多重序列比对的主要方法及意义

多重序列比对的数学模型与算法

自美国提出组织的人类基因组计划（Human Genome Proreet）简称为HGP以来，美国每年拔出相当大的经费支持，日本、法国、英国、德国等纷纷响应，它们的工作使新的交叉学科生物信息论得以诞生和发展，生物信息论是用数理和信息科学的观点、理论和方法去研究生命现象，组织和分析呈指数增长的生物学数据。生物信息学是一门综合学科，是计算机科学、数学、物理、生物学的结合。生物信息学的基础是各种数据库的建立和分析工具的发展。目前，生物学数据库已达500个以上，共有四大类：基因组数据库，核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子三维空间结构数据库及其以她们为基础构建的二级数据库。生物信息学主要研究基因组测序及其信息分析、生物大分子的结构与功能预测及其模拟和药物设计、大规模基因表达数据的分析与基因芯片设计，以及基因与蛋白质相互作用网络等四方面的问题。

多重序列比对是计算分子生物学中最重要的运算。多重序列比对的基本问题就是找出适当安排删减与插入尽量少的空格，使得两个序列达到最大程度的一致的方案。比如给出下列三个序列：

AC_G AGTCC (1)

Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)

本帖首发于Raindy'blog,转载请保留作者信息，谢谢！欢迎有写生物学软件专长的战友，加入生信教程写作群：13559330，接头暗号：你所擅长的生物学软件名称

软件简介:

CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

主要功能：

你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对；

你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；

可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

当前版本:1.83

PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版 链接地址:http://www.hanzify.org/index.php?Go=Show:

ist&ID=7435

(请完整复制)

应用:Clustalx比对结果是构建系统发育

Clustalx 多重序列比对图解教程(By Raindy)

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软件简介:

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主要功能：

你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序； 你可以选择序列子集进行比对；

你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；

可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

当前版本:1.83

PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版 链接地址:http://www.hanzify.org/index.php?Go=Show:

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应用:Clustalx比对结果是构建系统发育

vector nti 11 使用教程 台湾海洋大学

第十章 多重序列比对

第十章 多重序列比对

　 Vector NTI的多重序列比对程序和其他的比对软件比较起来非常的方便实用，操作接口也很简单，比对的结果可以存取和输出。NTI有两种序列比对程序，一种为AlignX，可以用在核酸序列和蛋白质序列比对；另一种为AlignX Blocks，只能用在蛋白质序列比对。

　 如何开始进行序列比对？用户可以从程序集开启档案(图10.1)：

图10.1 由程序集开启AlignX

　 或者是从主程序中开启(图10.2)：

图10.2 由主程序开启AlignX

　 用户也可以在主程序(图10.3)具有操作序列的情况下开启AlignX-Align Selected Molecules，使用者的序列会直接加载到AlignX中：

图10.3 在操作序列的情况下开启AlignX的方法

vector nti 11 使用教程 台湾海洋大学

Vector NTI 教育训练手册

　 开启AlignX之后，使用者会见到图10.4的画面：

图10.4在操作序列的情况下开启AlignX

首先用户要把序列加载Vector NTI程序中，可以点选或者从左上方的Project→Add

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第十章 多重序列比对

第十章 多重序列比对

　 Vector NTI的多重序列比对程序和其他的比对软件比较起来非常的方便实用，操作接口也很简单，比对的结果可以存取和输出。NTI有两种序列比对程序，一种为AlignX，可以用在核酸序列和蛋白质序列比对；另一种为AlignX Blocks，只能用在蛋白质序列比对。

　 如何开始进行序列比对？用户可以从程序集开启档案(图10.1)：

图10.1 由程序集开启AlignX

　 或者是从主程序中开启(图10.2)：

图10.2 由主程序开启AlignX

　 用户也可以在主程序(图10.3)具有操作序列的情况下开启AlignX-Align Selected Molecules，使用者的序列会直接加载到AlignX中：

图10.3 在操作序列的情况下开启AlignX的方法

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　 开启AlignX之后，使用者会见到图10.4的画面：

图10.4在操作序列的情况下开启AlignX

首先用户要把序列加载Vector NTI程序中，可以点选或者从左上方的Project→Add

浅议企业创新的意义及内容

在当今，即在全球经济一体化、信息化、网络化大的趋势下，科学技术日新月异，人类知识总量5年就将翻一番，经济生活瞬息万变，每一个企业和每一个企业家，都应当学会用世界的眼光从高处和远处审视自己，衡量自身，随时发现自己的弱点和缺点，通过改革和开放，迅速加以克服，以求赶上和超越。否则，随时都有被淘汰的可能。
中国有句古话：“不谋全局者，不足谋一域；不谋万事者，不足谋一时”。在本世纪二三十年代，福特一世以大规模生产黑色轿车独领风骚数十载，但随着时代变迁，消费者的消费需求也发生着变化，人们希望有更多的品种、更新的款式、更加节能省耗的轿车。而福特汽车公司的产品，不仅颜色单调、而且耗油量大、废气排放量大，完全不符合日益紧张的石油供应市场和日趋严重的环境保护状况。此时，通用汽车公司和其他几家公司则紧扣市场脉搏，制定出正确的战略规划，生产节能省耗、小型轻便的汽车，在70年代的石油危机中，跃然居上，使福特汽车公司曾濒临破产。所以福特公司前总裁享利?福特深有体会地说：“不创新，就灭亡。”

前不久，曾有一篇介绍世界上最大的微处理器生产厂家英特尔公司总裁安德鲁?葛洛卡夫的新著《只有偏执狂才能生存》的文章。虽然书中某些观点有些偏颇，但在总

对马克思哲学革命的多重理解及思想意义

孙利天/孙旭武

【专题名称】哲学原理

【专 题 号】B1

【复印期号】2010年01期

【原文出处】《河北学刊》(石家庄)2009年6期第14～18页

【英文标题】Multiple Comprehension of the Revolution of Marxist Philosophy and Its Significance

【作者简介】孙利天/孙旭武，吉林大学 哲学基础理论研究中心，吉林 长春 130012

孙利天（1952—），男，吉林省舒兰县人，吉林大学哲学基础理论研究中心副主任、教授、博士生导师，主要从事马克思主义哲学研究。

孙旭武（1979—），男，辽宁省葫芦岛市人，吉林大学哲学社会学院在读博士生，主攻马克思主义哲学。

【内容提要】 如何理解马克思哲学革命的实质是全部马克思主义哲学理论研究的核心和基

础。改革开放以来，国内研究者对马克思哲学革命的实质呈现了多元化的理

解，这不仅符合学术研究规律的现象，是马克思主义哲学繁荣发展的标志，

同时也是对意识形态健康发展作出的理论贡献。这些各种不同的见解大都以

坚持和发展马克思主义哲学、探索其当代形态、发掘其在当代的理论意义和

实践价值为共同目标，因而具有内在的关联性和相互契合、相

实习 二 ： 序列比对

学号 20090***** 姓名 **** 专业年级 生技技术**** 实验时间 2012.6.13 提交报告时间 2012.6.14

实验目的：

1. 学会使用EMBOSS软件包的NEEDLE和WATER进行两条序列比对 2. 学会使用MegAlign进行两条和多条序列比对

3. 学会使用ClustalX和MUSCLE进行多条序列比对分析 实验内容：

1. 两条序列比对

EMBOSS全称是The European Biology Open Software Suite，是一个开放源代码的分子生物学分析软件包。本次实习利用分别利用全局比对软件Needle和局部比对软件Water的在线版本进行。

1.1 动态规划算法全局比对（Needle）:在线软件网址为

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa，利用火狐浏览器进入，选择Needle工具对自己选择的序列进行序列全局比对。

1.2 动态规划算法局部比对（Water）：在线软件网址为

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa，利

实习 二 ： 序列比对

学号 20090***** 姓名 **** 专业年级 生技技术**** 实验时间 2012.6.13 提交报告时间 2012.6.14

实验目的：

1. 学会使用EMBOSS软件包的NEEDLE和WATER进行两条序列比对 2. 学会使用MegAlign进行两条和多条序列比对

3. 学会使用ClustalX和MUSCLE进行多条序列比对分析 实验内容：

1. 两条序列比对

EMBOSS全称是The European Biology Open Software Suite，是一个开放源代码的分子生物学分析软件包。本次实习利用分别利用全局比对软件Needle和局部比对软件Water的在线版本进行。

1.1 动态规划算法全局比对（Needle）:在线软件网址为

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa，利用火狐浏览器进入，选择Needle工具对自己选择的序列进行序列全局比对。

1.2 动态规划算法局部比对（Water）：在线软件网址为

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa，利

基于R语言的七种多重比较方法

一花视界

百家号10-1403:18

多重比较的方法很多，根据试验设计的目的不同有不同的应用。

若试验设计之初，便明确要比较某几个组均数间是否有差异，称为事前比较。常用的事前比较方法有LSD、Bonferroni和Dunnett法。

若研究目的是方差分析有统计学差异后，想知道哪些组间的均数有差异，便是事后比较。事后比较的常用方法有SNK、Turkey、Scheffe和Bonferroni法。 本文仅介绍7种方法及R语言函数，可解决绝大部分多重比较问题。 1.LSD法

LSD法即最小显著差法；该法一般用于计划好的多重比较。它其实只是t检验的一个简单变形，并未对检验水准做出任何校正，只是为所有组的均数统一估计了一个更为稳健的标准误。

LSD法比较效果较为灵敏，在R语言中可利用agricolae包中的LSD.test函数实现，其调用格式为：

LSD.test(y, trt, DFerror, MSerror, alpha = 0.05, p.adj=c("none","holm","hommel", "hochberg", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr"), …)