外显子捕获测序的原理

人外显子捕获测序

人外显子捕获测序

项目报告

适用范围

本项目分析报告适用于外显子捕获测序项目，不同样本数分析内容会略有差别。

人外显子捕获测序

目录

1.名词解释 (3)

2.分析结果展示 (4)

2.1测序质量评估及质控 (4)

2.1.1 测序质量评估 (4)

2.1.2 数据质控 (7)

2.2参考序列比对分析 (9)

2.3SNP与I N D EL分析 (11)

2.3.1 方法说明与结果概述 (11)

2.3.2 突变概况 (12)

2.3.3 SNP突变注释 (14)

2.3.4 InDel注释 (18)

2.3.5 附件格式说明 (20)

2.4CNV分析 (24)

2.5突变圈图汇总 (26)

人外显子捕获测序

1. 名词解释

Bp:base-pair，碱基对，读长的单位，每一个bp指一对互补的碱基。

Read：读长，测序数据中每一条序列就是一个read。

Raw_reads:原始数据

Clean_reads：QC之后的数据

Fastq: 序列数据存储的标准格式之一，每4行为一条read的信息。包含测序read名，序列，正反链标示，序列质量值

Pair-end测序：双端测序，两端均测序，随后合并成一条read。

Single-end测序：单端测序，只测一端，即为一条read。

质量评

人外显子捕获测序

人外显子捕获测序

项目报告

适用范围

本项目分析报告适用于外显子捕获测序项目，不同样本数分析内容会略有差别。

人外显子捕获测序

目录

1.名词解释 (3)

2.分析结果展示 (4)

2.1测序质量评估及质控 (4)

2.1.1 测序质量评估 (4)

2.1.2 数据质控 (7)

2.2参考序列比对分析 (9)

2.3SNP与I N D EL分析 (11)

2.3.1 方法说明与结果概述 (11)

2.3.2 突变概况 (12)

2.3.3 SNP突变注释 (14)

2.3.4 InDel注释 (18)

2.3.5 附件格式说明 (20)

2.4CNV分析 (24)

2.5突变圈图汇总 (26)

人外显子捕获测序

1. 名词解释

Bp:base-pair，碱基对，读长的单位，每一个bp指一对互补的碱基。

Read：读长，测序数据中每一条序列就是一个read。

Raw_reads:原始数据

Clean_reads：QC之后的数据

Fastq: 序列数据存储的标准格式之一，每4行为一条read的信息。包含测序read名，序列，正反链标示，序列质量值

Pair-end测序：双端测序，两端均测序，随后合并成一条read。

Single-end测序：单端测序，只测一端，即为一条read。

质量评

外显子组测序胃泌瘤素

NIH Public AccessAuthor ManuscriptScience. Author manuscript; available in PMC 2011 July 27.Published in final edited form as: Science. 2011 March 4; 331(6021): 1199–1203. doi:10.1126/science.1200609.

NIH-PA Author Manuscript NIH-PA Author Manuscript NIH-PA Author Manuscript

DAXX/ATRX, MEN1 and mTOR Pathway Genes are Frequently Altered in Pancreatic Neuroendocrine TumorsYuchen Jiao1,*, Chanjuan Shi2,*, Barish H. Edil3, Roeland F. de Wilde2, David S. Klimstra4, Anirban Maitra5, Richard D. Schulick3, Laura H. Tang4, C

Peptide sequencing by mass spectrometry

lab-5102 reporter:feng li

Introduction: there is two main approaches for protein sequencinga) Peptide mass finger printing(PMF),based on a huge peptide databse b) Mandem mass spectrometry(MS/MS)

Pros and cons of PMF Pros robust & inexpensive form of MS(MALDI) can be done by a moderately skilled operator

Cons need sequence in the database generally found to only be avout 40% effective

MS/MS vs PMF Advantages provides precise sequencespecific data more informative than PMF

碱基测序技术原理及其进展

摘要：自1953年，剑桥大学科学家弗朗西斯.克里克(Francis crick)

和博士詹姆斯华生(Jamers waston)发现DNA双螺旋结构以来，已经走过近60年。在这期间，有关DNA的研究如火如荼。DNA碱基排列顺序中存在生物的遗传信息，为了的到DNA碱基顺序，研究者先后研发出不同的测序技术获得碱基信息。从1953年至今，碱基测序技术可以划分为三代，下面主要介绍第一代、第二代测序原理及其存在的优劣。

关键词：cDNA sanger测序法 焦磷酸测序法 第二代测序法

1.1977第一代—sanger测序法及Maxam-Gilbert化学裂解法。

1.1sanger测序法

1977年英国的F.sanger设计了 Sanger双脱氧链终止法[1]，其原理：双脱氧链末端终止法通过使用链终止剂—类似于正常dNTP的2’, 3’-双脱氧核苷三磷酸ddATP、ddTTP、ddCTP、ddGTP，将延伸的DNA链特异性地终止。其反应体系也包括单链模板、引物、4种dNTP和DNA聚合酶。共分四组，每组按一定比例加入一种ddNTP，它能随机渗入合成的DNA链，一旦渗入合成即终止，于是各种不同大小片段的末端核苷酸必定

Solexa测序原理及流程

深圳华大基因研究院

Agenda

DNA样品制备 Cluster Formation

Binding to flowcell Bridge Amplification One Cycle One Base

SBS (Sequencing By Synthesize)

Pair End

DNA样品制备

Cluster formation

Cluster Formation

Bridge Amplification Cycle

DNA synthesization

P7

SBS oligo

P5

Sequencing By Synthesization

三种特殊序列

P7序列：flowcell上结合的序列，边合成边边 测序（SBS）过程模板序列的5’端。 P5序列：flowcell上结合的序列。 SBS引物序列(oligo)

Genomic DNA

sample prep

Fragment DNA

5’ 3’ 5’ + 5’ 3’ 5’ 5’ + 3’ 3’ 5’

1.End repair

T4 polymerase , DNA Pol 1 (Klenow fragment)

SBS oligo

P7 反向互补序列

Phosphorylation T4 polynucl

三代测序技术和原理介绍

导读从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。

摘要：从1977年第一代DNA测序技术（Sanger

法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革，也都对基因组研究，疾病医疗研究，药物研发，育种等领域产生巨大的推动作用。在这里我主要对当前的测序技术以及它们的测序原理做一个简单的小结。

图1：测序技术的发展历程

生命体遗传信息的快速获得对于生命科学的研究有着十分重要的意义。以上（图1）所描述的是自沃森和克里克在1953年建立DNA双螺旋结构以来，整个测序技术的发展历程。

第一代测序技术

第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格（Sanger）和考尔森（Coulson）开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆（Maxam）和吉尔伯特（Gilbert）发明的化学法（链降解）. 并在

GPS课程设计 实验报告（2）

学院 姓名LSC 班级 学号 指导教员

一、试验名称：GPS信号捕获 二、试验目的：

1. 熟悉GPS信号捕获基本概念；

2. 掌握串行搜索算法、并行频率搜索算法和并行码相位搜索捕获算法的基本思想、特点及算法流程；

3. 训练在实际当中分析问题、解决问题的能力。

三、试验内容

1. 编写GPS信号捕获子程序，算法自选。

2. 将实验一最终生成的信号延迟?时间，并加上大小为fD的多普勒频移，使用以上编写的信号捕获子程序对该信号进行捕获。

3. 画出三维捕获结果图（要求至少画出两幅，一幅对应信号成功捕获，一幅对应未捕获到信号）。

四、试验原理

4.1 概述

为了跟踪和解码GPS信号, 首先要捕获到GPS信号。将捕获到的GPS信号的必要参数立刻传递给跟踪过程，再通过跟踪过程便可得到卫星的导航电文。GPS

卫星处于高速运动中，因此，其频率会产生多普勒频移。为覆盖高速卫星预期中的所有多普勒频率范围，捕获方法覆盖的频率范围必须在±10 kHz之内。针对某个特定的卫星信号，捕获过程就是要找到C/A码的起始点，并利用找到的起始点展开C/A码频谱，一旦复现了C/A码的频谱，输出信号将变成连续波（Continuous Wave，C

第３０卷第１９期

堕！￡２△笪！

－多媒体技术及应用－计算机工程２００４年ｌｏ月竺！堡２１１１１垦！ｇ！！！！！！！ｇ文ＩＩｑ，Ｉｏｏｏ—寸４２８（２００４）１争枷１３ｌ—加３文■标识码ｔＡ竺！！！竺！！！竺中囝分娄号ｔＴＰ３９３．４

基于ＤｉｒｅｃｔＳｈｏｗ的视频捕获

张理ｔ‘，张字‘。蒜文济

｛Ｉ西南石油学院研究生院．成都６１０５００；２西南石油学院计算机科学学院，成都６Ｊ０５００）

摘妥：介绍了ＤｉｒｅｃｔＳｈｏｗ的原理，针对传统的多媒体系统开发方法的不足，提出了一种基于ＤｉｒｅｃｔＳｈｏｗ的视频捕获软件设计方案。对系统中视频实时捕获及压缩存储，媒体流的读取回放作出了分析，构建了过滤器圈。

关锋两：Ｄｉ畦ｃｔＳｈｏｗ；视频捕获；过滤器；过滤器图；捕获图；过滤器图管理器

ＶｉｄｅｏＣａｐｔｕｒｅＢａｓｅｄ

（Ｉ

２ｏｎＤｉｒｅｃｔＳｈｏｗＷｅｎｂｉｎ。６１０５００１

ｏｎＺＨＡＮＧＬｉｈｕｉ’．ＺＨＡＮＧＹｕ。．ＣＨＥＮＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＧｒａｄｕａｔｅ，ＳｏｕｔｈｗｅｓｔＰｅｔｒｏｌｅｕｍＣｏｌｌｅｇｅ，Ｃｈｅｎｇｄｕ６１０５００；ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ，ＳｏｕｔｈｗｅｓｔＰｅｔｒｏｌｅｕｍＣｏｌｌｅｇｅ，ＣｈｅｎｇｄｕＢａ

常见载体的测序引物：

Primer of Vector:

Vector：Primer(F)；Primer(R)

pACT T7 T3

pACT2 GAL4 AD pACT2-R

pAS2-1 GAL4 BD pAS2-1.R

pB42AD pB42ADF pB42ADR

pBACPAK8 BAC1 BAC2

pBK-CMV T7 T3

PBS(SK/KS)/M13- M13F/T7 T3/M13R

pBV220 PBV220F PBV220R

pCAMBIA 1301(1300) P1 P2

pCAMBIA 2300 M13R(-48) M13F(-47)

PCANTB5E S1/M13R S6

pCAT3-enhancer RVP3 此载体无反向引物

pcDNA3.0 CMV-F/T7 SP6/BGH

pcDNA3.1 T7 BGH

pcDNA4 T7/CMV-F BGH

pcDNA6 T7/CMV-F(J21025在T7前面） BGH

pcDNAII T7 SP6

pCE2.1 M13F M13R

pCEP4 pCEP-F EBV-R

pCF-T M13F M13R

pCI T7（17Base） 此载体无反向引物

pCI-neo T7（1