ncbi已知基因序列如何知道编号

一：NCBI简介

NCBI的GenBank与DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。

GenBank 有来自于70,000多种生物的核苷酸序列。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。（是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据

库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等， 1998)。Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，

1、 请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。

① 开Genbank主页（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/），②database选择

“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”

② 单击“search”后得到以下页面：

③ 然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。

序列内容如下：

序列内容各部分意思如下：

Go to:

LOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类） 27-APR-1993 （修正日期）

DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征） ACCESSION K01786 （检索号）

VERSION K01786.1 GI:176550 （版本信息）

KEYWORDS origin of replication. （关键词

很有用啊

如何查找基因序列

1. 根据文献中已知的基因ID

如果你在文献中看到你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到了。(如GenBank accession number gi 16151096)”。

2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找

打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO。搜索结果出来了，点击箭头所指的Limits, Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围：先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”。直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genb

用BankIt向NCBI在线提交序列

向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。

1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;

2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。

附 注册账号步骤，需要填写的项目为： Title：你的职位或头衔 First name：名 last name：姓 login：登陆名

Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址

E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;

3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自

用BankIt向NCBI在线提交序列

向NCBI提交序列常用的方法有两种，其一是在线提交的BankIt，其二是用软件Sequin。在此结合网络牛人实际操作经验来总结下如何通过BankIt在线提交DNA 或RNA序列，供参考。

1.整理序列信息：包括病原采集地、病原的寄主、寄主症状、采集人等基本信息;还有序列分析结果，包括序列全长大小，开放阅读框(ORF)的长度、位置及特定ORF序列翻译的氨基酸 序列等基因水平的信息，这对于接下来的快速准确提交序列及提交成功后为全世界其他作者准确全面分享此类信息很重要;

2.登陆BackIt站点，注意到页面右边的“Sign in to use BankIt”标签，点击登录进入。如果没有账号就注册一个(注意，此账号与ncbi 账号不通用)。

附 注册账号步骤，需要填写的项目为： Title：你的职位或头衔 First name：名 last name：姓 login：登陆名

Affiliation：所属机构地址，一般填写自己学校地址

E-mail Address：通信电邮，填完后会发随机密码到此电邮地址，使用随机密码进行登陆，当然登陆后可对密码进行重置;

3.登陆BankIt，看到如下图所示界面，此时NCBI会自

NCBI

NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介 介绍

理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。 国立中心的建立

后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。它的使命包括四项任务：

建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知

1、 UCSC

（1）网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear

在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go （2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它 （3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence

（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域

（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了

2、Ensembl

（1）网址：http://www.ensembl.org/index.html

在“Search Ensembl“标题下search后的下拉框中选中物种名homo sapiens（人），fo

基因组组装模型论文

2014年成都理工大学 校内数学建模竞赛论文

题 目 编 号 队编号 参 赛 队 员 姓 名 张萌立 何理 张玲玲 C题-基因组组装 9 学号 201313030206 201305090108 201308050710 专业 计科 空间 财务管理

二0一四年五月二十五日

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基因组组装模型论文 基因组组装

队编号：9 摘要：本文所要研究的就是全基因组的从头测序的组装问题。

首先，本文简要介绍了测序技术及测序策略，认真分析了基因系列拼装所面临的主要挑战，比如reads数据海量、可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况，探讨了当前基因组序列拼接所采用的主要策略，即OLC（Overlap/Layout/Consensus）方法、de Bruijn图方法，且深入探讨了de Bruijn图方法。

其次，针对题中问题，以一条reads为基本单位，分为reads拼接和contig组装两个阶段，其中contig是由reads拼接生成的长序列片段。Reads的拼接阶段主要包括数据预处理、de-Bruijn 图、contig构建等，而contig的组装阶段主要包括序列的相对位置的确定以及重叠部分over

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

基因序列和非基因序列

编码序列和非编码序列

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第一部分基因位置确定

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Sequencing strategy

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Informatics Analysis:

Sequencing and Quality assessmentAssemblyRepeatsGene PredictionFunctional annotationComparative analysisInteresting gene categoriesSilkDB

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Quality assessment：phred

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

RePsassembler

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

Repeats 1. Simple Sequence Repeats (SSR)+ Satellites

对一条新的基因序列进行生物信息学的分析

论文摘要

本研究的主要内容是运用生物信息学的手段结合生物学实验方法对从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098获得的新基因序列（ 命名为man）进行生物信息学的分析。针对然后结合利用所获得的信息设计生物学方法证实其生物学功能。 关键词：?-甘露聚糖酶；A.tabescens EJLY2098；生物信息学

论文目的和意义

英国《自然》杂志网络版2006年5月18日报道，科学家已对含有2.23亿个碱基对，占人类基因组中碱基对总量的8%左右的人类第一号染色体完成测序，宣告持续16年的人类基因组计划全部完成。作为人类自然科学史上重要的里程碑，“人类基因组”的研究已从“结构基因组”阶段进入“功能基因组”阶段。在人类基因组计划后相继推出的水稻基因组计划、马铃薯基因组计划、草鱼基因组计划等，和快速增长的微生物基因测序，“海量”的基因信息的积累，催生了“功能基因组”时代的来临。针对充分利用“海量”基因组信息的生物信息学不仅应运而生，而且为以注释、阐明基因功和利用基因生物学功能的“后基因组时代”的研究发挥了重大作用。

生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得了蛋白