们在转录后阶段对基因表达进行调控。调控机制是通过与靶基因的mRNA互补序列结合，抑制蛋白质的 翻译或降低mRNA的稳

定性，从而抑制靶基因的表达。科研人员已逐步认识到miRNA在细胞的发育，分化，生长等生命活动中起着非常重要的调控作用，因此越来越多的科研人员把目光聚焦到这一领域，并期待能一窥miRNA的科学奥妙。

成熟的miRNA是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，初级转录物称为pri-miRN

东南国防医药 2 0 1 4年1月第 1 6卷第 1期

M i l i t a r y M e d i c a 1 J o u n r a l o f S o u t h e a s t C h i n a, V o 1 . 1 6, N o . 1, J a n . 2 0 1 4

7 3

综

述

m i R N A与肺癌关系的研究进展许德兵，吴凌云综述，宋勇 审校

[摘要] m i R N A是一类长约 2 1~ 2 5个核苷酸的小分子非编码 R N A,能调节转录后靶基因的表达，它在机体内对生长发

育、细胞繁殖、代谢、凋亡等生理过程发挥着重要作用。mi R N A具有癌基因或抑癌基因的双重作用，其表达水平的变化与肿瘤形成密切相关。肺癌是危害人类健康的恶性肿瘤之一，由于常常不能及时诊断，大部分肺癌患者发现时多已经是晚期，因而预后较差。近年来， mi R N A与肺癌的关系备受关注。 [关键词]肺癌； mi R N A;诊断[中图分类号] R 6 0 5 . 9 7 [文献标志码] A d o i: 1 0 . 3 9 6 9/ j . i s s n . 1 6 7 2— 2 7 1 X . 2 0 1 4 . 0 1 . 0 2 4

分子生物学进展综述

miRNA与肿瘤的研究进展

摘要 微小RNA（miRNA）是一类长约22 nt 的非编码单链RNA，由前体经酶作用而得，它是细胞的内源性物质，普遍存在于动植物中，高度保守。miRNA参与早期胚胎发育、细胞增殖与凋亡、细胞分化、脂肪代谢等一系列重要的生命活动。近几年的许多研究表明miRNA与肿瘤的发生关系密切。本文主要就miRNA简介及其与肿瘤的关系作一简要综述。

关键字 miRNA；肿瘤；进展

Research progress of the relationship between

miRNA and cancer

[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) is a class of non-protein coding single-stranded small molecular RNA with a size of about 22 bases,which is cut by the enzyme from the precursor.It is Highly conserved cell endogenous substances. miRNAs involve tum

分子生物学进展综述

miRNA与肿瘤的研究进展

摘要 微小RNA（miRNA）是一类长约22 nt 的非编码单链RNA，由前体经酶作用而得，它是细胞的内源性物质，普遍存在于动植物中，高度保守。miRNA参与早期胚胎发育、细胞增殖与凋亡、细胞分化、脂肪代谢等一系列重要的生命活动。近几年的许多研究表明miRNA与肿瘤的发生关系密切。本文主要就miRNA简介及其与肿瘤的关系作一简要综述。

关键字 miRNA；肿瘤；进展

Research progress of the relationship between

miRNA and cancer

[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) is a class of non-protein coding single-stranded small molecular RNA with a size of about 22 bases,which is cut by the enzyme from the precursor.It is Highly conserved cell endogenous substances. miRNAs involve tum

分子生物学进展综述

miRNA与肿瘤的研究进展

摘要 微小RNA（miRNA）是一类长约22 nt 的非编码单链RNA，由前体经酶作用而得，它是细胞的内源性物质，普遍存在于动植物中，高度保守。miRNA参与早期胚胎发育、细胞增殖与凋亡、细胞分化、脂肪代谢等一系列重要的生命活动。近几年的许多研究表明miRNA与肿瘤的发生关系密切。本文主要就miRNA简介及其与肿瘤的关系作一简要综述。

关键字 miRNA；肿瘤；进展

Research progress of the relationship between

miRNA and cancer

[Abstract] MicroRNAs (miRNAs) is a class of non-protein coding single-stranded small molecular RNA with a size of about 22 bases,which is cut by the enzyme from the precursor.It is Highly conserved cell endogenous substances. miRNAs involve tum

Human Brain Cancer miRNA PCR Array: MIHS-108Z

Anaplastic Astrocytoma: miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-125b-5p, miR-127-5p, miR-129-5p, miR-137, miR-138-5p, miR-187-3p, miR-203a, miR-218-5p, miR-296-5p,

miR-31-5p, miR-320a, miR-7-5p.

Glioblastoma: miR-101-3p, miR-107, miR-10b-5p, miR-124-3p, miR-128, miR-129-5p, miR-130a-3p, miR-132-3p, miR-133a, miR-133b, miR-137, miR-138-5p, miR-149-5p, miR-153, miR-16-5p, miR-181a-5p, miR-181b-5p, miR-185-5p, miR-187-3p, miR-191-5p, miR-203a, miR-21-5p, miR-210, miR-218-5p, miR-221-

基于机器学习的miRNA靶基因预测算法研究概况

摘要：首先小结目前所发现的mirna:mrna对的统计特征，然后对基于机器学习的各类靶基因预测算法逐一作研究，最后对现有靶基因预测算法的研究现状及优缺点给出系统的结论。 关键词：micrornas；靶基因预测；生物信息学；rna干扰 图1mirna:target绑定结构

由于已知靶标数目有限，而预测结果不精确，因此上述特征不全面且易导致偏倚。

2各类机器学习靶基因预测算法 2.1pictar

pictar认为基因3’utr序列是由mirna绑定点及背景序列组成。在考虑一个utr被m个mirna同时作用的情况时，该隐马尔科夫模型有1+m个隐含状态，状态间概率为pi，示转换为背景序列的概率，pi

i∈{0,…,m} ，p0表

i∈{1,…,m}表示从当前状态到第

i个mirna绑定点位的概率。当某mirna绑定点位状态被选择，代表mirna绑定点位7nt或8nt长的序列会被产生，而此绑定点位是完全种子匹配的概率为p，非完全种子匹配的概率为1-p；否则会产生碱基以表示转移到背景序列状态。pictar利用baum

welch

算法来计算3’utr序列是由此隐马尔科夫模型产生的最大似然概率。 2.2mitarget

调控DNA损伤修复基因的microRNA

摘要：肿瘤的发生是个多级的过程，正常细胞的基因组受到各种各样的损伤而无法修复时，就有可能发生癌变转化为肿瘤细胞。细胞为了保护其基因组的完整性，会需要一套复杂的DNA损伤修复系统，当细胞的DNA受到损伤时，细胞就会启动该系统，引起细胞周期阻断、凋亡或者进行DNA损伤修复。放、化疗是通过引起DNA损伤而杀死肿瘤细胞的，也是一种主要的肿瘤治疗方法。损伤DNA修复蛋白，使细胞损伤无法修复，就能增加肿瘤放、化疗的效率。近年来，越来越多的证据证明microRNA（miRNA）参与DNA损失修复网络的调控过程。miRNA是一类内源性的小的非编码RNA，能在转录后水平调节基因的表达。由于其本身的特性，miRNA在许多生命进程中扮演着重要角色，本文探讨了miRNA在DNA损伤修复通路和肿瘤中的作用。

关键词：DNA损伤修复通路；miRNA；调控 1、前言

DNA损伤修复（DDR）通路是一个复杂的信号传导通路，在DNA损伤之后被激活。人体基因组DNA每时每刻都在遭受着来自体内外的各种因子的攻击而被损伤，细胞为了保护基因组的完整性，会启动DNA损伤修复系统，使细胞发生周期阻滞，最终细胞被修复或者凋亡[1]。许多研究已证实，