MEGA软件计算种间遗传距离

序列间遗传距离的计算

1. 导入比对好的“*.meg”格式数据。 2. 数据划分

（1）序列数据的基因和域（genes & domains）的指定和选择

在MEGA中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过Spin翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/Select Genes & Domains”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出的“Genes/Domain Organization”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site项显示出选定范围内的位点总数），“Codon Start”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1st site”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口

MEGA软件的使用

Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑

Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：

单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：

从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：

浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：

此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Seq

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

MEGA软件的使用

Mega软件输入数据的格式

Mega软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。

首先，如果输入数据是一般的DNA或RNA序列，则有如下要求：1）文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行；2）输入数据文件，第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”；3）“TITLE”位于输入文件的第二行，后边可以跟上一些说明性字符，这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效，而且字符总数不能超过128，超过的也会被忽略。4）在“#MEGA”和“TITLE”之后，在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5）在每个数据（或每条序列）的名字之前应该有一个“#”，名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里，不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中，空格和TAB是被忽略的。6）在同一数据文件内，所有序列的长度应该保持一致，否则，程序不能执行。 7）对于DNA或RNA序列，Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符，缺失字符可以用“？”表示，比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例：

Fig

人际交往的四种距离 常见的四种社交礼仪距离

最近发表了一篇名为《人际交往的四种距离 常见的四种社交礼仪距离》的范文，感觉很有用处，这里给大家转摘到。

人际交往的四种距离常见的四种社交礼仪距离

1、亲密距离

0~米为亲密距离。这是恋人之间、夫妻之间、父母子女之间以及至爱亲朋之间的交往距离。亲密距离又可分为近位和远位两种。

近位亲密距离在0~15米之间。这是一个“亲密无间”的距离空间，在这个空间内，人们可以尽情地表现爱抚、安慰、保护等多种亲密情感。在这个空间内，人们可以彼此肌肤相触，能直接感受到对方的体温和气息。恋人之间极希望处于这样的空间，在这样的空间里，双方都会感到幸福和快慰。远位亲密距离大约在15~50厘米之间。这是一个可以肩并肩、手挽手的空间，在这个空间里，人们可以谈论私事，说悄悄话。

在公众场合，只有至爱亲朋才能进入亲密距离这一空间。在大庭广众面前，除了客观上十分拥挤的场合以外，一般异性之间是绝不应进入这一空间的，否则就是对对方的不尊重。即使因拥挤而被迫进入这一空间，也应尽量避免身体的任何部位触及对方，更不能将目光死盯在对方的身上。

2、社交距离

~米为社交距离。在这一距离，双方都把手伸直，

MEGA 6.06的简易使用指南

第一步：打开软件

下面介绍菜单的使用：

Data菜单：

Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着

比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；

Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单： retive sequence

from file 和saved aligment session ；

Close: 关闭当前的比对数据文件；

MEGA 6.06的简易使用指南

Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；

Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选

择：MGTA 和FASTA.

DNA sequence ：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的

数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标

签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。

Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残

基位点来对待。

Translate/untranslate ：只有比对的序列是

本文采用实时对称分量方法探测平行双回输电线路故障距离,并针对平行双回线的构成特点,利用平行双回线之一故障时能够准确计算对端系统阻抗的原理,提出了一种新的准确测距算法。该方法只需线路一端的信息,不仅排除了故障电阻及负荷电流对测距精度的影响,而且完全消除了对端

本文采用实时对称分量方法探测平行双回输电线路故障距离,并针对平行双回线的构成特点,利用平行双回线之一故障时能够准确计算对端系统阻抗的原理,提出了一种新的准确测距算法。该方法只需线路一端的信息,不仅排除了故障电阻及负荷电流对测距精度的影响,而且完全消除了对端

本文采用实时对称分量方法探测平行双回输电线路故障距离,并针对平行双回线的构成特点,利用平行双回线之一故障时能够准确计算对端系统阻抗的原理,提出了一种新的准确测距算法。该方法只需线路一端的信息,不仅排除了故障电阻及负荷电流对测距精度的影响,而且完全消除了对端

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本文采用实时对称分量方法探测平行双

种间竞争模型的构建

刘乐乐 201100140084

（山东大学生命科学学院，济南，250100）

【摘要】本文建立并分析了生活在同一环境中的两个生物种群受到有限资源的限制而竞争的数学模型。

【关键词】生物种群；竞争；模型

1 简介

1.1 高斯假说（竞争排斥理论）

生态学是研究生物与环境之间关系的科学。生物与生物之间的关系，包括竞争、捕食、寄生、共生、中性、互惠、偏利、偏害。在一个稳定环境中，两个以上受资源限制的、但具有相同资源利用方式的种，不能长期共存在一起，即完全的竞争者不能共存。当两物种利用同样的有限资源时，种间竞争就会发生。

⑴在一个稳定的环境内，两个以上受资源限制的、但具有相同资源利用方式的物种，不能长期共存在一起；

⑵要求相同资源的两个物种不共存于一个空间；

⑶长期共存在同一地区的两个物种，由于剧烈竞争，他们必然会出现栖息地、食物、活动时间或其他特征上的生态位变化。

1. 2 STELLA模拟软件简介

STELLA( Strongly-TypEd, Lisp-likeLanguage)是最早用于动态模拟的软件之一,由美国IseeSystems Inc. 创立, 因其图形界面十分友好,在国外已成为一个构造系统模型和模拟复杂系统

空间的距离的计算

班别 姓名 学号

教学目标：

能用向量方法解决两点间、两异面直线间、点面间、线面间、面面间的距离的计算

题型一 两点间的距离计算

设空间两点A x1,y1,z1 ,B x2,y

2,z2 ，则dAB

例1 已知点A(2,-3,5)关于xOy面的对称点是B，则|AB| 。（10）

练习1 已知正方体ABCD A1B1C1D1的棱长是4，CE

线段EF的长是 。29

1

CC1，F是A1B1的中点，则4

题型二 两条异面直线间的距离计算

如图1，若CD是异面直线a、b的公垂线段，A、B分别为a、b上的任意两点.

AB n

令向量n a,n b， 两异面直线a、b间的距离为：d .其中n与

n

a、b均垂直，A、B分别为两异面直线上的任意两点.

图1

例2 如图，四棱锥S ABCD的底面是边长为1的正方形，SD垂直于底面ABCD，

SB .求异面直线DM和SB间的距离.

D=

1

6

练习2正方体ABCD A1B1C1D1中，棱长为1，求异面直线AC和 A 1 D 的距离 D=

3

题型三 点到平面的距离的计算

（1）等体积法：把点到面的距离看作某个体积可知的三棱锥的高，利用

任意两点间最短距离-floyd算法matlab程序

%Floyd's Algorithm 通过一个图的权值矩阵求出它的任意两点间的最短路径矩阵。 %Floyd算法适用于APSP(All Pairs Shortest Paths)，是一种动态规划算法， %稠密图效果最佳，边权可正可负。

%此算法简单有效，由于三重循环结构紧凑，对于稠密图，效率要高于执行|V|次Dijkstra算法。

%a为图的带权邻接矩阵

%从图的带权邻接矩阵A=[a(i,j)] n×n开始，递归地进行n次更新， %即由矩阵D(0)=A，按一个公式，构造出矩阵D(1)； %又用同样地公式由D(1)构造出D(2)；……； %最后又用同样的公式由D(n-1)构造出矩阵D(n)。

%矩阵D(n)的i行j列元素便是i号顶点到j号顶点的最短路径长度，称D(n)为图的距离矩阵，

%同时还可引入一个后继节点矩阵path来记录两点间的最短路径。

%采用的是松弛技术，对在i和j之间的所有其他点进行一次松弛。所以时间复杂度为O(n^3);

matlab函数文件为：

function [D,path]=floyd1(a) a(find(a==0))=inf;

n=size(a,1