过渡态和中间产物的区别

NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释：

NEB（nudged elastic band）是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点，其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出，弹簧势是必须的，它平行于路径切线（R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向）的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它；但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显，它改变了这个方向的实际的势能面，优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差，造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单，在NEB中称为nudge过程，即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量，每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了，而有用的平行于路径的分量完全保留；势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响，被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP，矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意，不会再对结果产生明显影响。但是当平

NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释：

NEB（nudged elastic band）是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点，其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出，弹簧势是必须的，它平行于路径切线（R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向）的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它；但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显，它改变了这个方向的实际的势能面，优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差，造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单，在NEB中称为nudge过程，即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量，每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了，而有用的平行于路径的分量完全保留；势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响，被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP，矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意，不会再对结果产生明显影响。但是当平

NEB寻找过渡态专题讨论

概念解释：

NEB（nudged elastic band）是一种已知反应物和产物来寻找鞍点和最小能量路径的方法。用NEB可以计算其扩散路径或扩散势垒、过渡态。NEB方法集合了LUP与PEB方法的优点，其函数形式基于PEB。从PEB方法的讨论可以看出，弹簧势是必须的，它平行于路径切线（R(i)-R(i-1)与R(i+1)-R(i)矢量和的方向）的分量保证结构点均匀分布在MEP上来描述它；但其垂直于路径的分量造成的弊端也很明显，它改变了这个方向的实际的势能面，优化后得到的MEP'就与真实的MEP发生了偏差，造成corner-cutting问题。解决这个问题很简单，在NEB中称为nudge过程，即每个点在平行于路径切线上的受力只等于弹簧力在这个方向分量，每个点在垂直于路径切线方向的受力只等于势能力在此方向上分量。这样弹簧力垂直于路径的分量就被投影掉了，而有用的平行于路径的分量完全保留；势能力在路径方向上的分量也不会再对结构点分布的均匀性产生影响，被保留的它在垂直于路径上的分量将会引导结构点地正确移动。这样优化收敛后结构点就能正确描述真实的MEP，矛盾得到解决。弹簧力常数的设定也比较随意，不会再对结果产生明显影响。但是当平

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

Sobereva

Department of Chemistry, University of Science and Technology Beijing, Beijing

100083, China

前言：本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法，并讨论相关问题。由于这类算法极多，可以互相组合，限于精力不可能面面俱到展开，所以只介绍常用，或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献，做了一定修改。由于本文作为帖子发布，文中无法插入复杂公式，故文中尽量将公式转化为文字描述并加以解释，这样必然不如公式形式严谨，而且过于复杂的公式只能略过，但我想这样做的好处是更易把握方法的梗概，有兴趣可以进一步阅读原文了解细节。对于Gaussian中可以实现的方法，文中对其在Gaussian中的使用进行了一些讨论，希望能纠正一些网上流传的误区。虽然绝大多数人不专门研究计算方法，其中很多方法也不会用到，但多了解一下对开阔思路是很有好处的。

文中指的“反应”包括构象变化、异构化、单分子反应等任何涉及到过渡态的变化过程。“反应物”与“产物”泛指这些过程的初态和末态。“优化”若未注明，包括优化至极小点和优化至过渡态。势

过渡态简单点说就是化学反应中瞬间形成的高自由能的不稳定复合物，形象点说就是就是反应势能面上的一个鞍点，所谓的找过渡态也就是要找到这个反应势能面上的这个鞍点，这里以DA反应作为例子简单说下我用gaussian找过渡态的经验。

Gaussian里面找过渡态主要有3种方法：TS、QST2以及QST3。这里套用gaussian手册里的说明。TS是进行过渡态而不是局部最小值的优化计算。QST2是使用STQN 方法寻找过渡态结构。这个选项需要输入反应物和产物分子结构，先后通过两组连续的标题和分子说明部分定义。注意在这两个结构中的原子顺序必需一致。TS 不能和QST2 合用。QST3是使用STQN 方法寻找过渡态结构。这个选项需要输入反应物，产物和最初的过渡态结构，先后由三组连续的标题和分子说明部分定义。注意在这三个结构中的原子顺序必需一致。TS 不能和QST3 合用。接下来贴出几个例子来说明下TS、QST2和QST3的输入文件该怎么写

%chk=c2h4_c4h6_ts %nproc=1

%mem=200mb

# opt=(ts,calcfc) freq=noraman b3lyp/6-31g* Title Card Required 0 1

C

华南农业大学实验报告

专业班次 11农学一班 组别201130010110 题目 糖酵解中间产物的测定 姓 名 梁志雄 日期

【实验原理】

利用碘乙酸对糖酵解过程中3-磷酸甘油醛脱氢酶的抑制作用，使3-磷激甘油醛不再向前变化而积累。硫酸肼作为稳定剂，用来保护3-磷酸甘油醛使不自发分解。然后用2，4—二硝基苯肼与3-磷酸甘油醛在碱性条件下形成2，4—二硝基苯肼—丙糖的棕色复合物，其棕色程度与3-磷酸甘油醛含量成正比

【实验材料和试剂】

实验仪器：恒温水浴锅、离心机、电子天平 实验用品：试管、移液管、玻璃棒

实验材料与试剂：酵母、10%三氯乙酸、5%葡萄糖、0.75mol/L NaOH、0.002mol/L碘乙酸、2，4-二硝基苯肼溶液、0.56mol/L硫酸肼

【实验步骤】

1、发酵过程观察 取干燥试管3支，编号1~3，分别加入0.2g酵母，再按下表所示加入试剂

37摄氏度保温时用留在试管中的玻璃棒间断搅拌1~2次。

2、终止发酵和补加试剂 37摄氏度保温45min后，按下表所示添加试剂

表二

3、发酵液过滤 上述3支试管分别过滤，取滤液用于显色鉴定

4、显色鉴定 取3支试管，按下

华南农业大学实验报告

专业班次 11农学一班 组别201130010110 题目 糖酵解中间产物的测定 姓 名 梁志雄 日期

【实验原理】

利用碘乙酸对糖酵解过程中3-磷酸甘油醛脱氢酶的抑制作用，使3-磷激甘油醛不再向前变化而积累。硫酸肼作为稳定剂，用来保护3-磷酸甘油醛使不自发分解。然后用2，4—二硝基苯肼与3-磷酸甘油醛在碱性条件下形成2，4—二硝基苯肼—丙糖的棕色复合物，其棕色程度与3-磷酸甘油醛含量成正比

【实验材料和试剂】

实验仪器：恒温水浴锅、离心机、电子天平 实验用品：试管、移液管、玻璃棒

实验材料与试剂：酵母、10%三氯乙酸、5%葡萄糖、0.75mol/L NaOH、0.002mol/L碘乙酸、2，4-二硝基苯肼溶液、0.56mol/L硫酸肼

【实验步骤】

1、发酵过程观察 取干燥试管3支，编号1~3，分别加入0.2g酵母，再按下表所示加入试剂

37摄氏度保温时用留在试管中的玻璃棒间断搅拌1~2次。

2、终止发酵和补加试剂 37摄氏度保温45min后，按下表所示添加试剂

表二

3、发酵液过滤 上述3支试管分别过滤，取滤液用于显色鉴定

4、显色鉴定 取3支试管，按下

上次我们学习了日语的“五大态”的“可能态”“被动态”。这次继续学习“使役态”、“自发态”和“被役态”。

三、使役态

表示让别人作某种动作的表现手法。 形式：动词的未然形 ＋ せる/させる

构成： 五段动词：把词尾「う」段上的假名变成其所在行「あ」段上的假名加「せる」。如： 書く→書かせる 買う→買わせる 飲む→飲ませる 呼ぶ→呼ばせる 持つ→持たせる 一段动词：去掉词尾「る」加「させる」。如： 寝る→寝させる 食べる→食べさせる サ变动词：「する」的未然形「さ」加「せる」。如：

勉強する→勉強させる 練習する→練習させる カ变动词：只有一个词。如： 来る→来させる

用法：根据谓语动词词性的不同，将使役态的句型大致可以分成两大类。也就是“他动词的使役态句型”和“自动词的使役态句型”。如下表所示。

他动词的使役态句型：（甲）は（乙）に…を＋动词的使役态 注：这里的「に」表示被使役的对象。「を」表示动词的作用对象。 自动词的使役态句型：（甲）は（乙）を…＋动词的使役态

注：这里的「を」表示被使役的对象。

例：◇おばあさんは妹に新聞を読ませた。 ◇母は弟に薬を飲ませた。

◇李先生は

冷轧的定义 是再结晶下的轧制,但一般理解为使用常温轧制材料的轧制.铝冷轧分为板轧和箔轧.

厚度在0.15~以上 的称为板,0.15~以下的称为箔.欧美多采用3~6台连续式轧机作为冷轧设备

生产工艺 生产过程中由于不进行加热，所以不存在热轧常出现的麻点和氧化铁皮等缺陷，表面

质量好、光洁度高。而且冷轧产品的尺寸精度高，产品的性能和组织能满足一些特殊的使用要求，如电磁性能、深冲性能等。

规格：厚度为0.2-4mm，宽度为600-2 000mm，钢板长度为1 200-6 000mm。

牌号：Q195A-Q235A、Q195AF-Q235AF、Q295A(B)-Q345 A(B)；SPCC、SPCD、SPCE、ST12-15;DC01-06

性能：主要采用低碳钢牌号，要求具有良好的冷弯和焊接性能，以及一定的冲压性能。

应用领域 冷轧板带用途很广，如汽车制造、电气产品、机车车辆、航空、精密仪表、食品罐头等。

冷轧薄钢板是普通碳素结构钢冷轧板的简称，也称冷轧板，俗称冷板，有时会被误写成冷扎板。冷板是由普通碳素结构钢热轧钢带，经过进一步冷轧制成厚度小于4mm的钢板。由于在常温下轧制，不产生氧化铁皮，因此，冷板表面质量好，尺寸精度高，再加之退火处理，其机械性

BiPAP & BIPAP

先哲曾经说过：世界就是由矛盾组成的统一体，不得不承认，这个论断，在机械通气领域基本也是靠谱的。复张--过度膨胀，PEEP--血流动力学，纠正缺氧--氧中毒......似乎呼吸治疗就是在种种的矛盾之中寻找平衡。而其中最根本、最重要的矛盾，个人认为应该就是机械辅助与自主呼吸之间的矛盾了。

病人的自主呼吸不能维持了，才需要机械通气的辅助支持；但在机械通气的时候，最好又能尽可能保留和促进患者的自主呼吸能力。你说，这不是强人所难、吹毛求疵么？没办法，谁让咱干这一行呢？有困难要上，没有困难创造困难也要上那到底有没有办法让这一对矛盾和谐共存呢？现在看来，似乎是有的，它就是双水平气道正压通气--BIPAP。

话说得好象缺乏点底气，不着急，我们共同来认识一下这位“善变”的人物......

一、万变不离其宗----BIPAP的工作原理

初次接触BIPAP的人，往往会感到一种疑惑：这究竟是一种什么模式？为什么有时候看起来像是一个吹风机，可实际上却是刮胡刀呢？确实，BIPAP给我的第一印象就是“变”，根据不同的设置、不同的病情，可以表现出不同的结果。但是只要搞清楚它的工作原理，就会发现其实还是万变不离其宗。

先看看老前辈给BIPAP的