autodocktools和autodock vina区别

分子对接

——使用AutoDock和AutoDock Tools

一、分子对接简介及软件介绍 二、对接准备及对接操作 三、结果分析

一、分子对接简介及软件介绍 1．分子对接理论基础

所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。分子对接在酶学研究以及药物设计中具有十分重要的意义。在酶激活剂、酶抑制剂与酶相互作用以及药物分子产生药理反应的过程中，小分子（通常意义上的Ligand）与靶酶（通常意义上的Receptor）相互互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象，特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定酶激活剂、抑制剂作用机制以及药物作用机制，设计新药的基础。

分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接最初思想起源于Fisher E.的“锁和钥匙模型”（图 ），认为“锁”和“钥匙”的相识别的首要条件是他们在空间形状

分子对接

——使用AutoDock和AutoDock Tools

一、分子对接简介及软件介绍

二、对接准备及对接操作

三、结果分析

一、分子对接简介及软件介绍

1．分子对接理论基础

所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。分子对接在酶学研究以及药物设计中具有十分重要的意义。在酶激活剂、酶抑制剂与酶相互作用以及药物分子产生药理反应的过程中，小分子（通常意义上的Ligand）与靶酶（通常意义上的Receptor）相互互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象，特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定酶激活剂、抑制剂作用机制以及药物作用机制，设计新药的基础。

分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接最初思想起源于Fisher E.的“锁和钥匙模型”（图 ），认为“锁”和“钥匙”的相识别的首要条件是他们在空间形状上要互相匹配。然

转帖】AutoDock使用札记(1)分子对接

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AutoDock使用札记(1)分子对接fwangj 发表于: 2007-12-14 11:19 来源: 化学吧 - 化学论坛 - 学术论坛

网址：http://chem8.org/viewthread-11383.html

从最初学习AutoDock到现在已经有4年的时间。据报道，AutoDock是引用最多的分子对接软件，今年又有了最新的版本。使用多了，就想总结一下。用了一周的时间，终于总结完了。觉得和朋友分享一下就更好了。不完善之处还希望大家能给出意见！

AutoDock在2.0以前使用的是模拟退 火算法（Simulated Annealing

Algorithm），在其后的版本中改为了拉马克遗传算法(Lamarckian Genetic Algorithm,LGA)。Autodock和Dock一样，都是基于格点（grid）的计算，首先用围绕受体活性位点的氨基酸残基形成box，然后用不同类型的原子作为探针（probe）进行扫描，计算格点能量，然后对配体在box范围内进行构象搜索（conformational search），最后根据配体的不

一．大分子处理

读取大分子，可以把文件放在file打开时候的默认位置或者是在联网的情况下使用read>read from web

出现了一下的选项：

输入相应的PDB ID即可自动读取

大分子处理的时候主要是除盐除水、加电荷、极性氢等。主要使用的选项是ADT的Edit和Select两个大选项的操作： 读取分子：

在Select中选择select from string

除水和除盐主要使用的是Residue和Atom，模式是residue：HOH* 和Atom：*，点击Add，而后选择ADT的Edit中delete>delete atomset

点击出现的选项中的continue即可。除盐也是一样的步骤。无水无盐的也可以这样操作，但不会对大分子有任何影响。 加极性氢：

选择ADT的Edit中的Hydrogen>Add

出现选项为一下面显示的命令框，仅仅选择其中的polar only，其他的不变。点击OK

加电荷：ADT的Edit>Charge>compute Gasteiger电荷即可，点击OK

选择配体小分子： 打开小分子

选择的小分子的格式主要是PDB、mol2等几个，格式可以在其他读取小分子的软件中进行转换。而后进行保存

进行格子的计算：

本帖最后由胶林探索于 2011-2-8 08:42 编辑 ARM 与 MIPS 比较

作者：bpsub 来源：zz 发表时间：2009-12-11 浏览次数： 4672 字号：大中小 [前言］

这是一个几年以来我一直想做的“功课”，之所以称之为“功课”，而不能说是“文章”，是因为我觉得自己的知识还远远不够，不管是深度还是广度，也不管是全面性还是透彻性，我都不敢企及。但是我实在是很想把我的一些理解写出来，然后能和其他朋友一起探讨，纠正错误，补充完善，最终目的就是要加深对ARM和 MIPS 这两种CPU架构的认识。

这里的目前最多只能算个草稿吧，待以后不断的补充。

[正文]

1.流水线结构 pipeline

- MIPS 是最简单的体系结构之一，所以使大学喜欢选择 MIPS 体系结构来介绍计算体系结构课程。

- ARM has barrel shifter

shifter是两面性的，一方面它可以提高数学逻辑运算速度，另一方面它也增加了硬件的复杂性。所以和可以完成同样功能的adder/shift register相比，效率更高，但是也占用更多的芯片面积。

- MIPS have \

MIPS使用编译器来解决上面的两个问题。因为MIPS最初的设计思想就

顿号和逗号用法和区别：

（一）、顿号：

——表示句子内部最小的停顿，常用在并列词语或短语之间。 过去、现在、未来都是互相联系、互相影响、互相制约的。 作者描写了飞瀑、祠庙、翠松、古松、洞天云海。 注意：

1、表概数的地方不能用顿号，但表确数的地方必须用顿号。 这个小孩六七岁 距这里二三里

今天做值日的是四、五组。

他向退居二、三线的同志介绍了公司近年来的变化

2、太短的并列成份间，尤其是约定俗成的词语，不停顿也不会产生歧义，可不用顿号。

中小学生省市领导城乡交流工农兵调查研究公安干警柴米油盐 大专院校司乘人员

3、并列词语之间有了“和”“或”“与”“及”“同”等连词，连词前不再用顿号，也就是说顿号不能和“和”“或”“与”“及”“同”连用。

我国科学、文化、艺术、卫生、教育和新闻出版业有了很大发展。亚马逊河、尼罗河、密西西比河和长江是世界四大河流。

该学校有了自己的教学楼、图书馆、教学设备及优良的教师队伍。4、较长的并列成分间可不用顿号而用逗号。

这翻滚的麦浪，这清清的河水，这大雁的歌唱，使年轻人深深陶醉了。

群众生产，群众利益，群众情绪，这些都是领导干部们应时刻注

意的。 5、并列词语作谓语、补语时，并列词语之间不用顿号，而用逗号。 你要不断进

PPM

溶质浓度

用溶质质量占全部溶液质量的百万分比来表示的浓度,也称百万分比浓度。 PPM表示一百万份单位质量的溶液中所含溶质的质量，百万分之几就叫做几个PPM，PPM=溶质的质量/溶液的质量×1000000。

在农药应用中以往常用于表示喷洒液的浓度，即一百万份喷洒液中含农药有效成分的份数。ppm是农业生产活动中防治病虫及根外追肥时对用量极少的农药或肥料进行稀释时所表示的使用浓度单位，通常叫“百万分之??”。如1ppm即百万分之一，150ppm即百万分之一百五十等等， 也就是说，在配制1ppm浓度时，1克农药或肥料(指纯量)加水配制为1吨(1000000克)的溶液，依此类推。这些农药或肥料一般只有百分之几或百分之几十的纯量，其它均为填充物。所以，在配制农药或肥料使用浓度时，要根据农药或肥料的纯含量以及需要稀释的浓度(用ppm单位)确定加水量。其计算公式是：

每克农药或肥料的加水量=1000000×药品(肥料)含量(%)÷浓度(ppm) -1 例如：需用15%的多效唑配制成300ppm的药液，喷洒水稻秧苗，1克农药需加多少克水呢？按计算公式计算如下：

加水量=1000000×15%÷300-1=500-1(克)=499 克

即1克15%多效唑

PPM

溶质浓度

用溶质质量占全部溶液质量的百万分比来表示的浓度,也称百万分比浓度。 PPM表示一百万份单位质量的溶液中所含溶质的质量，百万分之几就叫做几个PPM，PPM=溶质的质量/溶液的质量×1000000。

在农药应用中以往常用于表示喷洒液的浓度，即一百万份喷洒液中含农药有效成分的份数。ppm是农业生产活动中防治病虫及根外追肥时对用量极少的农药或肥料进行稀释时所表示的使用浓度单位，通常叫“百万分之??”。如1ppm即百万分之一，150ppm即百万分之一百五十等等， 也就是说，在配制1ppm浓度时，1克农药或肥料(指纯量)加水配制为1吨(1000000克)的溶液，依此类推。这些农药或肥料一般只有百分之几或百分之几十的纯量，其它均为填充物。所以，在配制农药或肥料使用浓度时，要根据农药或肥料的纯含量以及需要稀释的浓度(用ppm单位)确定加水量。其计算公式是：

每克农药或肥料的加水量=1000000×药品(肥料)含量(%)÷浓度(ppm) -1 例如：需用15%的多效唑配制成300ppm的药液，喷洒水稻秧苗，1克农药需加多少克水呢？按计算公式计算如下：

加水量=1000000×15%÷300-1=500-1(克)=499 克

即1克15%多效唑

分子对接

——使用AutoDock和AutoDock Tools

一、分子对接简介及软件介绍二、对接准备及对接操作三、结果分析

一、分子对接简介及软件介绍1．分子对接理论基础

所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。分子对接在酶学研究以及药物设计中具有十分重要的意义。在酶激活剂、酶抑制剂与酶相互作用以及药物分子产生药理反应的过程中，小分子（通常意义上的Ligand）与靶酶（通常意义上的Receptor）相互互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象，特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定酶激活剂、抑制剂作用机制以及药物作用机制，设计新药的基础。

分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接最初思想起源于Fisher E.的“锁和钥匙模型”（图 ），认为“锁”和“钥匙”的相识别的首要条件是他们在空间形状上要互相匹配。然

顿号和逗号用法和区别：

（一）、顿号：

——表示句子内部最小的停顿，常用在并列词语或短语之间。 过去、现在、未来都是互相联系、互相影响、互相制约的。 作者描写了飞瀑、祠庙、翠松、古松、洞天云海。 注意：

1、表概数的地方不能用顿号，但表确数的地方必须用顿号。 这个小孩六七岁 距这里二三里

今天做值日的是四、五组。

他向退居二、三线的同志介绍了公司近年来的变化

2、太短的并列成份间，尤其是约定俗成的词语，不停顿也不会产生歧义，可不用顿号。

中小学生省市领导城乡交流工农兵调查研究公安干警柴米油盐 大专院校司乘人员

3、并列词语之间有了“和”“或”“与”“及”“同”等连词，连词前不再用顿号，也就是说顿号不能和“和”“或”“与”“及”“同”连用。

我国科学、文化、艺术、卫生、教育和新闻出版业有了很大发展。亚马逊河、尼罗河、密西西比河和长江是世界四大河流。

该学校有了自己的教学楼、图书馆、教学设备及优良的教师队伍。4、较长的并列成分间可不用顿号而用逗号。

这翻滚的麦浪，这清清的河水，这大雁的歌唱，使年轻人深深陶醉了。

群众生产，群众利益，群众情绪，这些都是领导干部们应时刻注

意的。 5、并列词语作谓语、补语时，并列词语之间不用顿号，而用逗号。 你要不断进