关于SNP检测方法

TaqMan SNP基因分型

技术方法：

此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团 (quencher)。PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用 (quench)，从而发出荧光。两个探针的5’端标有不同的荧光 (FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。 整个技术的示意图如下：

应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。尤其适合针对全基因组SNP关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

RFLP (多重荧光)SNP分型技术

已知的很多SNP位点正好位于限制性

1定义：

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于

SNP操作步骤与结果记录

按照陈丽学位论文第二部——替比夫定致肌酸激酶升高与TK2基因多态性的关系——2.2.4.3（单核苷酸多态性位点的选择）及2.2.6（数据处理及分析）条目进行理解和统计操作。

步骤一、使用在线软件SHEsis检验各个危险的hw遗传平衡（因rs2607659未发生突变，故不纳入分析。）

根据2.3.2（TK2单核苷酸多态性位点的测定结果）整理等位基因频率和HW平衡检测结果。

结论：9个位点P值均大于0.05，均符合HW遗传平衡。（有附件）

步骤二、分析前将协变量进行分类，并用KS法检验连续变量正态性，结果如下： 正态性连续变量 非正态连续变量 分类变量 ALT CR eGFR-A AST BMI HBeAg 年龄 eGFR 年龄-A 药物浓度 ADV合用

E:\\ > cd e: E:\\

E:\\ > cd plink-1

E:\\plink-1>plink –file test 1. Map 更新

Plink --sheep --file data --update-map position.txt --recode --out data1

Chrnew.txt -- update-chr --recode --out data2 Position: SNP code and position Chrnew：SNP code and Chr. 2．SNP merge

Plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 3．提取SNP位点

Plink --file data --extract 50kSNP.txt --recode --out data1 50kSNP.txt: 50k中的SNP名 4. Quality control

Call rate >98%/99%

Plink --file sheep --geno 0.02 --r

E:\\ > cd e: E:\\

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E:\\plink-1>plink –file test 1. Map 更新

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Chrnew.txt -- update-chr --recode --out data2 Position: SNP code and position Chrnew：SNP code and Chr. 2．SNP merge

Plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 3．提取SNP位点

Plink --file data --extract 50kSNP.txt --recode --out data1 50kSNP.txt: 50k中的SNP名 4. Quality control

Call rate >98%/99%

Plink --file sheep --geno 0.02 --r

GWAS学习笔记SNP过滤

1:缺失比例（Missing rates）：( GENO> 0.05 )

Shortly we will apply more stringent criteria, such that GENO > 0.05. In this case, 0.05*89 = 4.45 samples, meaning that if a SNP is missing in 4.45 more more samples, that SNP will be removed from the dataset.

不久将来，我们将采用更严格的标准，比如GENO> 0.05。在这种情况下，0.05 * 89 = 4.45样本，这意味着如果SNP在4.45多个样本中丢失，则SNP将从数据集中删除。

2:最小等位基因频率（Minor Allele frequencies）( MAF< 0.03 如果SNP较多可以设置为MAF<0.05)

MAF is the Minor Allele Frequency. It can be used to exclude SNPs which are not informative because they show little variation in the

GWAS学习笔记SNP过滤

1:缺失比例（Missing rates）：( GENO> 0.05 )

Shortly we will apply more stringent criteria, such that GENO > 0.05. In this case, 0.05*89 = 4.45 samples, meaning that if a SNP is missing in 4.45 more more samples, that SNP will be removed from the dataset.

不久将来，我们将采用更严格的标准，比如GENO> 0.05。在这种情况下，0.05 * 89 = 4.45样本，这意味着如果SNP在4.45多个样本中丢失，则SNP将从数据集中删除。

2:最小等位基因频率（Minor Allele frequencies）( MAF< 0.03 如果SNP较多可以设置为MAF<0.05)

MAF is the Minor Allele Frequency. It can be used to exclude SNPs which are not informative because they show little variation in the

题目：关于桥梁检测定位方法的几点研究

作者：王进

单位：10检测二班

摘要：随着人们对大型重要桥朵安全性、耐久性与正常使用功能日渐关注桥梁健康监测研究与监测系统开发应运而生为了保证既有桥安全运营和尽可能处长其安全使用年限应对既有桥进行检测而且应定期进行所谓全面检查对桥梁引道、周边环境、地基下部结构、上部结构、桥面(包括桥面铺装层、伸缩缝、人行道、栏杆、防撞设施、排水设施、照明及防雷设施)、支座等作全面查看、量测本文提出了全面检查应检部位井探讨检测桥梁新方法以及对桥梁全面检测理论如：对引道及桥址周边环境进行检查量测、量测垒桥标高和线形 、圬工粱拱检查量测、钢结构检查量测 、砖石砌体检查量测、墩台及基础检查量测、地基检验等。 关键词：关键词：现状桥梁；桥梁检测分析；内容及方法；

正文：一、桥梁全面检测理论

1 对引道及桥址周边环境进行检查量测

(1)查看正桥与引桥、引遭(线)衔接处是否正常与竣工时情况相比较是否有变化

(2)桥址及其附近水流河道是否改变必要时还应测定主河槽水流速度及其流向桥下净宽有无改变桥墩台处局部冲刷与设计有关数据相比是否增大

(3)两岸桥头填土石砌锥坡有无冲刷、滑移和损坏

2、量测垒桥标高和线形

(1)桥标高和线形有联系关系但又有区别前者是指某点

上海敏芯信息科技有限公司

Affymetrix SNP芯片数据分析方案

项目一、基本分析

包括：

芯片原始数据的处理和基因分型，我们给出有统计意义的SNP列表。 描述性统计，如minor allele frequency，Hardy-Weinberg equilibrium等。 显著性检验，实验组与对照组的差异，假阳性率（FDR）的计算等。 SNP的关联分析，建立线性模型或logistic回归模型等。(所有的统计可以选择由SAS，SPSS，或S-Plus/R给出)

项目二、Copy Number Variation（CNV）的计算。

CNV是目前的一个热点研究内容。SNP芯片数据可以用于精确地计算CNV。我们提供针对SNP芯片的基于CNAG(Copy Number Analyser for GeneChip), dChip(DNA-Chip Analyzer)和CNAT(Chromosome Copy Number Analysis Tool)等算法的CNV计算结果。

项目三、SNP注释

通过SNP在染色体上的位置，利用寻找SNP可能影响的基因( or EST)。我们也可以对相应基因进行功能的注释（gene ontology ， pat

龙源期刊网

关于机动车尾气检测方法的对比探讨

作者：尚连生

来源：《中国科技纵横》2016年第09期

【摘要】随着世界全球化建设进程的深入发展，人们越来越重视自然生态环境，我国在

大气环境保护方面的投入力度不断增大，与此同时，社会发展也给机动车尾气污染控制带来了巨大的冲击与挑战。传统的汽油车尾气排放检测方法为怠速法，而随着科学技术的快速更新，现阶段，广泛应用的方法为简易工况法以及双怠速法.本文主要对电喷型车辆以及化油器型车

辆分别行怠速法、双怠速法，检测其尾气排放达标率，对比两种检测方法在相同车辆不同使用年限段的应用效果。

【关键词】机动车尾气检测方法对比探讨

传统的汽油车尾气排放检测方法为怠速法，而随着科学技术的快速更新，现阶段，广泛应用的方法为简易工况法以及双怠速法。其中，双怠速法有机融合了过量空气系数监测与高怠

速检测点，可以通过解读，对催化转化器的工作状态进行判定，虽然怠速法、双怠速法均无

法对机动车实际运行情况进行全面反映，但由于这两种方法具备经济成本低、操作简便等特点，受到了广泛应用。本文简要对双怠速法与怠速法在不同类型机动车尾气监控方面应用效果进行分析，希望可以为相关人员提供有价值的参考数据。

1汽车尾气排放检测

本次实验过程中，参照我国在双怠速法检