利用mega进行核酸序列分析

核酸序列分析

1、核酸序列检索

可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。在同时检索多条序列时，可通过罗逻辑关系式按照GenBank接受号进行批量检索。如用“AF113671 [ac] OR AF113672 [ac]”可同时检索这两条序列。其中“[ac]”是序列接受号的描述字段。

2、核酸序列的基本分析

（1）分子质量、碱基组成、碱基分布

分子质量、碱基组成、碱基分布可通过一些常用软件等直接获得。如:

BioEdit（http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html），

DNAMAN（http://www.77cn.com.cn）。

（2）序列变换

进行序列分析时，经常需要对DNA序列进行各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向序列、显示DNA双链、转换为RNA序列等。这些用DNAMAN软件可很容易实现，这些功能集中在Sequence→Display，从中可选择不同的序列变换方式对当前通道的序列进行转换。

（3）限制性酶切分析

该方面最好的资源是限制酶数据库（Restriction Enzyme Database，REBASE）。REBASE数据库（http://www.77cn.

序列间遗传距离的计算

1. 导入比对好的“*.meg”格式数据。 2. 数据划分

（1）序列数据的基因和域（genes & domains）的指定和选择

在MEGA中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过Spin翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/Select Genes & Domains”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出的“Genes/Domain Organization”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site项显示出选定范围内的位点总数），“Codon Start”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1st site”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口

第 8 章 利用 SPSS 进行Logistic 回归分析

现实中的很多现象可以划分为两种可能，或者归结为两种状态，这两种状态分别用0

和1 表示。如果我们采用多个因素对0－1 表示的某种现象进行因果关系解释，就可能应用 到logistic 回归。Logistic 回归分为二值logistic 回归和多值logistic 回归两类。首先用实例讲

述二值logistic 回归，然后进一步说明多值logistic 回归。在阅读这部分内容之前，最好先看 看有关SPSS 软件操作技术的教科书。

§8.1 二值logistic 回归

8.1.1 数据准备和选项设置

我们研究 2005 年影响中国各地区城市化水平的经济地理因素。城市化水平用城镇人口 比重表征，影响因素包括人均GDP、第二产业产值比重、第三产业产值比重以及地理位置。 地理位置为名义变量，中国各地区被分别划分到三大地带：东部地带、中部地带和西部地带。 我们用各地区的地带分类代表地理位置。

第一步：整理原始数据。这些数据不妨录入Excel 中。数据整理内容包括两个方面：一 是对各地区按照三大地带的分类结果赋值，用0、1 表示，二是将城镇人口比重转换逻辑值， 变量名称为“城市化”。以各地区20

实验五用EXCEL进行时间序列分析

一、测定增长量和平均增长量

例5-1：下图为我国2000-2011年各年就业人数数据，计算逐期增长量和累计增长量。

计算逐期增长量：在C3中输入公式：=B3-B2，并用鼠标拖曳将公式复制到C3：C13区域。

计算累计增长量：在D3中输入公式：=B3-$B$2，并用鼠标拖曳公式复制到D3：D13区域。

1

计算平均增长量（水平法）：在C10中输入公式：=（B13-B2）/11，（n-1=11）按回车键，即可得到平均增长量。

由以上分析可知，除2001年比2000年就业人口数有大幅增长外，此后近十年间，就业人口数目保持稳定增长,且2000-2011年平均增长量为万人。

2

二、测定发展速度和平均发展速度

仍以我国2000-2011年各年就业人数数据为例，计算定基发展速度、环比发展速度和平均发展速度。数据录入如下：

计算定基发展速度：在C3中输入公式：=B3/$B$2，并用鼠标拖曳将公式复制到C3：C13区域。

计算环比发展速度：在D3中输入公式：=B3/B2，并用鼠标拖曳将公式复制到D3：D13区域。

3

计算平均发展速度（水平法）：选中C10单元格，单击插入菜单，选择函数选项，出现插入函数对话框后，选择GEOMEAN（返回几何平均值）函

利用labview进行信号的时域分析

信号的时域分析主要是测量测试信号经滤波处理后的特征值，这些特征值以一个数值表示信号的某些时域特征，是对测试信号最简单直观的时域描述。将测试信号采集到计算机后，在测试VI 中进行信号特征值处理，并在测试VI 前面板上直观地表示出信号的特征值，可以给测试VI 的使用者提供一个了解测试信号变化的快速途径。信号的特征值分为幅值特征值、时间特征值和相位特征值。

用于信号时域分析的函数，VIs,Express VIs主要位于函数模板中的Signal Processing子模板中，其中多数对象位于Waveform Measurements子模板，如图所示

LabVIEW8.0中用于信号分析的Waveform Measurements子模板

基本平均值与均方差VI

基本平均值与均方差VI-------Basic Averaged DC—RMS.vi用于测量信号的平均以及均方差。计算方法是在信号上加窗，即将原有信号乘以一个窗函数，窗函数的类型可以选择矩形窗、Haning窗、以及Low side lob窗，然后计算加窗后信号的均值以及均方差值。

演示程序的前面板和后面板如下图所示

Basic Averaged D

Excel正交分析

医药导报2006年3月第25卷第3

期

应用注意事项:①使用时尽量减少开瓶次数,严防药物挥发。②适用于无破损皮肤。③急性损伤24h后使用摩药。

药物透皮吸收,是被动吸收,再施以按摩能促进其吸收,并起到药物穴位刺激作用。有关摩药的吸收、血药浓度、吸收时间、半衰期、脑组织中的含量及人工手法,能否用机械(按摩器)替代等,还有待于今后深入研究。

[参考文献]

[1]　张仲源.中药透皮吸收药物研究[N].中国中医药报,1994-04-26(2).

241

[2]　代荣兴.3H2麝香酮动力学研究[J].中成药,1984,36(11):1-3.[3]　张仲源.寒痹膏剂型改革[J].中医外治杂志,1995,13(5):43.[4]　梁美荣.冰片在大鼠血清和脑组织中的药动学特征[J].中药新药

与临床药理,1994,4(4):38-39.

[5]　陈　章.近年来日本对活血化瘀中药的研究动态[J].中国药学杂

志,1993,28(6):334-336.

Excel软件用于药学研究中的正交设计数据处理

朱海涛,邓雪华,陈吉炎,涂自良

1

2

1

1

(1.郧阳医学院附属太和医院药学部,湖北十堰　442000;2.郧阳医学院药学系,湖北十堰　442000)

[摘　要]　目的　探讨

实验二利用MATLAB进行时域分析本实验内容包含以下三个部分:基于MATLAB得线性系统稳定性分析、基于MATLAB得线性系统动态性能分析、与MATALB进行控制系统时域分析得一些其它实例。

一、基于MATLAB得线性系统稳定性分析

线性系统稳定得充要条件就是系统得特征根均位于S平面得左半部分。系统得零极点模型可以直接被用来判断系统得稳定性。另外,MATLAB语言中提供了有关多项式得操作函数,也可以用于系统得分析与计算。

(1)直接求特征多项式得根

设p为特征多项式得系数向量,则MATLAB函数roots()可以直接求出方程p=0在复数范围内得解v,该函数得调用格式为:

v=roots(p) 例3、1 已知系统得特征多项式为:

特征方程得解可由下面得MATLAB命令得出。

>> p=[1,0,3,2,1,1];

v=roots(p)

结果显示:

v =

0、3202 + 1、7042i

0、3202 - 1、7042i

-0、7209

0、0402 + 0、6780i

0、0402 - 0、6780i

利用多项式求根函数roots(),可以很方便得求出系统得零点与极点,然后根据零极点分析系

利用SPSS进行因子分析（R型）

【例】与主成分分析的数据相同：全国30个省市的8项经济指标。 因子模型是一个封闭方程，通常采用主成分求解，称为“主因解”。上次讲述的“利用SPSS进行主成分分析”的过程，实际上是因子分析的第一步。在主成分分析基础上，加上因子旋转，就可完成基于主成分分析的所谓因子分析。当然也可通过另外的途径进行因子分析，在此暂不涉及。

第一步：录入或调入数据（见图1）。

图1 录入工作表中的原始数据

第二步，进行主成分分析（参见主成分分析部分，在此从略）。

第三步，因子正交旋转的系统设置。

沿着主菜单的“Analyze→Data Reduction→Factor?”路径打开因子分析选项框（图2），完成主成分分析的设置或过程以后，单击Rotation（旋转）按钮，打开“Factor Analysis: Rotation”（因子分析：旋转）选项单（图3），在Method（方法）栏中选中Varimax（方差极大正交旋转）复选项，此时Display（展示）栏中的Rotated Solution（旋转解）将被激活为系统默认态，选中Loading Plot(s)（载荷图）复选项，将会在输出结果中给出

1

因子载荷图式。注意此时的

运用SAS软件系统中的一些时间序列建模方法及回归分析方法对我国上海证券交易所的上证综合指数作了预测分析,得到了较高的预测精度,为预测股票市场的整体走势提供了一种方便实用的方法。

维普资讯

第 l 7卷第 5期 20 o 2年 l 0月

平顶山师专学报J u a o ig ig h n Tec esC l g o r l fP n dn s a a h r ol e n e

v0 . 7 NO 5 11 . Oc . 0 2 t2 0

运用时间序列对上证综合指数进行预测分析王成震，李波2( .东南大学上海梅山集团公司培训中心，苏南京 2 0 0; . 1江 1 0 0 2平顶山师专，南平顶山河[摘[关键

4 70 ) 6 0 2

要]运用 S S软件系统中的一些时间序列建模方法及回归分析方法对我国上海证券交易所的 A词]指数；软件；时间序列；预测[文献标识码] A[文章编号]0 8 2 12 0 )5—0 2 10—5 1 (0 2 0 0 0—0 3

上证综合指数作了预测分析，到了较高的预测精度，预测股票市场的整体走势提供了一种方便实用的方法 .得为

【中图分类号] TP 9;8 0 9 31F 3 .11前言

我国的证券交易尽管起步较晚，但经过

目录

一、背景 .................................................................................................... 4 二、基本要求 ............................................................................................ 4 三、设计概述 .......................................................................................... 4 四、Matlab设计流程图 ........................................................................... 5 五、Matlab程序及仿真结果图 ............................................................... 6

1、生成m序列及m序列性质 ..........................