如何用MS建模 - 图文

如何用MS建模

陶小马

在第一原理计算中有个POSCAR文件，那里面有晶体结构的一些信息，主要包括基矢以及原子的位子，那么一般来说简单的BCC、FCC、HCP以及Diamond结构都比较简单，可以直接输入就可以了，但是一般涉及比较复杂的结构如D019、D022等结构则可以用MS modeling来建模。在建立模型之前，我们要找到该化合物的结构方面的信息，这个主要可以通过Pearson手册来找寻，也可以用ICSD软件找。在有了结构方面的信息后，我们就可以利用MS Modeling来进行建模。

首先打开MS Modeling 软件： 建立一个新的文件名example

点击 File 出来一个菜单，点击New …后出现以下画面

双击第一个3D Atomistic,出现以下界面

这时你可以把鼠标指在3D Atomistic上 点击右键进行重新命名。后缀名为.xsd就可以了。

下边就点击Build—>Crystals—>Build Crystal…出现以下界面

在Enter Group： 中输入晶体结构的空间群的数字；点击Lattice Parameters中输入晶格常数后点击下面的Build：

例如我们要建立AlFe3的结构，它的结构信息如下：

也就是在Enter Group中输入225，在Lattice Parameters中输入5.789 A就可以了，点击Build得到以下界面：

现在就是加原子了，点击Build，下拉框中有Add Atoms，另外界面上也有就是一个原子左上角有个+号的就是。点击Add Atoms，可以看见以下的界面

在Element 中输入原子符号，右边的a，b，c就对应于上面我们找到的晶体结构信息中的x，y，z。也即，在Element中输入Al时，a，b，c中输入0 0 0，点击Add，再在Element中输入Fe，在a，b，c中输入0.5 0.5 0.5点击Add，还是Element为Fe，a，b，c中输入0.25

0.25 0.25.点击Add。这样就把AlFe3的所有的信息输入进去了。可以关闭Add Atoms的对话框。得到以下界面：

下面点击Modules—>CASTEP—>Calculation出现以下对话框：

在对话框中的最下面有三个按钮，中间那个主要是可以把原子的一些位子信息存下来的，所以点击Files…，以后会出现一个对话框，点击Save Files就可以了。如果你所建立的晶体结构不是原胞的话，会出现一个选项让你选择，一般来说yes 是保存最小的原胞的基矢和原子位子，而No呢就是当前的晶胞的基矢和原子位子。

下面就是去看看，保存下来的晶体结构的一些信息的文件。在MS的文件夹中找到example这个文件夹，点击其中的Documents文件夹，找到你所建立的晶体结构信息的文件名的那个文件夹（如AlFe3 CASTEP Energy）进入该文件夹。由于包含原子位子的那个文件是一个隐藏文件，你必须设置隐藏文件可以显示（具体设置方法是工具—>文件夹选项—>查看—>显示所有文件和文件夹。）。这样就可以看见一个cell文件（AlFe3.cell）。打开就可以看见： %BLOCK LATTICE_CART

-0.000000000000001 2.894499999999999 2.894500000000000 2.894499999999999 0.000000000000000 2.894500000000000 2.894500000000000 2.894500000000000 0.000000000000000 %ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC

Al 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 Fe 0.4999999999999999 0.4999999999999999 0.5000000000000001 Fe 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000001 Fe -0.2500000000000000 -0.2500000000000000 0.7500000000000000 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC ………………………….

这是前面几行的信息，第二行到第四行就是基矢坐标。第八行到地十一行就是Al和Fe的位子坐标。

这样就可以把这些信息放在POSCAR中，从而进行VASP等第一原理计算了。

祝各位好运！

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