生物信息学一级数据库和二级数据库的区别

情报杂志2003年第5期

情报检索

生物信息学数据库

日本DDBJ数据库及其检索应用

邢美园 苏开颜

(浙江大学文献信息技术研究中心 杭州 310031)

摘 要 介绍了世界三大核酸序列数据库之一的DDBJ数据库及其检索应用,内容涉及数据提交、数据分析及数据检索,如getentry、SRS、Sfgate&WAIS、TXSearch等四种软件的登录号检索、关键词及分类检索的特点、使用与技巧等。关键词 核酸序列数据库 DDBJ 生物信息学

在人类基因组计划的推动下,以生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等多个方面为研究内容的生物信息学也得到了很大发展。目前核酸和蛋白质的序列分析已经成为生物科学工作者的一个不可或缺的基本技能。在各种生物信息数据中,最为重要的还是DNA序列数据

[1]

址,输入电子邮件地址后数据库马上给用户提供一个记录号,用于标记将要提交的数据信息,接着用户需提供联系人的姓名及确切联系地址,这些信息填好后即生成一个有关前述信息的记录,用户可以马上上传数据内容也可日后追加(SAKURA页面的Re sume),数据内容

情报杂志2003年第5期

情报检索

生物信息学数据库

日本DDBJ数据库及其检索应用

邢美园 苏开颜

(浙江大学文献信息技术研究中心 杭州 310031)

摘 要 介绍了世界三大核酸序列数据库之一的DDBJ数据库及其检索应用,内容涉及数据提交、数据分析及数据检索,如getentry、SRS、Sfgate&WAIS、TXSearch等四种软件的登录号检索、关键词及分类检索的特点、使用与技巧等。关键词 核酸序列数据库 DDBJ 生物信息学

在人类基因组计划的推动下,以生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等多个方面为研究内容的生物信息学也得到了很大发展。目前核酸和蛋白质的序列分析已经成为生物科学工作者的一个不可或缺的基本技能。在各种生物信息数据中,最为重要的还是DNA序列数据

[1]

址,输入电子邮件地址后数据库马上给用户提供一个记录号,用于标记将要提交的数据信息,接着用户需提供联系人的姓名及确切联系地址,这些信息填好后即生成一个有关前述信息的记录,用户可以马上上传数据内容也可日后追加(SAKURA页面的Re sume),数据内容

实时/历史数据库和关系型数据库的区别

实时数据库

实时数据库是数据库系统发展的一个分支，它适用于处理不断更新的快速变化的数据及具有时间限制的事务处理。实时数据库技术是实时系统和数据库技术相结合的产物。实时数据库最起初是基于先进控制和优化控制而出现的，对数据的实时性要求比较高，因而实时、高效、稳定是实时数据库最关键的指标。

早期实时数据库的概念即我们所说的内存数据库，其相当于数据中枢的作用，将厂级相互孤立的DCS数据有效整合起来，在厂级应用中某个DCS的数据可为其他DCS的工艺算法提供数据支持，其有效解决了数据孤岛问题，拓展了DCS的功能，因而，实时数据库在先进控制和优化控制中起到了尤为重要的作用。

但早期的内存数据库并不能有效的解决实时数据的细时间粒度压缩存储，工业模型对象数值属性高度分类抽象，大容量数据的高效实时检索及处理等关键问题。而实时数据库在数据通信、数据组织、数据存储、数据检索、数据访问、数据处理、数据展现等方面的专业化及产品化，为构建基于大容量实时历史数据之上的分析应用提供了便捷稳定的数据支撑，使应用系统可以从更高更深层次充分利用宝贵的生产实时历史数据。

目前，实时数据库已广泛应用于电力、石油石化、交通、冶金、军工、环保等行业，

二级数据库简介

二级数据库的形式：大多以web界面为基础，具有文字 信息、表格、图形、图表等方式显示数据库内容； 一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限。(例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已经具有二级数据库的特色)

1、基因组信息二级数据库

TransFac(真核生物基因转录调控因子数据库) 德国生物工程研究所开发维护，始建于1988年。 包括顺式调控位点、基因、转录因子、细胞来源、分类和 调控位点核苷酸分布6个子库。TransFac的网址：

2、蛋白质序列二级数据库

Prosite(蛋白质序列功能位点数据库) 始建于 1990 年代初，由瑞典生物信息学研究所 SIB 负责维 护。 基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守区 域，这些区域通常与生物学功能相关。 数据库包括两个数据库文件：数据文件Prosite;说明文件 PrositeDoc。Prosite的网址：/prosite/

3、蛋白质结构二级数据库DSSP (Definition of Secondary Structure of Proteins) 蛋白质二级结构构象参数数据库DSSP的网址：http://www.cmbi.kun.nl/gv/dssp/

FSSP (F

2007-2008学年第一学期《数据库原理及应用》期末考试试卷B

1. 下面的数据库产品中，是IBM（ ）

（A）SQL Server （B）Oracle （C）MYSQL （D）DB2 答案:D 分数:1

题型:选择题 难度:1

公司的为：

2．SQL Server2000分为不同的版本，其中 的功能最强大。 （ ） （A）个人版 （B）标准版 （C）企业版 （D）开发版 答案:C 分数:1

题型: 选择题 难度:1

3.SQL语言是（ ）语言。

A．层次数据库 B．网络数据库 C．关系数据库 D．非数据库 答案:C 分数:1

题型: 选择题 难度:1

4．数据库系统的核心是 (A)数据库 (B)数据库管理系统 (C)数据模型 (D)软件工具 答案:B 分数:1

题型: 选择题 难度:1

5

下

列

四

项

中

，

不

属

于

数

据

库

系

统

特

点

（ ） （A）数据共享

2007-2008学年第一学期《数据库原理及应用》期末考试试卷B

1. 下面的数据库产品中，是IBM（ ）

（A）SQL Server （B）Oracle （C）MYSQL （D）DB2 答案:D 分数:1

题型:选择题 难度:1

公司的为：

2．SQL Server2000分为不同的版本，其中 的功能最强大。 （ ） （A）个人版 （B）标准版 （C）企业版 （D）开发版 答案:C 分数:1

题型: 选择题 难度:1

3.SQL语言是（ ）语言。

A．层次数据库 B．网络数据库 C．关系数据库 D．非数据库 答案:C 分数:1

题型: 选择题 难度:1

4．数据库系统的核心是 (A)数据库 (B)数据库管理系统 (C)数据模型 (D)软件工具 答案:B 分数:1

题型: 选择题 难度:1

5

下

列

四

项

中

，

不

属

于

数

据

库

系

统

特

点

（ ） （A）数据共享

实验一 数据库的建立（3学时）

一．实习目的及要求：

熟练掌握和使用 SQL Server 企业管理器创建数据库、表及索引，学会使用 SQL Server 企业管理器进行数据库的分离和附加操作。

二 实习内容：

1 使用企业管理器(Enterpriser Manager)建立SPJ数据库(见附录)，数据库名取自己的名字，如：张三。

要求:(1) 将数据库文件和日志文件存储到E:\\下

(2) 查看和修改数据库属性

2 通过企业管理器(Enterpriser Manager)，在建好了的SPJ数据库中建立S、P、

J、SPJ共4个表的表结构。

要求：(1) 为属性选择合适的数据类型，并且其中有一个类型为用户自定义

类型；

(2) 为SPJ表增加一供应日期列，列名为DATE，日期型； (3) 定义每个表的主码;

(4) 实现DATE属性的Check（检查）约束: DATE

(6) 定义上述4个表的表级约束：定义SPJ、S、P、J表之间的FOREIGN KEY

（外码）约束。

3 使用企业管理器(Enterpriser Manager)输入上述4个表的全部记录 要求:（1）记录数据参见附录的四个表，DATE列可自行输入日期；

（2）记录不仅满足数

数据库原理与应用

实验

教 案

实验班级：计 科 0901 实验教师: 高 汉 平

2010年9月

1

数据库原理与应用实验教学

数据库技术是计算机科学中发展最快的领域之一，也是应用最

广的技术之一，它已成为计算机信息系统与应用系统的核心技术和础。本课程是计算机专业的必修课程。通过本课程的学习，使学生理解数据库系统的基本原理：包括数据库的一些基本概念，各种数据模型的特点，关系数据库基本概念，SQL语言，关系数据理论，数据库的设计理论。掌握数据库应用系统的设计方法、了解数据库技术的发展动向，以指导今后的应用。

实践方面：要求学生利用数据库的原理知识和实用工具动手开发数据库应用系统。其最终目的是培养学生运用数据库技术解决问题的能力，激发他们在此领域中继续学习和研究的愿望。 为了达到这个目的，除了对关系数据库系统的基本概念、原理和方法进行介绍之外，本课程的另外一个特点是强调课程的实践性。

实验的目的是为了配合课堂教学，进一步强化对数据库原理的理解。

2

实验一 安装SQL Server 2000

一、实验目的

SQL Server 2000是Mircosoft公司推出的关系型网络数据库管理系统，是一个逐步成

综合实验

一、创建图书管理库（BookSys）

该数据库的主数据文件逻辑名称为：“图书管理库”，物理文件名为：图书管理库．Mdf，物理文件路径为D：\\，初始大小为3MB，最大容量为100MB，增长速度为10%；数据库的日志文件逻辑名称为“图书管理库_log”，物理文件名为：图书管理库_log.ldf，物理文件路径为D：\\，初始大小为1MB，最大容量为2MB，增长速度为10%）

CREATE DATABASE 图书管理 ON PRIMARY

( NAME ='图书管理',

FILENAME ='D:\\图书管理.mdf', SIZE = 3MB, MAXSIZE = 100MB, FILEGROWTH =10% ) LOG ON

( NAME ='图书管理_log',

filename = 'D:\\图书管理_log.ldf', size = 1MB , MAXSIZE = 2MB , FILEGROWTH = 10% )

二、在图书管理库（BookSys）中建立如下的表： 1、 图书信息表（tsxx） 字段名称 图书编号 书名 价格

注会1401

一. 基本操作

1.设置\student\表中的\所属院系\字段的默认值为：\金融\，并为该字段设置查阅列表，列表中显示的数据为：信息、会计、金融；

2. 在\student\表中添加一字段名称为\简历\的字段，设置类型为\备注型\；并删除\照片\字段； 略

3. 设置\student\表中\出生日期\字段的\输入掩码\属性设置为\短日期\非中文短日期)，\有效性规则\属性设置为：输入日期必须为2005年1月1日以前，\有效性文本\属性设置为：输入数据有误

4. 将\student\表的单元格效果设置为\凹陷\； 略

注会1401

5. 设置\student\、\sc\和\course\三张表的主键，建立关系并实施参照完整性。

二.简单操作

1．建立一个名为\查询1\的查询，查找并显示男女生的人数，显示格式及内容参照样张1。提示：根据\学生编号\统计人数。

注会1401

SELECT student.性别, Count(student.学生编号) AS 人数 FROM student

GROUP BY student.性别;

2．建立一个名为\查询2