查找基因序列和致病位点

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如何查找基因序列

标签:文库时间:2025-02-14
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很有用啊

如何查找基因序列

1. 根据文献中已知的基因ID

如果你在文献中看到你感兴趣的基因,而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号,那就好办了,直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把Genbank ID号输入GO前面的文本框中,点“GO”,就可以找到了。(如GenBank accession number gi 16151096)”。

2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找

打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene,然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”,点击GO。搜索结果出来了,点击箭头所指的Limits, Limits的意思其实就是高级检索,你可以在这里对检索词进行很多限制,这样能大大精简查询结果。我们接着来,在Limits这个界面,先选择查询的限定范围:先选Gene name(基因名称);然后再选择Limit by Taxonomy(生物分类限定)中的Homo sapiens(人类),然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是,在Genb

NCBI如何查找序列 - 图文

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1、 请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件,解释以一下各个部分代表的含义。

① 开Genbank主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/),②database选择

“Nucleotide”,输入“Monkey(猴子)“,点击“Search”

② 单击“search”后得到以下页面:

③ 然后选择第一个序列文献打开;找到如下图的位置,选择“file“,保存到电脑。

序列内容如下:

序列内容各部分意思如下:

Go to:

LOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI (名称)(碱基数)(分子类型)(分子类型)(灵长类) 27-APR-1993 (修正日期)

DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. (定义行,精要描述序列特征) ACCESSION K01786 (检索号)

VERSION K01786.1 GI:176550 (版本信息)

KEYWORDS origin of replication. (关键词

基因组序列拼接 - 图文

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基因组组装模型论文

2014年成都理工大学 校内数学建模竞赛论文

题 目 编 号 队编号 参 赛 队 员 姓 名 张萌立 何理 张玲玲 C题-基因组组装 9 学号 201313030206 201305090108 201308050710 专业 计科 空间 财务管理

二0一四年五月二十五日

1

基因组组装模型论文 基因组组装

队编号:9 摘要:本文所要研究的就是全基因组的从头测序的组装问题。

首先,本文简要介绍了测序技术及测序策略,认真分析了基因系列拼装所面临的主要挑战,比如reads数据海量、可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况,探讨了当前基因组序列拼接所采用的主要策略,即OLC(Overlap/Layout/Consensus)方法、de Bruijn图方法,且深入探讨了de Bruijn图方法。

其次,针对题中问题,以一条reads为基本单位,分为reads拼接和contig组装两个阶段,其中contig是由reads拼接生成的长序列片段。Reads的拼接阶段主要包括数据预处理、de-Bruijn 图、contig构建等,而contig的组装阶段主要包括序列的相对位置的确定以及重叠部分over

茄科植物PAL基因家族的鉴定和序列分析 - 图文

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龙源期刊网 http://www.qikan.com.cn

茄科植物PAL基因家族的鉴定和序列分析

作者:盖江涛 陈振玺 王鹏 来源:《热带作物学报》2015年第03期

摘 要 苯丙氨酸解氨酶(PAL,phenylalanine ammonia-lyase[EC:4.3.1.24])是植物次生代谢尤其是苯丙烷途径的关键酶,与植物抵抗病原菌入侵密切相关,具有重要的植物生理学意义;其催化产物是辣椒素等植物天然产物的前体。采用BLASTP方法,依托全基因组数据库,获得了番茄、马铃薯、本氏烟草、辣椒等4种茄科植物及杨树、拟南芥的PAL基因家族成员共27条序列,并对其进行初步的生物信息学分析、理化性质分析及结构分析。结果表明:在进化过程中,茄科植物烟草、番茄、马铃薯和辣椒的亲缘关系较近,拟南芥、杨树与茄科植物的亲缘关系较远;酸性蛋白质占96.3%,所有蛋白均为亲水性稳定蛋白、有明显跨膜现象、无信号肽;所有PAL亚细胞定位于细胞质中,具有活性位点的蛋白占96.3%。本研究结果为进一步研究茄科植物中PAL代谢机理提供理论支持。 关键词 苯丙氨酸解氨酶;PAL;基因家族;氨基酸;茄科 中图分类号 Q949.77

岗位廉政风险点查找和防控措施表

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附件2:

岗位廉政风险点查找和防控措施表

单位:九江县国土资源局办公室 填表日期:2010年8月18日

姓 名 汤志恒 领导当好参谋、助手; 二、负责本局文件收发管理和全局综合性文件的起草工作; 三、负责提交局长办公会、局务会议讨论研究的事项和日程安排、记录及决议事项的承办、催办工作; 四、负责局党组、局务会议决定召开的各种会议的会务组织管理工作; 五、负责全局保密工作及行政事务管理; 六、负责全局信、函管理工作,做好县人大议案、意见、建议和县政协提案受理、协调、督办工作; 七、负责本局政治、业务学习的组织安排,协助局领导做好本局职工思想政治工作。做好局机关各项规章制度的执行监督; 八、按照局领导安排,

岗位廉政风险点查找和防控措施表

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第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

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第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

基因序列和非基因序列

编码序列和非编码序列

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第一部分基因位置确定

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Sequencing strategy

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Informatics Analysis:

Sequencing and Quality assessmentAssemblyRepeatsGene PredictionFunctional annotationComparative analysisInteresting gene categoriesSilkDB

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Quality assessment:phred

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

RePsassembler

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Repeats 1. Simple Sequence Repeats (SSR)+ Satellites

新基因序列生物信息学分析

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对一条新的基因序列进行生物信息学的分析

论文摘要

本研究的主要内容是运用生物信息学的手段结合生物学实验方法对从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098获得的新基因序列( 命名为man)进行生物信息学的分析。针对然后结合利用所获得的信息设计生物学方法证实其生物学功能。 关键词:?-甘露聚糖酶;A.tabescens EJLY2098;生物信息学

论文目的和意义

英国《自然》杂志网络版2006年5月18日报道,科学家已对含有2.23亿个碱基对,占人类基因组中碱基对总量的8%左右的人类第一号染色体完成测序,宣告持续16年的人类基因组计划全部完成。作为人类自然科学史上重要的里程碑,“人类基因组”的研究已从“结构基因组”阶段进入“功能基因组”阶段。在人类基因组计划后相继推出的水稻基因组计划、马铃薯基因组计划、草鱼基因组计划等,和快速增长的微生物基因测序,“海量”的基因信息的积累,催生了“功能基因组”时代的来临。针对充分利用“海量”基因组信息的生物信息学不仅应运而生,而且为以注释、阐明基因功和利用基因生物学功能的“后基因组时代”的研究发挥了重大作用。

生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得了蛋白

m序列和Gold序列特性研究

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扩频通信实验报告

- I-

Harbin Institute of Technology 扩频通信实验报告

课程名称: 扩频通信 实验题目: Gold 码特性研究 院 系: 电信学院 班 级: 通信一班 姓 名: 学 号: 指导教师: 迟永钢 时 间: 2012年5月8日

哈尔滨工业大学

扩频通信实验报告

第1章实验要求

1.以r=5 1 45E为基础,抽取出其他的m序列,请详细说明抽取过程;

2.画出r=5的全部m序列移位寄存器结构,并明确哪些序列彼此是互反多项式;

3.在生成的m序列集中,寻找出m序列优选对,请确定优选对的数量,并画

出它们的自相关和互相关函数图形;

4.依据所选取的m序列优选对生成所有Gold序列族,确定产生Gold序列族的

数量,标出每个Gold序列族中的所有序列,并实例验证族内序列彼此的自相关和互相关特性;

5.在生成的每个Gold序列族内,明确标出平衡序列和非平衡序列,并验证其

分布关系。

6.完整

商业广场多种经营点位和广告位管理规范

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商业广场多种经营点位和广告位管理规范

1. 多种经营管理 1.1预算管理

1.1.1各地商管公司总经理负责组织营运部等相关部门依据商管总部确定的经济指标和多种经营创收指标,按点位、面积、经营品类、租金标准、商品质保金标准、平效、可实现收入月份进行统一规划,每年11月5日前编制完成次年多种经营点位图、规划方案和年度预算,上报商管总部分管副总经理审批。 1.1.2多种经营点位租金标准按区域、位置、面积、市场行情、季节变化等因素设定。租金标准原则上不应低于上一年该点位实际收益。内场固定点位单位租金标准原则上不得低于该区域商铺租金标准。内场和外场临时促销点位租金标准不得低于当地同等区域租金标准。

1.1.3为了使多种经营年度预算的制定更加切合实际,符合商管总部及当地公司的共同利益,今后各地公司的年度多种经营预算都会在上一年度的实际收入的基础之上,进行(+/—)10%左右的调整,对达不到要求的差额部分要进行详细的原因说明,包括具体的项目及数字分析,对当年新开业的项目,视具体情况而定,调整的比例不在此范围内。

1.1.4各地商管公司须根据商管总部审批后的年度多种经营预算按月进行分解,每季度对多种经营完成情况进行分析,对未完成指标的须进行分