amber

(Note: These tutorials教程 are meant to provide illustrative 有说服力的examples of how to use the AMBER software suite一套 to carry out simulations that can be run on a simple workstation in a reasonable合理的 period of time. They do not necessarily provide the optimal最佳的 choice of parameters or methods for the particular application area.) Copyright Ross Walker 2010 TUTORIAL B1

Simulating 模拟a DNA polyA-polyT Decamer十倍体 (Updated for Amber 10 & AmberTools 1.2) By Ross Walker Pictured above is the average structure from a 1 nanosecond纳秒

第一步：生成小分子模板

蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber 程序就是生成小分子模板的。

生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中附带的mopac完成，也可以由gaussian完成，这里介绍用gaussian计算的过程。

建议在计算前用sybyl软件将小分子预先优化，不要用gaussian优化，大基组从头计算进行几何优化花费的计算时间太长。gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可

将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：

antechamber -i 49.mol2 -fi mol2 -o 49.in -fo gzmat

这样可以生成49.in文件，下载到windows环境，运行gaussian计算这个文件，如果发现计算时间过长或者内存不足计算中断，可以修改文件选择小一些的基组。

In Search of the Amber Room说课稿

各位评委老师，上午好！我叫马秀峰。今天我说课的题目是《In search of the Amber Room》。我说课的内容是高中英语必修2 Unit1 阅读部分。

我说课的内容包括以下几个部分：教材分析、学情分析、说教法学法、教学程序、板书设计及教学反思。首先我们来进行教材分析。 一、教材分析

本单元围绕“文化遗产”这个题材开展多种教学活动。本节课是本单元的重点，主要介绍俄罗斯琥珀屋的故事，进一步提高学生对国际文化遗产的保护意识，强化爱国意识。同时通过操练，进一步提高学生听、说、读、写综合素质能力。本单元以Cultural Relics为话题，旨在通过本单元教学使学生了解世界文化遗产，学会描述他们的起源、发展和保护等方面的情况。复习并掌握定语从句，能在英语口语交际过程中判断别人给出的依据，并给出自己的观点，能回信，并就如何保护和处理世界文化遗产给出自己的观点。 二、学情分析

针对中国学生学习外语存在一定困难的实际情况，首先向学生展示晶莹剔透、金碧辉煌的琥珀屋的图片从而激发学生对课文阅读的兴趣。接着教师介绍俄罗斯遗失琥珀屋的背景知识，让学生了解德国纳粹盗窃琥珀屋的卑劣行径

In Search of the Amber Room说课稿

各位评委老师，上午好！我叫马秀峰。今天我说课的题目是《In search of the Amber Room》。我说课的内容是高中英语必修2 Unit1 阅读部分。

我说课的内容包括以下几个部分：教材分析、学情分析、说教法学法、教学程序、板书设计及教学反思。首先我们来进行教材分析。 一、教材分析

本单元围绕“文化遗产”这个题材开展多种教学活动。本节课是本单元的重点，主要介绍俄罗斯琥珀屋的故事，进一步提高学生对国际文化遗产的保护意识，强化爱国意识。同时通过操练，进一步提高学生听、说、读、写综合素质能力。本单元以Cultural Relics为话题，旨在通过本单元教学使学生了解世界文化遗产，学会描述他们的起源、发展和保护等方面的情况。复习并掌握定语从句，能在英语口语交际过程中判断别人给出的依据，并给出自己的观点，能回信，并就如何保护和处理世界文化遗产给出自己的观点。 二、学情分析

针对中国学生学习外语存在一定困难的实际情况，首先向学生展示晶莹剔透、金碧辉煌的琥珀屋的图片从而激发学生对课文阅读的兴趣。接着教师介绍俄罗斯遗失琥珀屋的背景知识，让学生了解德国纳粹盗窃琥珀屋的卑劣行径

Molecular Dynamics simulation

——从能量最小化到实际模拟

1 基本流程图

MinimizationEquilibriumProduction Run

1）概述

前面我们已经得到了Amber用来动力学模拟的prmtop和inpcrd文件，它们分别是参数文件和坐标文件。

我们先从一条命令说起来解释Amber是如何做动力学模拟的： sander –O –i mdin –o mdout –p prmtop –c inpcrd –r rst –x mdcrd 动力学过程是一个连续地解牛顿运动方程的过程：上一个牛顿方程结束时，蛋白质中各原子的位置和速度保留给下一个牛顿方程，惟一改变的是原子的加速度，它会根据各种势能函数重新计算（势能随原子坐标改变：E=f（r,…））。只不过每个牛顿方程的时间很短，短到fs（10-15s）级，Amber软件提供的sander主程序可以用来自动地做这样的数值计算。

它需要参数文件（prmtop）、坐标文件（inpcrd）、sander程序配置文件（mdin）来启动运行，我们已经有了前两种文件，本节内容最主要的就是讲解如何配置我们需要的动力学模拟。sander程序运行过程中会输出临时文件（rst）

学习 知识点 目标 通过展示一些图片，让学生讨论图片的共性，继而引出文化遗产的概念。 媒体 类型 媒体内容要点 课件展示文化遗产的图片。 教学 作用 导入新课，让学生对文化遗产有初步认识。 使用 所得结论 方式 演示—提问—讨论—总结 学生对文化遗产有了初步认识，为课文作了铺垫。 占用 媒体来源 时间 3分钟 自制课件 导入新课 课件展示 In Search of the Amber Room 通过琥珀图片的展示和标题让学生预测文章大意。 学生学习预测文章大意 课件展示 课件展示琥珀图片 引发学生兴趣，培养学生预测大意的能力。 演示—学生思考 感叹琥珀的美，惊讶于用琥珀打造的宫殿，心中有各自的预测。 2分钟 自制课件 教学媒体选择通过略读读掌握课文大意 通过寻读找出文章基本信息 略读训练 课件展示 课件展示教师的提示信息 课件展示所要找出的信息 课件展示文中人物时间及事件 培养学生快速获取文章大意的能力 培养学生快速浏览的能力 演示—提问 演示—提问 了解文章大意 2分钟 自制课件 分析表 寻读训练 课件展示 学生找出人物时间及事件 4分钟 自制课件 通过分段精读让学生能进一步的了解课文内容，并根据基本信息完善文章线索。 精读训练 课件展

在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法

曾经也是费了好的精力, 研究出了在NAMD中用Amber力场的方法. 呵呵，想起来也过去有些时候了，应winner_dk 兄弟的要求， 我把这一过程在这里原原本本的呈献给大家，希望做过的朋友给挑挑毛病，正在做的朋友参考一下，准备做朋友借鉴一下，不会做的朋友

学习一下，我也就不算白费功夫了！本贴不要钱，不设权限！好，废话少说，教程开始：我的实验条件：前端机 （自己的烂PC...巨烂，512的内存）XP系统， Cluster（46-cpu）Linux系统，提交作业用小企鹅，NAMD2.6, Amber 8 实验对象：咱们在这里用HIV-1整合酶来说明操作过程

1. 用Amber的tleap/xleap去生成top和 crd文件， 这两个文件的地位相当于我们在NAMD中熟悉的psf和pdb，所以呢，在计算之前一定要确保它们的正确性！否则后面的一切都是瞎扯！关于leap的使用请大家去自行研究AMber的手册。在这里只有一点提醒大家注意，Amber力场和Charmm对于原子的命名原则不同，所以最好不要用Charmm处理过的pdb去生成top/crd，否则是自讨苦吃，老手还好，新手可能搞好几天也过不去，